<html>
<head>
<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=UTF-8">
</head>
<body>
Bonjour Sébastien,<br>
<br>
Désolé j'étais passé à travers ton mail.<br>
<br>
J'ai mis la liste des users gate en cc car je n'ai pas la réponse.
Geant4/Gate a bien été compilé avec la visu dans le docker. De ma
maigre expérience en visu avec docker, il faut charger les
librairies de visu locales avec l'option -v. Je me souviens d'une
option -e DISPLAY=$DISPLAY aussi. Mais je ne peux pas en dire plus
car je n'utilise jamais docker pour visualiser.<br>
<br>
Peut etre que des utilisateurs de Docker ont plus l'habitude.<br>
<br>
Bonne journée<br>
Thomas<br>
<br>
<div class="moz-cite-prefix">On 07/10/2021 10:06, Penninckx
Sebastien wrote:<br>
</div>
<blockquote type="cite"
cite="mid:5a98d1dc64544d7eb46f803a22d1e510@bordet.be">
<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=UTF-8">
<style type="text/css" style="display:none;">P {margin-top:0;margin-bottom:0;}</style>
<div id="divtagdefaultwrapper"
style="font-size:12pt;color:#000000;font-family:Calibri,Helvetica,sans-serif;"
dir="ltr">
<p>Bonjour Thomas, <br>
<br>
Je me permets de revenir vers toi concernant mon mail du 21
septembre dernier resté sans response.<br>
<br>
D'avance merci pour ton aide<br>
<br>
Sebastien<br>
</p>
<p><br>
</p>
<div id="Signature">
<div id="divtagdefaultwrapper" dir="ltr" style="font-size:
12pt; color: rgb(0, 0, 0); font-family: Calibri, Helvetica,
sans-serif, "EmojiFont", "Apple Color
Emoji", "Segoe UI Emoji", NotoColorEmoji,
"Segoe UI Symbol", "Android Emoji",
EmojiSymbols;">
<p><img
src="cid:part1.E77F3C52.E296AF85@creatis.insa-lyon.fr"
class="EmojiInsert" alt="1627993762971"><br>
</p>
<p><b><br>
</b></p>
<p><b><span style="font-size:12pt">Sébastien PENNINCKX, PhD</span></b></p>
<span style="font-size:11pt"></span>
<p><span style="font-size:11pt">Senior Scientist</span></p>
<span style="font-size:11pt"></span>
<p><span style="font-size:11pt">Medical Physics Department </span><br>
<span style="font-size:11pt"></span></p>
<span style="font-size:11pt"></span>
<p><span style="font-size:8pt"></span><br>
<span style="font-size:11pt"></span></p>
<span style="font-size:11pt"></span>
<p><b><span style="font-size:11pt">Phone:</span></b><span
style="font-size:11pt"> + 32 (0)2 541 32 98</span></p>
<span style="font-size:11pt"></span>
<p><b><span style="font-size:11pt">Mail:</span></b><span
style="font-size:11pt"> <a class="moz-txt-link-abbreviated" href="mailto:sebastien.penninckx@bordet.be">sebastien.penninckx@bordet.be</a><br>
<b>Google Scholar:</b> <a
href="https://scholar.google.be/citations?user=my_6nxQAAAAJ&hl=fr#"
class="OWAAutoLink" id="LPNoLP" moz-do-not-send="true">
https://scholar.google.be/citations?user=my_6nxQAAAAJ&hl=fr#</a><br>
</span></p>
<span style="font-size:11pt"></span>
<p><span style="font-size:8pt"></span><br>
<span style="font-size:11pt"></span></p>
<span style="font-size:11pt"></span>
<p><b><span style="font-size:12pt">Institut Jules Bordet</span></b><br>
<span style="font-size:11pt">1, Rue Héger Bordet - 1000
Brussels</span></p>
<span style="font-size:11pt"></span>
<p><span style="font-size:11pt">Belgium</span><br>
</p>
<p><br>
</p>
</div>
</div>
</div>
<hr style="display:inline-block;width:98%" tabindex="-1">
<div id="divRplyFwdMsg" dir="ltr"><font style="font-size:11pt"
face="Calibri, sans-serif" color="#000000"><b>De :</b>
Penninckx Sebastien<br>
<b>Envoyé :</b> mardi 21 septembre 2021 11:03:45<br>
<b>À :</b> Thomas Baudier<br>
<b>Objet :</b> RE: Gate version docker</font>
<div> </div>
</div>
<div>
<style type="text/css" style="display:none;">P {margin-top:0;margin-bottom:0;}</style>
<div id="divtagdefaultwrapper"
style="font-size:12pt;color:#000000;font-family:Calibri,Helvetica,sans-serif;"
dir="ltr">
<p>Bonjour Thomas, <br>
<br>
Je me permets de revenir vers toi concernant nos problèmes
avec Gate (version Docker) en espérant que tu puisses nous
éclairer quand tu auras 5 minutes à nous consacrer.<br>
Nous avons essayé de lancer les exemples afin de vérifier
que tout fonctionne mais il semble quil persiste un problème
avec la visualisation.<br>
<br>
Si je prends l'exemple 1 du dossier dosimetry/Radiotherapy.
