<div dir="ltr">Hi Gefei,<div><br></div><div>Thanks for your reply! I think it makes sense.</div><div><br></div><div>PS: 谢谢！</div><div>Best,</div><div><br></div></div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr" class="gmail_attr">On Mon, Jan 18, 2021 at 11:51 AM 陈戈飞 <<a href="mailto:seucgf@gmail.com">seucgf@gmail.com</a>> wrote:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex"><div><div dir="auto">You don't have enough ram.</div></div><div dir="auto">It appears when not enough memory available for new array.</div><div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr" class="gmail_attr">Xinjie Cao <<a href="mailto:xinjie.cao@stonybrook.edu" target="_blank">xinjie.cao@stonybrook.edu</a>>于2021年1月19日 周二00:38写道：<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex"><div dir="ltr">Dear GATE users,<div><br></div><div>I am simulating the count rate performance of some PET scanners, while I found an interesting warning/error when I made a change to the phantom configuration.</div><div><br></div><div><b>With the following simplified phantom configuration, both single thread or cluster tool can run the macro well:</b></div><div>#==========================<br>#  P H A N T O M<br>#==========================<br><br>/gate/world/daughters/name phantom1<br>/gate/world/daughters/insert cylinder<br>/gate/phantom1/placement/setTranslation           0.0 0.0 0.0 mm<br>/gate/phantom1/geometry/setRmax                   101.5 mm<br>/gate/phantom1/geometry/setHeight                 700 mm<br>/gate/phantom1/setMaterial                        Polyethylene<br>/gate/phantom1/attachPhantomSD<br><br>/gate/phantom1/daughters/name phantom2<br>/gate/phantom1/daughters/insert cylinder<br>/gate/phantom2/placement/setTranslation           0.0 -45.0 0.0 mm<br>/gate/phantom2/geometry/setRmax                   3.2 mm<br>/gate/phantom2/geometry/setHeight                 700 mm<br>/gate/phantom2/setMaterial                        Air<br>/gate/phantom2/attachPhantomSD<br></div><div><br></div><div><b>While when I added two more daughter phantoms inside the previous outer shell volume as followed</b>,</div><div><br></div><div>#===========================<br>#  P H A N T O M<br>#===========================<br><br>/gate/world/daughters/name phantom1<br>/gate/world/daughters/insert cylinder<br>/gate/phantom1/placement/setTranslation           0.0 0.0 0.0 mm<br>/gate/phantom1/geometry/setRmax                   101.5 mm<br>/gate/phantom1/geometry/setHeight                 700 mm<br>/gate/phantom1/setMaterial                        Polyethylene<br>/gate/phantom1/attachPhantomSD<br><br>/gate/phantom1/daughters/name phantom2<br>/gate/phantom1/daughters/insert cylinder<br>/gate/phantom2/placement/setTranslation           0.0 -45.0 0.0 mm<br>/gate/phantom2/geometry/setRmax                   3.2 mm<br>/gate/phantom2/geometry/setHeight                 700 mm<br>/gate/phantom2/setMaterial                        Air<br>/gate/phantom2/attachPhantomSD<br><br>/gate/phantom1/daughters/name phantom3<br>/gate/phantom1/daughters/insert cylinder<br>/gate/phantom3/placement/setTranslation           0.0 -45.0 0.0 mm<br>/gate/phantom3/geometry/setRmax                   2.4 mm<br>/gate/phantom3/geometry/setRmin                   1.6 mm<br>/gate/phantom3/geometry/setHeight                 800 mm<br>/gate/phantom3/setMaterial                        Polyethylene<br>/gate/phantom3/attachPhantomSD<br><br>/gate/phantom1/daughters/name phantom4<br>/gate/phantom1/daughters/insert cylinder<br>/gate/phantom4/placement/setTranslation           0.0 -45.0 0.0 mm<br>/gate/phantom4/geometry/setRmax                   1.6 mm<br>/gate/phantom4/geometry/setHeight                 700 mm<br>/gate/phantom4/setMaterial                        Water<br>/gate/phantom4/attachPhantomSD<br></div><div><br></div><div><b>the GATE feedbacked a warning/error like this,</b></div><div><br></div><div>*** Break *** segmentation violation<br><br>===========================================================<br>There was a crash.<br>This is the entire stack trace of all threads:<br>===========================================================<br>#0  0x00007f563c6d146c in waitpid () at /lib64/libc.so.6<br>#1  0x00007f563c64ef62 in do_system () at /lib64/libc.so.6<br>#2  0x00007f564b4c70c4 in TUnixSystem::StackTrace() () at /home/goldan/GATE/root/lib/libCore.so.6.18<br>#3  0x00007f564b4c97fc in TUnixSystem::DispatchSignals(ESignals) () at /home/goldan/GATE/root/lib/libCore.so.6.18<br>#4  0x00007f56471f4630 in <signal handler called> () at /lib64/libpthread.so.0<br>#5  0x0000000000000040 in  ()<br>#6  0x00000000008e2658 in GateMaterialDatabase::~GateMaterialDatabase() ()<br>#7  0x000000000087a8e6 in GateDetectorConstruction::~GateDetectorConstruction() ()<br>#8  0x00007f564423a1e6 in G4RunManager::DeleteUserInitializations() (this=this<br>entry=0x32997c0) at /home/goldan/GATE/geant4.10.05.p01/source/run/src/G4RunManager.cc:236<br>#9  0x00007f564423ae75 in G4RunManager::~G4RunManager() (this=0x32997c0, __in_chrg=<optimized out>) at /home/goldan/GATE/geant4.10.05.p01/source/run/src/G4RunManager.cc:211<br>#10 0x0000000000830e19 in GateRunManager::~GateRunManager() ()<br>#11 0x000000000050198f in main ()<br>===========================================================<br><br><br>The lines below might hint at the cause of the crash.