<div dir="ltr">Hi Hadi,<div><br></div><div>Are your output root files in the same directory as "/home/rezaei/GATE8.2/gate82/Gate-8.2/benchmarks/benchPET/.Gate/TBSR/mymacro.split"? Because the execution file folder in .Gate always has many files, like log, err, etc, I recommend using a seperate path to save your output root file. After the simulation finish, copy the .split file into the folder which you used for saving output files and merge them by gjm.</div><div><br></div><div>I have no idea based on the info provided, but if you cannot find the reason, the hadd command is fine with a tiny output file size change, you could use the output from hadd command as the final result you use for further investigation.</div><div><br></div><div>Best,</div><div>Xinjie</div></div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr" class="gmail_attr">On Sun, Jul 19, 2020 at 5:32 PM Hadi Rezaei <<a href="mailto:hrezaei.m.ph@gmail.com">hrezaei.m.ph@gmail.com</a>> wrote:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex"><div dir="ltr"><div>Hi Xinjie</div><div>The merged file that is produced using gjm is too small or empty (in range hundred bytes), while one of the root files is about 100 MB. <br></div><div>For merge I used "./gjm /home/rezaei/GATE8.2/gate82/Gate-8.2/benchmarks/benchPET/.Gate/TBSR/mymacro.split"</div><div>Thank you so much.<br></div></div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr" class="gmail_attr">On Mon, Jul 20, 2020 at 1:24 AM Xinjie Cao <<a href="mailto:xinjie.cao@stonybrook.edu" target="_blank">xinjie.cao@stonybrook.edu</a>> wrote:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex"><div dir="ltr">Hi Hadi,<div><br></div><div>I think the first recommendation in manual is using gjm, so why not use gjm to merge the file? From my experience, the hadd command from root library merge files by simply adding up without no more post processing. What I suggest is to use gjm first to merge any split files, and only use hadd command when the gjm is unavailable. </div><div><br></div><div>Best,</div><div>Xinjie</div></div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr" class="gmail_attr">On Sun, Jul 19, 2020 at 4:01 PM Hadi Rezaei <<a href="mailto:hrezaei.m.ph@gmail.com" target="_blank">hrezaei.m.ph@gmail.com</a>> wrote:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex"><div dir="ltr">Hi Xinjie<div>Thank you for your guidance.</div><div>I corrected the environment address and the main macro split to 4 macro files regarding  " -numberofsplits 4" command and generated a mymacro.split file and also a mymacro.submit file. Then I typed "chmod +x mymacro.submit" and after it, I entered  "./mymacro.subit to create 4 root files. To merge I used "hadd" command that recommended in the manual "<span style="font-family:Consolas,Menlo,"DejaVu Sans Mono","Bitstream Vera Sans Mono",monospace;font-size:0.9em;color:rgb(0,0,0)">hadd</span><span style="background-color:rgb(238,238,238);color:rgb(62,67,73);font-family:Consolas,Menlo,"DejaVu Sans Mono","Bitstream Vera Sans Mono",monospace;font-size:0.9em"> </span><span style="font-family:Consolas,Menlo,"DejaVu Sans Mono","Bitstream Vera Sans Mono",monospace;font-size:0.9em;color:rgb(0,0,0)">result</span><span style="font-family:Consolas,Menlo,"DejaVu Sans Mono","Bitstream Vera Sans Mono",monospace;font-size:0.9em;color:rgb(88,40,0)">.</span><span style="font-family:Consolas,Menlo,"DejaVu Sans Mono","Bitstream Vera Sans Mono",monospace;font-size:0.9em;color:rgb(0,0,0)">root</span><span style="background-color:rgb(238,238,238);color:rgb(62,67,73);font-family:Consolas,Menlo,"DejaVu Sans Mono","Bitstream Vera Sans Mono",monospace;font-size:0.9em"> </span><span style="font-family:Consolas,Menlo,"DejaVu Sans Mono","Bitstream Vera Sans Mono",monospace;font-size:0.9em;color:rgb(0,0,0)">file1</span><span style="font-family:Consolas,Menlo,"DejaVu Sans Mono","Bitstream Vera Sans Mono",monospace;font-size:0.9em;color:rgb(88,40,0)">.</span><span style="font-family:Consolas,Menlo,"DejaVu Sans Mono","Bitstream Vera Sans Mono",monospace;font-size:0.9em;color:rgb(0,0,0)">root</span><span style="background-color:rgb(238,238,238);color:rgb(62,67,73);font-family:Consolas,Menlo,"DejaVu Sans Mono","Bitstream Vera Sans Mono",monospace;font-size:0.9em"> </span><span style="font-family:Consolas,Menlo,"DejaVu Sans Mono","Bitstream Vera Sans Mono",monospace;font-size:0.9em;color:rgb(0,0,0)">file2</span><span style="font-family:Consolas,Menlo,"DejaVu Sans Mono","Bitstream Vera Sans Mono",monospace;font-size:0.9em;color:rgb(88,40,0)">.</span><span style="font-family:Consolas,Menlo,"DejaVu Sans Mono","Bitstream Vera Sans Mono",monospace;font-size:0.9em;color:rgb(0,0,0)">root</span><span style="background-color:rgb(238,238,238);color:rgb(62,67,73);font-family:Consolas,Menlo,"DejaVu Sans Mono","Bitstream Vera Sans Mono",monospace;font-size:0.9em"> </span><span style="font-family:Consolas,Menlo,"DejaVu Sans Mono","Bitstream Vera Sans Mono",monospace;font-size:0.9em;color:rgb(88,40,0)">...