<div dir="ltr">Hi David,<div><br></div><div>Thanks for your message. I have just tried emstandard_opt4.</div><div>I also have previously tried all the different physics lists builder mentioned in the GATE documentation. Still, the obtained position range is shorter than expected.</div><div><br></div><div>emstandard<br>emstandard_opt1<br>emstandard_opt2<br>emstandard_opt3<br>emlivermore<br>emlivermore_polar<br>empenelope<br></div><div><br></div><div>Following your advice, I opened an issue on Github: <a href="https://github.com/OpenGATE/Gate/issues/379">https://github.com/OpenGATE/Gate/issues/379</a>.</div><div>There, I have more details and also the macro that I use for simulation.</div><div>Hopefully, you can look at it in the monthly meeting.</div><div><br></div><div>Thank you.</div><div>Kind regards,</div><div>Minh</div><div></div></div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr" class="gmail_attr">On Fri, Dec 4, 2020 at 7:42 AM David Sarrut <<a href="mailto:david.sarrut@gmail.com">david.sarrut@gmail.com</a>> wrote:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex"><div dir="ltr"><div class="gmail_quote"><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex"><div dir="ltr">Hello, <div><br></div><div>maybe just an idea: can you try with </div><div>/gate/physics/addPhysicsList emstandard_opt4<br></div><div>instead of emstandard</div><div><br></div><div>thanks</div><div>David</div></div></blockquote><div><br></div><div> </div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex"><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr" class="gmail_attr">On Tue, Nov 17, 2020 at 8:29 AM David Sarrut <<a href="mailto:David.Sarrut@creatis.insa-lyon.fr" target="_blank">David.Sarrut@creatis.insa-lyon.fr</a>> wrote:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex"><div dir="ltr"><div>Hi ! <div><br></div><div>thanks for reporting on that. Could you please add a summary of your findings as an issued in the github, please? (you can copy parts of the emails of course). It helps us a lot to keep track and correct issues. </div><div><br></div><div>We run a monthly meeting to discuss issues, maintenance and new features. Hopefully, someone will look at this soon.</div><div><br></div><div>Note also, that we will probably start a new (open) action, in the following month, dedicated to radionuclide therapy simulations. Your report will be very helpful.</div><div><br></div><div>thanks again for reporting, </div><div>David</div></div><div></div></div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr" class="gmail_attr">On Tue, Nov 10, 2020 at 12:49 PM Minh Phuong Nguyen <<a href="mailto:mipbkhn@gmail.com" target="_blank">mipbkhn@gmail.com</a>> wrote:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex"><div dir="ltr">Hi Cassandra,<div><br></div><div>Thank you for your reply. I use the following standard definition for the physics list. I also put the definition of the I-124 point source below.</div><div>How do you set the energy cuts? Do you mean the production threshold: <a href="https://opengate.readthedocs.io/en/latest/cut_and_variance_reduction_technics.html?highlight=range%20cut#production-threshold" target="_blank">https://opengate.readthedocs.io/en/latest/cut_and_variance_reduction_technics.html?highlight=range%20cut#production-threshold</a></div><div><br></div><div>#  P H Y S I C S<br>/gate/physics/addPhysicsList emstandard<br>/gate/physics/addProcess RadioactiveDecay<br>/gate/physics/processList Enabled<br>/gate/physics/processList Initialized<br></div><div><br></div><div># S O U R C E:  I-124<br>/gate/source/addSource pointsource<br>/gate/source/pointsource/gps/particle ion<br>/gate/source/pointsource/gps/ion 53 124 0 0<br>/gate/source/pointsource/gps/monoenergy 0. keV<br>/gate/source/pointsource/gps/angtype iso<br>/gate/source/pointsource/gps/mintheta 0 deg <br>/gate/source/pointsource/gps/maxtheta 180 deg<br>/gate/source/pointsource/gps/minphi -180 deg <br>/gate/source/pointsource/gps/maxphi 180 deg <br>/gate/source/pointsource/gps/centre 0 0 0 mm<br>/gate/source/pointsource/setActivity 30000000 Bq<br></div><div><br></div><div>Best,</div><div>Minh</div></div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr" class="gmail_attr">On Mon, Nov 9, 2020 at 11:21 PM Cassandra Miller <<a href="mailto:cassandramiller@phas.ubc.ca" target="_blank">cassandramiller@phas.ubc.ca</a>> wrote:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex">Hi Minh,<br>
