<div dir="ltr"><br><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr" class="gmail_attr">---------- Forwarded message ---------<br>From: <strong class="gmail_sendername" dir="auto">Xinjie Cao</strong> <span dir="auto"><<a href="mailto:xinjie.cao@stonybrook.edu">xinjie.cao@stonybrook.edu</a>></span><br>Date: Tue, Sep 22, 2020 at 9:51 AM<br>Subject: Re: [Gate-users] How to extract scatter fraction from the ROOT output?<br>To: SL H <<a href="mailto:hsl1196997465@gmail.com">hsl1196997465@gmail.com</a>><br></div><br><br><div dir="ltr">Hi,<div><br></div><div>There are always two lists in the ROOT TBrowser tree of GATE ROOT output (singles, hits, coincidences, etc) from my experience. So you could try filter them all and see whether the result make sense or not. For the look up table, see the following link of GATE instruction:</div><div><br></div><div><a href="https://opengate.readthedocs.io/en/latest/data_output_management.html?highlight=root" target="_blank">https://opengate.readthedocs.io/en/latest/data_output_management.html?highlight=root</a><br></div><div><br></div><div>Usually you just need to care about the Compton and Rayleigh effect of scatter in the output file and the filter standard depends on your simulation. I am not very familiar with CT imaging output, but you could have a try first with a simple filter threshold. Good luck!</div><div><br></div><div>Best,</div><div>Xinjie</div></div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr" class="gmail_attr">On Tue, Sep 22, 2020 at 4:48 AM SL H <<a href="mailto:hsl1196997465@gmail.com" target="_blank">hsl1196997465@gmail.com</a>> wrote:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex"><div dir="ltr">Hi, Xinjie.<div>I have followed your suggestion and converted the ROOT file to a text (it is so large for MATLAB to read) using the code on this page:<a href="http://root.cern.ch/phpBB3/viewtopic.php?f=3&t=16590" style="color:rgb(109,65,0);text-decoration-line:none;border-bottom:1px solid rgb(109,65,0);font-family:Georgia,serif;font-size:17px" target="_blank">http://root.cern.ch/phpBB3/viewtopic.php?f=3&t=16590</a>.</div><div>After that I got something like the attached picture1. I used TBrowser to check my ROOT file and found there are two Singles and two Hits( attached picture2), which one should I convert to text for filtering scatter data? </div><div>And 

in the Gate user doc, I can not find the look up table which you said, there is not much information about the ROOT output, could you please give me some instructions or an example to filter the scatter data? </div><div>Thank you!</div><div><br></div><div><div><br></div></div></div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr" class="gmail_attr">Xinjie Cao <<a href="mailto:xinjie.cao@stonybrook.edu" target="_blank">xinjie.cao@stonybrook.edu</a>> 于2020年9月22日周二 上午1:58写道：<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex"><div dir="ltr">My suggestion is to convert the ROOT output file into the txt file and filter all scatters you need by MATLAB (with the look up table for ROOT output file format in the GATE instruction file). Then if you still need the ROOT output file you can convert the filtered txt data into ROOT file reversely. We achieved this before, but I am wondering if anyone else has a better solution, like filtering the scatter in ROOT command line work. Good luck!<div><br></div><div>Best,</div><div>Xinjie</div></div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr" class="gmail_attr">On Mon, Sep 21, 2020 at 6:35 AM SL H <<a href="mailto:hsl1196997465@gmail.com" target="_blank">hsl1196997465@gmail.com</a>> wrote:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex"><div dir="ltr">Dear gate users.  <span style="color:rgb(51,51,51);font-family:Arial,"Microsoft YaHei",微软雅黑,宋体,"Malgun Gothic",Meiryo,sans-serif;font-size:14px;font-variant-numeric:normal;font-variant-east-asian:normal;line-height:26px;text-align:justify;background-color:rgb(247,248,250)">I am learning to use GATE for CT simulation, I know that primray+scatter=total (.dat projection). But how can I get the Compton, Rayleigh scatter fraction  from the ROOT output file?</span></div>
_______________________________________________<br>
Gate-users mailing list<br>
<a href="mailto:Gate-users@lists.opengatecollaboration.org" target="_blank">Gate-users@lists.opengatecollaboration.org</a><br>
<a href="http://lists.opengatecollaboration.org/mailman/listinfo/gate-users" rel="noreferrer" target="_blank">http://lists.opengatecollaboration.org/mailman/listinfo/gate-users</a></blockquote></div>
</blockquote></div>
</blockquote></div>
</div><br clear="all"><div><br></div>-- <br><div dir="ltr" class="gmail_signature" data-smartmail="gmail_signature"><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div><b><font color="#000000">....................................................</font></b><br></div><div><b><span style="color:rgb(153,0,0);font-family:"arial black",sans-serif;font-size:x-small">Xinjie Cao</span></b><br></div><div><b><font size="1" face="arial black, sans-serif">M.E. / Ph.D. student</font></b></div><div><b><font size="1" face="arial black, sans-serif">Research Project Assistant</font></b></div><div><b><font size="1" face="arial black, sans-serif">Department of Electrical and Computer Engineering & Radiology </font></b></div><div><b><font size="1" face="arial black, sans-serif">Novel Medical Imaging Technologies Lab</font></b></div><div><b><font size="1" face="arial black, sans-serif">Health Science Center Level 8</font></b></div><div><b><font size="1" face="arial black, sans-serif">Stony Brook, NY 11794-8460 </font></b></div><div><b><font size="1" face="arial black, sans-serif">Tel: +1 (631)202-9445</font></b></div><div><a href="https://you.stonybrook.edu/goldan/people/" target="_blank">you.stonybrook.edu/goldan/people/</a><b><font size="1" face="arial black, sans-serif"><br></font></b></div><div><font size="1" face="arial black, sans-serif"><b>email: </b><a href="mailto:xinjie.cao@stonybrook.edu" target="_blank"><b>xinjie.cao@stonybroo</b>k.edu</a></font></div><div><font size="1" face="arial black, sans-serif"><br></font></div><div><font size="1" face="arial black, sans-serif"> </font><img src="https://docs.google.com/uc?export=download&id=12iMPAuaMtpKRdkcmBleVsP6iWiM4wlm_&revid=0B_TLWOu4jP1eWnFFRW9qQXlicTY3ZTVzWnR5QkRVY3RRT3JVPQ" width="200" height="28">   <img src="https://drive.google.com/a/stonybrook.edu/uc?id=17TB1Ha3enD8HC5e_Ez238vpeBF92aCgH&export=download" width="200" height="33"></div><div><div><b><font color="#000000">....................................................</font></b></div><div>It is prohibited to distribute or publish the files attached to any other people unless you get permission from the writer himself. All rights reserved.</div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div>