</span><span style="background-color:rgb(238,238,238);color:rgb(62,67,73);font-family:Consolas,Menlo,"DejaVu Sans Mono","Bitstream Vera Sans Mono",monospace;font-size:0.9em"> </span><span style="font-family:Consolas,Menlo,"DejaVu Sans Mono","Bitstream Vera Sans Mono",monospace;font-size:0.9em;color:rgb(0,0,0)">filen</span><span style="font-family:Consolas,Menlo,"DejaVu Sans Mono","Bitstream Vera Sans Mono",monospace;font-size:0.9em;color:rgb(88,40,0)">.</span><span style="font-family:Consolas,Menlo,"DejaVu Sans Mono","Bitstream Vera Sans Mono",monospace;font-size:0.9em;color:rgb(0,0,0)">root</span>". For validation, I compared the events from the cluster run and non-cluster and I saw a little difference between them. Did you face this difference in your simulations and Do you have an alternative way to run generated mocro files and merge them?</div><div>Thank you again.</div><div>Best regards. </div></div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr" class="gmail_attr">On Wed, Jul 15, 2020 at 6:59 PM Xinjie Cao <<a href="mailto:xinjie.cao@stonybrook.edu" target="_blank">xinjie.cao@stonybrook.edu</a>> wrote:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex"><div dir="ltr">Hi Hadi,<div><br></div><div>So you changed your GATE from v9.0 to v8.2? Actually you just need to download v8.2 package and use the clustertool part in it. But anyway, remember to change all environmental parameters related to GATE version.</div><div>I noticed that your description before as followed has some error,</div><div>```</div><div><div>I enter in .bashrc:</div><div>export GC_DOT_GATE_DIR=/media/rezaei/Data/GATE_v9/gate/Gate/benchmarks/benchPET/HADI<br>export GC_GATE_EXE_DIR=/media/rezaei/Data/GATE_v9/gate/Gate/cluster_tools/jobsplitter/gjs</div><div>and also in mac file I added the command : /gate/cluster/setTimeSplitHalflife 6586.2 s</div><div>```</div></div><div>For 'GC_GATE_EXE_DIR' pathway, you should input the GATE executable file location but not gjs location, i think that is why the error showed 'failed to detect the GATE exe'. Let me know if you have further issues.</div><div><br></div><div>Best,</div><div>Xinjie</div></div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr" class="gmail_attr">On Wed, Jul 15, 2020 at 4:39 AM Hadi Rezaei <<a href="mailto:hrezaei.m.ph@gmail.com" target="_blank">hrezaei.m.ph@gmail.com</a>> wrote:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex"><div dir="ltr"><div>Hi Xinjie <br></div><div>Thank you for responding<br></div><div>I installed gate 8.2 and test it and I saw this error :</div><div>"Error : Failed to detect the Gate executable directory<br>Please check your environment variables!<br>Generated submit file may be invalid...<br>Made clean exit !"</div><div>Also the .Gate is generated but it is empty.</div><div>Thank you so much.</div><div>Best regards<br></div><div><br></div><div><br></div></div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr" class="gmail_attr">On Sun, Jul 12, 2020 at 9:22 PM Xinjie Cao <<a href="mailto:xinjie.cao@stonybrook.edu" target="_blank">xinjie.cao@stonybrook.edu</a>> wrote:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex"><div dir="ltr">Hi Hadi,<div><br></div><div>From my experience, there is a bug in the gjs tool of the GATE v9.0 package for that error. Please download an older edition of the GATE package, like v8.2 which I have confirmed executable, and try to use the cluster tools of it. </div><div><br></div><div>Best,</div></div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr" class="gmail_attr">On Sun, Jul 12, 2020 at 3:38 AM Hadi Rezaei <<a href="mailto:hrezaei.m.ph@gmail.com" target="_blank">hrezaei.m.ph@gmail.com</a>> wrote:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex"><div dir="ltr">Hi Xinjie and all gate users <div>Thank you for your reply</div><div>My absoulute command that I used in the terminal is:" ./gjs -numberofsplits 5 -clusterplatform openmosix -a NECR12kbq175.root ROOT_FILE TBNECR175.mac"</div><div>and I found: " Summary of all outputs:</div>  ROOT       output is enabled<br>  ASCII      output is disabled<br>  ARF        output is disabled<br>  PROJECTION output is disabled<br>  ECAT7      output is disabled<br>  SINOGRAM   output is disabled<br>  SINOACCEL  output is disabled<br>  LMF        output is disabled<br>  CT         output is disabled<br>  GPUSPECT   output is disabled<br>Summary of all actors:<br>  ~~~<br>Number of enabled output: 1<br>Number of enabled actors: 0<br>Could not use the following aliases from the command line:<br> ROOT_FILE<br>Floating point exception (core dumped)"<br><div><br></div><div>The .Gate folder contains two files (TBNECR1751.mac and TBNECR175.split). It is noticeable that the time that I input to original mac file has been divided into 5 (because of 

