<div dir="ltr"><div>Hi Cassandra, thank you for your reply,</div><div><br></div><div>My .mac file is not too large but it is divided into many .mac files (geometry, source, digitizer, output, etc) and linked together in a main.mac file (mysim.mac), could that be a reason to take a long time?</div><div><br></div><div>I forgot to mention that I am running this on my PC (6 cores intel CPU with 8 Gb of RAM) not a cluster, and that I'm supplying the condor.script located in Gate cluster_tools folder without any modification.</div><div><br></div><div>Thank you again for your time and consideration.</div><div>Martin<br></div><div><br></div><div><br></div></div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr" class="gmail_attr">Le ven. 23 oct. 2020 à 18:25, Cassandra Miller <<a href="mailto:cassandramiller@phas.ubc.ca">cassandramiller@phas.ubc.ca</a>> a écrit :<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex">
  
    
  
  <div>
    <p>Hi Martin, <br>
      <br>
      Unfortunately I don't have an answer for why it's taking so
      long... But I just want to say that for me, it never takes a long
      time. Splitting into 2 jobs takes me like 5 seconds. How large is
      your .mac file? If you did two splits, there should also be 2
      files (mysim1.mac and mysim2.mac, not just mysim1.mac, although
      that could be because you forced it to stop).<br>
      <br>
      Best,<br>
      Cassandra<br>
    </p>
    <pre cols="72">-- 

Cassandra Miller
PhD Student, Physics 
Quantitative Radiomolecular Imaging and Therapy Lab
Department of Physics and Astronomy, University of British Columbia</pre>
    <div>On 2020-10-23 3:41 a.m., Martin Sower
      wrote:<br>
    </div>
    <blockquote type="cite">
      
      <div dir="ltr">
        <div>Hi,</div>
        <div><br>
        </div>
        <div>I installed the gjs (job splitter) and gjm (job merger) as
          in the Gate User's guide and installed a Personal HTcondor as
          in   <a href="https://htcondor.readthedocs.io/en/stable/cloud-computing/using-annex-first-time.html#install-a-personal-htcondor" target="_blank">https://htcondor.readthedocs.io/en/stable/cloud-computing/using-annex-first-time.html#install-a-personal-htcondor</a>
          with the tests passed successfully, and now I'm trying to
          split my simulation to 2 jobs, with the command   gjs
           -numberofsplits 2 -clusterplatform condor -condorscript
          /home/..../Gate-8.2/cluster_tools/jobsplitter/script/condor.script
          mysim.mac, I'm getting the .split and mysim1.mac in the .GATE
          directory but nothing else, and the problem is that this
          command take too much long (1h before I force them to stop),
          so my question is: is it normal that this gjs command take
          such a long time? and what can be the origin of this problem?</div>
        <div><br>
        </div>
        <div>thank you in advance for your help.</div>
        <div>Martin<br>
        </div>
      </div>
      <br>
      <fieldset></fieldset>
      <pre>_______________________________________________
Gate-users mailing list
<a href="mailto:Gate-users@lists.opengatecollaboration.org" target="_blank">Gate-users@lists.opengatecollaboration.org</a>
<a href="http://lists.opengatecollaboration.org/mailman/listinfo/gate-users" target="_blank">http://lists.opengatecollaboration.org/mailman/listinfo/gate-users</a></pre>
    </blockquote>
  </div>

</blockquote></div>