<div dir="ltr">If you are doing any real experiments with the Hoffman brain phantom, I believe you can get the original digital version of the phantom image from the manufacturer, and then you can convert it to the specific format for simulations. And that should be exactly the same version as the physical one you are using for experiments, no matter in size or resolution.<div><br></div><div>Best,</div><div>Xinjie</div></div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr" class="gmail_attr">On Thu, Mar 24, 2022 at 10:29 AM Daniel Bonifacio <<a href="mailto:daniel.bonifacio@ipen.br">daniel.bonifacio@ipen.br</a>> wrote:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex"><div dir="ltr">Hi Xinjie,<div><br></div><div>Thanks for your reply. I saw these options as well, but the Hoffman phantom would be nice because it could be validated with the physical version. By the way, the Sim-PET project also seems interesting:</div><div><a href="https://aapm.onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1002/mp.14838" target="_blank">https://aapm.onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1002/mp.14838</a><br></div><div><a href="https://sourceforge.net/projects/simpet/files/Generated_datasets/" target="_blank">https://sourceforge.net/projects/simpet/files/Generated_datasets/</a><br></div><div><a href="http://www.sim-pet.org/" target="_blank">http://www.sim-pet.org/</a><br></div><div><br></div><div>Regards,<br></div><div><div><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div>-- </div><div>Daniel Alexandre B. Bonifacio, D.Sc.</div><div>Nuclear and Energy Research Institute / Brazilian Nuclear Energy Commission (IPEN/CNEN)</div><div>Avenida Lineu Prestes, 2242, Cidade Universitária, São Paulo - SP - Brazil CEP 05508-000</div><div>phone: +55 11 28101666 cel.:+55 21 986451441</div></div></div></div><br></div></div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr" class="gmail_attr">On Thu, Mar 24, 2022 at 3:09 PM Xinjie Cao <<a href="mailto:xinjie.cao@stonybrook.edu" target="_blank">xinjie.cao@stonybrook.edu</a>> wrote:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex"><div dir="ltr">Hi Daniel,<div><br></div><div>Since several guys emailed me for looking for a phantom. I am responding to the mailing list in case there are other guys who are interested in getting a phantom to initiate the research. For the beginner, I recommend the Zubal brain phantom as follows,</div><div><a href="https://noodle.med.yale.edu/zubal/" target="_blank">https://noodle.med.yale.edu/zubal/</a><br></div><div>The Zubal phantom is pretty good but a bit old, so some details are not included if you want to do more.</div><div><br></div><div>And for advanced simulation, I recommend XCAT phantom which includes more details as follows,</div><div><a href="https://otc.duke.edu/industry-investors/available-technologies/xcat/" target="_blank">https://otc.duke.edu/industry-investors/available-technologies/xcat/</a><br></div><div><br></div><div>Also, one of the Gaters sent me another link about very high-resolution Brain Images/volumes (up to 100um) which might be useful for you too, the link is below,</div><div><a href="https://bigbrain.loris.ca/main.php" target="_blank">https://bigbrain.loris.ca/main.php</a><br></div><div><br></div><div>Hope this helps!</div><div><br></div><div>Best,</div><div>Xinjie</div><div><br></div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr" class="gmail_attr">On Wed, Mar 23, 2022 at 8:34 AM Daniel Bonifacio <<a href="mailto:daniel.bonifacio@ipen.br" target="_blank">daniel.bonifacio@ipen.br</a>> wrote:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex"><div dir="ltr"><div>Dear Xinjie,</div><div><br></div><div>I saw your post about the digital version of the Hoffman Brain phantom at the GATE's user list:</div><div><a href="http://lists.opengatecollaboration.org/pipermail/gate-users/2020-June/011715.html" target="_blank">http://lists.opengatecollaboration.org/pipermail/gate-users/2020-June/011715.html</a><br></div><div><br></div><div>Did you find this phantom or are you using another one?</div><div><br></div><div>I want to use it for GATE simulations as well.</div><div><br></div>Regards,<br clear="all"><div><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div>-- </div><div>Daniel Alexandre B. Bonifacio, D.Sc.</div><div>Nuclear and Energy Research Institute / Brazilian Nuclear Energy Commission (IPEN/CNEN)</div><div>Avenida Lineu Prestes, 2242, Cidade Universitária, São Paulo - SP - Brazil CEP 05508-000</div><div>phone: +55 11 28101666 cel.:+55 21 986451441</div></div></div></div></div>
