<div dir="ltr"><div dir="ltr"><div>Hello everyone,</div><div><br></div><div>I finally got some time to spend yesterday working on my problem with importing DICOM CT volumes. Here's a quick update:</div><div><br></div><div>-Rukiah's suggestion of checking the HU calibration files was a good one, and was the first thing that I checked. My file's minimum value was -1000 (verified by loading the DICOM data into AMIDE), and my calibration went down to -1030 so that was not causing my particular problem. It was a good thing to check, though!</div><div><br></div><div>-Replacing "setRangeToMaterialFile" with "setHUToMaterialFile" worked. Now I can actually start working through the simulation that I want to run in the phantom. I did some quick benchmarking, and for reference I am seeing a tiny bit under 2 million decays per real-time second using all eight threads of my Ryzen 3700X. I'd love to get my hands on a 5800X, but right now getting one of those is about as likely as purchasing a new GPU or video game console. :P</div><div><br></div><div>Have the best holiday that you can, and all the best in 2021!</div><div><br></div><div>-Bryan McIntosh</div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr" class="gmail_attr">On Thu, Dec 24, 2020 at 11:42 PM <<a href="mailto:gate-users-request@lists.opengatecollaboration.org">gate-users-request@lists.opengatecollaboration.org</a>> wrote:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex">Send Gate-users mailing list submissions to<br>
        <a href="mailto:gate-users@lists.opengatecollaboration.org" target="_blank">gate-users@lists.opengatecollaboration.org</a><br>
<br>
To subscribe or unsubscribe via the World Wide Web, visit<br>
        <a href="http://lists.opengatecollaboration.org/mailman/listinfo/gate-users" rel="noreferrer" target="_blank">http://lists.opengatecollaboration.org/mailman/listinfo/gate-users</a><br>
or, via email, send a message with subject or body 'help' to<br>
        <a href="mailto:gate-users-request@lists.opengatecollaboration.org" target="_blank">gate-users-request@lists.opengatecollaboration.org</a><br>
<br>
You can reach the person managing the list at<br>
        <a href="mailto:gate-users-owner@lists.opengatecollaboration.org" target="_blank">gate-users-owner@lists.opengatecollaboration.org</a><br>
<br>
When replying, please edit your Subject line so it is more specific<br>
than "Re: Contents of Gate-users digest..."<br>
<br>
<br>
Today's Topics:<br>
<br>
   1. Re: Importing DICOM CT data (David Boersma & Rukiah)<br>
      (Bryan McIntosh)<br>
   2. GATE tutoring material (Xuzhi He)<br>
<br>
<br>
----------------------------------------------------------------------<br>
<br>
Message: 1<br>
Date: Wed, 23 Dec 2020 07:50:19 -0600<br>
From: Bryan McIntosh <<a href="mailto:mcintoshster@gmail.com" target="_blank">mcintoshster@gmail.com</a>><br>
To: <a href="mailto:gate-users@lists.opengatecollaboration.org" target="_blank">gate-users@lists.opengatecollaboration.org</a><br>
Subject: Re: [Gate-users] Importing DICOM CT data (David Boersma &<br>
        Rukiah)<br>
Message-ID:<br>
        <CAC6uAtDaHD6yU78njkQzOC6ZKMmEkekb=NsXdbUAtc2jt=<a href="mailto:y9tQ@mail.gmail.com" target="_blank">y9tQ@mail.gmail.com</a>><br>
Content-Type: text/plain; charset="utf-8"<br>
<br>
Hi David and Rukiah,<br>
<br>
Thank you for the responses! I will try David's suggestion of using<br>
