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<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=utf-8">

</head>

<body style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; line-break: after-white-space;" class="">

That’s great!

<div class=""><br class="">

</div>

<div class="">Best regards,</div>

<div class="">David<br class="">

<div><br class="">

<blockquote type="cite" class="">

<div class="">On 21 Mar2022, at 16:06, BAKER, Mark (THE CLATTERBRIDGE CANCER CENTRE NHS FOUNDATION TRUST) <<a href="mailto:mark.baker23@nhs.net" class="">mark.baker23@nhs.net</a>> wrote:</div>

<br class="Apple-interchange-newline">

<div class="">

<div class="WordSection1" style="page: WordSection1; caret-color: rgb(0, 0, 0); font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; text-decoration: none;">

<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: "Times New Roman", serif;" class="">

<span style="font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; color: rgb(31, 73, 125);" class="">Hi David<o:p class=""></o:p></span></div>

<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: "Times New Roman", serif;" class="">

<span style="font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; color: rgb(31, 73, 125);" class=""><o:p class=""> </o:p></span></div>

<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: "Times New Roman", serif;" class="">

<span style="font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; color: rgb(31, 73, 125);" class="">Thank you very much for your help, setting it to a string and then evaluating the string has worked perfectly (at least up to yet), the variables are then unpacked

 into their values and then Gate runs with these values fine.<o:p class=""></o:p></span></div>

<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: "Times New Roman", serif;" class="">

<span style="font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; color: rgb(31, 73, 125);" class=""><o:p class=""> </o:p></span></div>

<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: "Times New Roman", serif;" class="">

<span style="font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; color: rgb(31, 73, 125);" class="">Thank you for your help<o:p class=""></o:p></span></div>

<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: "Times New Roman", serif;" class="">

<span style="font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; color: rgb(31, 73, 125);" class=""><o:p class=""> </o:p></span></div>

<div class="">

<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: "Times New Roman", serif;" class="">

<b class=""><span style="font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; color: rgb(0, 104, 113);" class="">Mark Baker<o:p class=""></o:p></span></b></div>

<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: "Times New Roman", serif;" class="">

<span style="font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; color: rgb(0, 104, 113);" class="">Principal Clinical Scientist (Interim)<o:p class=""></o:p></span></div>

<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: "Times New Roman", serif;" class="">

<span style="font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; color: rgb(0, 104, 113);" class="">Imaging Physics (Ionising)<o:p class=""></o:p></span></div>

<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: "Times New Roman", serif;" class="">

<span style="font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; color: rgb(0, 104, 113);" class="">The Clatterbridge Cancer Centre NHS Foundation Trust<o:p class=""></o:p></span></div>

<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: "Times New Roman", serif;" class="">

<i class=""><span style="font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; color: rgb(0, 104, 113);" class="">(he, him)<o:p class=""></o:p></span></i></div>

<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: "Times New Roman", serif;" class="">

<b class=""><span style="font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; color: rgb(0, 104, 113);" class=""><o:p class=""> </o:p></span></b></div>

<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: "Times New Roman", serif;" class="">

<span style="font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; color: rgb(0, 104, 113);" class="">CCCW Tel:  0151 556 5030<o:p class=""></o:p></span></div>

<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: "Times New Roman", serif;" class="">

<span style="font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; color: rgb(0, 104, 113);" class="">CCCL Tel: 0151 318 8438<o:p class=""></o:p></span></div>

<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: "Times New Roman", serif;" class="">

<span style="font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; color: rgb(0, 104, 113);" class="">Email:<span class="Apple-converted-space"> </span></span><span style="font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; color: rgb(68, 114, 196);" class=""><a href="mailto:mark.baker23@nhs.net" style="color: purple; text-decoration: underline;" class=""><span style="color: rgb(68, 114, 196);" class="">mark.baker23@nhs.net</span></a></span><span style="font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; color: rgb(0, 104, 113);" class=""><o:p class=""></o:p></span></div>

<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: "Times New Roman", serif;" class="">

<span style="font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; color: rgb(68, 114, 196);" class=""><a href="https://urldefense.proofpoint.com/v2/url?u=https-3A__teams.microsoft.com_l_chat_0_0-3Fusers-3Dmark.baker23-40nhs.net&d=DwMGaQ&c=XYzUhXBD2cD-CornpT4QE19xOJBbRy-TBPLK0X9U2o8&r=lfXR69GFfS7NT-Wp5HZqbtBDrbYoilDdmNEG7fKW7aM&m=B_Ylj1S9RKuvIsTD-fABNTsJF651jg2C_COuORpAyBs&s=oqnLbhLDK9KbkHzCuseMA4QXuohA3z0gAHpc2kxOI2Q&e=" style="color: purple; text-decoration: underline;" class=""><span style="color: rgb(68, 114, 196);" class="">Microsoft

 Teams (click here)</span></a></span><span style="font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; color: rgb(31, 73, 125);" class=""><o:p class=""></o:p></span></div>

</div>

<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: "Times New Roman", serif;" class="">

<span style="font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; color: rgb(31, 73, 125);" class=""><o:p class=""> </o:p></span></div>

<div class="">

<div style="border-style: solid none none; border-top-width: 1pt; border-top-color: rgb(225, 225, 225); padding: 3pt 0cm 0cm;" class="">

<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: "Times New Roman", serif;" class="">

<b class=""><span lang="EN-US" style="font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">From:</span></b><span lang="EN-US" style="font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class=""><span class="Apple-converted-space"> </span>David Leibold

 <<a href="mailto:D.Leibold@tudelft.nl" style="color: purple; text-decoration: underline;" class="">D.Leibold@tudelft.nl</a>><span class="Apple-converted-space"> </span><br class="">

<b class="">Sent:</b><span class="Apple-converted-space"> </span>21 March 2022 11:29<br class="">

<b class="">To:</b><span class="Apple-converted-space"> </span>BAKER, Mark (THE CLATTERBRIDGE CANCER CENTRE NHS FOUNDATION TRUST) <<a href="mailto:mark.baker23@nhs.net" style="color: purple; text-decoration: underline;" class="">mark.baker23@nhs.net</a>><br class="">

<b class="">Cc:</b><span class="Apple-converted-space"> </span><a href="mailto:gate-users@lists.opengatecollaboration.org" style="color: purple; text-decoration: underline;" class="">gate-users@lists.opengatecollaboration.org</a><br class="">

<b class="">Subject:</b><span class="Apple-converted-space"> </span>Re: [Gate-users] Using parameters for mac files<o:p class=""></o:p></span></div>

</div>

</div>

<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: "Times New Roman", serif;" class="">

<o:p class=""> </o:p></div>

<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: "Times New Roman", serif;" class="">

Hi Mark,<span class="Apple-converted-space"> </span><o:p class=""></o:p></div>

<div class="">

<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: "Times New Roman", serif;" class="">

<o:p class=""> </o:p></div>

</div>

<div class="">

<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: "Times New Roman", serif;" class="">

I don’t think I can be of any more help. The only ways I could think of are trying to bypass your problem. You could for example create a string that contains your Gate command as follows:<o:p class=""></o:p></div>

</div>

<div class="">

<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: "Times New Roman", serif;" class="">

<o:p class=""> </o:p></div>

</div>

<div class="">

<div class="">

<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: "Times New Roman", serif;" class="">

#!/bin/bash<o:p class=""></o:p></div>

</div>

<div class="">

<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: "Times New Roman", serif;" class="">

NumberPrimaries=0<o:p class=""></o:p></div>

</div>

<div class="">

<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: "Times New Roman", serif;" class="">

read -p "Enter your number of primaries: “ NumberPrimaries<o:p class=""></o:p></div>

</div>

<div class="">

<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: "Times New Roman", serif;" class="">

string="Gate –a [Prims,$NumberPrimaries][CTData,data/dcm/CT/br38f.mha][PETData,data/dcm/PT/nomaskPET.mha] mac/main1.mac &”<o:p class=""></o:p></div>

</div>

<div class="">

<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: "Times New Roman", serif;" class="">

echo “$string"<o:p class=""></o:p></div>

</div>

<div class="">

<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: "Times New Roman", serif;" class="">

#eval $string<o:p class=""></o:p></div>

</div>

<div class="">

<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: "Times New Roman", serif;" class="">

<o:p class=""> </o:p></div>

</div>

<div class="">

<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: "Times New Roman", serif;" class="">

In case the output string is correct, uncomment the “eval $string” command. <o:p class=""></o:p></div>

</div>

<div class="">

<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: "Times New Roman", serif;" class="">

<o:p class=""> </o:p></div>

</div>

<div class="">

<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: "Times New Roman", serif;" class="">

Best regards,<o:p class=""></o:p></div>

</div>

<div class="">

<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: "Times New Roman", serif;" class="">

David<o:p class=""></o:p></div>

</div>

<div class="">

<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: "Times New Roman", serif;" class="">

<o:p class=""> </o:p></div>

</div>

<div class="">

<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: "Times New Roman", serif;" class="">

<br class="">

<br class="">

<o:p class=""></o:p></div>

<blockquote style="margin-top: 5pt; margin-bottom: 5pt;" class="">

<div class="">

<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: "Times New Roman", serif;" class="">

On 21 Mar2022, at 11:58, BAKER, Mark (THE CLATTERBRIDGE CANCER CENTRE NHS FOUNDATION TRUST) <<a href="mailto:mark.baker23@nhs.net" style="color: purple; text-decoration: underline;" class="">mark.baker23@nhs.net</a>> wrote:<o:p class=""></o:p></div>

