<div dir="ltr">Hi Atiq,<div><br></div><div>I think you can track back to this thread in the GATE archive, which I asked about one year ago,</div><div><a href="http://lists.opengatecollaboration.org/pipermail/gate-users/2021-March/012344.html">http://lists.opengatecollaboration.org/pipermail/gate-users/2021-March/012344.html</a><br></div><div><br></div><div>And I think the solution is the same for CT-based phantom and other voxelized phantoms like I used before. Thanks to Arpad's suggestion, the issue was solved for my phantom, and here follows an example:</div><div>This is the original phantom translation macro:</div><div>=============================</div><div>/gate/world/daughters/name hof_brain<br>/gate/world/daughters/insert ImageRegularParametrisedVolume<br>/gate/hof_brain/geometry/setImage /home/goldan/Desktop/share/phantom.hdr<br>/gate/hof_brain/geometry/setRangeToMaterialFile /home/goldan/Desktop/share/Range.dat<br><br>/gate/hof_brain/placement/setTranslation  0. 100. 0. mm<br>/gate/hof_brain/placement/setRotationAxis 0 0 1<br>/gate/hof_brain/placement/setRotationAngle 90 deg</div><div>=============================<br><div><br></div><div>And here is the modified macro based on Arpad's suggestion:</div><div>=============================</div><div>/gate/world/daughters/name Mbox<br>/gate/world/daughters/insert box<br>/gate/Mbox/placement/setTranslation   0.0 0.0 0.0 mm<br>/gate/Mbox/geometry/setXLength        256.0 mm<br>/gate/Mbox/geometry/setYLength        256.0 mm<br>/gate/Mbox/geometry/setZLength        486.0 mm<br>/gate/Mbox/setMaterial                Air<br><br>/gate/Mbox/daughters/name hof_brain<br>/gate/Mbox/daughters/insert ImageRegularParametrisedVolume<br>/gate/hof_brain/geometry/setImage /home/goldan/Desktop/share/phantom.hdr<br>/gate/hof_brain/geometry/setRangeToMaterialFile /home/goldan/Desktop/share/Range.dat<br><br>/gate/Mbox/placement/setTranslation  0. 100. 0. mm<br>/gate/Mbox/placement/setRotationAxis 0 0 1<br>/gate/Mbox/placement/setRotationAngle 90 deg<br></div><div>==============================</div><div><br></div><div>Hope this helps!</div><div><br></div><div>Best,</div><div><br></div></div></div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr" class="gmail_attr">On Sun, Jun 5, 2022 at 11:11 PM Atiq Ur Rahman <<a href="mailto:atiqchep@gmail.com">atiqchep@gmail.com</a>> wrote:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex"><div dir="ltr"><font style="vertical-align:inherit"><font style="vertical-align:inherit">Dear users,</font></font><div><font style="vertical-align:inherit"><font style="vertical-align:inherit">I am using some CT in vgate version-9.1. When I define and rotate the CT in the gate using the commands given below, the old CT still stays there. In the visualization, I can clearly see the original non-rotated and new rotated ct both. And I only define CT once. </font></font></div><div><b><font color="#ff0000"><font style="vertical-align:inherit"><font style="vertical-align:inherit">/gate/world/daughters/name                       Volume</font></font><br><font style="vertical-align:inherit"><font style="vertical-align:inherit">/gate/world/daughters/insert     ImageNestedParametrisedVolume </font></font></font></b></div><div><b><font color="#ff0000"><font style="vertical-align:inherit"><font style="vertical-align:inherit">/gate/Volume/geometry/</font></font><font style="vertical-align:inherit"><font style="vertical-align:inherit">setHUToMaterialFile  conversion.txt  </font></font><br></font></b></div><div><b><font color="#ff0000"><font style="vertical-align:inherit"><font style="vertical-align:inherit">/gate/Volume/geometry/</font></font><font style="vertical-align:inherit"><font style="vertical-align:inherit">setImage  dcm/1.dcm</font></font><br></font></b></div><div><b><font color="#ff0000"><font style="vertical-align:inherit"><font style="vertical-align:inherit"> /gate/Volume/placement/</font></font><font style="vertical-align:inherit"><font style="vertical-align:inherit">setRotationAxis          0 1 0</font></font></font></b></div><b><font color="#ff0000"><font style="vertical-align:inherit"><font style="vertical-align:inherit">/gate/Volume/placement/</font></font><font style="vertical-align:inherit"><font style="vertical-align:inherit">setRotationAngle         90 deg</font></font></font></b><br><div><font style="vertical-align:inherit"><font style="vertical-align:inherit"> Do you have any idea what is going on and how can I get rid of this issue? </font></font></div><div><font style="vertical-align:inherit"><font style="vertical-align:inherit">Your help will be highly appreciated. Actually, I have tried a lot to solve it but did not succeed. </font></font></div><div><font style="vertical-align:inherit"><font style="vertical-align:inherit">Regards</font></font></div><font color="#888888"><div><font style="vertical-align:inherit"><font style="vertical-align:inherit">Atiq</font></font></div></font></div>
_______________________________________________<br>
Gate-users mailing list<br>
<a href="mailto:Gate-users@lists.opengatecollaboration.org" target="_blank">Gate-users@lists.opengatecollaboration.org</a><br>
<a href="http://lists.opengatecollaboration.org/mailman/listinfo/gate-users" rel="noreferrer" target="_blank">http://lists.opengatecollaboration.org/mailman/listinfo/gate-users</a></blockquote></div><br clear="all"><div><br></div>-- <br><div dir="ltr" class="gmail_signature"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div><b><font color="#000000">....................................................</font></b><br></div><div><b><span style="color:rgb(153,0,0);font-family:"arial black",sans-serif;font-size:x-small">Xinjie Cao</span></b><br></div><div><b><font size="1" face="arial black, sans-serif">M.Eng. / Ph.D. Candidate</font></b></div><div><b><font size="1" face="arial black, sans-serif">Research Project Assistant</font></b></div><div><b><font size="1" face="arial black, sans-serif">Department of Electrical and Computer Engineering & Radiology </font></b></div><div><b><font size="1" face="arial black, sans-serif">Novel Medical Imaging Technologies Lab</font></b></div><div><b><font size="1" face="arial black, sans-serif">Health Science Center Level 8</font></b></div><div><b><font size="1" face="arial black, sans-serif">Stony Brook, NY 11794-8460 </font></b></div><div><b><font size="1" face="arial black, sans-serif">Tel: +1 (631)202-9445</font></b></div><div><a href="https://you.stonybrook.edu/goldan/people/" target="_blank">you.stonybrook.edu/goldan/people/</a><b><font size="1" face="arial black, sans-serif"><br></font></b></div><div><font size="1" face="arial black, sans-serif"><b>email: </b><a href="mailto:xinjie.cao@stonybrook.edu" target="_blank"><b>xinjie.cao@stonybroo</b>k.edu</a></font></div><div><font size="1" face="arial black, sans-serif"><br></font></div><div><font size="1" face="arial black, sans-serif"> </font><img width="200" height="28" src="https://ci3.googleusercontent.com/mail-sig/AIorK4zbeipzyBFSZ_EMempE_6fiQ57ZHsdp5aqt3ncGikeYpWWYTkCMdY-ngmMoiCNfGTlkET42MLc">   <img width="200" height="33" src="https://ci3.googleusercontent.com/mail-sig/AIorK4zY-sfgGNj981ty27s3Yc5mAdKxuZAD1f8fu1OWciZTfWknZ2mNvwYsSaMc_L9TqWFvOuDClUQ"></div><div><div><b><font color="#000000">....................................................</font></b></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div>