setHUtoMaterialFile first, and then Rukiah's idea of expanding the range of<br>
my density calibration file. Once I'm finished with that, I'll let the<br>
mailing list know what happened; I am sure it will help someone else.<br>
<br>
Thanks for the help!<br>
<br>
-Bryan<br>
<br>
On Wed, Dec 23, 2020 at 5:32 AM <<br>
<a href="mailto:gate-users-request@lists.opengatecollaboration.org" target="_blank">gate-users-request@lists.opengatecollaboration.org</a>> wrote:<br>
<br>
> Send Gate-users mailing list submissions to<br>
>         <a href="mailto:gate-users@lists.opengatecollaboration.org" target="_blank">gate-users@lists.opengatecollaboration.org</a><br>
><br>
> To subscribe or unsubscribe via the World Wide Web, visit<br>
>         <a href="http://lists.opengatecollaboration.org/mailman/listinfo/gate-users" rel="noreferrer" target="_blank">http://lists.opengatecollaboration.org/mailman/listinfo/gate-users</a><br>
> or, via email, send a message with subject or body 'help' to<br>
>         <a href="mailto:gate-users-request@lists.opengatecollaboration.org" target="_blank">gate-users-request@lists.opengatecollaboration.org</a><br>
><br>
> You can reach the person managing the list at<br>
>         <a href="mailto:gate-users-owner@lists.opengatecollaboration.org" target="_blank">gate-users-owner@lists.opengatecollaboration.org</a><br>
><br>
> When replying, please edit your Subject line so it is more specific<br>
> than "Re: Contents of Gate-users digest..."<br>
><br>
><br>
> Today's Topics:<br>
><br>
>    1. Bain CT Image (HU ranges and corresponding material<br>
>       definitions) (Atiq Ur Rahman)<br>
>    2. Re: Importing DICOM CT data (David Boersma)<br>
><br>
><br>
> ----------------------------------------------------------------------<br>
><br>
> Message: 1<br>
> Date: Wed, 23 Dec 2020 15:28:50 +0800<br>
> From: Atiq Ur Rahman <<a href="mailto:atiqchep@gmail.com" target="_blank">atiqchep@gmail.com</a>><br>
> To: <a href="mailto:gate-users@lists.opengatecollaboration.org" target="_blank">gate-users@lists.opengatecollaboration.org</a><br>
> Subject: [Gate-users] Bain CT Image (HU ranges and corresponding<br>
>         material        definitions)<br>
> Message-ID:<br>
>         <<br>
> <a href="mailto:CAEQ5BgcK06a47u9BgXO0CZtiYSQo55tAwnFVDA9mQjKP-NYNpA@mail.gmail.com" target="_blank">CAEQ5BgcK06a47u9BgXO0CZtiYSQo55tAwnFVDA9mQjKP-NYNpA@mail.gmail.com</a>><br>
> Content-Type: text/plain; charset="utf-8"<br>
><br>
> Dear Users,<br>
> I have been dealing with brain CT Dicom image. To read it in Gate, we write<br>
> a material file that specifies the HU ranges and corresponding material.<br>
> For a certain brain image, how can I specify the realistic  HU range of the<br>
> organs and their corresponding compositions (To define material<br>
> definitions)? I have seen that some organ compositions are already defined<br>
> in GateMaterial.db (Liver Saleen, bones, kidneys) files. If someone has<br>
> preliminarily defined some HU ranges of organs and material definitions,<br>
> your sharing will be much appreciated OR can point how to prepare such<br>
> files.<br>
> Regards<br>
> Atiq<br>
> -------------- next part --------------<br>
> An HTML attachment was scrubbed...<br>
> URL: <<br>
> <a href="http://lists.opengatecollaboration.org/pipermail/gate-users/attachments/20201223/578dca94/attachment-0001.html" rel="noreferrer" target="_blank">http://lists.opengatecollaboration.org/pipermail/gate-users/attachments/20201223/578dca94/attachment-0001.html</a><br>