</div>

<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: "Times New Roman", serif;" class="">

<o:p class=""> </o:p></div>

<div class="">

<div class="">

<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: "Times New Roman", serif;" class="">

<span style="font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; color: rgb(31, 73, 125);" class="">Hi David</span><o:p class=""></o:p></div>

</div>

<div class="">

<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: "Times New Roman", serif;" class="">

<span style="font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; color: rgb(31, 73, 125);" class=""> </span><o:p class=""></o:p></div>

</div>

<div class="">

<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: "Times New Roman", serif;" class="">

<span style="font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; color: rgb(31, 73, 125);" class="">Thank you for your reply. I can’t recall exactly what combinations I have tried, so I have just gone through the options below one by one to confirm. I’m currently

 in trouble shoot mode, so my code looks more like this now (concentrating more on just getting one variable (Prims) working for now).</span><o:p class=""></o:p></div>

</div>

<div class="">

<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: "Times New Roman", serif;" class="">

<span style="font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; color: rgb(31, 73, 125);" class=""> </span><o:p class=""></o:p></div>

</div>

<div class="">

<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: "Times New Roman", serif;" class="">

<span style="font-size: 11pt; font-family: "Courier New"; color: rgb(31, 73, 125);" class="">Gate –a [Prims,${NumberPrimaries}][CTData,data/dcm/CT/br38f.mha][PETData,data/dcm/PT/nomaskPET.mha] mac/main1.mac &<span class="apple-converted-space"> </span></span><span style="font-size: 11pt; font-family: "Calibri Light", sans-serif; color: rgb(31, 73, 125);" class="">-no

 spaces as per the bottom solution on github and your example</span><o:p class=""></o:p></div>

</div>

<div class="">

<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: "Times New Roman", serif;" class="">

<span style="font-size: 11pt; font-family: "Courier New"; color: rgb(31, 73, 125);" class=""> </span><o:p class=""></o:p></div>

</div>

<div class="">

<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: "Times New Roman", serif;" class="">

<span style="font-size: 11pt; font-family: "Courier New"; color: rgb(31, 73, 125);" class="">Gate “–a[Prims,${NumberPrimaries}][CTData,data/dcm/CT/br38f.mha][PETData,data/dcm/PT/nomaskPET.mha]” mac/main1.mac &<span class="apple-converted-space"> </span></span><span style="font-size: 11pt; font-family: "Calibri Light", sans-serif; color: rgb(31, 73, 125);" class="">-as

 per the other solution on github, with and without a space between –a and [Prims…]</span><o:p class=""></o:p></div>

</div>

<div class="">

<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: "Times New Roman", serif;" class="">

<span style="font-size: 11pt; font-family: "Courier New"; color: rgb(31, 73, 125);" class=""> </span><o:p class=""></o:p></div>

</div>

<div class="">

<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: "Times New Roman", serif;" class="">

<span style="font-size: 11pt; font-family: "Courier New"; color: rgb(31, 73, 125);" class="">Gate –a “’[Prims,${NumberPrimaries}][CTData,data/dcm/CT/br38f.mha][PETData,data/dcm/PT/nomaskPET.mha]’” mac/main1.mac & - as per Helge’s email below. I wasn’t sure

 if they were ‘ or ` so I tried both. With ` it ignored Prims and errored on CTData (both with the manually typed path and $CTDataFile)</span><o:p class=""></o:p></div>

</div>

<div class="">

<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: "Times New Roman", serif;" class="">

<span style="font-size: 11pt; font-family: "Courier New"; color: rgb(31, 73, 125);" class=""> </span><o:p class=""></o:p></div>

</div>

<div class="">

<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: "Times New Roman", serif;" class="">

<span style="font-size: 11pt; font-family: "Calibri Light", sans-serif; color: rgb(31, 73, 125);" class="">The next examples were effectively me just guessing potential solutions:</span><o:p class=""></o:p></div>

</div>

<div class="">

<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: "Times New Roman", serif;" class="">

<span style="font-size: 11pt; font-family: "Courier New"; color: rgb(31, 73, 125);" class="">Gate –a ‘[Prims,${NumberPrimaries}][CTData,data/dcm/CT/br38f.mha][PETData,data/dcm/PT/nomaskPET.mha]’ mac/main1.mac &</span><o:p class=""></o:p></div>

</div>

<div class="">

<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: "Times New Roman", serif;" class="">

<span style="font-size: 11pt; font-family: "Courier New"; color: rgb(31, 73, 125);" class="">Gate –a `[Prims,${NumberPrimaries}][CTData,data/dcm/CT/br38f.mha][PETData,data/dcm/PT/nomaskPET.mha]` mac/main1.mac &<span class="apple-converted-space"> </span></span><span style="font-size: 11pt; font-family: "Calibri Light", sans-serif; color: rgb(31, 73, 125);" class="">-

 similar error on CTData</span><o:p class=""></o:p></div>

</div>

<div class="">

<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: "Times New Roman", serif;" class="">

<span style="font-size: 11pt; font-family: "Courier New"; color: rgb(31, 73, 125);" class="">Gate –a [Prims,”${NumberPrimaries}”][CTData,data/dcm/CT/br38f.mha][PETData,data/dcm/PT/nomaskPET.mha] mac/main1.mac &</span><o:p class=""></o:p></div>

</div>

<div class="">

<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: "Times New Roman", serif;" class="">

<span style="font-size: 11pt; font-family: "Courier New"; color: rgb(31, 73, 125);" class=""> </span><o:p class=""></o:p></div>

</div>

<div class="">

<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: "Times New Roman", serif;" class="">

<span style="font-size: 11pt; font-family: "Calibri Light", sans-serif; color: rgb(31, 73, 125);" class="">This code works though</span><o:p class=""></o:p></div>

</div>

<div class="">

<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: "Times New Roman", serif;" class="">

<span style="font-size: 11pt; font-family: "Courier New"; color: rgb(31, 73, 125);" class="">Gate –a [Prims,1000][CTData,data/dcm/CT/br38f.mha][PETData,data/dcm/PT/nomaskPET.mha] mac/main1.mac &</span><o:p class=""></o:p></div>

</div>

<div class="">

<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: "Times New Roman", serif;" class="">

<span style="font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; color: rgb(31, 73, 125);" class=""> </span><o:p class=""></o:p></div>

</div>

<div class="">

<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: "Times New Roman", serif;" class="">

<span style="font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; color: rgb(31, 73, 125);" class=""> </span><o:p class=""></o:p></div>

</div>

<div class="">

<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: "Times New Roman", serif;" class="">

<span style="font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; color: rgb(31, 73, 125);" class="">The code for asking for the primaries is below, and seems to work fine according to the echo (just to confirm, it runs early in the script also, before Gate is

 ran)..</span><o:p class=""></o:p></div>

</div>

<div class="">

<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: "Times New Roman", serif;" class="">

<span style="font-size: 11pt; font-family: "Courier New"; color: rgb(31, 73, 125);" class="">NumberPrimaries=0</span><o:p class=""></o:p></div>

</div>

<div class="">

<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: "Times New Roman", serif;" class="">

<span style="font-size: 11pt; font-family: "Courier New"; color: rgb(31, 73, 125);" class="">read –p “How many primaries per core? “ NumberPrimaries</span><o:p class=""></o:p></div>

</div>

<div class="">

<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: "Times New Roman", serif;" class="">

<span style="font-size: 11pt; font-family: "Courier New"; color: rgb(31, 73, 125);" class="">echo “You have chosen $NumberPrimaries primaries to run on each core”</span><o:p class=""></o:p></div>

</div>

<div class="">

<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: "Times New Roman", serif;" class="">

<span style="font-size: 11pt; font-family: "Courier New"; color: rgb(31, 73, 125);" class=""> </span><o:p class=""></o:p></div>

</div>

<div class="">

<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: "Times New Roman", serif;" class="">

<span style="font-size: 11pt; font-family: "Calibri Light", sans-serif; color: rgb(31, 73, 125);" class="">and the code calling {Prims} in main1.mac is</span><o:p class=""></o:p></div>

</div>

<div class="">

<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: "Times New Roman", serif;" class="">

<span style="font-size: 11pt; font-family: "Courier New"; color: rgb(31, 73, 125);" class="">/gate/application/setTotalNumberOfPrimaries {Prims}</span><o:p class=""></o:p></div>

</div>

<div class="">

<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: "Times New Roman", serif;" class="">

<span style="font-size: 11pt; font-family: "Courier New"; color: rgb(31, 73, 125);" class=""> </span><o:p class=""></o:p></div>

</div>

<div class="">

<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: "Times New Roman", serif;" class="">

<span style="font-size: 11pt; font-family: "Calibri Light", sans-serif; color: rgb(31, 73, 125);" class="">Thank you very much</span><o:p class=""></o:p></div>

</div>

<div class="">

<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: "Times New Roman", serif;" class="">

<span style="font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; color: rgb(31, 73, 125);" class=""> </span><o:p class=""></o:p></div>

</div>

<div class="">

<div class="">

<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: "Times New Roman", serif;" class="">

<b class=""><span style="font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; color: rgb(0, 104, 113);" class="">Mark Baker</span></b><o:p class=""></o:p></div>

</div>

<div class="">

<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: "Times New Roman", serif;" class="">

