<div dir="ltr">Hi David and Loïc, <div><br></div><div>Thank you two very much help for helping me. </div><div><br></div><div><b> /gate/source/voxel_body/gps/energy 0 MeV</b> solved my problem.  It seems by default the energy of any ion is set to 1 Mev, which does not make sense.  After forcing the ion's kinetic energy to 0 mev, the output matches my hand calculated value. </div><div><br></div><div>Thank you again very much.</div><div>Stay safe and healthy,</div><div><br></div><div>Albert  <br></div><div><br></div></div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr" class="gmail_attr">On Mon, Mar 8, 2021 at 6:03 AM David Sarrut <<a href="mailto:David.Sarrut@creatis.insa-lyon.fr">David.Sarrut@creatis.insa-lyon.fr</a>> wrote:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex"><div dir="ltr">Hi, <div><br></div><div>could you try to force the ion Energy to be 0 MeV ? </div><div>(something like /gate/source/voxel_body/energy 0 MeV) <br></div><div>see <a href="https://github.com/OpenGATE/Gate/issues/358" target="_blank">https://github.com/OpenGATE/Gate/issues/358</a></div><div><br></div><div>thanks</div><div>David</div><div><br></div><div><br></div></div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr" class="gmail_attr">On Mon, Mar 8, 2021 at 2:08 PM Grevillot Loic <<a href="mailto:loic.grevillot@medaustron.at" target="_blank">loic.grevillot@medaustron.at</a>> wrote:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex">





<div lang="EN-US">
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11pt;font-family:Calibri,sans-serif;color:rgb(31,73,125)">Hi !<u></u><u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11pt;font-family:Calibri,sans-serif;color:rgb(31,73,125)"><u></u> <u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11pt;font-family:Calibri,sans-serif;color:rgb(31,73,125)">Sorry, I did not have time to go through your macros, but you also said “</span>I did not find the example where DoseActor is used to record energy deposited
 by ions for dosimetry<span style="font-size:11pt;font-family:Calibri,sans-serif;color:rgb(31,73,125)">”<u></u><u></u></span></p>
<p><u></u><span style="font-size:11pt;font-family:Wingdings;color:rgb(31,73,125)"><span>è<span style="font:7pt "Times New Roman"">
</span></span></span><u></u><span style="font-size:11pt;font-family:Calibri,sans-serif;color:rgb(31,73,125)">You can find it under
</span><span style="font-size:11pt;font-family:Calibri,sans-serif;color:rgb(31,73,125)">the
<a href="https://eur03.safelinks.protection.outlook.com/?url=https%3A%2F%2Fgithub.com%2FOpenGATE%2FGateContrib%2Ftree%2Fmaster%2FGATE-RTion&data=04%7C01%7Cloic.grevillot%40medaustron.at%7C991a8c8daae94bce6fbc08d8e03752cf%7Cadb749e06dfd4f6fbea8cd9f8e0c9b89%7C0%7C0%7C637505876735190754%7CUnknown%7CTWFpbGZsb3d8eyJWIjoiMC4wLjAwMDAiLCJQIjoiV2luMzIiLCJBTiI6Ik1haWwiLCJXVCI6Mn0%3D%7C1000&sdata=ggXJ1p8887dT%2FsE8jSOOZVsHivOVWG91KQ1M%2FTCNiGw%3D&reserved=0" target="_blank">
gitcontrib</a> repository, in DoseActor (scrren-shots below)</span><span style="font-size:11pt;font-family:Calibri,sans-serif;color:rgb(31,73,125)"><u></u><u></u></span></p>
<p><u></u><span style="font-size:11pt;font-family:Wingdings;color:rgb(31,73,125)"><span>è<span style="font:7pt "Times New Roman"">
</span></span></span><u></u><span style="font-size:11pt;font-family:Calibri,sans-serif;color:rgb(31,73,125)">You can find an example of energy to dose conversion validation for ions – further testing include mass-weighting, volume-weighting algorithms, etc.