 -numberofsplits 5).</div><div><br></div><div>some parts of my original mac file are bellow:</div><div><br></div><div>/gate/cluster/setTimeSplitHalflife 6586.2 s<br><br><br>#=====================================================<br>#  D A T A   O U T P U T   <br>#=====================================================<br>/gate/output/root/enable<br>/gate/output/root/setFileName             NECR12kbq175<br>/gate/output/root/setRootHitFlag          0<br>#/gate/output/root/setRootSinglesFlag      1<br>/gate/output/root/setRootCoincidencesFlag 1<br>/gate/output/root/setRootdelayFlag        1<br><br>#====================================================<br>#  R A N D O M   E N G I N E  A N D  S E E D<br>#====================================================<br># JamesRandom Ranlux64 MersenneTwister<br>/gate/random/setEngineName JamesRandom<br>#/gate/random/setEngineSeed default<br>#/gate/random/setEngineSeed auto<br>#/gate/random/setEngineSeed 123456789<br>/gate/random/setEngineSeed default<br>#/gate/random/resetEngineFrom fileName<br>/gate/random/verbose 1<br><br>#=====================================================<br>#   M E A S U R E M E N T   S E T T I N G S   <br>#=====================================================<br><br>/gate/application/setTimeSlice   1 s<br>/gate/application/setTimeStart   0   s<br>/gate/application/setTimeStop    1 s<br><br>/gate/application/startDAQ<br></div><div><br></div><div>Thank you.</div><div>Best regards.</div></div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr" class="gmail_attr">On Fri, Jul 10, 2020 at 2:17 AM Xinjie Cao <<a href="mailto:xinjie.cao@stonybrook.edu" target="_blank">xinjie.cao@stonybrook.edu</a>> wrote:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex"><div dir="ltr">Hi Hadi,<div><br></div><div>Is that command line absolutely the same as the command you input in your terminal? Or you use ROOT_FILE to replace your real .root file? If you input the real .root output file name from GATE and get that error, maybe you could describe it much more specifically. </div><div><br></div><div>I think the second error is due to your clean of ROOT_FILE alias and that makes the command chaos. Once you input the right .root file it will not be an issue so do not worry about that. </div><div><br></div><div>Also, if all files that gjs command needs and gjs exe file are in the same directory, you do not need to input those long paths in your command and that makes your command look better clear.</div><div><br></div><div>PS: You'd better reply to us two and the gate-mailing list at the same time so other guys who met the same problem could take advantage of it.</div><div><br></div><div>Best,</div><div>Xinjie</div></div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr" class="gmail_attr">On Thu, Jul 9, 2020 at 5:27 PM Hadi Rezaei <<a href="mailto:hrezaei.m.ph@gmail.com" target="_blank">hrezaei.m.ph@gmail.com</a>> wrote:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex"><div dir="ltr">Hi Xinjie and Ville-Veikko<div>many thanks to you for your reply<br><div>After I copied gjs execute file and type ./gjs I saw some help commands and I think the first problem is resolved. When I enter my parameters the .Gate folder is generated that only contains one macro file with number (1) and one .split file.</div><div>./gjs -numberofsplits 5 -clusterplatform openmosix -a /media/rezaei/Data/GATE_v9/gate/Gate/benchmarks/benchPET/HADI/nTBNECR175 ROOT_FILE  /media/rezaei/Data/GATE_v9/gate/Gate/benchmarks/benchPET/HADI/TBNECR175.mac<br>Summary of all outputs:<br>  ROOT       output is enabled<br>  ASCII      output is disabled<br>  ARF        output is disabled<br>  PROJECTION output is disabled<br>  ECAT7      output is disabled<br>  SINOGRAM   output is disabled<br>  SINOACCEL  output is disabled<br>  LMF        output is disabled<br>  CT         output is disabled<br>  GPUSPECT   output is disabled<br>Summary of all actors:<br>  ~~~<br>Number of enabled output: 1<br>Number of enabled actors: 0<br>Could not use the following aliases from the command line:<br> ROOT_FILE<br>Floating point exception (core dumped)<br></div><div><br></div><div>Also when I clean ROOT_FILE I saw this error "**** Your macro file given in parameter does not have any extension. Please give it the .mac extension."</div><div><br></div><div>Best,</div><div><br></div><div> </div><div><br></div></div></div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr" class="gmail_attr">On Thu, Jul 9, 2020 at 8:14 PM Xinjie Cao <<a href="mailto:xinjie.cao@stonybrook.edu" target="_blank">xinjie.cao@stonybrook.edu</a>> wrote:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex"><div dir="ltr"><div>Hi Hadi,</div><div><br></div>I think Ville-Veikko's way is the most basic way to solve this problem, if you do not know how to export the path or source your exe file. Also, copy the exe file into your current folder could help you get rid of that long path typing, but either one should work. Thanks for Ville-Veikko's remind!<div><br></div><div>Best,</div></div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr" class="gmail_attr">On Thu, Jul 9, 2020 at 11:37 AM Ville-Veikko Wettenhovi <<a href="mailto:ville-veikko.wettenhovi@uef.fi" target="_blank">ville-veikko.wettenhovi@uef.fi</a>> wrote:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex">