<span style="font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; color: rgb(0, 104, 113);" class="">Principal Clinical Scientist (Interim)</span><o:p class=""></o:p></div>

</div>

<div class="">

<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: "Times New Roman", serif;" class="">

<span style="font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; color: rgb(0, 104, 113);" class="">Imaging Physics (Ionising)</span><o:p class=""></o:p></div>

</div>

<div class="">

<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: "Times New Roman", serif;" class="">

<span style="font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; color: rgb(0, 104, 113);" class="">The Clatterbridge Cancer Centre NHS Foundation Trust</span><o:p class=""></o:p></div>

</div>

<div class="">

<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: "Times New Roman", serif;" class="">

<i class=""><span style="font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; color: rgb(0, 104, 113);" class="">(he, him)</span></i><o:p class=""></o:p></div>

</div>

<div class="">

<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: "Times New Roman", serif;" class="">

<b class=""><span style="font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; color: rgb(0, 104, 113);" class=""> </span></b><o:p class=""></o:p></div>

</div>

<div class="">

<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: "Times New Roman", serif;" class="">

<span style="font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; color: rgb(0, 104, 113);" class="">CCCW Tel:  0151 556 5030</span><o:p class=""></o:p></div>

</div>

<div class="">

<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: "Times New Roman", serif;" class="">

<span style="font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; color: rgb(0, 104, 113);" class="">CCCL Tel: 0151 318 8438</span><o:p class=""></o:p></div>

</div>

<div class="">

<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: "Times New Roman", serif;" class="">

<span style="font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; color: rgb(0, 104, 113);" class="">Email:<span class="apple-converted-space"> </span></span><span style="font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; color: rgb(68, 114, 196);" class=""><a href="mailto:mark.baker23@nhs.net" style="color: purple; text-decoration: underline;" class=""><span style="color: rgb(68, 114, 196);" class="">mark.baker23@nhs.net</span></a></span><o:p class=""></o:p></div>

</div>

<div class="">

<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: "Times New Roman", serif;" class="">

<span style="font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; color: rgb(68, 114, 196);" class=""><a href="https://urldefense.proofpoint.com/v2/url?u=https-3A__teams.microsoft.com_l_chat_0_0-3Fusers-3Dmark.baker23-40nhs.net&d=DwMGaQ&c=XYzUhXBD2cD-CornpT4QE19xOJBbRy-TBPLK0X9U2o8&r=lfXR69GFfS7NT-Wp5HZqbtBDrbYoilDdmNEG7fKW7aM&m=jFEsVlJw7a8Jr64ONw_NUE9Tky3pwCzd0IBHRkPnmnc&s=qKBUsL42Jr14sw_jYVs7EDRVEqCebIxSdvDWHP-19RQ&e=" style="color: purple; text-decoration: underline;" class=""><span style="color: rgb(68, 114, 196);" class="">Microsoft

 Teams (click here)</span></a></span><o:p class=""></o:p></div>

</div>

</div>

<div class="">

<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: "Times New Roman", serif;" class="">

<span style="font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; color: rgb(31, 73, 125);" class=""> </span><o:p class=""></o:p></div>

</div>

<div class="">

<div style="border-style: solid none none; border-top-width: 1pt; border-top-color: rgb(225, 225, 225); padding: 3pt 0cm 0cm;" class="">

<div class="">

<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: "Times New Roman", serif;" class="">

<b class=""><span lang="EN-US" style="font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">From:</span></b><span class="apple-converted-space"><span lang="EN-US" style="font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class=""> </span></span><span lang="EN-US" style="font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">David

 Leibold <<a href="mailto:D.Leibold@tudelft.nl" style="color: purple; text-decoration: underline;" class="">D.Leibold@tudelft.nl</a>><span class="apple-converted-space"> </span><br class="">

<b class="">Sent:</b><span class="apple-converted-space"> </span>21 March 2022 10:22<br class="">

<b class="">To:</b><span class="apple-converted-space"> </span>BAKER, Mark (THE CLATTERBRIDGE CANCER CENTRE NHS FOUNDATION TRUST) <<a href="mailto:mark.baker23@nhs.net" style="color: purple; text-decoration: underline;" class="">mark.baker23@nhs.net</a>><br class="">

<b class="">Cc:</b><span class="apple-converted-space"> </span><a href="mailto:gate-users@lists.opengatecollaboration.org" style="color: purple; text-decoration: underline;" class="">gate-users@lists.opengatecollaboration.org</a><br class="">

<b class="">Subject:</b><span class="apple-converted-space"> </span>Re: [Gate-users] Using parameters for mac files</span><o:p class=""></o:p></div>

</div>

</div>

</div>

<div class="">

<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: "Times New Roman", serif;" class="">

 <o:p class=""></o:p></div>

</div>

<div class="">

<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: "Times New Roman", serif;" class="">

Hi Mark,<span class="apple-converted-space"> </span><o:p class=""></o:p></div>

</div>

<div class="">

<div class="">

<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: "Times New Roman", serif;" class="">

 <o:p class=""></o:p></div>

</div>

</div>

<div class="">

<div class="">

<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: "Times New Roman", serif;" class="">

do you mind posting the variants you tried and that didn’t work?<o:p class=""></o:p></div>

</div>

</div>

<div class="">

<div class="">

<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: "Times New Roman", serif;" class="">

 <o:p class=""></o:p></div>

</div>

</div>

<div class="">

<div class="">

<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: "Times New Roman", serif;" class="">

 In your example, I would use the following command in my bash script:<o:p class=""></o:p></div>

</div>

</div>

<div class="">

<div class="">

<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: "Times New Roman", serif;" class="">

 <o:p class=""></o:p></div>

</div>

</div>

<div class="">

<div class="">

<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: "Times New Roman", serif;" class="">

<span style="font-family: Consolas;" class="">Gate -a [CTData,${CTDataFile}][NoOfPrimaries,${NumberPrimaries}][PETData,${PTDataFile}] mac/main1.mac &</span><o:p class=""></o:p></div>

</div>

</div>

<div class="">

<div class="">

<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: "Times New Roman", serif;" class="">

 <o:p class=""></o:p></div>

</div>

</div>

<div class="">

<div class="">

<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: "Times New Roman", serif;" class="">

That always works for me (the only difference is that my bash script starts the main.mac from the same directory, but you mentioned that this works when putting in the values manually, so it’s unlikely to cause the issue I guess). As mentioned in that second

 link of yours, this doesn't use any spaces within or between the square brackets.<o:p class=""></o:p></div>

</div>

</div>

<div class="">

<div class="">

<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: "Times New Roman", serif;" class="">

 <o:p class=""></o:p></div>

</div>

</div>

<div class="">

<div class="">

<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: "Times New Roman", serif;" class="">

Let us know whether that helps.<o:p class=""></o:p></div>

</div>

</div>

<div class="">

<div class="">

<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: "Times New Roman", serif;" class="">

 <o:p class=""></o:p></div>

</div>

</div>

<div class="">

<div class="">

<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: "Times New Roman", serif;" class="">

Best regards,<o:p class=""></o:p></div>

</div>

</div>

<div class="">

<div class="">

<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: "Times New Roman", serif;" class="">

David<o:p class=""></o:p></div>

</div>

</div>

<div class="">

<div class="">

<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: "Times New Roman", serif;" class="">

 <o:p class=""></o:p></div>

</div>

</div>

<div class="">

<div class="">

<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: "Times New Roman", serif;" class="">

 <o:p class=""></o:p></div>

</div>

</div>

<div class="">

<div class="">

<div class="">

<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: "Times New Roman", serif;" class="">

<br class="">

<br class="">

<br class="">

<o:p class=""></o:p></div>

</div>

<blockquote style="margin-top: 5pt; margin-bottom: 5pt;" class="">

<div class="">

<div class="">

<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: "Times New Roman", serif;" class="">

On 21 Mar2022, at 11:03, BAKER, Mark (THE CLATTERBRIDGE CANCER CENTRE NHS FOUNDATION TRUST) <<a href="mailto:mark.baker23@nhs.net" style="color: purple; text-decoration: underline;" class=""><span style="color: purple;" class="">mark.baker23@nhs.net</span></a>>

 wrote:<o:p class=""></o:p></div>

</div>

</div>

<div class="">

<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: "Times New Roman", serif;" class="">

 <o:p class=""></o:p></div>

</div>

<div class="">

<div class="">

<div class="">

<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: "Times New Roman", serif;" class="">

<span style="font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; color: rgb(31, 73, 125);" class="">Hi all</span><o:p class=""></o:p></div>

</div>

</div>

<div class="">

<div class="">

<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: "Times New Roman", serif;" class="">

<span style="font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; color: rgb(31, 73, 125);" class=""> </span><o:p class=""></o:p></div>

</div>

</div>

<div class="">

<div class="">

<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: "Times New Roman", serif;" class="">