 are also available.</span><span style="font-size:11pt;font-family:Calibri,sans-serif;color:rgb(31,73,125)"><u></u><u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11pt;font-family:Calibri,sans-serif;color:rgb(31,73,125)"><u></u> <u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><img border="0" width="616" height="306" id="gmail-m_-2454483385538758519gmail-m_-7454494055090382320Picture_x0020_2" src="cid:178122323ab4ce8e91"><span style="font-size:11pt;font-family:Calibri,sans-serif;color:rgb(31,73,125)">
</span><img border="0" width="651" height="400" id="gmail-m_-2454483385538758519gmail-m_-7454494055090382320Picture_x0020_4" src="cid:178122323ab5b006a2"><span style="font-size:11pt;font-family:Calibri,sans-serif;color:rgb(31,73,125)"><u></u><u></u></span></p>
<p><span style="font-size:11pt;font-family:Calibri,sans-serif;color:rgb(31,73,125)"><u></u> <u></u></span></p>
<p><span style="font-size:11pt;font-family:Calibri,sans-serif;color:rgb(31,73,125)"><u></u> <u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><img border="0" width="765" height="760" id="gmail-m_-2454483385538758519gmail-m_-7454494055090382320Picture_x0020_1" src="cid:178122323ab6917eb3"><span style="font-size:11pt;font-family:Calibri,sans-serif;color:rgb(31,73,125)"><u></u><u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11pt;font-family:Calibri,sans-serif;color:rgb(31,73,125)">Best,<u></u><u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11pt;font-family:Calibri,sans-serif;color:rgb(31,73,125)">Loïc<u></u><u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11pt;font-family:Calibri,sans-serif;color:rgb(31,73,125)"><u></u> <u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11pt;font-family:Calibri,sans-serif;color:rgb(31,73,125)"><u></u> <u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11pt;font-family:Calibri,sans-serif;color:rgb(31,73,125)"><u></u> <u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><b><span style="font-size:11pt;font-family:Calibri,sans-serif">From:</span></b><span style="font-size:11pt;font-family:Calibri,sans-serif"> Albert Grace Lieu [mailto:<a href="mailto:albertnew2018@gmail.com" target="_blank">albertnew2018@gmail.com</a>]
<br>
<b>Sent:</b> Saturday, March 6, 2021 1:27 AM<br>
<b>To:</b> Grevillot Loic <<a href="mailto:loic.grevillot@medaustron.at" target="_blank">loic.grevillot@medaustron.at</a>>; gate-users <<a href="mailto:gate-users@lists.opengatecollaboration.org" target="_blank">gate-users@lists.opengatecollaboration.org</a>><br>
<b>Cc:</b> Peter Olcott <<a href="mailto:polcott@reflexion.com" target="_blank">polcott@reflexion.com</a>><br>
<b>Subject:</b> Re: Potential bug report of Edep in DoseActor (Edep always == 1 Mev for any Ion)<u></u><u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p>
<div>
<div>
<p class="MsoNormal">Hi Loïc,<u></u><u></u></p>
<div>
<p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">Thank you very much for actively answering DoseActor related questions in the past ten years. I saw your answers in the GATE archive quite often. I did read through almost all example codes in GATE-RTiON, but I did not find the example
 where DoseActor is used to record energy deposited by ions for dosimetry. <u></u><u></u></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">Here is the problem I have found with Edep in DoseActor,<a href="https://eur03.safelinks.protection.outlook.com/?url=http%3A%2F%2Flists.opengatecollaboration.org%2Fpipermail%2Fgate-users%2F2009-July%2F003406.html&data=04%7C01%7Cloic.grevillot%40medaustron.at%7C991a8c8daae94bce6fbc08d8e03752cf%7Cadb749e06dfd4f6fbea8cd9f8e0c9b89%7C0%7C0%7C637505876735180759%7CUnknown%7CTWFpbGZsb3d8eyJWIjoiMC4wLjAwMDAiLCJQIjoiV2luMzIiLCJBTiI6Ik1haWwiLCJXVCI6Mn0%3D%7C1000&sdata=GVfn7d0HY3KvSz1EbfNrBCt9r6FcT%2FbbHW%2FRN1BUIrw%3D&reserved=0" target="_blank">
 a similar question</a> was also asked many years ago. No matter what source I use, like I-131, Lu-177, Edep in DoseActor always returns
