<div dir="ltr">Dear Zakaria,<div>I would like to thank you for your help!</div><div><br><div><div dir="ltr" class="gmail_signature" data-smartmail="gmail_signature"><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div><font color="#000000"><b style="font-family:arial,helvetica,sans-serif">Best regards,</b><br></font></div><div><font face="arial, helvetica, sans-serif" color="#000000"><b><br></b></font></div><div dir="ltr"><font face="arial, helvetica, sans-serif" color="#000000"><b>Nícollas Gonçalves Cavedini</b></font><div><font color="#000000"><span style="font-family:arial,helvetica,sans-serif">Bachelor of Medical Physics (PUCRS)</span><br></font></div><div><div><font color="#000000" face="arial, helvetica, sans-serif">Master's Student in Electrical Engineering - PPGEE (PUCRS)</font></div></div><div><font face="arial, helvetica, sans-serif" color="#000000">CV: <span style="line-height:15px"><a href="http://lattes.cnpq.br/7248406497106855" target="_blank">http://lattes.cnpq.br/7248406497106855</a></span><br>Contact: +55 (51) 99922-9957</font></div><div><span style="font-family:arial,helvetica,sans-serif"><font color="#000000">Porto Alegre, Brazil.</font></span><br></div><div><p style="color:rgb(0,0,0);font-family:Tahoma,Geneva,sans-serif;font-size:16px"><br><br></p></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div><br></div></div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr" class="gmail_attr">Em qui., 3 de set. de 2020 às 09:18, Zakaria Aboulbanine <<a href="mailto:zakaria.aboulbanine@gmail.com">zakaria.aboulbanine@gmail.com</a>> escreveu:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex"><div dir="ltr"><div>Dear Nicollas, <br></div><div><br></div><div>To perform your linac Monte Carlo simulation I think you need to perform the following steps : <br></div><div><br></div><div>1. Define the correct electron beam parameters (spatial distribution/average energy). Assuming you have a correct geometry model, you need to choose correct cut-off values for each of your simulated parts (linac/water phantom).  <br></div><div><br></div><div>2. Compare normalized dose distributions of the simulation (profiles/PDD) to normalized measured dose distributions for many radiation fields starting with the 10x10 cm2 reference field. You have to reproduce in your simulation the setup used for the measurements.   <br></div><div><br></div><div>3. adjust your model to get the best accuracy. <br></div><div><br></div><div>4. according to the calibration conditions (for example 1Gy at 10 cm depth) you can determine the corresponding number of simulated primary particles needed to get this dose at the indicated depth. The unit number or the irradiation time will be equivalent to the number of simulated primary histories.<br></div><div><br></div><div>Regards.<br></div><div><br clear="all"></div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><font size="2" face="monospace,monospace">--<br></font></div><div><font size="2" face="monospace,monospace"><font size="1">Zakaria Aboulbanine</font><br></font></div><div><font size="2" face="monospace,monospace"><br></font></div><font face="monospace,monospace"><font size="4"><br></font></font></div></div></div></div></div><br></div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr" class="gmail_attr">Le jeu. 3 sept. 2020 à 12:37, <<a href="mailto:gate-users-request@lists.opengatecollaboration.org" target="_blank">gate-users-request@lists.opengatecollaboration.org</a>> a écrit :<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex">Send Gate-users mailing list submissions to<br>
        <a href="mailto:gate-users@lists.opengatecollaboration.org" target="_blank">gate-users@lists.opengatecollaboration.org</a><br>
<br>
To subscribe or unsubscribe via the World Wide Web, visit<br>
        <a href="http://lists.opengatecollaboration.org/mailman/listinfo/gate-users" rel="noreferrer" target="_blank">http://lists.opengatecollaboration.org/mailman/listinfo/gate-users</a><br>
or, via email, send a message with subject or body 'help' to<br>
        <a href="mailto:gate-users-request@lists.opengatecollaboration.org" target="_blank">gate-users-request@lists.opengatecollaboration.org</a><br>
<br>
You can reach the person managing the list at<br>
        <a href="mailto:gate-users-owner@lists.opengatecollaboration.org" target="_blank">gate-users-owner@lists.opengatecollaboration.org</a><br>
<br>
