<div dir="ltr"><div>Hi,</div><div><br></div><div>I am trying to use a ct dataset for my simulations. I use vv to convert dicom slices to mhd like so</div><div><br></div><div>clitkDicom2Image -o test.mhd *.dcm</div><div><br></div><div>This is fine and I get the mhd/raw files but I have the associated structures with a BODY/EXTERNAL contour and want to crop/mask the ct so that all voxels outside of the External/ BODY contour are set to HU of AIR. <br></div><div><br></div><div>Does anyone have a straightforward way to do it ? <br></div><div><br></div><div>First I tried creating a mask of the body structure but the result is not satisfactory; vv seems to only binarize every other slice. I used the command:<br></div><div><br></div><div>clitkDicomRTStruct2Image -i RS.Test_Dicom_MC.Str1.dcm -j ct/'CT.Test_Dicom_MC.Image 1.dcm' -c -n BODY -o bodymask.mhd</div><div><br></div><div><img src="cid:ii_kmed9k3s0" alt="image.png" width="521" height="341"><br></div><div><br></div></div>