<div dir="ltr"><div>Dear Users,</div><div>Anyone  who wants to reproduce my problem can directly go to google drive. Here is the link to the problem. <br></div><div><a href="https://drive.google.com/drive/folders/1r2LPzE7KLZX0-kfVTNaQyWADLgelVdR9?usp=sharing">https://drive.google.com/drive/folders/1r2LPzE7KLZX0-kfVTNaQyWADLgelVdR9?usp=sharing</a></div><div>Regards</div><div>Atiq<br></div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr" class="gmail_attr">On Thu, Jul 8, 2021 at 4:05 AM Atiq Ur Rahman <<a href="mailto:atiqchep@gmail.com">atiqchep@gmail.com</a>> wrote:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex"><div dir="ltr"><div><font size="4">Dear Gate users,</font></div><div><font size="4">I am trying to calculate the dose for the CT based Phantom (512x512x361 matrix) using a proton beam. I read dicom images directly and define the HU to material conversion file.  I am using the vGate.8 virtual machine.<br></font></div><div><font size="4"><b><span style="color:rgb(255,0,0)">Problem:</span></b> If I define only three materials (vacuum, Air and TissueEquivalent ) the simulation gives output for 1000 primaries very fast in a couple of seconds and I can get the output. But if I define one extra material (any material, I have tried different materials) , let say (Vacuum, Air, TissueEquvalent, Liver)  the simulation runs for a very very long time even for 1 primary particle (Actually does not finish even in 10 hours). Can you give me some suggestions to fix the problem. What is the  possible cause of the problem? There seems to be something wrong with my approach. I have shared my code below.  I have 306 Dicom images put in a single directory. <br></font></div><div><font size="4"><span style="color:rgb(0,0,255)">Definition of the HUToMat.txt </span><br></font></div><br><div><font size="4">-2000 -800   Vacuum<br>-800  -40    Air<br>-40    200   Blood<br>200    19000 TissueEquivalent</font></div><div><font size="4"><br></font></div><div><font size="4"><span style="color:rgb(0,0,255)">#CODE</span><br></font></div><div><span style="color:rgb(255,0,0)">/<b><font size="4">control/execute mac/verbose.mac<br>/gate/geometry/setMaterialDatabase        data/GateMaterials.db<br></font></b></span></div><div><span style="color:rgb(255,0,0)"><b><font size="4"><span style="color:rgb(0,0,255)">#WorldVolume</span><br></font></b></span></div><div><span style="color:rgb(255,0,0)"><b><font size="4">/gate/world/setMaterial                           Vacuum<br>/gate/world/geometry/setXLength           100 cm<br>/gate/world/geometry/setYLength           100 cm<br>/gate/world/geometry/setZLength           100 cm<br><br>/gate/world/daughters/name                  Pat<br>/gate/world/daughters/insert                 box<br>/gate/Pat/geometry/setXLength             32 cm<br>/gate/Pat/geometry/setYLength             32 cm<br>/gate/Pat/geometry/setZLength             32 cm</font></b></span></div><div><span style="color:rgb(255,0,0)"><b><font size="4"><span style="color:rgb(0,0,255)">#Daughter for DICOM</span><br></font></b></span></div><div><span style="color:rgb(255,0,0)"><b><font size="4">/gate/Pat/daughters/name                       Volume<br>/gate/Pat/daughters/insert                ImageRegularParametrisedVolume #      ImageNestedParametrisedVolume <br></font></b></span></div><div><span style="color:rgb(255,0,0)"><b><font size="4">#CoversionFile<br></font></b></span></div><div><span style="color:rgb(255,0,0)"><b><font size="4">/gate/Volume/geometry/setHUToMaterialFile       data/HUToMat.txt </font></b></span></div><div><b><font size="4"><span style="color:rgb(255,0,0)">/gate/Volume/geometry/setImage              New_CODE/data/dcm/1.dcm #<br>/gate/Volume/placement/setRotationAxis          0 -1 0<br>/gate/Volume/placement/setRotationAngle         90 deg<br>/gate/Volume/setSkipEqualMaterials   1<br></span></font></b></div><div><b><font size="4"><span style="color:rgb(255,0,0)"><br></span></font></b></div><div><b><font size="4"><span style="color:rgb(255,0,0)"><span style="color:rgb(0,0,255)">#SIMPLEDOSEActor</span><br></span></font></b></div><div><b><font size="4"><span style="color:rgb(255,0,0)">/gate/actor/addActor                                                DoseActor  