> ><br>
><br>
> ------------------------------<br>
><br>
> Message: 2<br>
> Date: Wed, 23 Dec 2020 10:06:22 +0000<br>
> From: David Boersma <<a href="mailto:david.boersma@acmit.at" target="_blank">david.boersma@acmit.at</a>><br>
> To: "<a href="mailto:gate-users@lists.opengatecollaboration.org" target="_blank">gate-users@lists.opengatecollaboration.org</a>"<br>
>         <<a href="mailto:gate-users@lists.opengatecollaboration.org" target="_blank">gate-users@lists.opengatecollaboration.org</a>>, Bryan McIntosh<br>
>         <<a href="mailto:mcintoshster@gmail.com" target="_blank">mcintoshster@gmail.com</a>>, Rukiah <<a href="mailto:katoshka_7880@yahoo.com" target="_blank">katoshka_7880@yahoo.com</a>><br>
> Subject: Re: [Gate-users] Importing DICOM CT data<br>
> Message-ID:<br>
>         <<br>
> <a href="mailto:VI1P190MB03515910D67B1C7BBDED25AC86DE0@VI1P190MB0351.EURP190.PROD.OUTLOOK.COM" target="_blank">VI1P190MB03515910D67B1C7BBDED25AC86DE0@VI1P190MB0351.EURP190.PROD.OUTLOOK.COM</a><br>
> ><br>
><br>
> Content-Type: text/plain; charset="utf-8"<br>
><br>
> Hi!<br>
><br>
> Bryan, what happens if you replace "setRangeToMaterialFile" with<br>
> "setHUToMaterialFile" in the nested voxelized image configuration?<br>
><br>
> (I think that the range-to-material command is intended for a different<br>
> kind of input image, I think, images in which the voxel values are not HU<br>
> values. If I understood your problem correctly and if my solution works for<br>
> you, then the lesson for us is to improve the error message, to make it<br>
> more clear to the user what is going wrong in such a situation...)<br>
><br>
> /David<br>
><br>
><br>
> ________________________________<br>
> From: Gate-users <<a href="mailto:gate-users-bounces@lists.opengatecollaboration.org" target="_blank">gate-users-bounces@lists.opengatecollaboration.org</a>> on<br>
> behalf of Rukiah <<a href="mailto:katoshka_7880@yahoo.com" target="_blank">katoshka_7880@yahoo.com</a>><br>
> Sent: Wednesday, December 23, 2020 5:10 AM<br>
> To: <a href="mailto:gate-users@lists.opengatecollaboration.org" target="_blank">gate-users@lists.opengatecollaboration.org</a> <<br>
> <a href="mailto:gate-users@lists.opengatecollaboration.org" target="_blank">gate-users@lists.opengatecollaboration.org</a>>; Bryan McIntosh <<br>
> <a href="mailto:mcintoshster@gmail.com" target="_blank">mcintoshster@gmail.com</a>><br>
> Subject: Re: [Gate-users] Importing DICOM CT data<br>
><br>
> Hi,<br>
> This response might be late. And I am not sure if you found the solution.<br>
> I just want to share my experience on creating voxelized phantom from CT<br>
> image, using GATE 7.2 back then. I experienced the same error and thought<br>
> that was nothing to do with the image format since GATE 7.2 accept the uint<br>
> or int image. I was using Analyze or Interfile format during that time<br>
> since 7.2 version was not able to accept Dicom.<br>
><br>
> The error occurred because the CT image and the HU calibration txt does<br>
> not have the same min or max HU. In your case, GATE detected the HU of<br>
> -1000, however, in HU calibration txt, the min HU started at higher than<br>
> -1000. Therefore, GATE was not able to define and calibrate the HU less<br>
> than -1000.<br>
> Whether you can rescale back the CT image according to the HU calibration<br>
> txt or vice versa, the problem will be solved.<br>