<div dir="ltr">
<div style="font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif;font-size:12pt;color:rgb(0,0,0);background-color:rgb(255,255,255)">
Hi,</div>
<div style="font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif;font-size:12pt;color:rgb(0,0,0);background-color:rgb(255,255,255)">
<br>
</div>
<div style="font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif;font-size:12pt;color:rgb(0,0,0);background-color:rgb(255,255,255)">
Have you tried running /media/rezaei/Data/GATE_v9/gate/Gate/cluster_tools/jobsplitter/gjs -numberofsplits 5 -clusterplatform openmosix -a /media/rezaei/Data/GATE_v9/gate/Gate/benchmarks/benchPET/HADI/example1.root ROOT_FILE example.mac ?</div>
<div style="font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif;font-size:12pt;color:rgb(0,0,0);background-color:rgb(255,255,255)">
<br>
</div>
<div style="font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif;font-size:12pt;color:rgb(0,0,0);background-color:rgb(255,255,255)">
Regards,</div>
<div style="font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif;font-size:12pt;color:rgb(0,0,0);background-color:rgb(255,255,255)">
Ville-Veikko Wettenhovi<br>
</div>
<div id="gmail-m_-4167276057229558088gmail-m_95446502758502944gmail-m_-1827378861039860231gmail-m_-7104683384791901743gmail-m_826776704645489548gmail-m_8442398464514660039gmail-m_-5895128999677490310gmail-m_6047070626652631053gmail-m_-879121648463618001gmail-m_-2020697537894386666gmail-m_5717434183101851946appendonsend"></div>
<hr style="display:inline-block;width:98%">
<div id="gmail-m_-4167276057229558088gmail-m_95446502758502944gmail-m_-1827378861039860231gmail-m_-7104683384791901743gmail-m_826776704645489548gmail-m_8442398464514660039gmail-m_-5895128999677490310gmail-m_6047070626652631053gmail-m_-879121648463618001gmail-m_-2020697537894386666gmail-m_5717434183101851946divRplyFwdMsg" dir="ltr"><font style="font-size:11pt" face="Calibri, sans-serif" color="#000000"><b>From:</b> Gate-users <<a href="mailto:gate-users-bounces@lists.opengatecollaboration.org" target="_blank">gate-users-bounces@lists.opengatecollaboration.org</a>> on behalf of Xinjie Cao <<a href="mailto:xinjie.cao@stonybrook.edu" target="_blank">xinjie.cao@stonybrook.edu</a>><br>
<b>Sent:</b> Thursday, July 9, 2020 18:17<br>
<b>To:</b> Hadi Rezaei <<a href="mailto:hrezaei.m.ph@gmail.com" target="_blank">hrezaei.m.ph@gmail.com</a>>; <a href="mailto:gate-users@lists.opengatecollaboration.org" target="_blank">gate-users@lists.opengatecollaboration.org</a> <<a href="mailto:gate-users@lists.opengatecollaboration.org" target="_blank">gate-users@lists.opengatecollaboration.org</a>><br>
<b>Subject:</b> Re: [Gate-users] cluster run on GATE_v9</font>
<div> </div>
</div>
<div>
<div dir="ltr">Hi Hadi,
<div><br>
</div>
<div>Did you copy the gjs or gjm executable icon into your current folder? I think after the installation of the gjs or gjm in your GATE folder, where the path should be /PATH/TO/cluster_tools/jobsplitter, you could see an executable icon in purple named gjs.
 Wherever you want to use the gjs command, you need to copy one into the folder you want to run it, or you have to export the path to its original location in your .bashrc file. Let me know whether it works for you, good luck!</div>
<div><br>
</div>
<div>Best,</div>
</div>
<br>
<div>
<div dir="ltr">On Thu, Jul 9, 2020 at 11:08 AM Hadi Rezaei <<a href="mailto:hrezaei.m.ph@gmail.com" target="_blank">hrezaei.m.ph@gmail.com</a>> wrote:<br>
</div>
<blockquote style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex">
<div dir="ltr">
<div>Hi Xinjie</div>
<div>Thank you for your reply.<br>
</div>
<div>I have ubuntu 20.04</div>
<div>After type ./gjs I found "bash: ./gjs: No such file or directory"</div>
<div>indeed it can not find gjs. But I installed it.</div>
<div>Best,<br>
</div>
</div>
<br>
<div>
<div dir="ltr">On Wed, Jul 8, 2020 at 10:57 PM Xinjie Cao <<a href="mailto:xinjie.cao@stonybrook.edu" target="_blank">xinjie.cao@stonybrook.edu</a>> wrote:<br>
</div>
<blockquote style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex">
<div dir="ltr">Sorry, "./gjs".</div>
<br>
<div>
<div dir="ltr">On Wed, Jul 8, 2020 at 2:26 PM Xinjie Cao <<a href="mailto:xinjie.cao@stonybrook.edu" target="_blank">xinjie.cao@stonybrook.edu</a>> wrote:<br>
</div>
<blockquote style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex">
<div dir="ltr">You should type ./jgs for some linux system. The "gjs>" is another system default command.