<b>1 (Mev) per disintegration</b>. Dose in DoseActor also utilizes the value returned Edep, which leads to a wrong result. I would rather believe that I made a mistake somewhere than think GATE's DoseActor failed in my case. <u></u><u></u></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">Could you or any other GATE user have a look at my code? It is self-containt code. You will finish the entire verification in less than 5 minutes. Here is what the GATE code does: <u></u><u></u></p>
</div>
<div>
<div>
<ul type="disc">
<li class="MsoNormal">
Phantom: 101*101*101 voxelized tissue ( water equivalent) phantom, with a side of 2 mm for each voxel <u></u><u></u></li><li class="MsoNormal">
Source: 10 mm radius sphere voxelized Lu177 source with a side of 2 mm for each voxel, and being placed in the center of the phantom<u></u><u></u></li><li class="MsoNormal">
DoseActor: record dose, Edep, and export a mass image of the phantom (all 3D array)<u></u><u></u></li><li class="MsoNormal">
ProductionAndStoppingActor: record the number of Lu177 generated in each voxel, indicated by Lu177-Stop (3D array)
<u></u><u></u></li></ul>
<div>
<p class="MsoNormal">        According to the user manual, "The unit of edep is MeV and the unit of dose is Gy". <u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p>
<p class="MsoNormal">You will also find a python script (result-analysis.ipynb) to do the analysis:<u></u><u></u></p>
<ul type="disc">
<li class="MsoNormal">
reads dose, edep, mass, and particle-prod<u></u><u></u></li><li class="MsoNormal">
calculate the average energy deposited by a single disintegration.<u></u><u></u></li></ul>
<div>
<p class="MsoNormal">Thank you very much for any help and verification. <u></u><u></u></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">Albert<u></u><u></u></p>
</div>
</div>
</div>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p>
</div>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p>
</div>
<p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p>
<div>
<div>
<p class="MsoNormal">On Fri, Mar 5, 2021 at 12:48 AM Grevillot Loic <<a href="mailto:loic.grevillot@medaustron.at" target="_blank">loic.grevillot@medaustron.at</a>> wrote:<u></u><u></u></p>
</div>
<blockquote style="border-top:none;border-right:none;border-bottom:none;border-left:1pt solid rgb(204,204,204);padding:0in 0in 0in 6pt;margin-left:4.8pt;margin-right:0in">
<div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span lang="DE" style="font-size:11pt;font-family:Calibri,sans-serif;color:rgb(31,73,125)">FYI,</span><span lang="DE"><u></u><u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11pt;font-family:Calibri,sans-serif;color:rgb(31,73,125)">DoseActor validation tests were provided for the
<a href="https://eur03.safelinks.protection.outlook.com/?url=https%3A%2F%2Fgate.uca.fr%2Fdownload%2Fgate-rtion&data=04%7C01%7Cloic.grevillot%40medaustron.at%7C991a8c8daae94bce6fbc08d8e03752cf%7Cadb749e06dfd4f6fbea8cd9f8e0c9b89%7C0%7C0%7C637505876735180759%7CUnknown%7CTWFpbGZsb3d8eyJWIjoiMC4wLjAwMDAiLCJQIjoiV2luMzIiLCJBTiI6Ik1haWwiLCJXVCI6Mn0%3D%7C1000&sdata=Zn97wCKsFa%2BxCi3%2BYO%2F2hLVeY9%2BUf9jOfKAxU3xP1x4%3D&reserved=0" target="_blank">
GATE-RTiON</a> release, in the context of light ion beam therapy under the <a href="https://eur03.safelinks.protection.outlook.com/?url=https%3A%2F%2Fgithub.com%2FOpenGATE%2FGateContrib%2Ftree%2Fmaster%2FGATE-RTion&data=04%7C01%7Cloic.grevillot%40medaustron.at%7C991a8c8daae94bce6fbc08d8e03752cf%7Cadb749e06dfd4f6fbea8cd9f8e0c9b89%7C0%7C0%7C637505876735190754%7CUnknown%7CTWFpbGZsb3d8eyJWIjoiMC4wLjAwMDAiLCJQIjoiV2luMzIiLCJBTiI6Ik1haWwiLCJXVCI6Mn0%3D%7C1000&sdata=ggXJ1p8887dT%2FsE8jSOOZVsHivOVWG91KQ1M%2FTCNiGw%3D&reserved=0" target="_blank">