<span style="font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; color: rgb(31, 73, 125);" class="">Well it turns out that I was a little premature in my celebration. Whilst my script works perfectly if I manually put in the values I want but if the values is

 in the form of a $variable then I alias errors. I’ve tried various combinations of “” `` and ‘’ to no avail unfortunately. In addition to this email chain, I also found this github post<a href="https://urldefense.proofpoint.com/v2/url?u=https-3A__github.com_OpenGATE_Gate_issues_69&d=DwMGaQ&c=XYzUhXBD2cD-CornpT4QE19xOJBbRy-TBPLK0X9U2o8&r=lfXR69GFfS7NT-Wp5HZqbtBDrbYoilDdmNEG7fKW7aM&m=JXkYrD_N3zHhNT53wVMyxPpl-Vu7G4qlA8lefFcef9A&s=0q-TW5D7-_virjlOyAZt3gCt4gst7HGeKexff8I6Nlw&e=" style="color: purple; text-decoration: underline;" class=""><span style="color: purple;" class="">https://github.com/OpenGATE/Gate/issues/69</span></a><span class="apple-converted-space"> </span>and

 a similar mailbase post (<a href="https://urldefense.proofpoint.com/v2/url?u=http-3A__lists.opengatecollaboration.org_pipermail_gate-2Dusers_2015-2DMarch_008227.html&d=DwMGaQ&c=XYzUhXBD2cD-CornpT4QE19xOJBbRy-TBPLK0X9U2o8&r=lfXR69GFfS7NT-Wp5HZqbtBDrbYoilDdmNEG7fKW7aM&m=JXkYrD_N3zHhNT53wVMyxPpl-Vu7G4qlA8lefFcef9A&s=mJQ0a9zm2AD3Aj5uNENEbWGAZ6_aYNgX_riUAeuJcpg&e=" style="color: purple; text-decoration: underline;" class=""><span style="color: purple;" class="">http://lists.opengatecollaboration.org/pipermail/gate-users/2015-March/008227.html</span></a>)

 about the issue but the solution didn’t work me either. I’m on VGate9.0 if that makes a difference, as both of those posts are possibly a version or two earlier based on their date.</span><o:p class=""></o:p></div>

</div>

</div>

<div class="">

<div class="">

<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: "Times New Roman", serif;" class="">

<span style="font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; color: rgb(31, 73, 125);" class=""> </span><o:p class=""></o:p></div>

</div>

</div>

<div class="">

<div class="">

<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: "Times New Roman", serif;" class="">

<span style="font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; color: rgb(31, 73, 125);" class="">I know little about bash scripts, but I believe the variable is being stored correctly as it works with echo and displays what I expect.</span><o:p class=""></o:p></div>

</div>

</div>

<div class="">

<div class="">

<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: "Times New Roman", serif;" class="">

<span style="font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; color: rgb(31, 73, 125);" class=""> </span><o:p class=""></o:p></div>

</div>

</div>

<div class="">

<div class="">

<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: "Times New Roman", serif;" class="">

<span style="font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; color: rgb(31, 73, 125);" class="">Does anyone have any suggestions or alternatives that I can explore?</span><o:p class=""></o:p></div>

</div>

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<div class="">

<div class="">

<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: "Times New Roman", serif;" class="">

<span style="font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; color: rgb(31, 73, 125);" class=""> </span><o:p class=""></o:p></div>

</div>

</div>

<div class="">

<div class="">

<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: "Times New Roman", serif;" class="">

<span style="font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; color: rgb(31, 73, 125);" class="">Thank you very much</span><o:p class=""></o:p></div>

</div>

</div>

<div class="">

<div class="">

<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: "Times New Roman", serif;" class="">

<span style="font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; color: rgb(31, 73, 125);" class=""> </span><o:p class=""></o:p></div>

</div>

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<div class="">

<div class="">

<div class="">

<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: "Times New Roman", serif;" class="">

<b class=""><span style="font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; color: rgb(0, 104, 113);" class="">Mark Baker</span></b><o:p class=""></o:p></div>

</div>

</div>

<div class="">

<div class="">

<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: "Times New Roman", serif;" class="">

<span style="font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; color: rgb(0, 104, 113);" class="">Principal Clinical Scientist (Interim)</span><o:p class=""></o:p></div>

</div>

</div>

<div class="">

<div class="">

<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: "Times New Roman", serif;" class="">

<span style="font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; color: rgb(0, 104, 113);" class="">Imaging Physics (Ionising)</span><o:p class=""></o:p></div>

</div>

</div>

<div class="">

<div class="">

<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: "Times New Roman", serif;" class="">

<span style="font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; color: rgb(0, 104, 113);" class="">The Clatterbridge Cancer Centre NHS Foundation Trust</span><o:p class=""></o:p></div>

</div>

</div>

<div class="">

<div class="">

<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: "Times New Roman", serif;" class="">

<i class=""><span style="font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; color: rgb(0, 104, 113);" class="">(he, him)</span></i><o:p class=""></o:p></div>

</div>

</div>

<div class="">

<div class="">

<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: "Times New Roman", serif;" class="">

<b class=""><span style="font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; color: rgb(0, 104, 113);" class=""> </span></b><o:p class=""></o:p></div>

</div>

</div>

<div class="">

<div class="">

<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: "Times New Roman", serif;" class="">

<span style="font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; color: rgb(0, 104, 113);" class="">CCCW Tel:  0151 556 5030</span><o:p class=""></o:p></div>

</div>

</div>

<div class="">

<div class="">

<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: "Times New Roman", serif;" class="">

<span style="font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; color: rgb(0, 104, 113);" class="">CCCL Tel: 0151 318 8438</span><o:p class=""></o:p></div>

</div>

</div>

<div class="">

<div class="">

<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: "Times New Roman", serif;" class="">

<span style="font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; color: rgb(0, 104, 113);" class="">Email:<span class="apple-converted-space"> </span></span><span style="font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; color: rgb(68, 114, 196);" class=""><a href="mailto:mark.baker23@nhs.net" style="color: purple; text-decoration: underline;" class=""><span style="color: rgb(68, 114, 196);" class="">mark.baker23@nhs.net</span></a></span><o:p class=""></o:p></div>

</div>

</div>

<div class="">

<div class="">

<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: "Times New Roman", serif;" class="">

<span style="font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; color: rgb(68, 114, 196);" class=""><a href="https://urldefense.proofpoint.com/v2/url?u=https-3A__teams.microsoft.com_l_chat_0_0-3Fusers-3Dmark.baker23-40nhs.net&d=DwMGaQ&c=XYzUhXBD2cD-CornpT4QE19xOJBbRy-TBPLK0X9U2o8&r=lfXR69GFfS7NT-Wp5HZqbtBDrbYoilDdmNEG7fKW7aM&m=JXkYrD_N3zHhNT53wVMyxPpl-Vu7G4qlA8lefFcef9A&s=jcYxmFfI9EQDmwEWN9bPm0xKwKHlfnGIwAtpSUG-XQE&e=" style="color: purple; text-decoration: underline;" class=""><span style="color: rgb(68, 114, 196);" class="">Microsoft

 Teams (click here)</span></a></span><o:p class=""></o:p></div>

</div>

</div>

</div>

<div class="">

<div class="">

<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: "Times New Roman", serif;" class="">

<span style="font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; color: rgb(31, 73, 125);" class=""> </span><o:p class=""></o:p></div>

</div>

</div>

<div class="">

<div style="border-style: solid none none; border-top-width: 1pt; border-top-color: rgb(225, 225, 225); padding: 3pt 0cm 0cm;" class="">

<div class="">

<div class="">

<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: "Times New Roman", serif;" class="">

<b class=""><span lang="EN-US" style="font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">From:</span></b><span class="apple-converted-space"><span lang="EN-US" style="font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class=""> </span></span><span lang="EN-US" style="font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">Gate-users

 <<a href="mailto:gate-users-bounces@lists.opengatecollaboration.org" style="color: purple; text-decoration: underline;" class=""><span style="color: purple;" class="">gate-users-bounces@lists.opengatecollaboration.org</span></a>><span class="apple-converted-space"> </span><b class="">On

 Behalf Of<span class="apple-converted-space"> </span></b>BAKER, Mark (THE CLATTERBRIDGE CANCER CENTRE NHS FOUNDATION TRUST)<br class="">

<b class="">Sent:</b><span class="apple-converted-space"> </span>17 March 2022 14:03<br class="">

<b class="">To:</b><span class="apple-converted-space"> </span>Helge Pettersen <<a href="mailto:helge.e.s.pettersen@gmail.com" style="color: purple; text-decoration: underline;" class=""><span style="color: purple;" class="">helge.e.s.pettersen@gmail.com</span></a>>;

 Schneider Tim <<a href="mailto:Tim.Schneider@curie.fr" style="color: purple; text-decoration: underline;" class=""><span style="color: purple;" class="">Tim.Schneider@curie.fr</span></a>><br class="">

<b class="">Cc:</b><span class="apple-converted-space"> </span><a href="mailto:gate-users@lists.opengatecollaboration.org" style="color: purple; text-decoration: underline;" class=""><span style="color: purple;" class="">gate-users@lists.opengatecollaboration.org</span></a><br class="">

<b class="">Subject:</b><span class="apple-converted-space"> </span>Re: [Gate-users] [BULK ?] Using parameters for mac files</span><o:p class=""></o:p></div>

</div>

</div>

</div>

</div>

<div class="">

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<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: "Times New Roman", serif;" class="">

 <o:p class=""></o:p></div>

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<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: "Times New Roman", serif;" class="">

<span style="font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; color: rgb(31, 73, 125);" class="">Thank you very much Tim and Helge, that is working now. I won’t tell you how embarrassingly long I spent trying to fix what was effectively just the wrong order.</span><o:p class=""></o:p></div>

</div>

</div>

<div class="">

<div class="">

<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: "Times New Roman", serif;" class="">