<div><br>
</div>
<div>Best,</div>
</div>
<br>
<div>
<div dir="ltr">On Wed, Jul 8, 2020 at 1:52 PM Hadi Rezaei <<a href="mailto:hrezaei.m.ph@gmail.com" target="_blank">hrezaei.m.ph@gmail.com</a>> wrote:<br>
</div>
<blockquote style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex">
<div dir="ltr">Hi, 
<div>Thank you for responding.</div>
<div>after type gjs in terminal I get "gjs>".</div>
<div>Also, I installed gjs and gjm as follow:</div>
<div>
<pre style="overflow:auto hidden;font-family:Consolas,Menlo,"DejaVu Sans Mono","Bitstream Vera Sans Mono",monospace;font-size:0.9em;background:none 0% 0% repeat scroll rgb(238,238,238);padding:7px 30px;margin-top:15px;margin-bottom:15px;line-height:1.3em;color:rgb(62,67,73)"><span style="color:rgb(0,0,0)">cd</span> <span style="color:rgb(0,0,0)">jobsplitter</span>
<span style="color:rgb(0,0,0)">make</span></pre>
<pre style="overflow:auto hidden;font-family:Consolas,Menlo,"DejaVu Sans Mono","Bitstream Vera Sans Mono",monospace;font-size:0.9em;background:none 0% 0% repeat scroll rgb(238,238,238);padding:7px 30px;margin-top:15px;margin-bottom:15px;line-height:1.3em;color:rgb(62,67,73)"><span style="color:rgb(0,0,0)">

<pre style="overflow:auto hidden;font-family:Consolas,Menlo,"DejaVu Sans Mono","Bitstream Vera Sans Mono",monospace;font-size:0.9em;background-image:initial;background-position:initial;background-size:initial;background-repeat:initial;background-origin:initial;background-clip:initial;padding:7px 30px;margin-top:15px;margin-bottom:15px;line-height:1.3em;color:rgb(62,67,73)"><span style="color:rgb(0,0,0)">cd</span> <span style="color:rgb(0,0,0)">filemerger</span>
<span style="color:rgb(0,0,0)">make</span></pre>

</span></pre>
</div>
<div>Thank you.</div>
<div>Best,</div>
</div>
<br>
<div>
<div dir="ltr">On Wed, Jul 8, 2020 at 7:17 PM Ville-Veikko Wettenhovi <<a href="mailto:ville-veikko.wettenhovi@uef.fi" target="_blank">ville-veikko.wettenhovi@uef.fi</a>> wrote:<br>
</div>
<blockquote style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex">
<div dir="ltr">
<div style="font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif;font-size:12pt;color:rgb(0,0,0);background-color:rgb(255,255,255)">
Hi,</div>
<div style="font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif;font-size:12pt;color:rgb(0,0,0);background-color:rgb(255,255,255)">
<br>
</div>
<div style="font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif;font-size:12pt;color:rgb(0,0,0);background-color:rgb(255,255,255)">
If you simply type gjs in terminal, what do you get? You may have the gjs-package installed (<a href="https://eur03.safelinks.protection.outlook.com/?url=https%3A%2F%2Fpackages.ubuntu.com%2Ffocal%2Fgjs&data=02%7C01%7C%7C8449f0440d644344c90308d8241d681e%7C87879f2e73044bf2baf263e7f83f3c34%7C0%7C0%7C637299056012590849&sdata=X7EdJbGSOR6ldnkb%2FDI3bs3FZFKou0R2hD5qBezCXfc%3D&reserved=0" id="gmail-m_-4167276057229558088gmail-m_95446502758502944gmail-m_-1827378861039860231gmail-m_-7104683384791901743gmail-m_826776704645489548gmail-m_8442398464514660039gmail-m_-5895128999677490310gmail-m_6047070626652631053gmail-m_-879121648463618001gmail-m_-2020697537894386666gmail-m_5717434183101851946x_gmail-m_-4646928177222841846gmail-m_-4504249880547815026gmail-m_4427500910174240694gmail-m_7068887562058322880gmail-m_-6673201964482323382LPlnk442175" target="_blank">https://packages.ubuntu.com/focal/gjs</a>)
 that probably takes precedence over the GATE gjs in which case you need to call the GATE gjs with the full path.</div>
<div style="font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif;font-size:12pt;color:rgb(0,0,0);background-color:rgb(255,255,255)">
<br>
</div>
<div style="font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif;font-size:12pt;color:rgb(0,0,0);background-color:rgb(255,255,255)">
Regards,</div>
<div style="font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif;font-size:12pt;color:rgb(0,0,0);background-color:rgb(255,255,255)">
Ville-Veikko Wettenhovi<br>
</div>
<div id="gmail-m_-4167276057229558088gmail-m_95446502758502944gmail-m_-1827378861039860231gmail-m_-7104683384791901743gmail-m_826776704645489548gmail-m_8442398464514660039gmail-m_-5895128999677490310gmail-m_6047070626652631053gmail-m_-879121648463618001gmail-m_-2020697537894386666gmail-m_5717434183101851946x_gmail-m_-4646928177222841846gmail-m_-4504249880547815026gmail-m_4427500910174240694gmail-m_7068887562058322880gmail-m_-6673201964482323382appendonsend">
</div>
<hr style="display:inline-block;width:98%">
<div id="gmail-m_-4167276057229558088gmail-m_95446502758502944gmail-m_-1827378861039860231gmail-m_-7104683384791901743gmail-m_826776704645489548gmail-m_8442398464514660039gmail-m_-5895128999677490310gmail-m_6047070626652631053gmail-m_-879121648463618001gmail-m_-2020697537894386666gmail-m_5717434183101851946x_gmail-m_-4646928177222841846gmail-m_-4504249880547815026gmail-m_4427500910174240694gmail-m_7068887562058322880gmail-m_-6673201964482323382divRplyFwdMsg" dir="ltr">