<br>
I don't have a solution to your problem, but is it possible that your <br>
energy cuts are too high and hence your positrons are stopping too early <br>
and depositing all of their energy? Also, what physics list are you <br>
using?<br>
<br>
Best,<br>
Cassandra<br>
<br>
On 2020-11-09 07:27, Minh Phuong Nguyen wrote:<br>
> Can anyone help me with this?<br>
>  The inconsistency in the positron range simulation with GATE appears<br>
> to be an existing problem.<br>
> Several related posts in the gate-user archive have not received a<br>
> final answer either.<br>
> <br>
> Minh<br>
> <br>
> On Thu, Nov 5, 2020 at 10:29 AM Minh Phuong Nguyen <<a href="mailto:mipbkhn@gmail.com" target="_blank">mipbkhn@gmail.com</a>><br>
> wrote:<br>
> <br>
>> Dear GATErs,<br>
>> <br>
>> I simulated positron ranges for several isotopes such as F-18 and<br>
>> I-124 with GATE. The setup was very simple with a point source at<br>
>> the centre of a water environment (20-cm-radius sphere). The sphere<br>
>> was that large to make sure that the positrons do not escape the<br>
>> water volume.<br>
>> <br>
>> The obtained mean/max positron range from this simulation was<br>
>> shorter than what I found in literature. Then I tested with<br>
>> different GATE versions (8.0/ 9.0 with corresponding GEANT4 versions<br>
>> as stated in the GATE documentation), and different ways of defining<br>
>> the source (ion, e+, fastI124). I observed that the positron range<br>
>> result was not consistent when changing these parameters (attached<br>
>> figures).<br>
>> <br>
>> Looking at the range distributions (attached figures), GATE 8.0 with<br>
>> ion source produced a lot of annihilations near the decay locations<br>
>> (range ~ 0 mm). This was not the case with GATE 9.0 and e+ or<br>
>> fastI124 sources.<br>
>> <br>
>> Does anybody know:<br>
>> - why positron range from GATE is shorter than in literature?<br>
>> <br>
>> - which changes in the new GATE version makes the discrepancy in<br>
>> positron range simulation result?<br>
>> - what makes the difference in positron range between the ion source<br>
>> and other type sources?<br>
>> <br>
>> Thank you.<br>
>> Kind regards,<br>
>> Minh Phuong Nguyen<br>
> _______________________________________________<br>
> Gate-users mailing list<br>
> <a href="mailto:Gate-users@lists.opengatecollaboration.org" target="_blank">Gate-users@lists.opengatecollaboration.org</a><br>
> <a href="http://lists.opengatecollaboration.org/mailman/listinfo/gate-users" rel="noreferrer" target="_blank">http://lists.opengatecollaboration.org/mailman/listinfo/gate-users</a><br>
</blockquote></div>
_______________________________________________<br>
Gate-users mailing list<br>
<a href="mailto:Gate-users@lists.opengatecollaboration.org" target="_blank">Gate-users@lists.opengatecollaboration.org</a><br>
<a href="http://lists.opengatecollaboration.org/mailman/listinfo/gate-users" rel="noreferrer" target="_blank">http://lists.opengatecollaboration.org/mailman/listinfo/gate-users</a></blockquote></div><br clear="all"><div><br></div>-- <br><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr">David Sarrut, Phd<br>Directeur de recherche CNRS<br>CREATIS, UMR CNRS 5220, Inserm U1206<div>Centre de lutte contre le cancer Léon Bérard<br>28 rue Laënnec, 69373 Lyon cedex 08<br>Tel : 04 78 78 51 51 / 06 74 72 05 42<br><a href="http://www.creatis.insa-lyon.fr/~dsarrut" target="_blank">http://www.creatis.insa-lyon.fr/~dsarrut</a><br>_________________________________</div><div> "2 + 2 = 5,  for extremely large values of 2"<br>_________________________________</div></div></div></div></div></div></div>
</blockquote></div><br clear="all"><div><br></div>-- <br><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr">David Sarrut, Phd<br>Directeur de recherche CNRS<br>CREATIS, UMR CNRS 5220, Inserm U1206<div>Centre de lutte contre le cancer Léon Bérard<br>28 rue Laënnec, 69373 Lyon cedex 08<br>Tel : 04 78 78 51 51 / 06 74 72 05 42<br><a href="http://www.creatis.insa-lyon.fr/~dsarrut" target="_blank">http://www.creatis.insa-lyon.fr/~dsarrut</a><br>_________________________________</div><div> "2 + 2 = 5,  for extremely large values of 2"<br>_________________________________</div></div></div></div></div></div></div>
</blockquote></div></div>
</blockquote></div>