<div dir="ltr"><br clear="all"><div><div dir="ltr" class="gmail_signature" data-smartmail="gmail_signature"><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div>Dear Matthew,</div><div><br></div><div>Thanks a lot for your reply.</div><div><br></div><div>Yes there is 0.02cm layer of air in between each layer. </div><div><br></div><div>Maybe my simulation stuck because of these large numbers of repetitions. Now I used another approach and it's working now.  </div><div><br></div><div>Thank you for your consideration.</div><div><br></div><div><br></div><div><br></div><div><div><font color="#666666"><b>KHALID HUSSAIN </b>|</font> <font color="#bf9000"><b>PhD Scholar</b></font></div><div><font color="#073763" face="times new roman, serif"><b>Universiti Putra Malaysia (UPM), Malaysia</b></font></div><div><font face="times new roman, serif">Email:<a href="mailto:hussain.khalid@student.upm.edu.my" target="_blank">hussain.khalid@student.upm.edu.my</a></font></div><div><font face="times new roman, serif">Cell: <font color="#0000ff"><u>+60-11-6455-2354</u></font></font></div></div></div></div></div></div></div></div><br></div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr" class="gmail_attr">On Tue, Sep 8, 2020 at 6:25 PM Matthew Strugari <<a href="mailto:matthew.strugari@dal.ca">matthew.strugari@dal.ca</a>> wrote:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex">





<div lang="EN-CA">
<div class="gmail-m_-8364771043047496009WordSection1">
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US">Hi Khalid,<u></u><u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"><u></u> <u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US">My guess is that your simulation appears to be stuck due to your extreme number of repeating elements: 347x261x100. That’s a lot and on top of that, the geometry that you’re repeating is comprised of a daughter volume.
 I wonder if there is a more efficient way of defining your collimator. Is your intention to have a 0.02 cm layer of air in between each layer of mesh?<u></u><u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"><u></u> <u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US">Cheers,<u></u><u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US">Matthew<u></u><u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"><u></u> <u></u></span></p>
<div style="border-right:none;border-bottom:none;border-left:none;border-top:1pt solid rgb(181,196,223);padding:3pt 0cm 0cm">
<p class="MsoNormal"><b><span style="font-size:12pt;color:black">From: </span></b><span style="font-size:12pt;color:black">Gate-users <<a href="mailto:gate-users-bounces@lists.opengatecollaboration.org" target="_blank">gate-users-bounces@lists.opengatecollaboration.org</a>> on behalf of Khalid Hussain <<a href="mailto:khalidhussain1134@gmail.com" target="_blank">khalidhussain1134@gmail.com</a>><br>
<b>Date: </b>Tuesday, September 8, 2020 at 02:58<br>
<b>To: </b>gate-users <<a href="mailto:Gate-users@lists.opengatecollaboration.org" target="_blank">Gate-users@lists.opengatecollaboration.org</a>><br>
<b>Subject: </b>[Gate-users] Simulation stuck at geometry initialization in Gamma camera simulation<u></u><u></u></span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p>
</div>
<div align="center">
<table border="0" cellspacing="0" cellpadding="0" width="100%" style="width:100%;border-radius:5px;overflow:hidden">
<tbody>
<tr>
<td style="padding:7.5pt 0cm">
<div align="center">
<table border="0" cellspacing="0" cellpadding="0" width="100%" style="width:100%;background:rgb(112,115,114)">
<tbody>
<tr>
<td valign="top" style="border-right:none;border-bottom:none;border-left:none;border-top:6pt solid rgb(251,225,34);padding:3pt 6pt">
<table border="0" cellspacing="0" cellpadding="0">
<tbody>
<tr>
<td style="padding:0cm">
<p class="MsoNormal" style="line-height:12pt"><b><span style="font-size:9pt;font-family:Arial,sans-serif;color:white">CAUTION:</span></b><span style="font-size:9pt;font-family:Arial,sans-serif;color:white"> The Sender
 of this email is not from within Dalhousie.<u></u><u></u></span></p>
</td>
</tr>
</tbody>