<font style="font-size:11pt" face="Calibri, sans-serif" color="#000000"><b>From:</b> Gate-users <<a href="mailto:gate-users-bounces@lists.opengatecollaboration.org" target="_blank">gate-users-bounces@lists.opengatecollaboration.org</a>> on behalf of Hadi Rezaei
 <<a href="mailto:hrezaei.m.ph@gmail.com" target="_blank">hrezaei.m.ph@gmail.com</a>><br>
<b>Sent:</b> Wednesday, July 8, 2020 14:48<br>
<b>To:</b> <a href="mailto:gate-users@lists.opengatecollaboration.org" target="_blank">
gate-users@lists.opengatecollaboration.org</a> <<a href="mailto:gate-users@lists.opengatecollaboration.org" target="_blank">gate-users@lists.opengatecollaboration.org</a>><br>
<b>Subject:</b> [Gate-users] cluster run on GATE_v9</font>
<div> </div>
</div>
<div>
<div dir="ltr">
<div>Dear all</div>
<div>I am trying to run cluster GATE_v9 but after type "gjs -numberofsplits 5 -clusterplatform openmosix -a /media/rezaei/Data/GATE_v9/gate/Gate/benchmarks/benchPET/HADI/example1.root ROOT_FILE example.mac"   I found "<b>Unknown option -numberofsplits</b>"</div>
<div><br>
</div>
<div>I enter in .bashrc:</div>
<div>export GC_DOT_GATE_DIR=/media/rezaei/Data/GATE_v9/gate/Gate/benchmarks/benchPET/HADI<br>
export GC_GATE_EXE_DIR=/media/rezaei/Data/GATE_v9/gate/Gate/cluster_tools/jobsplitter/gjs</div>
<div>and also in mac file I added the command : /gate/cluster/setTimeSplitHalflife 6586.2 s</div>
<div>I used this link guidance step by step: </div>
<div>
<pre><a href="https://eur03.safelinks.protection.outlook.com/?url=https%3A%2F%2Fopengate.readthedocs.io%2Fen%2Flatest%2Fhow_to_use_gate_on_a_cluster.html&data=02%7C01%7C%7C8449f0440d644344c90308d8241d681e%7C87879f2e73044bf2baf263e7f83f3c34%7C0%7C0%7C637299056012590849&sdata=9AzECfVha8MnvLpOFb3M%2F4uiWJmas1Eaz5Tx4gGR3C4%3D&reserved=0" target="_blank">https://opengate.readthedocs.io/en/latest/how_to_use_gate_on_a_cluster.html</a><br><br></pre>
<pre><span style="font-family:arial,sans-serif"><font size="2">How can I fix this problem?<br>any help will be highly appreciated. Thank you</font><br></span><br></pre>
</div>
<div><br>
</div>
<div><br>
</div>
</div>
</div>
</div>
</blockquote>
</div>
_______________________________________________<br>
Gate-users mailing list<br>
<a href="mailto:Gate-users@lists.opengatecollaboration.org" target="_blank">Gate-users@lists.opengatecollaboration.org</a><br>
<a href="https://eur03.safelinks.protection.outlook.com/?url=http%3A%2F%2Flists.opengatecollaboration.org%2Fmailman%2Flistinfo%2Fgate-users&data=02%7C01%7C%7C8449f0440d644344c90308d8241d681e%7C87879f2e73044bf2baf263e7f83f3c34%7C0%7C0%7C637299056012600837&sdata=xYDLfnILeImWiRMS37mpEdRRQwsLRdtcrm2GYBtt81M%3D&reserved=0" rel="noreferrer" target="_blank">http://lists.opengatecollaboration.org/mailman/listinfo/gate-users</a></blockquote>
</div>
<br clear="all">
<div><br>
</div>
-- <br>
<div dir="ltr">
<div dir="ltr">
<div>
<div dir="ltr">
<div>
<div dir="ltr">
<div>
<div dir="ltr">
<div>
<div dir="ltr">
<div>
<div dir="ltr">
<div dir="ltr">
<div dir="ltr">
<div dir="ltr">
<div dir="ltr">
<div><b><font color="#000000">....................................................</font></b><br>
</div>
<div><b><span style="color:rgb(153,0,0);font-family:"arial black",sans-serif;font-size:x-small">Xinjie Cao</span></b><br>
</div>
<div><b><font size="1" face="arial black, sans-serif">M.E. / Ph.D. student</font></b></div>
<div><b><font size="1" face="arial black, sans-serif">Research Project Assistant</font></b></div>
<div><b><font size="1" face="arial black, sans-serif">Department of Electrical and Computer Engineering & Radiology </font></b></div>
<div><b><font size="1" face="arial black, sans-serif">Novel Medical Imaging Technologies Lab</font></b></div>
<div><b><font size="1" face="arial black, sans-serif">Health Science Center Level 8</font></b></div>
<div><b><font size="1" face="arial black, sans-serif">Stony Brook, NY 11794-8460 </font></b></div>
<div><b><font size="1" face="arial black, sans-serif">Tel: +1 (631)202-9445</font></b></div>
<div><a href="https://eur03.safelinks.protection.outlook.com/?url=https%3A%2F%2Fyou.stonybrook.edu%2Fgoldan%2Fpeople%2F&data=02%7C01%7C%7C8449f0440d644344c90308d8241d681e%7C87879f2e73044bf2baf263e7f83f3c34%7C0%7C0%7C637299056012610838&sdata=2j7xH4RMgjHnklirrp2dMktD%2FbPS%2BP2d9H9dHRUlics%3D&reserved=0" target="_blank">you.stonybrook.edu/goldan/people/</a><b><font size="1" face="arial black, sans-serif"><br>
</font></b></div>
<div><font size="1" face="arial black, sans-serif"><b>email: </b><a href="mailto:xinjie.cao@stonybrook.edu" target="_blank"><b>xinjie.cao@stonybroo</b>k.edu</a></font></div>
<div><font size="1" face="arial black, sans-serif"><br>
</font></div>
<div><font size="1" face="arial black, sans-serif"> </font><img src="https://docs.google.com/uc?export=download&id=12iMPAuaMtpKRdkcmBleVsP6iWiM4wlm_&revid=0B_TLWOu4jP1eWnFFRW9qQXlicTY3ZTVzWnR5QkRVY3RRT3JVPQ" width="200" height="28">   <img src="https://drive.google.com/a/stonybrook.edu/uc?id=17TB1Ha3enD8HC5e_Ez238vpeBF92aCgH&export=download" width="200" height="33"></div>
<div>