gitcontrib</a> repository.</span><span lang="DE"><u></u><u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11pt;font-family:Calibri,sans-serif;color:rgb(31,73,125)">The tests can be applied in principle to any GATE release and may help you as a starting point.</span><span lang="DE"><u></u><u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11pt;font-family:Calibri,sans-serif;color:rgb(31,73,125)">It would be nice to increase the collection of tests for other clinical applications such as  yours!</span><span lang="DE"><u></u><u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11pt;font-family:Calibri,sans-serif;color:rgb(31,73,125)"> </span><span lang="DE"><u></u><u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="FR" style="font-size:11pt;font-family:Calibri,sans-serif;color:rgb(31,73,125)">Best,</span><span lang="DE"><u></u><u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="FR" style="font-size:11pt;font-family:Calibri,sans-serif;color:rgb(31,73,125)">Loïc</span><span lang="DE"><u></u><u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="DE" style="font-size:11pt;font-family:Calibri,sans-serif;color:rgb(31,73,125)"> </span><span lang="DE"><u></u><u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11pt;font-family:Calibri,sans-serif;color:rgb(31,73,125)"> </span><span lang="DE"><u></u><u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11pt;font-family:Calibri,sans-serif;color:rgb(31,73,125)"> </span><span lang="DE"><u></u><u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><b><span style="font-size:11pt;font-family:Calibri,sans-serif">From:</span></b><span style="font-size:11pt;font-family:Calibri,sans-serif"> Gate-users [mailto:<a href="mailto:gate-users-bounces@lists.opengatecollaboration.org" target="_blank">gate-users-bounces@lists.opengatecollaboration.org</a>]
<b>On Behalf Of </b>Albert Grace Lieu<br>
<b>Sent:</b> Freitag, 5. März 2021 05:59<br>
<b>To:</b> gate-users <<a href="mailto:gate-users@lists.opengatecollaboration.org" target="_blank">gate-users@lists.opengatecollaboration.org</a>><br>
<b>Subject:</b> [Gate-users] Edep returned by DoseActor is about 7 times bigger then hand calculated value</span><span lang="DE"><u></u><u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="DE"> <u></u><u></u></span></p>
<div>
<p class="MsoNormal"><span lang="DE">Hi Gate users, <u></u><u></u></span></p>
<div>
<p class="MsoNormal"><span lang="DE"> <u></u><u></u></span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span lang="DE">I am validating the validity of DoseActor in GATE for radionuclide dosimetry application. Surprisingly, I found the Edep returned by DoseActor is about 7 times bigger
 than my hand calculated value, so does the dose returned by DoseActor. I could be wrong, but I double-checked everything I did and had been as prudent as I can before asking for suggestions here. <u></u><u></u></span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span lang="DE"> <u></u><u></u></span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span lang="DE">Here is what I did in GATE:<u></u><u></u></span></p>
</div>
<div>
<ul type="disc">
<li class="MsoNormal">
<span lang="DE">Phantom: 101*101*101 voxelized tissue ( water equivalent) phantom, with a side of 2 mm for each voxel <u></u><u></u></span></li><li class="MsoNormal">
<span lang="DE">Source: 10 mm radius sphere voxelized Lu177 source with a side of 2 mm for each voxel, and being placed in the center of the phantom<u></u><u></u></span></li><li class="MsoNormal">
<span lang="DE">DoseActor: record dose, Edep, and export a mass image of the phantom (all 3D array)<u></u><u></u></span></li><li class="MsoNormal">
<span lang="DE">ProductionAndStoppingActor: record the number of Lu177 generated in each voxel, indicated by Lu177-Stop (3D array)
<u></u><u></u></span></li></ul>
<div>
<p class="MsoNormal"><span lang="DE">        According to the user manual, "The unit of edep is MeV and the unit of dose is Gy". <u></u><u></u></span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span lang="DE"> <u></u><u></u></span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span lang="DE">Here is how I calculate the average of the energy of Lu177 in water, Lu177 is a beta emitter, the range of electron in water is way smaller than 2mm, thus it is
 stopped where is created. Given the branching ratio of Lu177, on average a single Lu177 disintegration would deposit 134.16 Kev (electrons only) or 162.95 Kev (electrons and gammas).<u></u><u></u></span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span lang="DE"> <u></u><u></u></span></p>
</div>