<span style="font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; color: rgb(31, 73, 125);" class=""> </span><o:p class=""></o:p></div>

</div>

</div>

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<div class="">

<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: "Times New Roman", serif;" class="">

<span style="font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; color: rgb(31, 73, 125);" class="">I have a few other small bugs to iron out, such as it thinks the extension is missing from the PET data etc. now, but it is at least triggering Gate to open.</span><o:p class=""></o:p></div>

</div>

</div>

<div class="">

<div class="">

<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: "Times New Roman", serif;" class="">

<span style="font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; color: rgb(31, 73, 125);" class=""> </span><o:p class=""></o:p></div>

</div>

</div>

<div class="">

<div class="">

<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: "Times New Roman", serif;" class="">

<span style="font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; color: rgb(31, 73, 125);" class="">Thank you</span><o:p class=""></o:p></div>

</div>

</div>

<div class="">

<div class="">

<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: "Times New Roman", serif;" class="">

<span style="font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; color: rgb(31, 73, 125);" class=""> </span><o:p class=""></o:p></div>

</div>

</div>

<div class="">

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<div class="">

<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: "Times New Roman", serif;" class="">

<b class=""><span style="font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; color: rgb(0, 104, 113);" class="">Mark Baker</span></b><o:p class=""></o:p></div>

</div>

</div>

<div class="">

<div class="">

<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: "Times New Roman", serif;" class="">

<span style="font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; color: rgb(0, 104, 113);" class="">Principal Clinical Scientist (Interim)</span><o:p class=""></o:p></div>

</div>

</div>

<div class="">

<div class="">

<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: "Times New Roman", serif;" class="">

<span style="font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; color: rgb(0, 104, 113);" class="">Imaging Physics (Ionising)</span><o:p class=""></o:p></div>

</div>

</div>

<div class="">

<div class="">

<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: "Times New Roman", serif;" class="">

<span style="font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; color: rgb(0, 104, 113);" class="">The Clatterbridge Cancer Centre NHS Foundation Trust</span><o:p class=""></o:p></div>

</div>

</div>

<div class="">

<div class="">

<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: "Times New Roman", serif;" class="">

<i class=""><span style="font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; color: rgb(0, 104, 113);" class="">(he, him)</span></i><o:p class=""></o:p></div>

</div>

</div>

<div class="">

<div class="">

<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: "Times New Roman", serif;" class="">

<b class=""><span style="font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; color: rgb(0, 104, 113);" class=""> </span></b><o:p class=""></o:p></div>

</div>

</div>

<div class="">

<div class="">

<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: "Times New Roman", serif;" class="">

<span style="font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; color: rgb(0, 104, 113);" class="">CCCW Tel:  0151 556 5030</span><o:p class=""></o:p></div>

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<div class="">

<div class="">

<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: "Times New Roman", serif;" class="">

<span style="font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; color: rgb(0, 104, 113);" class="">CCCL Tel: 0151 318 8438</span><o:p class=""></o:p></div>

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<div class="">

<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: "Times New Roman", serif;" class="">

<span style="font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; color: rgb(0, 104, 113);" class="">Email:<span class="apple-converted-space"> </span></span><span style="font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; color: rgb(68, 114, 196);" class=""><a href="mailto:mark.baker23@nhs.net" style="color: purple; text-decoration: underline;" class=""><span style="color: rgb(68, 114, 196);" class="">mark.baker23@nhs.net</span></a></span><o:p class=""></o:p></div>

</div>

</div>

<div class="">

<div class="">

<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: "Times New Roman", serif;" class="">

<span style="font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; color: rgb(68, 114, 196);" class=""><a href="https://urldefense.proofpoint.com/v2/url?u=https-3A__teams.microsoft.com_l_chat_0_0-3Fusers-3Dmark.baker23-40nhs.net&d=DwMGaQ&c=XYzUhXBD2cD-CornpT4QE19xOJBbRy-TBPLK0X9U2o8&r=lfXR69GFfS7NT-Wp5HZqbtBDrbYoilDdmNEG7fKW7aM&m=JXkYrD_N3zHhNT53wVMyxPpl-Vu7G4qlA8lefFcef9A&s=jcYxmFfI9EQDmwEWN9bPm0xKwKHlfnGIwAtpSUG-XQE&e=" style="color: purple; text-decoration: underline;" class=""><span style="color: rgb(68, 114, 196);" class="">Microsoft

 Teams (click here)</span></a></span><o:p class=""></o:p></div>

</div>

</div>

</div>

<div class="">

<div class="">

<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: "Times New Roman", serif;" class="">

<span style="font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; color: rgb(31, 73, 125);" class=""> </span><o:p class=""></o:p></div>

</div>

</div>

<div class="">

<div style="border-style: solid none none; border-top-width: 1pt; border-top-color: rgb(225, 225, 225); padding: 3pt 0cm 0cm;" class="">

<div class="">

<div class="">

<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: "Times New Roman", serif;" class="">

<b class=""><span lang="EN-US" style="font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">From:</span></b><span class="apple-converted-space"><span lang="EN-US" style="font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class=""> </span></span><span lang="EN-US" style="font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">Helge

 Pettersen <<a href="mailto:helge.e.s.pettersen@gmail.com" style="color: purple; text-decoration: underline;" class=""><span style="color: purple;" class="">helge.e.s.pettersen@gmail.com</span></a>><span class="apple-converted-space"> </span><br class="">

<b class="">Sent:</b><span class="apple-converted-space"> </span>17 March 2022 13:37<br class="">

<b class="">To:</b><span class="apple-converted-space"> </span>Schneider Tim <<a href="mailto:Tim.Schneider@curie.fr" style="color: purple; text-decoration: underline;" class=""><span style="color: purple;" class="">Tim.Schneider@curie.fr</span></a>><br class="">

<b class="">Cc:</b><span class="apple-converted-space"> </span>BAKER, Mark (THE CLATTERBRIDGE CANCER CENTRE NHS FOUNDATION TRUST) <<a href="mailto:mark.baker23@nhs.net" style="color: purple; text-decoration: underline;" class=""><span style="color: purple;" class="">mark.baker23@nhs.net</span></a>>;<span class="apple-converted-space"> </span><a href="mailto:gate-users@lists.opengatecollaboration.org" style="color: purple; text-decoration: underline;" class=""><span style="color: purple;" class="">gate-users@lists.opengatecollaboration.org</span></a><br class="">

<b class="">Subject:</b><span class="apple-converted-space"> </span>Re: [Gate-users] [BULK ?] Using parameters for mac files</span><o:p class=""></o:p></div>

</div>

</div>

</div>

</div>

<div class="">

<div class="">

<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: "Times New Roman", serif;" class="">

 <o:p class=""></o:p></div>

</div>

</div>

<div class="">

<div class="">

<div class="">

<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: "Times New Roman", serif;" class="">

Hi,<span class="apple-converted-space"> </span><o:p class=""></o:p></div>

</div>

</div>

<div class="">

<div class="">

<div class="">

<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: "Times New Roman", serif;" class="">

 <o:p class=""></o:p></div>

</div>

</div>

</div>

<div class="">

<div class="">

<div class="">

<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: "Times New Roman", serif;" class="">

I don't know if this is the issue, but I usually have to escape the parameter list when I use bash $variables. See example below:<o:p class=""></o:p></div>

</div>

</div>

</div>

<div class="">

<table class="MsoNormalTable" border="0" cellspacing="0" cellpadding="0" style="border-collapse: collapse; border-spacing: 0px;">

<tbody class="">

<tr style="box-sizing: border-box;" class="">

<td valign="top" id="gmail-LC34" style="padding: 0cm 7.5pt; box-sizing: border-box; overflow: visible;" class="">

<div class="">

<div class="">

<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: "Times New Roman", serif; line-height: 15pt;" class="">

<span style="font-size: 9pt; font-family: Consolas; color: rgb(36, 41, 47);" class=""> </span><o:p class=""></o:p></div>

</div>

</div>

<div class="">

<div class="">

<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: "Times New Roman", serif; line-height: 15pt;" class="">

<span style="font-size: 9pt; font-family: Consolas; color: rgb(36, 41, 47);" class="">Gate -a<span class="apple-converted-space"> </span><span class="gmail-pl-pds">"</span><span class="gmail-pl-s">'[phantom,</span><span class="gmail-pl-smi">$phantom</span><span class="gmail-pl-s">]

 [spotx,</span><span class="gmail-pl-smi">$x</span><span class="gmail-pl-s">]</span></span><o:p class=""></o:p></div>

</div>

</div>

<div class="">

<div class="">

<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: "Times New Roman", serif; line-height: 15pt;" class="">

<span class="gmail-pl-s"><span style="font-size: 9pt; font-family: Consolas; color: rgb(36, 41, 47);" class="">[spoty,</span></span><span class="gmail-pl-smi"><span style="font-size: 9pt; font-family: Consolas; color: rgb(36, 41, 47);" class="">$y</span></span><span class="gmail-pl-s"><span style="font-size: 9pt; font-family: Consolas; color: rgb(36, 41, 47);" class="">]

 [theta,</span></span><span class="gmail-pl-smi"><span style="font-size: 9pt; font-family: Consolas; color: rgb(36, 41, 47);" class="">$theta</span></span><span class="gmail-pl-s"><span style="font-size: 9pt; font-family: Consolas; color: rgb(36, 41, 47);" class="">]