<div><b><font color="#000000">....................................................</font></b></div>
<div>It is prohibited to distribute or publish the files attached to any other people unless you get permission from the writer himself. All rights reserved.</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</blockquote>
</div>
</blockquote>
</div>
</blockquote>
</div>
<br clear="all">
<div><br>
</div>
-- <br>
<div dir="ltr">
<div dir="ltr">
<div>
<div dir="ltr">
<div>
<div dir="ltr">
<div>
<div dir="ltr">
<div>
<div dir="ltr">
<div>
<div dir="ltr">
<div dir="ltr">
<div dir="ltr">
<div dir="ltr">
<div dir="ltr">
<div><b><font color="#000000">....................................................</font></b><br>
</div>
<div><b><span style="color:rgb(153,0,0);font-family:"arial black",sans-serif;font-size:x-small">Xinjie Cao</span></b><br>
</div>
<div><b><font size="1" face="arial black, sans-serif">M.E. / Ph.D. student</font></b></div>
<div><b><font size="1" face="arial black, sans-serif">Research Project Assistant</font></b></div>
<div><b><font size="1" face="arial black, sans-serif">Department of Electrical and Computer Engineering & Radiology </font></b></div>
<div><b><font size="1" face="arial black, sans-serif">Novel Medical Imaging Technologies Lab</font></b></div>
<div><b><font size="1" face="arial black, sans-serif">Health Science Center Level 8</font></b></div>
<div><b><font size="1" face="arial black, sans-serif">Stony Brook, NY 11794-8460 </font></b></div>
<div><b><font size="1" face="arial black, sans-serif">Tel: +1 (631)202-9445</font></b></div>
<div><a href="https://eur03.safelinks.protection.outlook.com/?url=https%3A%2F%2Fyou.stonybrook.edu%2Fgoldan%2Fpeople%2F&data=02%7C01%7C%7C8449f0440d644344c90308d8241d681e%7C87879f2e73044bf2baf263e7f83f3c34%7C0%7C0%7C637299056012610838&sdata=2j7xH4RMgjHnklirrp2dMktD%2FbPS%2BP2d9H9dHRUlics%3D&reserved=0" target="_blank">you.stonybrook.edu/goldan/people/</a><b><font size="1" face="arial black, sans-serif"><br>
</font></b></div>
<div><font size="1" face="arial black, sans-serif"><b>email: </b><a href="mailto:xinjie.cao@stonybrook.edu" target="_blank"><b>xinjie.cao@stonybroo</b>k.edu</a></font></div>
<div><font size="1" face="arial black, sans-serif"><br>
</font></div>
<div><font size="1" face="arial black, sans-serif"> </font><img src="https://docs.google.com/uc?export=download&id=12iMPAuaMtpKRdkcmBleVsP6iWiM4wlm_&revid=0B_TLWOu4jP1eWnFFRW9qQXlicTY3ZTVzWnR5QkRVY3RRT3JVPQ" width="200" height="28">   <img src="https://drive.google.com/a/stonybrook.edu/uc?id=17TB1Ha3enD8HC5e_Ez238vpeBF92aCgH&export=download" width="200" height="33"></div>
<div>
<div><b><font color="#000000">....................................................</font></b></div>
<div>It is prohibited to distribute or publish the files attached to any other people unless you get permission from the writer himself. All rights reserved.</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>

_______________________________________________<br>
Gate-users mailing list<br>
<a href="mailto:Gate-users@lists.opengatecollaboration.org" target="_blank">Gate-users@lists.opengatecollaboration.org</a><br>
<a href="http://lists.opengatecollaboration.org/mailman/listinfo/gate-users" rel="noreferrer" target="_blank">http://lists.opengatecollaboration.org/mailman/listinfo/gate-users</a></blockquote></div><br clear="all"><div><br></div>-- <br><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div><b><font color="#000000">....................................................</font></b><br></div><div><b><span style="color:rgb(153,0,0);font-family:"arial black",sans-serif;font-size:x-small">Xinjie Cao</span></b><br></div><div><b><font size="1" face="arial black, sans-serif">M.E. / Ph.D. student</font></b></div><div><b><font size="1" face="arial black, sans-serif">Research Project Assistant</font></b></div><div><b><font size="1" face="arial black, sans-serif">Department of Electrical and Computer Engineering & Radiology </font></b></div><div><b><font size="1" face="arial black, sans-serif">Novel Medical Imaging Technologies Lab</font></b></div><div><b><font size="1" face="arial black, sans-serif">Health Science Center Level 8</font></b></div><div><b><font size="1" face="arial black, sans-serif">Stony Brook, NY 11794-8460 </font></b></div><div><b><font size="1" face="arial black, sans-serif">Tel: +1 (631)202-9445</font></b></div><div><a href="https://you.stonybrook.edu/goldan/people/" target="_blank">you.stonybrook.edu/goldan/people/</a><b><font size="1" face="arial black, sans-serif"><br></font></b></div><div><font size="1" face="arial black, sans-serif"><b>email: </b><a href="mailto:xinjie.cao@stonybrook.edu" target="_blank"><b>xinjie.cao@stonybroo</b>k.edu</a></font></div><div><font size="1" face="arial black, sans-serif"><br></font></div><div><font size="1" face="arial black, sans-serif"> </font><img src="https://docs.google.com/uc?export=download&id=12iMPAuaMtpKRdkcmBleVsP6iWiM4wlm_&revid=0B_TLWOu4jP1eWnFFRW9qQXlicTY3ZTVzWnR5QkRVY3RRT3JVPQ" width="200" height="28">   <img src="https://drive.google.com/a/stonybrook.edu/uc?id=17TB1Ha3enD8HC5e_Ez238vpeBF92aCgH&export=download" width="200" height="33"></div><div><div><b><font color="#000000">....................................................</font></b></div><div>It is prohibited to distribute or publish the files attached to any other people unless you get permission from the writer himself. All rights reserved.</div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div>