Je lance l'image Gate sur Docker :<font style="font-family:
Courier New, serif, "EmojiFont";" size="2"
face="Courier New"><span style="font-size:13.59px;">
docker run -i --rm -v $PWD:/APP
opengatecollaboration/gate mac/main.mac</span></font><font
style="font-family: Courier New, serif,
"EmojiFont";" size="2" face="Courier New"><span
style="font-size:13.59px;">
<br>
</span></font>et mon dossier output se remplit.
Malheureusement, aucune visualisation ne fonctionne et les
lignes : " Graphics systems deleted" et "Visualization
Manager deleting ..." s'affichent. Je t'ai fait un screen
shot en pièce jointe (capture1).<br>
<br>
J'ai alors été voir dans la macro "main" où on demande de
"décommenter" certaines lignes pour la visualisation. En
relançant l'image GAte sur Docker, j'ai alors un message
d'erreur "Command not found" (cfr. Capture 2).<br>
<br>
Aurais tu une idée de ce qui bloque ? <br>
<br>
Un grand merci pour ton aide<br>
<br>
Sebastien<br>
</p>
<p><br>
</p>
<div id="Signature">
<div id="divtagdefaultwrapper" dir="ltr" style="font-size:
12pt; color: rgb(0, 0, 0); font-family: Calibri,
Helvetica, sans-serif, "EmojiFont", "Apple
Color Emoji", "Segoe UI Emoji",
NotoColorEmoji, "Segoe UI Symbol", "Android
Emoji", EmojiSymbols;">
<p><img class="EmojiInsert" alt="1627993762971"
src="cid:part3.0A727228.7CE37380@creatis.insa-lyon.fr"><br>
</p>
<p><b><br>
</b></p>
<p><b><span style="font-size:12pt">Sébastien PENNINCKX,
PhD</span></b></p>
<span style="font-size:11pt"></span>
<p><span style="font-size:11pt">Senior Scientist</span></p>
<span style="font-size:11pt"></span>
<p><span style="font-size:11pt">Medical Physics Department
</span><br>
<span style="font-size:11pt"></span></p>
<span style="font-size:11pt"></span>
<p><span style="font-size:8pt"></span><br>
<span style="font-size:11pt"></span></p>
<span style="font-size:11pt"></span>
<p><b><span style="font-size:11pt">Phone:</span></b><span
style="font-size:11pt"> + 32 (0)2 541 32 98</span></p>
<span style="font-size:11pt"></span>
<p><b><span style="font-size:11pt">Mail:</span></b><span
style="font-size:11pt"> <a class="moz-txt-link-abbreviated" href="mailto:sebastien.penninckx@bordet.be">sebastien.penninckx@bordet.be</a><br>
<b>Google Scholar:</b> <a
href="https://scholar.google.be/citations?user=my_6nxQAAAAJ&hl=fr#"
class="OWAAutoLink" id="LPNoLP"
moz-do-not-send="true">
https://scholar.google.be/citations?user=my_6nxQAAAAJ&hl=fr#</a><br>
</span></p>
<span style="font-size:11pt"></span>
<p><span style="font-size:8pt"></span><br>
<span style="font-size:11pt"></span></p>
<span style="font-size:11pt"></span>
<p><b><span style="font-size:12pt">Institut Jules Bordet</span></b><br>
<span style="font-size:11pt">1, Rue Héger Bordet - 1000
Brussels</span></p>
<span style="font-size:11pt"></span>
<p><span style="font-size:11pt">Belgium</span><br>
</p>
<p><br>
</p>
</div>
</div>
</div>
<hr style="display:inline-block;width:98%" tabindex="-1">
<div id="divRplyFwdMsg" dir="ltr"><font style="font-size:11pt"
face="Calibri, sans-serif" color="#000000"><b>De :</b>
Penninckx Sebastien<br>
<b>Envoyé :</b> mercredi 25 août 2021 09:26:28<br>
<b>À :</b> Thomas Baudier<br>
<b>Objet :</b> RE: Gate version docker</font>
<div> </div>
</div>
<div>
<style type="text/css" style="display:none;">P {margin-top:0;margin-bottom:0;}</style>
<div id="divtagdefaultwrapper"
style="font-size:12pt;color:#000000;font-family:Calibri,Helvetica,sans-serif;"
dir="ltr">
<div>Bonjour Thomas, <br>
<br>
Merci pour tes lumières. C'est très clair.<br>
<br>
Bonne journée<br>