 [axisx,</span></span><span class="gmail-pl-smi"><span style="font-size: 9pt; font-family: Consolas; color: rgb(36, 41, 47);" class="">$axis_x</span></span><span class="gmail-pl-s"><span style="font-size: 9pt; font-family: Consolas; color: rgb(36, 41, 47);" class="">]

 [axisy,</span></span><span class="gmail-pl-smi"><span style="font-size: 9pt; font-family: Consolas; color: rgb(36, 41, 47);" class="">$axis_y</span></span><span class="gmail-pl-s"><span style="font-size: 9pt; font-family: Consolas; color: rgb(36, 41, 47);" class="">]</span></span><o:p class=""></o:p></div>

</div>

</div>

<div class="">

<div class="">

<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: "Times New Roman", serif; line-height: 15pt;" class="">

<span class="gmail-pl-s"><span style="font-size: 9pt; font-family: Consolas; color: rgb(36, 41, 47);" class="">[rotation,90]'</span></span><span class="gmail-pl-pds"><span style="font-size: 9pt; font-family: Consolas; color: rgb(36, 41, 47);" class="">"</span></span><span class="apple-converted-space"><span style="font-size: 9pt; font-family: Consolas; color: rgb(36, 41, 47);" class=""> </span></span><span style="font-size: 9pt; font-family: Consolas; color: rgb(36, 41, 47);" class="">Main_phantom.mac</span><o:p class=""></o:p></div>

</div>

</div>

<div class="">

<div class="">

<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: "Times New Roman", serif;" class="">

<span style="font-size: 10.5pt; font-family: "Segoe UI", sans-serif; color: rgb(36, 41, 47);" class=""> </span><o:p class=""></o:p></div>

</div>

</div>

</td>

</tr>

<tr style="box-sizing: border-box;" class="">

<td width="231" nowrap="" valign="top" style="width: 37.5pt; padding: 0cm 7.5pt;" class="">

<div class="">

<div class="">

<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: "Times New Roman", serif;" class="">

<span style="font-size: 10.5pt; font-family: "Segoe UI", sans-serif; color: rgb(36, 41, 47);" class=""> </span><o:p class=""></o:p></div>

</div>

</div>

</td>

</tr>

</tbody>

</table>

<div class="">

<div class="">

<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: "Times New Roman", serif;" class="">

<br class="">

Good luck,<o:p class=""></o:p></div>

</div>

</div>

</div>

<div class="">

<div class="">

<div class="">

<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: "Times New Roman", serif;" class="">

 <o:p class=""></o:p></div>

</div>

</div>

</div>

<div class="">

<div class="">

<div class="">

<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: "Times New Roman", serif;" class="">

Helge Egil Seime Pettersen, PhD<br class="">

Particle Therapy / Imaging / Proton CT<br class="">

Department of Oncology and Medical Physics<br class="">

Haukeland University Hospital<br class="">

Bergen, Norway<o:p class=""></o:p></div>

</div>

</div>

</div>

<div class="">

<p class="MsoNormal" style="margin: 0cm 0cm 12pt; font-size: 12pt; font-family: "Times New Roman", serif;">

 <o:p class=""></o:p></p>

</div>

</div>

<div class="">

<div class="">

<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: "Times New Roman", serif;" class="">

 <o:p class=""></o:p></div>

</div>

</div>

<div class="">

<div class="">

<div class="">

<div class="">

<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: "Times New Roman", serif;" class="">

On Thu, Mar 17, 2022 at 2:15 PM Schneider Tim <<a href="mailto:Tim.Schneider@curie.fr" style="color: purple; text-decoration: underline;" class=""><span style="color: purple;" class="">Tim.Schneider@curie.fr</span></a>> wrote:<o:p class=""></o:p></div>

</div>

</div>

</div>

<blockquote style="border-style: none none none solid; border-left-width: 1pt; border-left-color: rgb(204, 204, 204); padding: 0cm 0cm 0cm 6pt; margin: 5pt 0cm 5pt 4.8pt;" class="">

<div class="">

<div class="">

<div class="">

<div class="">

<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: "Times New Roman", serif;" class="">

Hi Mark,<o:p class=""></o:p></div>

</div>

</div>

</div>

<div class="">

<div class="">

<div class="">

<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: "Times New Roman", serif;" class="">

 <o:p class=""></o:p></div>

</div>

</div>

</div>

<div class="">

<div class="">

<div class="">

<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: "Times New Roman", serif;" class="">

When I run macros with parameters, I call them like this:<o:p class=""></o:p></div>

</div>

</div>

</div>

<div class="">

<div class="">

<div class="">

<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: "Times New Roman", serif;" class="">

 <o:p class=""></o:p></div>

</div>

</div>

</div>

<div class="">

<div class="">

<div class="">

<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: "Times New Roman", serif;" class="">

Gate -a [param,value] mac/macro.mac<o:p class=""></o:p></div>

</div>

</div>

</div>

<div class="">

<div class="">

<div class="">

<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: "Times New Roman", serif;" class="">

 <o:p class=""></o:p></div>

</div>

</div>

</div>

<div class="">

<div class="">

<div class="">

<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: "Times New Roman", serif;" class="">

Not sure if your way of doing it is correct as well, but the above always worked for me.<o:p class=""></o:p></div>

</div>

</div>

</div>

<div class="">

<div class="">

<div class="">

<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: "Times New Roman", serif;" class="">

 <o:p class=""></o:p></div>

</div>

</div>

</div>

<div class="">

<div class="">

<div class="">

<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: "Times New Roman", serif;" class="">

Cheers,<o:p class=""></o:p></div>

</div>

</div>

</div>

<div class="">

<div class="">

<div class="">

<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: "Times New Roman", serif;" class="">

Tim<o:p class=""></o:p></div>

</div>

</div>

</div>

<div class="">

<p class="MsoNormal" style="margin: 0cm 0cm 12pt; font-size: 12pt; font-family: "Times New Roman", serif;">

 <o:p class=""></o:p></p>

<blockquote style="margin-top: 5pt; margin-bottom: 5pt;" class="">

<p class="MsoNormal" style="margin: 0cm 0cm 12pt; font-size: 12pt; font-family: "Times New Roman", serif;">

Am 17/03/2022 um 13:11 schrieb BAKER, Mark (THE CLATTERBRIDGE CANCER CENTRE NHS FOUNDATION TRUST) <<a href="mailto:mark.baker23@nhs.net" target="_blank" style="color: purple; text-decoration: underline;" class=""><span style="color: purple;" class="">mark.baker23@nhs.net</span></a>>:<o:p class=""></o:p></p>

</blockquote>

</div>

<blockquote style="margin-top: 5pt; margin-bottom: 5pt;" class="">

<div class="">

<div class="">

<div class="">

<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: "Times New Roman", serif;" class="">

<span style="font-family: Tahoma, sans-serif;" class=""></span><o:p class=""></o:p></div>

</div>

</div>

<div class="">

<div class="">

<div class="">

<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: "Times New Roman", serif;" class="">

Hi all<o:p class=""></o:p></div>

</div>

</div>

<div class="">

<div class="">

<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: "Times New Roman", serif;" class="">

 <o:p class=""></o:p></div>

</div>

</div>

<div class="">

<div class="">

<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: "Times New Roman", serif;" class="">

I am trying to run some parameters into my Gate simulation, but it doesn’t seem to be working and Gate sticks at the PreInit stage (although the CPU does ramp up to 100%). I am running multiple instances of Gate (up to 8 simultanouely), so it is laborious to

 go into each of the macs every time I want to change a parameter, so I was hoping this would help. My project is hoping to calculate dose distributions from PET scans using CT scans as the geometry. Previously it was working fine until I tried to add the parameters.<o:p class=""></o:p></div>

</div>

</div>

<div class="">

<div class="">

<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: "Times New Roman", serif;" class="">

 <o:p class=""></o:p></div>

</div>

</div>

<div class="">

<div class="">

<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: "Times New Roman", serif;" class="">

The relevant parts of my code are below (there is obviously a lot more so I’ve attached the files also in case anyone wants to look deeper, some bits commented out during the debugging)<o:p class=""></o:p></div>

</div>

</div>

<div class="">

<div class="">

<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: "Times New Roman", serif;" class="">

 <o:p class=""></o:p></div>

</div>

</div>

<div class="">

<div class="">

<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: "Times New Roman", serif;" class="">

In the main1.mac, I have changed the geometry to<o:p class=""></o:p></div>

</div>

</div>

<div class="">

<div class="">

<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: "Times New Roman", serif;" class="">

<span style="font-family: "Courier New";" class="">/gate/world/daughters/name patientCT</span><o:p class=""></o:p></div>

</div>

</div>

<div class="">

<div class="">

<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: "Times New Roman", serif;" class="">

<span style="font-family: "Courier New";" class="">/gate/world/daughters/insert ImageNestedParametrisedVolume</span><o:p class=""></o:p></div>

</div>

</div>

<div class="">

<div class="">

<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: "Times New Roman", serif;" class="">

<span style="font-family: "Courier New";" class="">/gate/patientCT/geometry/setImage {CTData}</span><o:p class=""></o:p></div>

</div>

</div>

<div class="">

<div class="">

<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: "Times New Roman", serif;" class="">

 <o:p class=""></o:p></div>

</div>

</div>

<div class="">

<div class="">

<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: "Times New Roman", serif;" class="">