</blockquote></div>
</blockquote></div>
</blockquote></div>
</blockquote></div><br clear="all"><div><br></div>-- <br><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div><b><font color="#000000">....................................................</font></b><br></div><div><b><span style="color:rgb(153,0,0);font-family:"arial black",sans-serif;font-size:x-small">Xinjie Cao</span></b><br></div><div><b><font size="1" face="arial black, sans-serif">M.E. / Ph.D. student</font></b></div><div><b><font size="1" face="arial black, sans-serif">Research Project Assistant</font></b></div><div><b><font size="1" face="arial black, sans-serif">Department of Electrical and Computer Engineering & Radiology </font></b></div><div><b><font size="1" face="arial black, sans-serif">Novel Medical Imaging Technologies Lab</font></b></div><div><b><font size="1" face="arial black, sans-serif">Health Science Center Level 8</font></b></div><div><b><font size="1" face="arial black, sans-serif">Stony Brook, NY 11794-8460 </font></b></div><div><b><font size="1" face="arial black, sans-serif">Tel: +1 (631)202-9445</font></b></div><div><a href="https://you.stonybrook.edu/goldan/people/" target="_blank">you.stonybrook.edu/goldan/people/</a><b><font size="1" face="arial black, sans-serif"><br></font></b></div><div><font size="1" face="arial black, sans-serif"><b>email: </b><a href="mailto:xinjie.cao@stonybrook.edu" target="_blank"><b>xinjie.cao@stonybroo</b>k.edu</a></font></div><div><font size="1" face="arial black, sans-serif"><br></font></div><div><font size="1" face="arial black, sans-serif"> </font><img src="https://docs.google.com/uc?export=download&id=12iMPAuaMtpKRdkcmBleVsP6iWiM4wlm_&revid=0B_TLWOu4jP1eWnFFRW9qQXlicTY3ZTVzWnR5QkRVY3RRT3JVPQ" width="200" height="28">   <img src="https://drive.google.com/a/stonybrook.edu/uc?id=17TB1Ha3enD8HC5e_Ez238vpeBF92aCgH&export=download" width="200" height="33"></div><div><div><b><font color="#000000">....................................................</font></b></div><div>It is prohibited to distribute or publish the files attached to any other people unless you get permission from the writer himself. All rights reserved.</div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div>
</blockquote></div>
</blockquote></div>
</blockquote></div>
</blockquote></div><br clear="all"><div><br></div>-- <br><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div><b><font color="#000000">....................................................</font></b><br></div><div><b><span style="color:rgb(153,0,0);font-family:"arial black",sans-serif;font-size:x-small">Xinjie Cao</span></b><br></div><div><b><font size="1" face="arial black, sans-serif">M.E. / Ph.D. student</font></b></div><div><b><font size="1" face="arial black, sans-serif">Research Project Assistant</font></b></div><div><b><font size="1" face="arial black, sans-serif">Department of Electrical and Computer Engineering & Radiology </font></b></div><div><b><font size="1" face="arial black, sans-serif">Novel Medical Imaging Technologies Lab</font></b></div><div><b><font size="1" face="arial black, sans-serif">Health Science Center Level 8</font></b></div><div><b><font size="1" face="arial black, sans-serif">Stony Brook, NY 11794-8460 </font></b></div><div><b><font size="1" face="arial black, sans-serif">Tel: +1 (631)202-9445</font></b></div><div><a href="https://you.stonybrook.edu/goldan/people/" target="_blank">you.stonybrook.edu/goldan/people/</a><b><font size="1" face="arial black, sans-serif"><br></font></b></div><div><font size="1" face="arial black, sans-serif"><b>email: </b><a href="mailto:xinjie.cao@stonybrook.edu" target="_blank"><b>xinjie.cao@stonybroo</b>k.edu</a></font></div><div><font size="1" face="arial black, sans-serif"><br></font></div><div><font size="1" face="arial black, sans-serif"> </font><img src="https://docs.google.com/uc?export=download&id=12iMPAuaMtpKRdkcmBleVsP6iWiM4wlm_&revid=0B_TLWOu4jP1eWnFFRW9qQXlicTY3ZTVzWnR5QkRVY3RRT3JVPQ" width="200" height="28">   <img src="https://drive.google.com/a/stonybrook.edu/uc?id=17TB1Ha3enD8HC5e_Ez238vpeBF92aCgH&export=download" width="200" height="33"></div><div><div><b><font color="#000000">....................................................</font></b></div><div>It is prohibited to distribute or publish the files attached to any other people unless you get permission from the writer himself. All rights reserved.</div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div>
</blockquote></div>
</blockquote></div>