<br>You may get help by asking at the ROOT forum <a href="http://root.cern.ch/forum" target="_blank">http://root.cern.ch/forum</a><br>Only if you are really convinced it is a bug in ROOT then please submit a<br>report at <a href="http://root.cern.ch/bugs" target="_blank">http://root.cern.ch/bugs</a> Please post the ENTIRE stack trace<br>from above as an attachment in addition to anything else<br>that might help us fixing this issue.<br>===========================================================<br>#5  0x0000000000000040 in  ()<br>#6  0x00000000008e2658 in GateMaterialDatabase::~GateMaterialDatabase() ()<br>#7  0x000000000087a8e6 in GateDetectorConstruction::~GateDetectorConstruction() ()<br>#8  0x00007f564423a1e6 in G4RunManager::DeleteUserInitializations() (this=this<br>entry=0x32997c0) at /home/goldan/GATE/geant4.10.05.p01/source/run/src/G4RunManager.cc:236<br>#9  0x00007f564423ae75 in G4RunManager::~G4RunManager() (this=0x32997c0, __in_chrg=<optimized out>) at /home/goldan/GATE/geant4.10.05.p01/source/run/src/G4RunManager.cc:211<br>#10 0x0000000000830e19 in GateRunManager::~GateRunManager() ()<br>#11 0x000000000050198f in main ()<br>===========================================================<br><br><br>WARNING - Attempt to delete the physical volume store while geometry closed !<br>WARNING - Attempt to delete the logical volume store while geometry closed !<br>WARNING - Attempt to delete the solid store while geometry closed !<br>WARNING - Attempt to delete the region store while geometry closed !<br></div><div><b><br></b></div><div><b>The cluster tool could run the macro with added phantom configuration well with no warning/error, so I am not sure where the wrong with it or whether it has an</b> <b>influence on the simulation result. I probably have seen </b>a<b> similar issue when I used CASToR for reconstruction so I am guessing it is related to ROOT?</b></div><div><b><br></b></div><div><b>Did anyone ever meet this issue before? Any reply will be highly appreciated! Thanks!</b></div><div><b><br></b></div><div>Best,</div><div>Xinjie</div><div><b><br></b></div></div>
_______________________________________________<br>
Gate-users mailing list<br>
<a href="mailto:Gate-users@lists.opengatecollaboration.org" target="_blank">Gate-users@lists.opengatecollaboration.org</a><br>
<a href="http://lists.opengatecollaboration.org/mailman/listinfo/gate-users" rel="noreferrer" target="_blank">http://lists.opengatecollaboration.org/mailman/listinfo/gate-users</a></blockquote></div></div>
</blockquote></div><br clear="all"><div><br></div>-- <br><div dir="ltr" class="gmail_signature"><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div><b><font color="#000000">....................................................</font></b><br></div><div><b><span style="color:rgb(153,0,0);font-family:"arial black",sans-serif;font-size:x-small">Xinjie Cao</span></b><br></div><div><b><font size="1" face="arial black, sans-serif">M.E. / Ph.D. Candidate</font></b></div><div><b><font size="1" face="arial black, sans-serif">Research Project Assistant</font></b></div><div><b><font size="1" face="arial black, sans-serif">Department of Electrical and Computer Engineering & Radiology </font></b></div><div><b><font size="1" face="arial black, sans-serif">Novel Medical Imaging Technologies Lab</font></b></div><div><b><font size="1" face="arial black, sans-serif">Health Science Center Level 8</font></b></div><div><b><font size="1" face="arial black, sans-serif">Stony Brook, NY 11794-8460 </font></b></div><div><b><font size="1" face="arial black, sans-serif">Tel: +1 (631)202-9445</font></b></div><div><a href="https://you.stonybrook.edu/goldan/people/" target="_blank">you.stonybrook.edu/goldan/people/</a><b><font size="1" face="arial black, sans-serif"><br></font></b></div><div><font size="1" face="arial black, sans-serif"><b>email: </b><a href="mailto:xinjie.cao@stonybrook.edu" target="_blank"><b>xinjie.cao@stonybroo</b>k.edu</a></font></div><div><font size="1" face="arial black, sans-serif"><br></font></div><div><font size="1" face="arial black, sans-serif"> </font><img src="https://docs.google.com/uc?export=download&id=12iMPAuaMtpKRdkcmBleVsP6iWiM4wlm_&revid=0B_TLWOu4jP1eWnFFRW9qQXlicTY3ZTVzWnR5QkRVY3RRT3JVPQ" width="200" height="28">   <img src="https://drive.google.com/a/stonybrook.edu/uc?id=17TB1Ha3enD8HC5e_Ez238vpeBF92aCgH&export=download" width="200" height="33"></div><div><div><b><font color="#000000">....................................................</font></b></div><div>It is prohibited to distribute or publish the files attached to any other people unless you get permission from the writer himself. All rights reserved.</div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div>