The main1.mac calls sourceF18.mac as its source, which contains the link to the PET data. The relevant part is<o:p class=""></o:p></div>

</div>

</div>

<div class="">

<div class="">

<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: "Times New Roman", serif;" class="">

<span style="font-family: "Courier New";" class="">/gate/source/addSource patientPET voxel</span><o:p class=""></o:p></div>

</div>

</div>

<div class="">

<div class="">

<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: "Times New Roman", serif;" class="">

<span style="font-family: "Courier New";" class="">/gate/source/patientPET/imageReader/readFile {PETData}</span><o:p class=""></o:p></div>

</div>

</div>

<div class="">

<div class="">

<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: "Times New Roman", serif;" class="">

 <o:p class=""></o:p></div>

</div>

</div>

<div class="">

<div class="">

<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: "Times New Roman", serif;" class="">

I also change the number of primaries on the fly, so I set that to the following in main1.mac<o:p class=""></o:p></div>

</div>

</div>

<div class="">

<div class="">

<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: "Times New Roman", serif;" class="">

<span style="font-family: "Courier New";" class="">/gate/application/setTotalNumberOfPrimaries {NoOfPrimaries}</span><o:p class=""></o:p></div>

</div>

</div>

<div class="">

<div class="">

<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: "Times New Roman", serif;" class="">

 <o:p class=""></o:p></div>

</div>

</div>

<div class="">

<div class="">

<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: "Times New Roman", serif;" class="">

I’ve a got a script to run the multiple instances of Gate, alongside a lot of housework for moving files and merging them etc. I have checked the input to the parameters, and as far as I can tell, they are fine.<o:p class=""></o:p></div>

</div>

</div>

<div class="">

<div class="">

<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: "Times New Roman", serif;" class="">

 <o:p class=""></o:p></div>

</div>

</div>

<div class="">

<div class="">

<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: "Times New Roman", serif;" class="">

I call Gate using the following<o:p class=""></o:p></div>

</div>

</div>

<div class="">

<div class="">

<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: "Times New Roman", serif;" class="">

<span style="font-family: "Courier New";" class="">Gate mac/main1.mac [CTData,$CTDataFile] [NoOfPrimaries,$NumberPrimaries] [PETData,$PTDataFile] &</span><o:p class=""></o:p></div>

</div>

</div>

<div class="">

<div class="">

<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: "Times New Roman", serif;" class="">

<span style="font-family: "Courier New";" class=""> </span><o:p class=""></o:p></div>

</div>

</div>

<div class="">

<div class="">

<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: "Times New Roman", serif;" class="">

where the user could select the following information, for example,<o:p class=""></o:p></div>

</div>

</div>

<div class="">

<div class="">

<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: "Times New Roman", serif;" class="">

<span style="font-family: "Courier New";" class="">$CTDataFile is data/dcm/CT/br38f.mha</span><o:p class=""></o:p></div>

</div>

</div>

<div class="">

<div class="">

<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: "Times New Roman", serif;" class="">

<span style="font-family: "Courier New";" class="">$PTDataFile is data/dcm/PT/brainmaskPET.mha</span><o:p class=""></o:p></div>

</div>

</div>

<div class="">

<div class="">

<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: "Times New Roman", serif;" class="">

<span style="font-family: "Courier New";" class="">$NumberPrimaries is 1000</span><o:p class=""></o:p></div>

</div>

</div>

<div class="">

<div class="">

<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: "Times New Roman", serif;" class="">

 <o:p class=""></o:p></div>

</div>

</div>

<div class="">

<div class="">

<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: "Times New Roman", serif;" class="">

If I go back to my main1.mac etc. and manually change the parameters to the data above and change my run.sh script to<span class="apple-converted-space"> </span><span style="font-family: "Courier New";" class="">Gate mac/main1.mac &</span><span class="apple-converted-space"> </span> it

 works perfectly, so presumably I am doing something wrong with passing the parameters through.<o:p class=""></o:p></div>

</div>

</div>

<div class="">

<div class="">

<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: "Times New Roman", serif;" class="">

 <o:p class=""></o:p></div>

</div>

</div>

<div class="">

<div class="">

<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: "Times New Roman", serif;" class="">

I’d appreciate it if anyone had any thoughts on this?<o:p class=""></o:p></div>

</div>

</div>

<div class="">

<div class="">

<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: "Times New Roman", serif;" class="">

 <o:p class=""></o:p></div>

</div>

</div>

<div class="">

<div class="">

<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: "Times New Roman", serif;" class="">

Thank you<o:p class=""></o:p></div>

</div>

</div>

<div class="">

<div class="">

<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: "Times New Roman", serif;" class="">

 <o:p class=""></o:p></div>

</div>

</div>

<div class="">

<div class="">

<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: "Times New Roman", serif;" class="">

<b class=""><span style="color: rgb(0, 104, 113);" class="">Mark Baker</span></b><o:p class=""></o:p></div>

</div>

</div>

<div class="">

<div class="">

<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: "Times New Roman", serif;" class="">

<span style="color: rgb(0, 104, 113);" class="">Principal Clinical Scientist (Interim)</span><o:p class=""></o:p></div>

</div>

</div>

<div class="">

<div class="">

<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: "Times New Roman", serif;" class="">

<span style="color: rgb(0, 104, 113);" class="">Imaging Physics (Ionising)</span><o:p class=""></o:p></div>

</div>

</div>

<div class="">

<div class="">

<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: "Times New Roman", serif;" class="">

<span style="color: rgb(0, 104, 113);" class="">The Clatterbridge Cancer Centre NHS Foundation Trust</span><o:p class=""></o:p></div>

</div>

</div>

<div class="">

<div class="">

<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: "Times New Roman", serif;" class="">

<i class=""><span style="color: rgb(0, 104, 113);" class="">(he, him)</span></i><o:p class=""></o:p></div>

</div>

</div>

<div class="">

<div class="">

<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: "Times New Roman", serif;" class="">

<b class=""><span style="color: rgb(0, 104, 113);" class=""> </span></b><o:p class=""></o:p></div>

</div>

</div>

<div class="">

<div class="">

<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: "Times New Roman", serif;" class="">

<span style="color: rgb(0, 104, 113);" class="">CCCW Tel:  0151 556 5030</span><o:p class=""></o:p></div>

</div>

</div>

<div class="">

<div class="">

<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: "Times New Roman", serif;" class="">

<span style="color: rgb(0, 104, 113);" class="">CCCL Tel: 0151 318 8438</span><o:p class=""></o:p></div>

</div>

</div>

<div class="">

<div class="">

<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: "Times New Roman", serif;" class="">

<span style="color: rgb(0, 104, 113);" class="">Email:<span class="apple-converted-space"> </span></span><span style="color: rgb(68, 114, 196);" class=""><a href="mailto:mark.baker23@nhs.net" target="_blank" style="color: purple; text-decoration: underline;" class=""><span style="color: rgb(68, 114, 196);" class="">mark.baker23@nhs.net</span></a></span><o:p class=""></o:p></div>

</div>

</div>

<div class="">

<div class="">

<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: "Times New Roman", serif;" class="">

<span style="color: rgb(68, 114, 196);" class=""><a href="https://urldefense.proofpoint.com/v2/url?u=https-3A__teams.microsoft.com_l_chat_0_0-3Fusers-3Dmark.baker23-40nhs.net&d=DwMGaQ&c=XYzUhXBD2cD-CornpT4QE19xOJBbRy-TBPLK0X9U2o8&r=lfXR69GFfS7NT-Wp5HZqbtBDrbYoilDdmNEG7fKW7aM&m=JXkYrD_N3zHhNT53wVMyxPpl-Vu7G4qlA8lefFcef9A&s=jcYxmFfI9EQDmwEWN9bPm0xKwKHlfnGIwAtpSUG-XQE&e=" target="_blank" style="color: purple; text-decoration: underline;" class=""><span style="color: rgb(68, 114, 196);" class="">Microsoft

 Teams (click here)</span></a></span><o:p class=""></o:p></div>

</div>

</div>

<div class="">

<div class="">

<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: "Times New Roman", serif;" class="">

 <o:p class=""></o:p></div>

</div>

</div>

<div class="">

<div class="">

<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: "Times New Roman", serif;" class="">

<i class=""><span style="color: rgb(0, 104, 113);" class="">Honorary Lecturer, Dept. of Physics</span></i><o:p class=""></o:p></div>

</div>

</div>

<div class="">

<div class="">

<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: "Times New Roman", serif;" class="">

<i class=""><span style="color: rgb(0, 104, 113);" class="">University of Liverpool</span></i><o:p class=""></o:p></div>

</div>

</div>

<div class="">

<div class="">

<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: "Times New Roman", serif;" class="">

<span style="color: rgb(0, 104, 113);" class=""> </span><o:p class=""></o:p></div>

</div>

</div>

</div>

</div>

</blockquote>

<blockquote style="margin-top: 5pt; margin-bottom: 5pt;" class="">

<div class="">

<div class="">

<div class="">

<div class="">

<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: "Times New Roman", serif;" class="">

 <o:p class=""></o:p></div>

</div>

</div>

<div class="">

<div class="">

<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: "Times New Roman", serif;" class="">

 <o:p class=""></o:p></div>

</div>

</div>

</div>

<p class="MsoNormal" style="margin: 0cm 0cm 12pt; font-size: 12pt; font-family: "Times New Roman", serif;">