><br>
> Good luck.<br>
><br>
><br>
><br>
><br>
><br>
><br>
> On Friday, December 18, 2020, 06:39:01 AM GMT+8, Bryan McIntosh <<br>
> <a href="mailto:mcintoshster@gmail.com" target="_blank">mcintoshster@gmail.com</a>> wrote:<br>
><br>
><br>
> Hi everyone,<br>
><br>
> I am working on a side project to do some HDR brachytherapy dosimetry in<br>
> GATE 8.2, and am having a very difficult time creating a voxelized phantom<br>
> based on the DICOM CT data of our prostate phantom. However, as my<br>
> simulation starts I get the following error as the voxelized phantom is<br>
> turned into an image volume:<br>
><br>
> "GateVImageVolume.cc (l.742):  I find R=-1000 in the image, while range<br>
> stop at -1001"<br>
><br>
> The only reference I could find in the mailing list archives to this was<br>
> back in 2016, before GATE had DICOM import capability. The same issue<br>
> happens if I try to import the volume split across multiple files (the<br>
> default from our planning CT system) or as a single file (using AMIDE to<br>
> export the multi-file data). I'd rather not change the data to an Interfile<br>
> format, since GATE won't import Interfile data unless it's an unsigned INT;<br>
> that would make it pretty difficult to have CT data for the air-equivalent<br>
> part of the phantom that represents the colon!<br>
><br>
> So, has anyone found a way to work around this? Is this fixed in GATE 9.0<br>
> and I just need to install the new version, or is there some other fix i<br>
> need to go through? I'll post the beginning of my macro and system<br>
> configuration below.<br>
><br>
> Thanks for your time,<br>
><br>
> -Bryan McIntosh<br>
><br>
> My configuration:<br>
> Linux Mint 19.3<br>
> GATE 8.2, GEANT4 10.5.p01, root 6.14, ITK 5.1.2<br>
> Ryzen 7 3700X, 16 GB RAM, Gigabyte X470<br>
><br>
> Phantom-defining macro content<br>
> ------<br>
> /gate/geometry/setMaterialDatabase GateMaterials.db<br>
><br>
> # World<br>
> /gate/world/geometry/setXLength 3 m<br>
> /gate/world/geometry/setYLength 3 m<br>
> /gate/world/geometry/setZLength 3 m<br>
> /gate/world/setMaterial Air<br>
><br>
> #Generate Hounsfield unit table (commented out after 1st run)<br>
> #/gate/HounsfieldMaterialGenerator/SetMaterialTable<br>
> data/Schneider2000MaterialsTable.txt<br>
> #/gate/HounsfieldMaterialGenerator/SetDensityTable<br>
>  data/Schneider2000DensitiesTable.txt<br>
> #/gate/HounsfieldMaterialGenerator/SetDensityTolerance               0.1<br>
> g/cm3<br>
> #/gate/HounsfieldMaterialGenerator/SetOutputMaterialDatabaseFilename<br>
> data/patient-HUmaterials.db<br>
> #/gate/HounsfieldMaterialGenerator/SetOutputHUMaterialFilename<br>
>  data/patient-HU2mat.txt<br>
> #/gate/HounsfieldMaterialGenerator/Generate<br>
><br>
> # Voxelized prostate phantom<br>
> # VOXELIZED PHANTOM BASED ON PATIENT DATA<br>
> /gate/world/daughters/name prostate<br>
><br>
> /gate/world/daughters/insert ImageNestedParametrisedVolume<br>
> /gate/prostate/geometry/setImage                data/CT.T111112.1.dcm<br>
> /gate/geometry/setMaterialDatabase     data/patient-HUmaterials.db<br>
> /gate/prostate/geometry/setRangeToMaterialFile  data/patient-HU2mat.dat<br>
><br>
><br>
> _______________________________________________<br>
> Gate-users mailing list<br>
> <a href="mailto:Gate-users@lists.opengatecollaboration.org" target="_blank">Gate-users@lists.opengatecollaboration.org</a><mailto:<br>