<br>
Sebastien</div>
<br>
<p><br>
</p>
<div id="Signature">
<div id="divtagdefaultwrapper" dir="ltr" style="font-size:
12pt; color: rgb(0, 0, 0); font-family: Calibri,
Helvetica, sans-serif, "EmojiFont",
"Apple Color Emoji", "Segoe UI
Emoji", NotoColorEmoji, "Segoe UI
Symbol", "Android Emoji", EmojiSymbols;">
<p><img class="EmojiInsert" alt="1627993762971"
src="cid:part5.FA5E6141.CF49EC44@creatis.insa-lyon.fr"><br>
</p>
<p><b><br>
</b></p>
<p><b><span style="font-size:12pt">Sébastien PENNINCKX,
PhD</span></b></p>
<span style="font-size:11pt"></span>
<p><span style="font-size:11pt">Senior Scientist</span></p>
<span style="font-size:11pt"></span>
<p><span style="font-size:11pt">Medical Physics
Department </span><br>
<span style="font-size:11pt"></span></p>
<span style="font-size:11pt"></span>
<p><span style="font-size:8pt"></span><br>
<span style="font-size:11pt"></span></p>
<span style="font-size:11pt"></span>
<p><b><span style="font-size:11pt">T :</span></b><span
style="font-size:11pt"> + 32 (0)2 541 32 98</span></p>
<span style="font-size:11pt"></span>
<p><b><span style="font-size:11pt">M:</span></b><span
style="font-size:11pt">
<a class="moz-txt-link-abbreviated" href="mailto:sebastien.penninckx@bordet.be">sebastien.penninckx@bordet.be</a></span></p>
<span style="font-size:11pt"></span>
<p><span style="font-size:8pt"></span><br>
<span style="font-size:11pt"></span></p>
<span style="font-size:11pt"></span>
<p><b><span style="font-size:12pt">Institut Jules Bordet</span></b><br>
<span style="font-size:11pt">1, Rue Héger Bordet -
1000 Brussels</span></p>
<span style="font-size:11pt"></span>
<p><span style="font-size:11pt">Belgium</span><br>
</p>
<p><br>
</p>
</div>
</div>
</div>
<hr style="display:inline-block;width:98%" tabindex="-1">
<div id="divRplyFwdMsg" dir="ltr"><font style="font-size:11pt"
face="Calibri, sans-serif" color="#000000"><b>De :</b>
Thomas BAUDIER <a class="moz-txt-link-rfc2396E" href="mailto:thomas.baudier@creatis.insa-lyon.fr"><thomas.baudier@creatis.insa-lyon.fr></a><br>
<b>Envoyé :</b> mardi 24 août 2021 16:40:10<br>
<b>À :</b> Penninckx Sebastien<br>
<b>Objet :</b> Re: Gate version docker</font>
<div> </div>
</div>
<div>Bonjour Sébastien,<br>
<br>
Non, les macro ne sont pas insérés dans l'image. L'image
Docker de Gate est équivalente à une installation de Gate,
il n'y a rien de plus.<br>
<br>
Pour avoir les macros, tu peux les télécharger en suivant
les liens de David (directement ou via git). Tu mets les
dossiers mac, data et output dans un répertoire de ton ordi
(par exemple: ~/exempleGate).<br>
<br>
Maintenant tu n'as plus qu'à faire:<br>
cd ~/exempleGate<code style="font-size:13.6px;
border-radius:6px; margin:0px; padding:0.2em 0.4em"><br>
docker run -i --rm -v $PWD:/APP opengatecollaboration/gate
mac/main.mac</code><code style="font-size:13.6px;
border-radius:6px; margin:0px; padding:0.2em 0.4em"><br>
<br>
Bonne journée<br>
Thomas<br>
</code><br>
<div class="moz-cite-prefix">On 24/08/2021 10:22, Penninckx
Sebastien wrote:<br>
</div>
<blockquote type="cite"
cite="mid:1be1cf7e-33af-bcaf-a1ce-fea2599e55ec@bordet.be">
<style type="text/css" style="display:none;">P {margin-top:0;margin-bottom:0;}</style>
<div id="divtagdefaultwrapper"
style="font-size:12pt;color:#000000;font-family:Calibri,Helvetica,sans-serif;"
dir="ltr">
<p>Bonjour Thomas,<br>
<br>
Merci pour ta réponse.<br>
Pour commencer avec Gate, on pensait utiliser
directement les fameux exemples.<br>
Les exemples (disponibles via le lien que David a
envoyé) sont il déjà installé dans le Docker ?