</blockquote></div><br clear="all"><div><br></div>-- <br><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div><b><font color="#000000">....................................................</font></b><br></div><div><b><span style="color:rgb(153,0,0);font-family:"arial black",sans-serif;font-size:x-small">Xinjie Cao</span></b><br></div><div><b><font size="1" face="arial black, sans-serif">M.Eng. / Ph.D. Candidate</font></b></div><div><b><font size="1" face="arial black, sans-serif">Research Project Assistant</font></b></div><div><b><font size="1" face="arial black, sans-serif">Department of Electrical and Computer Engineering & Radiology </font></b></div><div><b><font size="1" face="arial black, sans-serif">Novel Medical Imaging Technologies Lab</font></b></div><div><b><font size="1" face="arial black, sans-serif">Health Science Center Level 8</font></b></div><div><b><font size="1" face="arial black, sans-serif">Stony Brook, NY 11794-8460 </font></b></div><div><b><font size="1" face="arial black, sans-serif">Tel: +1 (631)202-9445</font></b></div><div><a href="https://you.stonybrook.edu/goldan/people/" target="_blank">you.stonybrook.edu/goldan/people/</a><b><font size="1" face="arial black, sans-serif"><br></font></b></div><div><font size="1" face="arial black, sans-serif"><b>email: </b><a href="mailto:xinjie.cao@stonybrook.edu" target="_blank"><b>xinjie.cao@stonybroo</b>k.edu</a></font></div><div><font size="1" face="arial black, sans-serif"><br></font></div><div><font size="1" face="arial black, sans-serif"> </font><img src="https://docs.google.com/uc?export=download&id=12iMPAuaMtpKRdkcmBleVsP6iWiM4wlm_&revid=0B_TLWOu4jP1eWnFFRW9qQXlicTY3ZTVzWnR5QkRVY3RRT3JVPQ" width="200" height="28">   <img src="https://drive.google.com/a/stonybrook.edu/uc?id=17TB1Ha3enD8HC5e_Ez238vpeBF92aCgH&export=download" width="200" height="33"></div><div><div><b><font color="#000000">....................................................</font></b></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div>
</blockquote></div>
</blockquote></div><br clear="all"><div><br></div>-- <br><div dir="ltr" class="gmail_signature"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div><b><font color="#000000">....................................................</font></b><br></div><div><b><span style="color:rgb(153,0,0);font-family:"arial black",sans-serif;font-size:x-small">Xinjie Cao</span></b><br></div><div><b><font size="1" face="arial black, sans-serif">M.Eng. / Ph.D. Candidate</font></b></div><div><b><font size="1" face="arial black, sans-serif">Research Project Assistant</font></b></div><div><b><font size="1" face="arial black, sans-serif">Department of Electrical and Computer Engineering & Radiology </font></b></div><div><b><font size="1" face="arial black, sans-serif">Novel Medical Imaging Technologies Lab</font></b></div><div><b><font size="1" face="arial black, sans-serif">Health Science Center Level 8</font></b></div><div><b><font size="1" face="arial black, sans-serif">Stony Brook, NY 11794-8460 </font></b></div><div><b><font size="1" face="arial black, sans-serif">Tel: +1 (631)202-9445</font></b></div><div><a href="https://you.stonybrook.edu/goldan/people/" target="_blank">you.stonybrook.edu/goldan/people/</a><b><font size="1" face="arial black, sans-serif"><br></font></b></div><div><font size="1" face="arial black, sans-serif"><b>email: </b><a href="mailto:xinjie.cao@stonybrook.edu" target="_blank"><b>xinjie.cao@stonybroo</b>k.edu</a></font></div><div><font size="1" face="arial black, sans-serif"><br></font></div><div><font size="1" face="arial black, sans-serif"> </font><img src="https://docs.google.com/uc?export=download&id=12iMPAuaMtpKRdkcmBleVsP6iWiM4wlm_&revid=0B_TLWOu4jP1eWnFFRW9qQXlicTY3ZTVzWnR5QkRVY3RRT3JVPQ" width="200" height="28">   <img src="https://drive.google.com/a/stonybrook.edu/uc?id=17TB1Ha3enD8HC5e_Ez238vpeBF92aCgH&export=download" width="200" height="33"></div><div><div><b><font color="#000000">....................................................</font></b></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div>