> <a href="mailto:Gate-users@lists.opengatecollaboration.org" target="_blank">Gate-users@lists.opengatecollaboration.org</a>><br>
> <a href="http://lists.opengatecollaboration.org/mailman/listinfo/gate-users" rel="noreferrer" target="_blank">http://lists.opengatecollaboration.org/mailman/listinfo/gate-users</a><br>
> -------------- next part --------------<br>
> An HTML attachment was scrubbed...<br>
> URL: <<br>
> <a href="http://lists.opengatecollaboration.org/pipermail/gate-users/attachments/20201223/e850d669/attachment-0001.html" rel="noreferrer" target="_blank">http://lists.opengatecollaboration.org/pipermail/gate-users/attachments/20201223/e850d669/attachment-0001.html</a><br>
> ><br>
><br>
> ------------------------------<br>
><br>
> Subject: Digest Footer<br>
><br>
> _______________________________________________<br>
> Gate-users mailing list<br>
> <a href="mailto:Gate-users@lists.opengatecollaboration.org" target="_blank">Gate-users@lists.opengatecollaboration.org</a><br>
> <a href="http://lists.opengatecollaboration.org/mailman/listinfo/gate-users" rel="noreferrer" target="_blank">http://lists.opengatecollaboration.org/mailman/listinfo/gate-users</a><br>
><br>
> ------------------------------<br>
><br>
> End of Gate-users Digest, Vol 175, Issue 27<br>
> *******************************************<br>
><br>
-------------- next part --------------<br>
An HTML attachment was scrubbed...<br>
URL: <<a href="http://lists.opengatecollaboration.org/pipermail/gate-users/attachments/20201223/6179199d/attachment-0001.html" rel="noreferrer" target="_blank">http://lists.opengatecollaboration.org/pipermail/gate-users/attachments/20201223/6179199d/attachment-0001.html</a>><br>
<br>
------------------------------<br>
<br>
Message: 2<br>
Date: Thu, 24 Dec 2020 01:17:54 -0800<br>
From: Xuzhi He <<a href="mailto:xzhe@ucdavis.edu" target="_blank">xzhe@ucdavis.edu</a>><br>
To: <a href="mailto:gate-users@lists.opengatecollaboration.org" target="_blank">gate-users@lists.opengatecollaboration.org</a><br>
Subject: [Gate-users] GATE tutoring material<br>
Message-ID:<br>
        <CAD79qq6q2QX+wTt8VOe9Ki3sa+M7PzYi=<a href="mailto:DLMcpkWt3h9dD5c3Q@mail.gmail.com" target="_blank">DLMcpkWt3h9dD5c3Q@mail.gmail.com</a>><br>
Content-Type: text/plain; charset="utf-8"<br>
<br>
Hi Gate Users<br>
<br>
I am new to GATE. Could someone recommend GATE tutoring videos or some<br>
other tutoring material? Thanks in advance.<br>
<br>
Happy Holidays<br>
Xuzhi<br>
-------------- next part --------------<br>
An HTML attachment was scrubbed...<br>
URL: <<a href="http://lists.opengatecollaboration.org/pipermail/gate-users/attachments/20201224/ec189c37/attachment-0001.html" rel="noreferrer" target="_blank">http://lists.opengatecollaboration.org/pipermail/gate-users/attachments/20201224/ec189c37/attachment-0001.html</a>><br>
<br>
------------------------------<br>
<br>
Subject: Digest Footer<br>
<br>
_______________________________________________<br>
Gate-users mailing list<br>
<a href="mailto:Gate-users@lists.opengatecollaboration.org" target="_blank">Gate-users@lists.opengatecollaboration.org</a><br>
<a href="http://lists.opengatecollaboration.org/mailman/listinfo/gate-users" rel="noreferrer" target="_blank">http://lists.opengatecollaboration.org/mailman/listinfo/gate-users</a><br>
<br>
------------------------------<br>
<br>
End of Gate-users Digest, Vol 175, Issue 28<br>
*******************************************<br>
</blockquote></div></div></div>