<br>
Dans l'affirmative, pourrais tu nous indiquer où ils
se trouvent car nous n'avons rien trouvé en cherchant
de notre côté.</p>
<p><br>
</p>
<p>Si il faut les insérer nous-mêmes, peux tu nous
indiquer la marche à suivre pour y arriver ?<br>
<br>
Merci d'avance pour ton aide<br>
<br>
Sebastien</p>
<p><br>
<br>
</p>
<div class="moz-cite-prefix">On 23/08/2021 15:26, Thomas
BAUDIER wrote:<br>
</div>
<blockquote type="cite">Bonjour Nick,<br>
<br>
Pour démarrer l'image Gate sur Docker tu peux faire
ceci:<code style="font-size:13.6px; border-radius:6px;
margin:0px; padding:0.2em 0.4em"><br>
<br>
docker run -i --rm -v $PWD:/APP
opengatecollaboration/gate mac/main.mac</code><code
style="font-size:13.6px; border-radius:6px;
margin:0px; padding:0.2em 0.4em"><br>
<br>
Il y a un peu plus d'info sur cette page:<br>
<a class="moz-txt-link-freetext"
href="https://github.com/OpenGATE/Gate/tree/develop/source/docker"
id="LPlnk615807" previewremoved="true"
moz-do-not-send="true">https://github.com/OpenGATE/Gate/tree/develop/source/docker</a></code><font
face="Helvetica, Arial, sans-serif"><code
style="font-size:13.6px; border-radius:6px;
margin:0px; padding:0.2em 0.4em"><br>
<br>
pour les options de docker run:<br>
-i: mode interactif<br>
-v </code></font><font face="Helvetica, Arial,
sans-serif"><code style="font-size:13.6px;
border-radius:6px; margin:0px; padding:0.2em
0.4em"><code style="font-size:13.6px;
border-radius:6px; margin:0px; padding:0.2em
0.4em">$PWD:/APP</code></code><code
style="font-size:13.6px; border-radius:6px;
margin:0px; padding:0.2em 0.4em"></code>: monte le
chemin courant dans le disque virtuel APP de docker</font><font
face="Helvetica, Arial, sans-serif"><code
style="font-size:13.6px; border-radius:6px;
margin:0px; padding:0.2em 0.4em"><br>
opengatecollaboration/gate: image utilisée</code></font><font
face="Helvetica, Arial, sans-serif"><code
style="font-size:13.6px; border-radius:6px;
margin:0px; padding:0.2em 0.4em"><code
style="font-size:13.6px; border-radius:6px;
margin:0px; padding:0.2em 0.4em"><br>
mac/main.mac</code><code
style="font-size:13.6px; border-radius:6px;
margin:0px; padding:0.2em 0.4em">: chemin vers
la macro à lancer<br>
<br>
N'hésite pas si tu as d'autres questions.<br>
<br>
Bonne journée<br>
Thomas<br>
</code></code></font>
<div class="moz-cite-prefix">On 23/08/2021 11:38,
Reynaert Nick wrote:<br>
</div>
<blockquote type="cite">
<div id="divtagdefaultwrapper" dir="ltr" style="">
<p>merci David. Oui on a utiliser ce document et
l'installation même était parfait. Mais
maintenant pour l'utilisation concrète, on
pensait (Sebastien que j'ai mis en copie et
moi) de commencer avec l'exemple carbon-12 car
c'est pour ça qu'on voudrait l'utiliser car j'ai
un projet avec IBA. Mais on ne trouve pas les
exemples ... C'est probablement très bête ...