When replying, please edit your Subject line so it is more specific<br>
than "Re: Contents of Gate-users digest..."<br>
<br>
<br>
Today's Topics:<br>
<br>
   1. Too much Randoms in NECR test (Martin Sower)<br>
   2. Simulation stuck at geometry initialization (Khalid Hussain)<br>
   3. linear accelerator simulations (Nicollas Goncalves Cavedini)<br>
<br>
<br>
----------------------------------------------------------------------<br>
<br>
Message: 1<br>
Date: Wed, 2 Sep 2020 17:47:29 +0100<br>
From: Martin Sower <<a href="mailto:melkatib1@gmail.com" target="_blank">melkatib1@gmail.com</a>><br>
To: <a href="mailto:gate-users@lists.opengatecollaboration.org" target="_blank">gate-users@lists.opengatecollaboration.org</a><br>
Subject: [Gate-users] Too much Randoms in NECR test<br>
Message-ID:<br>
        <<a href="mailto:CAHrTDnO8O74fQEP%2BjRgO%2Bo3GedgsucMoCcV7BYg6FAk5jFWRpg@mail.gmail.com" target="_blank">CAHrTDnO8O74fQEP+jRgO+o3GedgsucMoCcV7BYg6FAk5jFWRpg@mail.gmail.com</a>><br>
Content-Type: text/plain; charset="utf-8"<br>
<br>
Dear Gaters,<br>
<br>
<br>
I am trying to validate my Biograph mCT model, and I am stuck in the<br>
NEMA-07 NECR test;<br>
<br>
The problem is that I am getting too much Randoms that leads to low of NECR<br>
peak than other similar published studies; This issue has been reported<br>
previously by many other Gate users;<br>
<br>
SIMULATION DETAILS:<br>
==================<br>
I am simulating the NEMA Phantom with a line source filled with an activity<br>
concentration of 30 kBq/ml (calculated by dividing the total activity of<br>
660 MBq by the Phantom volume); This activity concentration has been taken<br>
from "Jackoby et al. 2011" article, which corresponds to the NECR peak of<br>
180 kcps from the experiment; I am getting a poor NECR value of about 60<br>
kcps at this activity;<br>
The Randoms rate am getting is about 85% of total coincidences counts;<br>
I tried the modification of dead times and pileup values but the Randoms<br>
count is always too high;<br>
<br>
<br>
PLEASE if somebody has well done the NECR test for the Biograph mCT, mMR or<br>
any other PET, and has solution or advices regarding this issue of Randoms,<br>
your help will be greatly appreciated;<br>
<br>
<br>
Thank you in advance.<br>
Martin Sower<br>
-------------- next part --------------<br>
An HTML attachment was scrubbed...<br>
URL: <<a href="http://lists.opengatecollaboration.org/pipermail/gate-users/attachments/20200902/61462609/attachment-0001.html" rel="noreferrer" target="_blank">http://lists.opengatecollaboration.org/pipermail/gate-users/attachments/20200902/61462609/attachment-0001.html</a>><br>
<br>
------------------------------<br>
<br>
Message: 2<br>
Date: Wed, 2 Sep 2020 22:24:02 +0500<br>
From: Khalid Hussain <<a href="mailto:khalidhussain1134@gmail.com" target="_blank">khalidhussain1134@gmail.com</a>><br>
To: gate-users <<a href="mailto:Gate-users@lists.opengatecollaboration.org" target="_blank">Gate-users@lists.opengatecollaboration.org</a>><br>
Subject: [Gate-users] Simulation stuck at geometry initialization<br>
Message-ID:<br>
        <<a href="mailto:CAFjakMKukOvMgG6DcGanGbxzdrf8dzmcTf_yGeuhBG487JowcQ@mail.gmail.com" target="_blank">CAFjakMKukOvMgG6DcGanGbxzdrf8dzmcTf_yGeuhBG487JowcQ@mail.gmail.com</a>><br>
Content-Type: text/plain; charset="utf-8"<br>
<br>
Dear Gate users,<br>
<br>
My simulation stuck at geometry initialization in vGate 8.2, I have tested<br>
the geometry by expanding in two dimensions and it seems okay for all<br>
combinations but stuck when using full geometry in 3D.<br>
<br>
Please see below script of suspected part of geometry.<br>
<br>
<br>
############################<br>
# LOW ENERGY HIGH RESOLUTION COLLIMATOR #<br>
############################<br>
<br>
# C O L L I M A T O R<br>
<br>
/gate/SPECThead/daughters/name collimator<br>
/gate/SPECThead/daughters/insert box<br>
/gate/collimator/geometry/setXLength 59.1 cm<br>
/gate/collimator/geometry/setYLength 44.5 cm<br>
/gate/collimator/geometry/setZLength 4.0 cm<br>
/gate/collimator/placement/setTranslation 0. 0. -3.8 cm<br>
/gate/collimator/setMaterial Air<br>
/gate/collimator/attachPhantomSD<br>
/gate/collimator/vis/forceWireframe<br>
/gate/collimator/vis/setColor white<br>
<br>
<br>
## Insert upper boundary of hole<br>
<br>
/gate/collimator/daughters/name hole<br>
/gate/collimator/daughters/insert box<br>
/gate/hole/geometry/setXLength 0.17 cm<br>
/gate/hole/geometry/setYLength 0.17 cm<br>