doseDistribution_text<br>/gate/actor/doseDistribution_text/save                  output/Dose_Map_Energy_MeV_1D_5material.root<br>/gate/actor/doseDistribution_text/attachTo              Volume #PMMA_Block<br>/gate/actor/doseDistribution_text/stepHitType           random<br>/gate/actor/doseDistribution_text/setSize               300 300 300 mm<br>/gate/actor/doseDistribution_text/setResolution         1280 1 1<br>/gate/actor/doseDistribution_text/enableEdep            true<br>/gate/actor/doseDistribution_text/enableUncertaintyEdep true<br>/gate/actor/doseDistribution_text/enableDose            true<br>/gate/actor/doseDistribution_text/enableUncertaintyDose true<br>/gate/actor/doseDistribution_text/enableNumberOfHits    true</span></font></b></div><div><b><font size="4"><span style="color:rgb(255,0,0)"><br></span></font></b></div><div><b><font size="4"><span style="color:rgb(255,0,0)"><span style="color:rgb(0,0,255)">#PhysicsList</span><br>/gate/physics/addPhysicsList QGSP_BIC_HP_EMZ<br><span style="color:rgb(0,0,255)">#Cuts</span><br>/gate/physics/Gamma/SetCutInRegion     world 10 mm<br>/gate/physics/Electron/SetCutInRegion    world 10 mm<br>/gate/physics/Positron/SetCutInRegion    world 10 mm<br>/gate/physics/Proton/SetCutInRegion       world 10 mm<br>/gate/physics/Gamma/SetCutInRegion     Pat 1 mm<br>/gate/physics/Electron/SetCutInRegion    Pat 1 mm<br>/gate/physics/Positron/SetCutInRegion    Pat 1 mm<br>/gate/physics/Proton/SetCutInRegion       Pat 1 mm<br>/gate/physics/SetMaxStepSizeInRegion    Pat 1 mm<br>/gate/physics/ActivateStepLimiter proton<br>/gate/physics/displayCuts</span></font></b></div><div><b><font size="4"><span style="color:rgb(255,0,0)"><br></span></font></b></div><div><b><font size="4"><span style="color:rgb(255,0,0)">/gate/run/initialize<br>/gate/random/setEngineName MersenneTwister<br>/gate/random/setEngineSeed auto<br><span style="color:rgb(0,0,255)">#Source</span><br>/gate/source/addSource PBS PencilBeam<br>/gate/source/PBS/setParticleType proton<br>/gate/source/PBS/setEnergy 90 MeV<br>/gate/source/PBS/setSigmaEnergy .88 MeV<br>/gate/source/PBS/setPosition 0 0 -36.5 cm <br>/gate/source/PBS/setSigmaX 3.0 mm <br>/gate/source/PBS/setSigmaY 3.0 mm <br>#/gate/source/PBS/setRotationAxis 0 1 0<br>#/gate/source/PBS/setRotationAngle 90 deg<br>/gate/source/PBS/setSigmaTheta 20 mrad<br>/gate/source/PBS/setSigmaPhi   20 mrad <br>/gate/source/PBS/setEllipseXThetaEmittance 40 mm*mrad #40 mm*mrad, 2mm*mrad<br>/gate/source/PBS/setEllipseYPhiEmittance   40 mm*mrad #40 mm*mrad, 2mm*mrad<br>#positive-> converging beam; negative diverging beam<br>/gate/source/PBS/setEllipseXThetaRotationNorm positive<br>/gate/source/PBS/setEllipseYPhiRotationNorm   positive<br>/gate/application/setTotalNumberOfPrimaries 1000 <br>/gate/application/start</span></font></b></div><div><b><font size="4"><span style="color:rgb(255,0,0)"><br></span></font></b></div><div><span style="color:rgb(0,0,0)"><b><font size="4">I have dumped this file into single density (.mhd +.raw) format and tried to read it from a single density file but it has no difference in performance. Below is the information in the header file.</font></b></span></div><div><b><font size="4"><span style="color:rgb(255,0,0)"><br></span></font></b></div><div><b><font size="4"><span style="color:rgb(255,0,0)">ObjectType = Image<br>NDims = 3<br>BinaryData = True<br>BinaryDataByteOrderMSB = False<br>CompressedData = False<br>TransformMatrix = 1 0 0 0 1 0 0 0 1<br>Offset = -151.494 -36.6564 1115<br>CenterOfRotation = 0 0 0<br>ElementSpacing = 0.589844 0.589844 0.5<br>DimSize = 512 512 361<br>AnatomicalOrientation = ???<br>ElementType = MET_FLOAT<br>ElementDataFile = density-ffs-dcm_5mat.raw<br></span></font></b></div><div><span style="color:rgb(68,68,68)"><b><font size="4">Please ask me any further details if you feel anything ambiguous.  Your suggestions and solutions are needed. Thank you in advance!<br></font></b></span></div><div><span style="color:rgb(68,68,68)"><b><font size="4">Regards</font></b></span></div><div><b><font size="4"><span style="color:rgb(255,0,0)"><span style="color:rgb(68,68,68)">Atiq</span><br></span></font></b></div><div><b><font size="4"><span style="color:rgb(255,0,0)"><br> </span></font></b></div></div>
</blockquote></div></div>