[Gate-users] comparison between mathematical and voxelized geometry

[Chiavassa Sophie]

Hi,

Discrepancies observed in our example between mathematical and voxelized geometry were due to a wrong definition of water material in our Schneider material file.
Water was defined by fractions : O 33,3.. % et H 66,6...%
but have to be defined by mass fraction : 88.8% O and 11.2% H.

Apologies for this mistake and thanks for your help

Sophie Chiavassa


De : Yann PERROT [mailto:perrot at clermont.in2p3.fr]
Envoyé : jeudi 23 mai 2013 17:36
À : Chiavassa Sophie
Cc : David.Sarrut at creatis.insa-lyon.fr; François Smekens; Delpon Gregory; chloeherve at hotmail.fr
Objet : Re: [Gate-users] comparison between mathematical and voxelized geometry

Bonjour Sophie,

A mon avis, la différence des cuts que tu observes vient du fait que l'eau n'est pas définie de la même façon dans les deux macros:

- cuve mathématique:
    Water est utilisé, défini par le nombre d'éléments 2 H et 1 O

- cuve voxelisée:
    Water_4 est utilisé, défini par les fractions : O 33,3.. % et H 66,6...%
    Mais attention, là il faut la fraction massique des éléments soit 88.8% pour l'oxygène et 11.2% pour l'hydrogène.
    En modifiant cela tu devrais retomber sur les 33 keV pour un cut de 20 µm.

Est-ce que du coup les différences observées ne viendraient pas de cette différence de matériau, avec beaucoup trop d'hydrogène dans la cuve voxelisée?

Pour tes autres question:

- La step function concerne l'ionisation. Fixer "0.2 0.1 mm" signifie qu'un électron ayant un parcours supérieur à 100 µm ne peut pas perdre lors d'une ionisation plus de 20% de son énergie cinétique.
- Le Step Limiter est aussi appelé Step Max. Cela consiste à imposer une taille de step maximale afin d'assurer un nombre certain de steps dans une géométrie.


Tiens moi au courant.

A+

Yann
Le 23/05/2013 14:52, Chiavassa Sophie a écrit :
Bonjour,

Je pense que François pourrait nous aider grandement sur ces problèmes car c'est plus un problème de méconnaissance des subtilités de Gate de notre part.

Je vais essayer d'être le plus simple possible dans mes explications .
Voici en pièce jointe les 2 simulations.
Elles sont très simples :

-          Source monoE sphérique 50 keV

-          Cuve eau mathématique d'une part et voxélisée d'autre part

-          Dose actor, physique, graine, nb part identiques

Egalement la comparaison entre les 2 résultats (feuille excel).

Nous avons affiché des infos sur le suivi des particules (/run/verbose 2).
Nous avons mis en entrée des Cut e- en distances de 0.02 mm pour les 2 simus.
Nous obtenons dans l'eau des énergies de coupures correspondantes différentes pour les 2 simus ! (cf fichier CUTenergie.docx)
Ça nous parait anormal, non ?

J'aurai aussi besoin d' explications concernant le Step function et le Step Limiter.

Voilà, j'espère que vous pourrez nous aider la dessus.

A+

Sophie



De : david.sarrut at gmail.com<mailto:david.sarrut at gmail.com> [mailto:david.sarrut at gmail.com] De la part de David Sarrut
Envoyé : mercredi 22 mai 2013 15:20
À : Yann PERROT
Cc : Chiavassa Sophie; François Smekens
Objet : Re: [Gate-users] comparison between mathematical and voxelized geometry

Bonjour Sophie,

problème en effet ! Il faut regarder attentivement pour voir, c'est un cas important à résoudre. François pourra tu l'aider stp ?

est ce que tu suis les e- ? Dans le cas 1 (math volume), il n'y pas d'interfaces alors que dans le cas deux il y en a entre les voxels, ce qui change un peu la donne.

bonne idée également de Yann : vérifier la dose intégrale.

A+
David


On Wed, May 22, 2013 at 2:57 PM, Yann PERROT <perrot at clermont.in2p3.fr<mailto:perrot at clermont.in2p3.fr>> wrote:
Hi Sophie,

Did you try to check the energy conservation with particles totally absorbed in the water tank (e.g. 5 keV electrons) ?

Yann
Le 22/05/2013 12:19, Chiavassa Sophie a écrit :
Hi,
I performed two simple simulations (see main.mac):

-          Spherical monoenergetic source of photons (50 keV) in a water tank (20x20x20 cm)

-          Dose actor Volume attached to the water tank and a resolution of 100 100 100 (voxel size = 2x2x2 mm3)

-          Same physic.mac (see physics.mac) and same number of particles

*  Simulation1 = mathematical water tank (box)

*  Simulation 2 = voxelized water tank (image analyse)

Relative results are identical (relative-comparison.jpg) but absolute results present significant discrepancies (absolute-comparison.jpg), although the number of initial particles is the same for the two simulations.

Someone could explain that ?
Thanks

Sophie Chiavassa
Radiophysicienne
Service de physique médicale
Centre de Lutte Contre le Cancer Nantes Atlantiques -
René Gauducheau
Site Hospitalier Nord Bd J. Monod
44805 ST HERBLAIN CEDEX
0240679963<tel:0240679963>
 [cid:193052914 at 09082012-3151]




_______________________________________________

Gate-users mailing list

Gate-users at lists.opengatecollaboration.org<mailto:Gate-users at lists.opengatecollaboration.org>

http://lists.opengatecollaboration.org/mailman/listinfo/gate-users

_______________________________________________
Gate-users mailing list
Gate-users at lists.opengatecollaboration.org<mailto:Gate-users at lists.opengatecollaboration.org>
http://lists.opengatecollaboration.org/mailman/listinfo/gate-users



--
David Sarrut, Phd
Chargé de recherche CNRS
CREATIS, UMR CNRS 5220, Inserm U 1044
Centre de lutte contre le cancer Léon Bérard
28 rue Laënnec, 69373 Lyon cedex 08
Tel : 04 78 78 51 51 / 06 74 72 05 42
http://www.creatis.insa-lyon.fr/~dsarrut<http://www.creatis.insa-lyon.fr/%7Edsarrut>
_________________________________
 "2 + 2 = 5,  for extremely large values of 2"
_________________________________
-------------- next part --------------
An HTML attachment was scrubbed...
URL: <http://lists.opengatecollaboration.org/mailman/private/gate-users/attachments/20130528/c132650c/attachment-0001.html>
-------------- next part --------------
A non-text attachment was scrubbed...
Name: image001.jpg
Type: image/jpeg
Size: 13299 bytes
Desc: image001.jpg
URL: <http://lists.opengatecollaboration.org/mailman/private/gate-users/attachments/20130528/c132650c/attachment-0001.jpg>