[Gate-users] Gate version docker

Thu Oct 7 14:27:25 CEST 2021

Bonjour Sébastien,

Désolé j'étais passé à travers ton mail.

J'ai mis la liste des users gate en cc car je n'ai pas la réponse. 
Geant4/Gate a bien été compilé avec la visu dans le docker. De ma maigre 
expérience en visu avec docker, il faut charger les librairies de visu 
locales avec l'option -v. Je me souviens d'une option -e 
DISPLAY=$DISPLAY aussi. Mais je ne peux pas en dire plus car je 
n'utilise jamais docker pour visualiser.

Peut etre que des utilisateurs de Docker ont plus l'habitude.

Bonne journée
Thomas

On 07/10/2021 10:06, Penninckx Sebastien wrote:
>
> Bonjour Thomas,
>
> Je me permets de revenir vers toi concernant mon mail du 21 septembre 
> dernier resté sans response.
>
> D'avance merci pour ton aide
>
> Sebastien
>
>
> 1627993762971
>
> *
> *
>
> *Sébastien PENNINCKX, PhD*
>
> Senior Scientist
>
> Medical Physics Department
>
>
> *Phone:*+ 32 (0)2 541 32 98
>
> *Mail:*sebastien.penninckx at bordet.be
> *Google Scholar:* 
> https://scholar.google.be/citations?user=my_6nxQAAAAJ&hl=fr# 
> <https://scholar.google.be/citations?user=my_6nxQAAAAJ&hl=fr#>
>
>
> *Institut Jules Bordet*
> 1, Rue Héger Bordet - 1000 Brussels
>
> Belgium
>
>
> ------------------------------------------------------------------------
> *De :* Penninckx Sebastien
> *Envoyé :* mardi 21 septembre 2021 11:03:45
> *À :* Thomas Baudier
> *Objet :* RE: Gate version docker
>
> Bonjour Thomas,
>
> Je me permets de revenir vers toi concernant nos problèmes avec Gate 
> (version Docker) en espérant que tu puisses nous éclairer quand tu 
> auras 5 minutes à  nous consacrer.
> Nous avons essayé de lancer les exemples afin de vérifier que tout 
> fonctionne mais il semble quil persiste un problème avec la visualisation.
>
> Si je prends l'exemple 1 du dossier dosimetry/Radiotherapy. Je lance 
> l'image Gate sur Docker :docker run -i --rm -v $PWD:/APP 
> opengatecollaboration/gate mac/main.mac
> et mon dossier output se remplit. Malheureusement, aucune 
> visualisation ne fonctionne et les lignes : " Graphics systems 
> deleted" et "Visualization Manager deleting ..." s'affichent. Je t'ai 
> fait un screen shot en pièce jointe (capture1).
>
> J'ai alors été voir dans la macro "main" où on demande de 
> "décommenter" certaines lignes pour la visualisation. En relançant 
> l'image GAte sur Docker, j'ai alors un message d'erreur "Command not 
> found" (cfr. Capture 2).
>
> Aurais tu une idée de ce qui bloque ?
>
> Un grand merci pour ton aide
>
> Sebastien
>
>
> 1627993762971
>
> *
> *
>
> *Sébastien PENNINCKX, PhD*
>
> Senior Scientist
>
> Medical Physics Department
>
>
> *Phone:*+ 32 (0)2 541 32 98
>
> *Mail:*sebastien.penninckx at bordet.be
> *Google Scholar:* 
> https://scholar.google.be/citations?user=my_6nxQAAAAJ&hl=fr# 
> <https://scholar.google.be/citations?user=my_6nxQAAAAJ&hl=fr#>
>
>
> *Institut Jules Bordet*
> 1, Rue Héger Bordet - 1000 Brussels
>
> Belgium
>
>
> ------------------------------------------------------------------------
> *De :* Penninckx Sebastien
> *Envoyé :* mercredi 25 août 2021 09:26:28
> *À :* Thomas Baudier
> *Objet :* RE: Gate version docker
> Bonjour Thomas,
>
> Merci pour tes lumières. C'est très clair.
>
> Bonne journée
>
> Sebastien
>
>
> 1627993762971
>
> *
> *
>
> *Sébastien PENNINCKX, PhD*
>
> Senior Scientist
>
> Medical Physics Department
>
>
> *T :*+ 32 (0)2 541 32 98
>
> *M:*sebastien.penninckx at bordet.be
>
>
> *Institut Jules Bordet*
> 1, Rue Héger Bordet - 1000 Brussels
>
> Belgium
>
>
> ------------------------------------------------------------------------
> *De :* Thomas BAUDIER <thomas.baudier at creatis.insa-lyon.fr>
> *Envoyé :* mardi 24 août 2021 16:40:10
> *À :* Penninckx Sebastien
> *Objet :* Re: Gate version docker
> Bonjour Sébastien,
>
> Non, les macro ne sont pas insérés dans l'image. L'image Docker de 
> Gate est équivalente à une installation de Gate, il n'y a rien de plus.
>
> Pour avoir les macros, tu peux les télécharger en suivant les liens de 
> David (directement ou via git). Tu mets les dossiers mac, data et 
> output dans un répertoire de ton ordi (par exemple: ~/exempleGate).
>
> Maintenant tu n'as plus qu'à faire:
> cd ~/exempleGate|
> docker run -i --rm -v $PWD:/APP opengatecollaboration/gate mac/main.mac||
>
> Bonne journée
> Thomas
> |
> On 24/08/2021 10:22, Penninckx Sebastien wrote:
>>
>> Bonjour Thomas,