/gate/hole/geometry/setZLength 0.02 cm<br>
/gate/hole/placement/setTranslation 0. 0. 0. cm<br>
/gate/hole/setMaterial Lead<br>
/gate/hole/vis/forceWireframe<br>
/gate/hole/vis/setColor blue<br>
## Insert lower boundary of hole<br>
<br>
/gate/hole/daughters/name lowerB<br>
/gate/hole/daughters/insert box<br>
/gate/lowerB/geometry/setXLength 0.15 cm<br>
/gate/lowerB/geometry/setYLength 0.15 cm<br>
/gate/lowerB/geometry/setZLength 0.02 cm<br>
/gate/lowerB/placement/setTranslation 0. 0. 0. cm<br>
/gate/lowerB/setMaterial Air<br>
/gate/lowerB/vis/forceWireframe<br>
/gate/lowerB/vis/setColor green<br>
<br>
# FILL THE WHOLE COLLIMATOR WITH SEPTA-HOLE<br>
/gate/hole/repeaters/insert cubicArray<br>
/gate/hole/cubicArray/setRepeatNumberX 347<br>
/gate/hole/cubicArray/setRepeatNumberY 261<br>
/gate/hole/cubicArray/setRepeatNumberZ 100<br>
/gate/hole/cubicArray/setRepeatVector 0.17 0.17 0.04 cm<br>
<br>
<br>
<br>
Any help is highly appreciated.<br>
<br>
Thanks and regards<br>
Khalid<br>
-------------- next part --------------<br>
An HTML attachment was scrubbed...<br>
URL: <<a href="http://lists.opengatecollaboration.org/pipermail/gate-users/attachments/20200902/a7c80b6d/attachment-0001.html" rel="noreferrer" target="_blank">http://lists.opengatecollaboration.org/pipermail/gate-users/attachments/20200902/a7c80b6d/attachment-0001.html</a>><br>
<br>
------------------------------<br>
<br>
Message: 3<br>
Date: Wed, 2 Sep 2020 15:22:47 -0300<br>
From: Nicollas Goncalves Cavedini <<a href="mailto:nicollas.cavedini@acad.pucrs.br" target="_blank">nicollas.cavedini@acad.pucrs.br</a>><br>
To: gate-users <<a href="mailto:Gate-users@lists.opengatecollaboration.org" target="_blank">Gate-users@lists.opengatecollaboration.org</a>>,<br>
        <a href="mailto:david.boersma@acmit.at" target="_blank">david.boersma@acmit.at</a><br>
Subject: [Gate-users] linear accelerator simulations<br>
Message-ID:<br>
        <CAMTcvvb3xRWUg36B2bxkZ7+X=<a href="mailto:i8uPMHxvdNn3_VdyO2FFFDRFA@mail.gmail.com" target="_blank">i8uPMHxvdNn3_VdyO2FFFDRFA@mail.gmail.com</a>><br>
Content-Type: text/plain; charset="utf-8"<br>
<br>
Dear GATE community,<br>
<br>
I am master's student and I am trying to validade the GATE software for<br>
photon therapy 6 MV radiotherapy planning at the hospital in Porto Alegre,<br>
Brazil. I modeled the linear accelerator with a 40x40x40 cm³ cubic water<br>
phantom. I have the PDP values of the linear accelerator and I would like<br>
to know how I can perform the calibration with the simulation.<br>
<br>
I would also like to set up a treatment plan with monitor units and<br>
different gantry positions, how can I do this?<br>
<br>
*Best regards,*<br>
<br>
*Nícollas Gonçalves Cavedini*<br>
Bachelor of Medical Physics (PUCRS)<br>
Master's Student in Electrical Engineering - PPGEE (PUCRS)<br>
CV: <a href="http://lattes.cnpq.br/7248406497106855" rel="noreferrer" target="_blank">http://lattes.cnpq.br/7248406497106855</a><br>
Contact: +55 (51) 99922-9957<br>
Porto Alegre, Brazil.<br>
-------------- next part --------------<br>
An HTML attachment was scrubbed...<br>
URL: <<a href="http://lists.opengatecollaboration.org/pipermail/gate-users/attachments/20200902/1b0ab0ae/attachment-0001.html" rel="noreferrer" target="_blank">http://lists.opengatecollaboration.org/pipermail/gate-users/attachments/20200902/1b0ab0ae/attachment-0001.html</a>><br>
<br>
------------------------------<br>
<br>
Subject: Digest Footer<br>
<br>
_______________________________________________<br>
Gate-users mailing list<br>
<a href="mailto:Gate-users@lists.opengatecollaboration.org" target="_blank">Gate-users@lists.opengatecollaboration.org</a><br>
<a href="http://lists.opengatecollaboration.org/mailman/listinfo/gate-users" rel="noreferrer" target="_blank">http://lists.opengatecollaboration.org/mailman/listinfo/gate-users</a><br>
<br>
------------------------------<br>
<br>
End of Gate-users Digest, Vol 172, Issue 2<br>
******************************************<br>
</blockquote></div></div>
_______________________________________________<br>
Gate-users mailing list<br>
<a href="mailto:Gate-users@lists.opengatecollaboration.org" target="_blank">Gate-users@lists.opengatecollaboration.org</a><br>
<a href="http://lists.opengatecollaboration.org/mailman/listinfo/gate-users" rel="noreferrer" target="_blank">http://lists.opengatecollaboration.org/mailman/listinfo/gate-users</a></blockquote></div>