<div dir="ltr">Thank you Xinjie for your response,<div><br></div><div>I think, I mistakenly delete that e, when I was copying it into the email. Normally, there is no typo in the script. </div><div><br></div><div>I will attach a spreadsheet that includes attenuation coefficients map, activity maps, dose scored results that analyzed on AMIDE, statistics of run and my calculations. Also, I am attaching a new voxelized source script, which I used in this calculation. Please forget about the first source file that I sent. </div><div><br></div><div>Thank you again and take care.</div><div><br></div><div>Kadir</div><div><br></div></div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr" class="gmail_attr">On Mon, Apr 12, 2021 at 5:45 PM Xinjie Cao <<a href="mailto:xinjie.cao@stonybrook.edu">xinjie.cao@stonybrook.edu</a>> wrote:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex"><div dir="ltr"><div><font size="4">Hello Kadir,</font></div><div><font size="4"><br></font></div><div><font size="4">Based on the macro you provided in the email, the only issue I found is the following typo which I have marked with red,</font></div><div><br></div># Global Box<br>/gate/world/daughters/name mouse<br>#/gate/world/daughters/insert compressedMatrix<br>/gate/world/daughters/insert ImageNestedParametrisedVolum<font color="#ff0000" size="4"><b>e</b></font><br><div><font color="#ff0000" size="4"><b><br></b></font></div><div><font color="#000000" size="4">Maybe you could provide an example of the calculation of your voxelized source total activity and the GATE scores with your range and activity .dat files to clarify it.</font></div><div><font color="#000000" size="4"><br></font></div><div><font color="#000000" size="4">HTH,</font></div><div><font color="#000000" size="4">Xinjie</font></div></div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr" class="gmail_attr">On Mon, Apr 12, 2021 at 4:57 PM Kadir Gultekin <<a href="mailto:kadirgul@buffalo.edu" target="_blank">kadirgul@buffalo.edu</a>> wrote:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><p class="MsoNormal">Dear GATE experts,</p><p class="MsoNormal"><br></p><p class="MsoNormal">I am trying to integrate voxelized images and
voxelized sources into the GATE system for dosimetry purposes on real PET/CT Mouse images.
I am able to provide voxelized image successfully but the voxelized source does not
provide any Energy or dose distribution as expected, I have tried many
different ways but when I try to validate, I am comparing hand calculations and
GATE scores and show big differences even for the basic systems. I will
attach a basic voxelized phantom and source scripts here FYI. In this example, I am using a 32x32x16 voxelized phantom and it has 2 different volumes(quadrangular) plus the background and I am trying to put the source at origin(between these volumes). I really do not
understand what I am doing wrong. Thank you in advance.<span></span></p><div><br></div>-- <br><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div>Best Regards,</div><div><br></div><div>Kadir GULTEKIN</div><div><br></div><div>Master's Student, Medical Physics</div><div><span style="text-align:left;color:rgb(34,34,34);text-transform:none;text-indent:0px;letter-spacing:normal;font-family:Arial,Helvetica,sans-serif;font-size:12.8px;font-style:normal;font-variant:normal;font-weight:400;text-decoration:none;word-spacing:0px;display:inline;white-space:normal;float:none;background-color:rgb(255,255,255)">University at Buffalo, State University of New York</span><b></b><i></i><u></u><strike></strike><br></div></div></div></div></div></div></div>
_______________________________________________<br>
Gate-users mailing list<br>
<a href="mailto:Gate-users@lists.opengatecollaboration.org" target="_blank">Gate-users@lists.opengatecollaboration.org</a><br>
<a href="http://lists.opengatecollaboration.org/mailman/listinfo/gate-users" rel="noreferrer" target="_blank">http://lists.opengatecollaboration.org/mailman/listinfo/gate-users</a></blockquote></div><br clear="all"><div><br></div>-- <br><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div><b><font color="#000000">....................................................</font></b><br></div><div><b><span style="color:rgb(153,0,0);font-family:"arial black",sans-serif;font-size:x-small">Xinjie Cao</span></b><br></div><div><b><font size="1" face="arial black, sans-serif">M.Eng. / Ph.D. Candidate</font></b></div><div><b><font size="1" face="arial black, sans-serif">Research Project Assistant</font></b></div><div><b><font size="1" face="arial black, sans-serif">Department of Electrical and Computer Engineering & Radiology </font></b></div><div><b><font size="1" face="arial black, sans-serif">Novel Medical Imaging Technologies Lab</font></b></div><div><b><font size="1" face="arial black, sans-serif">Health Science Center Level 8</font></b></div><div><b><font size="1" face="arial black, sans-serif">Stony Brook, NY 11794-8460 </font></b></div><div><b><font size="1" face="arial black, sans-serif">Tel: +1 (631)202-9445</font></b></div><div><a href="https://you.stonybrook.edu/goldan/people/" target="_blank">you.stonybrook.edu/goldan/people/</a><b><font size="1" face="arial black, sans-serif"><br></font></b></div><div><font size="1" face="arial black, sans-serif"><b>email: </b><a href="mailto:xinjie.cao@stonybrook.edu" target="_blank"><b>xinjie.cao@stonybroo</b>k.edu</a></font></div><div><font size="1" face="arial black, sans-serif"><br></font></div><div><font size="1" face="arial black, sans-serif"> </font><img src="https://docs.google.com/uc?export=download&id=12iMPAuaMtpKRdkcmBleVsP6iWiM4wlm_&revid=0B_TLWOu4jP1eWnFFRW9qQXlicTY3ZTVzWnR5QkRVY3RRT3JVPQ" width="200" height="28">   <img src="https://drive.google.com/a/stonybrook.edu/uc?id=17TB1Ha3enD8HC5e_Ez238vpeBF92aCgH&export=download" width="200" height="33"></div><div><div><b><font color="#000000">....................................................</font></b></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div>
</blockquote></div><br clear="all"><div><br></div>-- <br><div dir="ltr" class="gmail_signature"><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div>Best Regards,</div><div><br></div><div>Kadir GULTEKIN</div><div><br></div><div>Master's Student, Medical Physics</div><div><span style="text-align:left;color:rgb(34,34,34);text-transform:none;text-indent:0px;letter-spacing:normal;font-family:Arial,Helvetica,sans-serif;font-size:12.8px;font-style:normal;font-variant:normal;font-weight:400;text-decoration:none;word-spacing:0px;display:inline;white-space:normal;float:none;background-color:rgb(255,255,255)">University at Buffalo, State University of New York</span><b></b><i></i><u></u><strike></strike><br></div></div></div></div></div>