Mais voilà :-). Vous avez un idée Thomas ? Un
grand merci d'avance !!</p>
<p><br>
</p>
<p>Bien à vous,</p>
<p><br>
</p>
<p>Nick<br>
</p>
<br>
<br>
<div style="color:rgb(0,0,0)">
<hr tabindex="-1" style="display:inline-block;
width:98%">
<div id="divRplyFwdMsg" dir="ltr"><font
style="font-size:11pt" face="Calibri,
sans-serif" color="#000000"><b>From:</b>
David Sarrut
<a class="moz-txt-link-rfc2396E"
href="mailto:David.Sarrut@creatis.insa-lyon.fr"
moz-do-not-send="true">
<David.Sarrut@creatis.insa-lyon.fr></a><br>
<b>Sent:</b> Monday, August 23, 2021 9:21 AM<br>
<b>To:</b> Reynaert Nick; Thomas Baudier<br>
<b>Subject:</b> Re: Gate version docker</font>
<div> </div>
</div>
<div>
<div dir="ltr">
<div dir="ltr">Salut Nick,
<div><br>
</div>
<div>tout roule, j'ai commencé la thèse de
Kévin, mais pas terminé encore, je
rentre tout juste de vacances ;)</div>
<div><br>
</div>
<div>Pour Docker, je ne l'utilise pas
personnellement, donc je n'ai pas grande
expérience. Tu peux trouver quelques
infos dans la doc: </div>
<div><a
href="https://opengate.readthedocs.io/en/latest/docker_gate.html"
id="LPlnk993253" previewremoved="true"
moz-do-not-send="true">https://opengate.readthedocs.io/en/latest/docker_gate.html</a><br>
</div>
<div><br>
</div>
<div>et je rajoute Thomas en copie qui
connaît beaucoup mieux, il pourra
probablement te guider.</div>
<div><br>
</div>
<div>à bientôt, </div>
<div>David</div>
</div>
<br>
<div class="gmail_quote">
<div dir="ltr" class="gmail_attr">On Thu,
Aug 19, 2021 at 11:20 AM Reynaert Nick
<<a
href="mailto:nick.reynaert@bordet.be"
moz-do-not-send="true">nick.reynaert@bordet.be</a>>
wrote:<br>
</div>
<blockquote class="gmail_quote"
style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;
border-left:1px solid rgb(204,204,204);
padding-left:1ex">
<div dir="ltr">
<div
id="gmail-m_2876630978222492907divtagdefaultwrapper"
dir="ltr" style="">
<p>Bonjour David,</p>
<p><br>
</p>
<p>Tout va bien ? Déjà lu la thèse
de Kévin <span>😊</span>?</p>
<p><br>
</p>
<p>Autre question: on est en train
d'essayer d'utiliser la version
docker de Gate. Le truc c'est bien
installé (je pense) mais après on
a du mal à l'utiliser car c'est
comme il n'y pas les exemples
disponibles ? Une fois que le
docker est installé je suppose
qu'il ne faut plus lancer les
exécutables d'installation dispo
dans les répertoires cern, genat4
et gate ? Il y a une explication
plus détaillé dispo de comment
utiliser la version docker ?</p>
<p><br>
</p>
<p>Mes excuses de vous embêter avec
ça mais on est vraiment bloqué ...</p>
<p><br>
</p>
<p>Un grand merci d'avance,</p>
<p><br>
</p>
<p>amicalement,</p>
<p><br>
</p>
<p>Nick<br>
</p>
</div>
Disclaimer : <a
href="http://www.bordet.be/disclaimer/disclaimer.html"
target="_blank"
moz-do-not-send="true">
http://www.bordet.be/disclaimer/disclaimer.html</a> </div>
</blockquote>
</div>
<br clear="all">
<div><br>
</div>
-- <br>
<div dir="ltr" class="gmail_signature">
<div dir="ltr">
<div>
<div dir="ltr">
<div>
<div dir="ltr">David Sarrut, Phd<br>
Directeur de recherche CNRS<br>
CREATIS, UMR CNRS 5220, Inserm
U1294
<div>Centre de lutte contre le
cancer Léon Bérard<br>
28 rue Laënnec, 69373 Lyon
cedex 08<br>
Tel : 04 78 78 51 51 / 06 74
72 05 42<br>
<a
href="http://www.creatis.insa-lyon.fr/~dsarrut"
target="_blank"
moz-do-not-send="true">http://dsarrut.github.io</a><br>
_________________________________</div>
<div> "2 + 2 = 5, for extremely
large values of 2"<br>
_________________________________</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
Disclaimer : <a class="moz-txt-link-freetext"
href="http://www.bordet.be/disclaimer/disclaimer.html"
moz-do-not-send="true">
http://www.bordet.be/disclaimer/disclaimer.html</a>
</blockquote>
<br>
</blockquote>
</div>
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href="http://www.bordet.be/disclaimer/disclaimer.html"
moz-do-not-send="true">
http://www.bordet.be/disclaimer/disclaimer.html</a> </blockquote>
<br>
</div>
</div>
</div>
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</blockquote>
<br>
</body>
</html>