</table>
</td>
</tr>
</tbody>
</table>
</div>
</td>
</tr>
</tbody>
</table>
</div>
<div>
<div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="color:white">Dear Users,</span><u></u><u></u></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">I am simulating wire mesh collimator gamma camera, carefully designed all geometry with no error but the simulation stuck at geometry initialization step, I wonder what the problem will be, your opinions can help me<u></u><u></u></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p>
</div>
<div>
<div>
<p class="MsoNormal"><img width="483" height="206" style="width: 5.0312in; height: 2.1458in;" id="gmail-m_-8364771043047496009_x0000_i1027" src="cid:1746de6638a4cff311"><u></u><u></u></p>
</div>
<div>
<div>
<div>
<div>
<div>
<div>
<p class="MsoNormal">if we use values for xy or yz or any 2d combination and set 1 for third dimention in the repeat cubic array then it works fine but stuck when using values for x,y and z directions for the repeat cubic array.<u></u><u></u></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">e.g <u></u><u></u></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p>
</div>
<div>
<div>
<p class="MsoNormal"><img width="483" height="387" style="width: 5.0312in; height: 4.0312in;" id="gmail-m_-8364771043047496009_x0000_i1026" src="cid:1746de6638a5b16b22"><u></u><u></u></p>
</div>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">Thank you for your time and help.<u></u><u></u></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p>
<div>
<p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p>
</div>
<div>
<div>
<p class="MsoNormal">Regards<u></u><u></u></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">Khalid Hussain<u></u><u></u></p>
</div>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">PhD Student, UPM<u></u><u></u></p>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
<p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p>
</div>
<p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p>
<div>
<div>
<p class="MsoNormal">On Sun, Sep 6, 2020 at 2:48 PM Khalid Hussain <<a href="mailto:khalidhussain1134@gmail.com" target="_blank">khalidhussain1134@gmail.com</a>> wrote:<u></u><u></u></p>
</div>
<blockquote style="border-top:none;border-right:none;border-bottom:none;border-left:1pt solid rgb(204,204,204);padding:0cm 0cm 0cm 6pt;margin-left:4.8pt;margin-right:0cm">
<div>
<p class="MsoNormal">Dear gate users, <u></u><u></u></p>
<div>
<p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">I humbly request and need your favor, <b>my gamma camera simulation stuck at Initialization of geometry
<span style="color:rgb(244,67,54)">without any error or even warning.</span></b><u></u><u></u></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">The problem is in repeat cubic array, if I use partial value of this repeat cubic array then it works fine but stuck for the required value that cover the whole collimator.<u></u><u></u></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">I attached whole detail and macro files in this thread.<u></u><u></u></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">Your cooperation is highly appreciated.<u></u><u></u></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">Thanking you.<u></u><u></u></p>
</div>
</div>
<p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p>
<div>
<div>
<p class="MsoNormal">On Sat, Sep 5, 2020, 7:44 AM Khalid Hussain <<a href="mailto:khalidhussain1134@gmail.com" target="_blank">khalidhussain1134@gmail.com</a>> wrote:<u></u><u></u></p>
</div>
<blockquote style="border-top:none;border-right:none;border-bottom:none;border-left:1pt solid rgb(204,204,204);padding:0cm 0cm 0cm 6pt;margin-left:4.8pt;margin-right:0cm">
<div>
<div>
<p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p>
</div>
<p class="MsoNormal">Dear Gate users, <u></u><u></u></p>
<div>
<p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">I checked geometry from each x,y and z directions and it seems to be fine but still simulation stuck without any error at
<b>Initialization of geometry </b> <u></u><u></u></p>
<div>