<p class="MsoNormal"><span lang="DE"><img border="0" width="279" height="181" id="gmail-m_-2454483385538758519gmail-m_-7454494055090382320m_7937145216447734549gmail-m_745001018199457084_x005f_x0000_i1025" src="cid:178122323ac7745b44" alt="RTEmagicC_Lu-177_decays.png.png"><u></u><u></u></span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span lang="DE"> <u></u><u></u></span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span lang="DE">However, when I divide Edep by Lu177-Stop, the energy per Lu177 disintegration returned by DoseActor is
<span style="color:red">~1.0 Mev</span>, which <span style="color:red">7</span> times bigger than my hand calculated value. Is this an internal issue? I attach my Gate code for your review.  <u></u><u></u></span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span lang="DE"> <u></u><u></u></span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span lang="DE"> <u></u><u></u></span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span lang="DE">Thanks a lot for your help. <u></u><u></u></span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span lang="DE">Sincere wishes, <u></u><u></u></span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span lang="DE">Stay safe and healthy<u></u><u></u></span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span lang="DE">Albert <u></u><u></u></span></p>
</div>
<div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span lang="DE"> <u></u><u></u></span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span lang="DE"> <u></u><u></u></span></p>
</div>
</div>
</div>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><b><span lang="EN-GB" style="font-size:10pt;font-family:Verdana,sans-serif;color:rgb(17,35,89)">Disclaimer:</span></b><span lang="DE" style="font-size:10pt"><br>
</span><span lang="EN-GB" style="font-size:10pt;font-family:Verdana,sans-serif;color:rgb(17,35,89)">Please notice our E-Mail Disclaimer <a href="https://eur03.safelinks.protection.outlook.com/?url=http%3A%2F%2Fwww.medaustron.at%2Femail-disclaimer%2F&data=04%7C01%7Cloic.grevillot%40medaustron.at%7C991a8c8daae94bce6fbc08d8e03752cf%7Cadb749e06dfd4f6fbea8cd9f8e0c9b89%7C0%7C0%7C637505876735190754%7CUnknown%7CTWFpbGZsb3d8eyJWIjoiMC4wLjAwMDAiLCJQIjoiV2luMzIiLCJBTiI6Ik1haWwiLCJXVCI6Mn0%3D%7C1000&sdata=TJ6%2FLuGasDDIW3Udh8VS9QnmUyzQV3didHXGHiUhyh4%3D&reserved=0" target="_blank"><span style="color:rgb(17,35,89)">http://www.medaustron.at/email-disclaimer/</span></a></span><span lang="DE"> <u></u><u></u></span></p>
</div>
<p class="MsoNormal"><span lang="DE"><u></u> <u></u></span></p>
</div>
</blockquote>
</div>
</div>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><small><span><u></u><u></u></span><b><span style="font-family:Verdana,sans-serif;color:rgb(17,35,89)" lang="EN-GB">Disclaimer:</span></b><br>
<span style="font-family:Verdana,sans-serif;color:rgb(17,35,89)" lang="EN-GB">Please notice our E-Mail Disclaimer <a href="http://www.medaustron.at/email-disclaimer/" target="_blank"><span style="color:rgb(17,35,89)">http://www.medaustron.at/email-disclaimer/</span></a></span></small><span><u></u><u></u></span><u></u> <u></u></p>
</div>
<br>
</div>

_______________________________________________<br>
Gate-users mailing list<br>
<a href="mailto:Gate-users@lists.opengatecollaboration.org" target="_blank">Gate-users@lists.opengatecollaboration.org</a><br>
<a href="http://lists.opengatecollaboration.org/mailman/listinfo/gate-users" rel="noreferrer" target="_blank">http://lists.opengatecollaboration.org/mailman/listinfo/gate-users</a></blockquote></div><br clear="all"><div><br></div>-- <br><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr">David Sarrut, Phd<br>Directeur de recherche CNRS<br>CREATIS, UMR CNRS 5220, Inserm U1294<div>Centre de lutte contre le cancer Léon Bérard<br>28 rue Laënnec, 69373 Lyon cedex 08<br>Tel : 04 78 78 51 51 / 06 74 72 05 42<br><a href="http://www.creatis.insa-lyon.fr/~dsarrut" target="_blank">http://dsarrut.github.io</a><br>_________________________________</div><div> "2 + 2 = 5,  for extremely large values of 2"<br>_________________________________</div></div></div></div></div></div></div>
</blockquote></div>