<div dir="ltr"><div>Hi everyone,</div><div><br></div><div>I am working on a side project to do some HDR brachytherapy dosimetry in GATE 8.2, and am having a very difficult time creating a voxelized phantom based on the DICOM CT data of our prostate phantom. However, as my simulation starts I get the following error as the voxelized phantom is turned into an image volume:</div><div><br></div><div>"GateVImageVolume.cc (l.742):  I find R=-1000 in the image, while range stop at -1001"<br></div><div><br></div><div>The only reference I could find in the mailing list archives to this was back in 2016, before GATE had DICOM import capability. The same issue happens if I try to import the volume split across multiple files (the default from our planning CT system) or as a single file (using AMIDE to export the multi-file data). I'd rather not change the data to an Interfile format, since GATE won't import Interfile data unless it's an unsigned INT; that would make it pretty difficult to have CT data for the air-equivalent part of the phantom that represents the colon!</div><div><br></div><div>So, has anyone found a way to work around this? Is this fixed in GATE 9.0 and I just need to install the new version, or is there some other fix i need to go through? I'll post the beginning of my macro and system configuration below.<br></div><div><br></div><div>Thanks for your time,</div><div><br></div><div>-Bryan McIntosh</div><div><br></div><div>My configuration:<br></div><div>Linux Mint 19.3<br></div><div>GATE 8.2, GEANT4 10.5.p01, root 6.14, ITK 5.1.2</div><div>Ryzen 7 3700X, 16 GB RAM, Gigabyte X470</div><div><br></div><div>Phantom-defining macro content<br></div><div>------<br></div><div>/gate/geometry/setMaterialDatabase GateMaterials.db<br><br># World<br>/gate/world/geometry/setXLength 3 m<br>/gate/world/geometry/setYLength 3 m<br>/gate/world/geometry/setZLength 3 m<br>/gate/world/setMaterial Air<br><br>#Generate Hounsfield unit table (commented out after 1st run)<br>#/gate/HounsfieldMaterialGenerator/SetMaterialTable                  data/Schneider2000MaterialsTable.txt<br>#/gate/HounsfieldMaterialGenerator/SetDensityTable                   data/Schneider2000DensitiesTable.txt<br>#/gate/HounsfieldMaterialGenerator/SetDensityTolerance               0.1 g/cm3<br>#/gate/HounsfieldMaterialGenerator/SetOutputMaterialDatabaseFilename data/patient-HUmaterials.db<br>#/gate/HounsfieldMaterialGenerator/SetOutputHUMaterialFilename       data/patient-HU2mat.txt<br>#/gate/HounsfieldMaterialGenerator/Generate<br><br># Voxelized prostate phantom<br># VOXELIZED PHANTOM BASED ON PATIENT DATA<br>/gate/world/daughters/name prostate<br><br>/gate/world/daughters/insert ImageNestedParametrisedVolume<br>/gate/prostate/geometry/setImage                data/CT.T111112.1.dcm<br>/gate/geometry/setMaterialDatabase     data/patient-HUmaterials.db<br>/gate/prostate/geometry/setRangeToMaterialFile  data/patient-HU2mat.dat</div><div><br></div><div><br></div></div>