<p class="MsoNormal"><img border="0" width="541" height="241" style="width: 5.6354in; height: 2.5104in;" id="gmail-m_-8364771043047496009_x0000_i1025" src="cid:1746de6638b692e333"><u></u><u></u></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p>
</div>
<div>
<div>
<div>
<div>
<div>
<p class="MsoNormal">The macro files are also attached<u></u><u></u></p>
<div>
<p class="MsoNormal">Your kind cooperation is highly appreciated<u></u><u></u></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p>
</div>
<div>
<div>
<p class="MsoNormal">Regards<u></u><u></u></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">Khalid Hussain<u></u><u></u></p>
</div>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">PhD Student, UPM<u></u><u></u></p>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
<p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p>
</div>
</div>
<p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p>
<div>
<div>
<p class="MsoNormal">On Wed, Sep 2, 2020 at 10:24 PM Khalid Hussain <<a href="mailto:khalidhussain1134@gmail.com" target="_blank">khalidhussain1134@gmail.com</a>> wrote:<u></u><u></u></p>
</div>
<blockquote style="border-top:none;border-right:none;border-bottom:none;border-left:1pt solid rgb(204,204,204);padding:0cm 0cm 0cm 6pt;margin-left:4.8pt;margin-right:0cm">
<div>
<div>
<p class="MsoNormal">Dear Gate users, <u></u><u></u></p>
<div>
<p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">My simulation stuck at geometry initialization in vGate 8.2, I have tested the geometry by expanding in two dimensions and it seems okay for all combinations but stuck when using full geometry in 3D.<u></u><u></u></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">Please see below script of suspected part of geometry.<u></u><u></u></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal" style="margin-bottom:12pt"><span style="color:red"><br>
############################<br>
# LOW ENERGY HIGH RESOLUTION COLLIMATOR #<br>
############################<br>
<br>
# C O L L I M A T O R<br>
<br>
/gate/SPECThead/daughters/name collimator<br>
/gate/SPECThead/daughters/insert box <br>
/gate/collimator/geometry/setXLength 59.1 cm<br>
/gate/collimator/geometry/setYLength 44.5 cm<br>
/gate/collimator/geometry/setZLength 4.0 cm<br>
/gate/collimator/placement/setTranslation 0. 0. -3.8 cm<br>
/gate/collimator/setMaterial Air<br>
/gate/collimator/attachPhantomSD<br>
/gate/collimator/vis/forceWireframe<br>
/gate/collimator/vis/setColor white<br>
<br>
<br>
## Insert upper boundary of hole<br>
<br>
/gate/collimator/daughters/name hole<br>
/gate/collimator/daughters/insert box<br>
/gate/hole/geometry/setXLength 0.17 cm<br>
/gate/hole/geometry/setYLength 0.17 cm<br>
/gate/hole/geometry/setZLength 0.02 cm<br>
/gate/hole/placement/setTranslation 0. 0. 0. cm<br>
/gate/hole/setMaterial Lead<br>
/gate/hole/vis/forceWireframe<br>
/gate/hole/vis/setColor blue<br>
## Insert lower boundary of hole<br>
<br>
/gate/hole/daughters/name lowerB<br>
/gate/hole/daughters/insert box<br>
/gate/lowerB/geometry/setXLength 0.15 cm<br>
/gate/lowerB/geometry/setYLength 0.15 cm<br>
/gate/lowerB/geometry/setZLength 0.02 cm<br>
/gate/lowerB/placement/setTranslation 0. 0. 0. cm<br>
/gate/lowerB/setMaterial Air<br>
/gate/lowerB/vis/forceWireframe<br>
/gate/lowerB/vis/setColor green <br>
<br>
<span style="background:rgb(255,229,153)"># FILL THE WHOLE COLLIMATOR WITH SEPTA-HOLE<br>
/gate/hole/repeaters/insert cubicArray<br>
/gate/hole/cubicArray/setRepeatNumberX 347<br>
/gate/hole/cubicArray/setRepeatNumberY 261<br>
/gate/hole/cubicArray/setRepeatNumberZ 100<br>
/gate/hole/cubicArray/setRepeatVector 0.17 0.17 0.04 cm</span><br>
<br>
</span><u></u><u></u></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">Any help is highly appreciated.<u></u><u></u></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">Thanks and regards<u></u><u></u></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">Khalid<u></u><u></u></p>
</div>
</div>
</div>
</blockquote>
</div>
</blockquote>
</div>
</blockquote>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>

</blockquote></div>