>>
>> Merci pour ta réponse.
>> Pour commencer avec Gate, on pensait utiliser directement les fameux 
>> exemples.
>> Les exemples (disponibles via le lien que David a envoyé) sont il 
>> déjà installé dans le Docker ?
>> Dans l'affirmative, pourrais tu nous indiquer où ils se trouvent car 
>> nous n'avons rien trouvé en cherchant de notre côté.
>>
>>
>> Si il faut les insérer nous-mêmes, peux tu nous indiquer la marche à 
>> suivre pour y arriver ?
>>
>> Merci d'avance pour ton aide
>>
>> Sebastien
>>
>>
>>
>> On 23/08/2021 15:26, Thomas BAUDIER wrote:
>>> Bonjour Nick,
>>>
>>> Pour démarrer l'image Gate sur Docker tu peux faire ceci:|
>>>
>>> docker run -i --rm -v $PWD:/APP opengatecollaboration/gate 
>>> mac/main.mac||
>>>
>>> Il y a un peu plus d'info sur cette page:
>>> https://github.com/OpenGATE/Gate/tree/develop/source/docker||
>>>
>>> pour les options de docker run:
>>> -i: mode interactif
>>> -v |||$PWD:/APP||||: monte le chemin courant dans le disque virtuel 
>>> APP de docker|
>>> opengatecollaboration/gate: image utilisée|||
>>> mac/main.mac||: chemin vers la macro à lancer
>>>
>>> N'hésite pas si tu as d'autres questions.
>>>
>>> Bonne journée
>>> Thomas
>>> ||
>>> On 23/08/2021 11:38, Reynaert Nick wrote:
>>>>
>>>> merci David. Oui on a utiliser ce document et l'installation même 
>>>> était parfait. Mais maintenant pour l'utilisation concrète, on 
>>>> pensait (Sebastien que j'ai mis en copie et moi)  de commencer avec 
>>>> l'exemple carbon-12 car c'est pour ça qu'on voudrait l'utiliser car 
>>>> j'ai un projet avec IBA. Mais on ne trouve pas les exemples ... 
>>>> C'est probablement très bête ... Mais voilà :-). Vous avez un idée 
>>>> Thomas ? Un grand merci d'avance !!
>>>>
>>>>
>>>> Bien à vous,
>>>>
>>>>
>>>> Nick
>>>>
>>>>
>>>>
>>>> ------------------------------------------------------------------------
>>>> *From:* David Sarrut <David.Sarrut at creatis.insa-lyon.fr>
>>>> *Sent:* Monday, August 23, 2021 9:21 AM
>>>> *To:* Reynaert Nick; Thomas Baudier
>>>> *Subject:* Re: Gate version docker
>>>> Salut Nick,
>>>>
>>>> tout roule, j'ai commencé la thèse de Kévin, mais pas terminé 
>>>> encore, je rentre tout juste de vacances ;)
>>>>
>>>> Pour Docker, je ne l'utilise pas personnellement, donc je n'ai pas 
>>>> grande expérience. Tu peux trouver quelques infos dans la doc:
>>>> https://opengate.readthedocs.io/en/latest/docker_gate.html 
>>>> <https://opengate.readthedocs.io/en/latest/docker_gate.html>
>>>>
>>>> et je rajoute Thomas en copie qui connaît beaucoup mieux, il pourra 
>>>> probablement te guider.
>>>>
>>>> à bientôt,
>>>> David
>>>>
>>>> On Thu, Aug 19, 2021 at 11:20 AM Reynaert Nick 
>>>> <nick.reynaert at bordet.be <mailto:nick.reynaert at bordet.be>> wrote:
>>>>
>>>>     Bonjour David,
>>>>
>>>>
>>>>     Tout va bien ? Déjà lu la thèse de Kévin 😊?
>>>>
>>>>
>>>>     Autre question: on est en train d'essayer d'utiliser la version
>>>>     docker de Gate. Le truc c'est bien installé (je pense) mais
>>>>     après on a du mal à l'utiliser car c'est comme il n'y pas les
>>>>     exemples disponibles ? Une fois que le docker est installé je
>>>>     suppose qu'il ne faut plus lancer les exécutables
>>>>     d'installation dispo dans les répertoires cern, genat4 et gate
>>>>     ? Il y a une explication plus détaillé dispo de comment
>>>>     utiliser la version docker ?
>>>>
>>>>
>>>>     Mes excuses de vous embêter avec ça mais on est vraiment bloqué ...
>>>>
>>>>
>>>>     Un grand merci d'avance,
>>>>
>>>>
>>>>     amicalement,
>>>>
>>>>
>>>>     Nick
>>>>
>>>>     Disclaimer : http://www.bordet.be/disclaimer/disclaimer.html
>>>>     <http://www.bordet.be/disclaimer/disclaimer.html>
>>>>
>>>>
>>>>
>>>> -- 
>>>> David Sarrut, Phd
>>>> Directeur de recherche CNRS
>>>> CREATIS, UMR CNRS 5220, Inserm U1294
>>>> Centre de lutte contre le cancer Léon Bérard
>>>> 28 rue Laënnec, 69373 Lyon cedex 08
>>>> Tel : 04 78 78 51 51 / 06 74 72 05 42
>>>> http://dsarrut.github.io <http://www.creatis.insa-lyon.fr/~dsarrut>
>>>> _________________________________
>>>>  "2 + 2 = 5,  for extremely large values of 2"
>>>> _________________________________
>>>> Disclaimer : http://www.bordet.be/disclaimer/disclaimer.html 
>>>
>> Disclaimer : http://www.bordet.be/disclaimer/disclaimer.html 
>
> Disclaimer : http://www.bordet.be/disclaimer/disclaimer.html 

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