<br class="">

<span style="font-size: 10pt; font-family: "Courier New";" class=""><br class="">

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 NHSmail – NHSmail Support</span></a></span><o:p class=""></o:p></p>

</div>

</blockquote>

<blockquote style="margin-top: 5pt; margin-bottom: 5pt;" class="">

<div class="">

<div class="">

<div class="">

<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: "Times New Roman", serif;" class="">

_______________________________________________<br class="">

Gate-users mailing list<br class="">

<a href="mailto:Gate-users@lists.opengatecollaboration.org" target="_blank" style="color: purple; text-decoration: underline;" class=""><span style="color: purple;" class="">Gate-users@lists.opengatecollaboration.org</span></a><br class="">

<a href="https://urldefense.proofpoint.com/v2/url?u=http-3A__lists.opengatecollaboration.org_mailman_listinfo_gate-2Dusers&d=DwMGaQ&c=XYzUhXBD2cD-CornpT4QE19xOJBbRy-TBPLK0X9U2o8&r=lfXR69GFfS7NT-Wp5HZqbtBDrbYoilDdmNEG7fKW7aM&m=JXkYrD_N3zHhNT53wVMyxPpl-Vu7G4qlA8lefFcef9A&s=jXjPsPRa6e7YuYjPEiMC7JXQ1XND4i9zugV_k4LLHdM&e=" target="_blank" style="color: purple; text-decoration: underline;" class=""><span style="color: purple;" class="">http://lists.opengatecollaboration.org/mailman/listinfo/gate-users</span></a><o:p class=""></o:p></div>

</div>

</div>

</div>

</blockquote>

</div>

<div class="">

<div class="">

<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: "Times New Roman", serif;" class="">

_______________________________________________<br class="">

Gate-users mailing list<br class="">

<a href="mailto:Gate-users@lists.opengatecollaboration.org" target="_blank" style="color: purple; text-decoration: underline;" class=""><span style="color: purple;" class="">Gate-users@lists.opengatecollaboration.org</span></a><br class="">

<a href="https://urldefense.proofpoint.com/v2/url?u=http-3A__lists.opengatecollaboration.org_mailman_listinfo_gate-2Dusers&d=DwMGaQ&c=XYzUhXBD2cD-CornpT4QE19xOJBbRy-TBPLK0X9U2o8&r=lfXR69GFfS7NT-Wp5HZqbtBDrbYoilDdmNEG7fKW7aM&m=JXkYrD_N3zHhNT53wVMyxPpl-Vu7G4qlA8lefFcef9A&s=jXjPsPRa6e7YuYjPEiMC7JXQ1XND4i9zugV_k4LLHdM&e=" target="_blank" style="color: purple; text-decoration: underline;" class=""><span style="color: purple;" class="">http://lists.opengatecollaboration.org/mailman/listinfo/gate-users</span></a><o:p class=""></o:p></div>

</div>

</div>

</blockquote>

</div>

<div class="">

<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: "Times New Roman", serif;" class="">

 <o:p class=""></o:p></div>

</div>

<table class="MsoNormalTable" border="0" cellspacing="0" cellpadding="0" align="left" width="100%" style="width: 625px; margin-left: 0.45pt; margin-right: 0.45pt;">

<tbody class="">

<tr style="height: 10.5pt;" class="">

<td style="background-color: rgb(145, 10, 25); padding: 5.25pt 1.5pt; height: 10.5pt; background-position: initial initial; background-repeat: initial initial;" class="">

<div class="">

<div class="">

<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: "Times New Roman", serif;" class="">

 <o:p class=""></o:p></div>

</div>

</div>

</td>

<td width="100%" style="width: 603.671875px; background-color: rgb(253, 242, 244); padding: 0cm 3.75pt 0cm 6.25pt; height: 10.5pt; background-position: initial initial; background-repeat: initial initial;" class="">

<div class="">

<div class="">

<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: "Times New Roman", serif;" class="">

<span style="font-size: 9pt; font-family: "Segoe UI", sans-serif; color: rgb(33, 33, 33);" class="">This message originated from outside of NHSmail. Please do not click links or open attachments unless you recognise the sender and know the content is safe.</span><o:p class=""></o:p></div>

</div>

</div>

</td>

</tr>

</tbody>

</table>

<div class="">

<div class="">

<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: "Times New Roman", serif;" class="">

 <o:p class=""></o:p></div>

</div>

</div>

<p class="MsoNormal" style="margin: 0cm 0cm 12pt; font-size: 12pt; font-family: "Times New Roman", serif;">

<br class="">

<span style="font-size: 10pt; font-family: "Courier New";" class=""><br class="">

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 NHSmail – NHSmail Support</span></a></span><o:p class=""></o:p></p>

<div class="">

<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: "Times New Roman", serif;" class="">

 <o:p class=""></o:p></div>

</div>

<table class="MsoNormalTable" border="0" cellspacing="0" cellpadding="0" align="left" width="100%" style="width: 625px; margin-left: 0.45pt; margin-right: 0.45pt;">

<tbody class="">

<tr style="height: 10.5pt;" class="">

<td style="background-color: rgb(145, 10, 25); padding: 5.25pt 1.5pt; height: 10.5pt; background-position: initial initial; background-repeat: initial initial;" class="">

<div class="">

<div class="">

<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: "Times New Roman", serif;" class="">

 <o:p class=""></o:p></div>

</div>

</div>

</td>

<td width="100%" style="width: 603.671875px; background-color: rgb(253, 242, 244); padding: 0cm 3.75pt 0cm 6.25pt; height: 10.5pt; background-position: initial initial; background-repeat: initial initial;" class="">

<div class="">

<div class="">

<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: "Times New Roman", serif;" class="">

<span style="font-size: 9pt; font-family: "Segoe UI", sans-serif; color: rgb(33, 33, 33);" class="">This message originated from outside of NHSmail. Please do not click links or open attachments unless you recognise the sender and know the content is safe.</span><o:p class=""></o:p></div>

</div>

</div>

</td>

</tr>

</tbody>

</table>

<div class="">

<div class="">

<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: "Times New Roman", serif;" class="">

 <o:p class=""></o:p></div>

</div>

</div>

<div class="">

<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: "Times New Roman", serif;" class="">

<span style="font-size: 9pt; font-family: Helvetica, sans-serif;" class=""><br class="">

</span><span style="font-size: 10pt; font-family: "Courier New";" class=""><br class="">

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</div>

</div>

</blockquote>

</div>

<div class="">

<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: "Times New Roman", serif;" class="">

 <o:p class=""></o:p></div>

</div>

</div>

<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: "Times New Roman", serif;" class="">

 <o:p class=""></o:p></div>

<table class="MsoNormalTable" border="0" cellspacing="0" cellpadding="0" align="left" width="100%" style="width: 705px; margin-left: 0.45pt; margin-right: 0.45pt;">

<tbody class="">

<tr style="height: 10.5pt;" class="">

<td style="background-color: rgb(145, 10, 25); padding: 5.25pt 1.5pt; height: 10.5pt; background-position: initial initial; background-repeat: initial initial;" class="">

<div class="">

<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: "Times New Roman", serif;" class="">

 <o:p class=""></o:p></div>

</div>

</td>

<td width="100%" style="width: 683.671875px; background-color: rgb(253, 242, 244); padding: 0cm 3.75pt 0cm 6.25pt; height: 10.5pt; background-position: initial initial; background-repeat: initial initial;" class="">

<div class="">

<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: "Times New Roman", serif;" class="">

<span style="font-size: 9pt; font-family: "Segoe UI", sans-serif; color: rgb(33, 33, 33);" class="">This message originated from outside of NHSmail. Please do not click links or open attachments unless you recognise the sender and know the content is safe.</span><o:p class=""></o:p></div>

</div>

</td>

</tr>

</tbody>

</table>

<div class="">

<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: "Times New Roman", serif;" class="">

 <o:p class=""></o:p></div>

</div>

<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: "Times New Roman", serif;" class="">

<span style="font-size: 9pt; font-family: Helvetica, sans-serif;" class=""><br class="">

</span><span style="font-size: 10pt; font-family: "Courier New";" class=""><br class="">

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</div>

</blockquote>

</div>

<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: "Times New Roman", serif;" class="">

<o:p class=""> </o:p></div>

</div>

<p style="margin-right: 0cm; margin-left: 0cm; font-size: 12pt; font-family: "Times New Roman", serif;" class="">

 <o:p class=""></o:p></p>

<table class="MsoNormalTable" border="0" cellspacing="0" cellpadding="0" align="left" width="100%" style="width: 785px; margin-left: 0.45pt; margin-right: 0.45pt;">

<tbody class="">

<tr style="height: 10.5pt;" class="">

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<td width="100%" style="width: 763.671875px; background-color: rgb(253, 242, 244); padding: 0cm 3.75pt 0cm 6.25pt; height: 10.5pt; background-position: initial initial; background-repeat: initial initial;" class="">

<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: "Times New Roman", serif;" class="">

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</td>

</tr>

</tbody>

</table>

<div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: "Times New Roman", serif;" class="">

<o:p class=""> </o:p></div>

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<br style="caret-color: rgb(0, 0, 0); font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; text-decoration: none;" class="">

<font face="Courier New" size="2" style="font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; orphans: auto; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: auto; word-spacing: 0px; -webkit-text-size-adjust: auto; -webkit-text-stroke-width: 0px; text-decoration: none;" class=""><br class="">

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