<div dir="ltr">Hi Juan,<div><br></div><div>I appreciate your help very much. I might not explain my problem clearly in my original post. What I wanted to do were two steps: </div><div><br></div><div>(1)  place the cylindrical phantom upright (the default position is along z-axis which is horizontal), ie, rotate around x-axis by 90 degree to align it with y-axis (vertical)</div><div><br></div><div>/gate/waterCylinder/placement/setRotationAxis 1 0 0<br>/gate/waterCylinder/placement/setRotationAngle 90. deg<br></div><div><br></div><div>(2) Move the phantom by rotating around y-axis in world coordinate (in the phantom coordinate still z-axis, that's why in the generic move the rotation axis was 0 0 1) by 1 degree/second</div><div>Time s<br>Rotation deg<br>Translation mm<br><br>0 0 0 0 1 0 0 0<br>1 1 0 0 1 0 0 0<br>2 2 0 0 1 0 0 0<br>3 3 0 0 1 0 0 0<br>4 4 0 0 1 0 0 0<br></div><div>...</div><div><br></div><div>But what you suggested was to do step (2) around the x-axis and that was not what I wanted. I hope I stated my problem clearly this time. Thanks.</div><div><br></div><div>Howard</div><div><br></div><div><br></div></div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr" class="gmail_attr">On Thu, Jun 9, 2022 at 3:20 AM Juan Sebastian Useche Parra <<a href="mailto:js.useche10@uniandes.edu.co">js.useche10@uniandes.edu.co</a>> wrote:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex">Hi Howard,<br>
<br>
You are right, the generic move overrides any of the placements for a geometry (up to my knowledge of GATE). So you have to set it to rotate each time it does a general movement. From my understanding, you want to rotate in around the X-axis so the list of placements should look like this:<br>
<br>
###### List of placement (translation and rotation) according to time<br>
###### Column 1      is Time in s (second)<br>
###### Column 2      is rotationAngle in degree<br>
###### Columns 3,4,5 are rotation axis<br>
###### Columns 6,7,8 are translation in mm<br>
<br>
Time s<br>
Rotation deg<br>
Translation mm<br>
<br>
0 0 1 0 0 0 0 0<br>
1 1 1 0 0 0 0 0<br>
<br>
<br>
Hopefully it works<br>
Juan Sebastian Useche<br>
Albert-Ludwigs-Universität Freiburg<br>
Freiburger Materialforschungszentrum (FMF)<br>
Stefan-Meier-Str. 21<br>
79104 Freiburg<br>
Germany<br>
<br>
<br>
<br>
<br>
From: Howard <<a href="mailto:lomahu@gmail.com" target="_blank">lomahu@gmail.com</a>> <br>
Sent: Wednesday, 8 June 2022 17:38<br>
To: Gate-users <<a href="mailto:gate-users@lists.opengatecollaboration.org" target="_blank">gate-users@lists.opengatecollaboration.org</a>><br>
Subject: [Gate-users] Fwd: volume/phantom orientation and generic move<br>
<br>
Hi Gate-users,<br>
<br>
I posted this problem ~ a month ago but received no response. And I still could not figure out what was wrong. Could someone who is familiar with generic move or phantom setup help me out?<br>
Many thanks in advance,<br>
Howard<br>
<br>
---------- Forwarded message ---------<br>
From: Howard <<a href="mailto:lomahu@gmail.com" target="_blank">lomahu@gmail.com</a>><br>
Date: Sun, May 15, 2022 at 12:59 PM<br>
Subject: volume/phantom orientation and generic move<br>
To: Gate-users <<a href="mailto:gate-users@lists.opengatecollaboration.org" target="_blank">gate-users@lists.opengatecollaboration.org</a>><br>
<br>
Hi Gate Users,<br>
<br>
I encountered an issue of the volume/phantom orientation when using generic move. Here is the detail.<br>
<br>
The phantom is rotated upright along the y-axis (vertical direction) using the following script:<br>
<br>
/gate/world/daughters/name waterCylinder<br>
/gate/world/daughters/insert cylinder<br>
/gate/waterCylinder/geometry/setRmin 0. mm<br>
/gate/waterCylinder/geometry/setRmax 8. mm<br>
/gate/waterCylinder/geometry/setHeight 20. mm<br>
/gate/waterCylinder/setMaterial Water<br>
/gate/waterCylinder/vis/forceWireframe<br>
/gate/waterCylinder/vis/setColor cyan<br>
/gate/waterCylinder/placement/setRotationAxis 1 0 0<br>
/gate/waterCylinder/placement/setRotationAngle 90. deg<br>
<br>
1. I could make the rotation around y-axis using the following script. Everything is working well (see the first attached figure).<br>
# Apply a rotation (1 deg/sec) to the cylinder so that it will finally rotate around the Y axis<br>
# Note: the moves commands are applied onto the original orientation of the object (before rotations are applied)<br>
/gate/waterCylinder/moves/insert rotation<br>
/gate/waterCylinder/rotation/setSpeed 1. deg/s<br>
/gate/waterCylinder/rotation/setAxis 0 0 1<br>
<br>
2. If i comment out the three lines above<br>
<br>
#/gate/waterCylinder/moves/insert rotation<br>
#/gate/waterCylinder/rotation/setSpeed 1. deg/s<br>
#/gate/waterCylinder/rotation/setAxis 0 0 1<br>
<br>
and instead use the generic move (see the following script which is placed in a placement file of course), the phantom shows its alignment with the z-axis. In other words, the action around the x-axis to rotate 90 degrees takes no effect. It seems like the generic move overrides the phantom placement action. I cannot think why unless I did not use the generic move correctly<br>
<br>
###### List of placement (translation and rotation) according to time<br>
###### Column 1      is Time in s (second)<br>
###### Column 2      is rotationAngle in degree<br>
###### Columns 3,4,5 are rotation axis<br>
###### Columns 6,7,8 are translation in mm<br>
<br>
Time s<br>
Rotation deg<br>
Translation mm<br>
<br>
0 0 0 0 1 0 0 0<br>
1 1 0 0 1 0 0 0<br>
2 2 0 0 1 0 0 0<br>
3 3 0 0 1 0 0 0 <br>
4 4 0 0 1 0 0 0<br>
5 5 0 0 1 0 0 0<br>
6 6 0 0 1 0 0 0<br>
7 7 0 0 1 0 0 0<br>
8 8 0 0 1 0 0 0 <br>
9 9 0 0 1 0 0 0 <br>
10 10 0 0 1 0 0 0<br>
11 11 0 0 1 0 0 0 <br>
12 12 0 0 1 0 0 0 <br>
...<br>
<br>
Is there a way to fix the issue I am encountering? Many thanks.<br>
<br>
Howard<br>
<br>
</blockquote></div>