
<html>

<head>

<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=iso-8859-1">

<style type="text/css" style="display:none;"> P {margin-top:0;margin-bottom:0;} </style>

</head>

<body dir="ltr">

<div style="font-family: Calibri, Arial, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">

Dear Gate user</div>

<div style="font-family: Calibri, Arial, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">

I found this paragraph in the gate manual :</div>

<div style="font-family: Calibri, Arial, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">

<br>

</div>

<div style="font-family: Calibri, Arial, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">

<br>

</div>

<div style="font-family: Calibri, Arial, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">

<span>During light illumination of a tissue, the thermal heat produced by the optical photons deposited energy does not accumulate locally in the tissue; it diffuses<br>

</span>

<div>in biological tissues during illumination. This dynamic effect has been taken into account in the GATE code. The n seconds light illumination simulation is<br>

</div>

<div>sampled into p time frame 3D images by setting the simulation parameter setNumberOfTimeFrames to p. Each of the p sample images is diffused for a<br>

</div>

<div>duration of [1, 2, ..., p-1] x n/p seconds. The final image illustrating the heat distribution in the tissues at the end of the illumination time is obtained by<br>

</div>

<div>adding all diffused images to the last n/p seconds illumination image. This thermal energy (or heat) map will continue to diffuse after illumination by setting<br>

</div>

<div>the parameter setDiffusionTime to the value of interest. At a certain point in time after the initial temperature boost induced by nanoparticles, the<br>

</div>

<div>temperature of the tissues will go back to its initial value due to diffusion. This boundary condition is taken into account in a post-processing-step of the<br>

</div>

<div>GATE simulation.<br>

</div>

<span></span><br>

</div>

<div style="font-family: Calibri, Arial, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">

<br>

</div>

<div style="font-family: Calibri, Arial, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">

But I got confused. Does any person know how to define the duration of beam irradiation?</div>

<div style="font-family: Calibri, Arial, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">

<span style="font-family: Calibri, Arial, Helvetica, sans-serif; background-color: rgb(255, 255, 255); display: inline !important">Does "setDiffusionTime" shows the n second of illumination or shows the time after finishing the illumination? </span><br>

</div>

<div style="font-family: Calibri, Arial, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">

<span style="font-family: Calibri, Arial, Helvetica, sans-serif; background-color: rgb(255, 255, 255); display: inline !important">I would be thankful if somebody could help me.</span><br>

</div>

<div style="font-family: Calibri, Arial, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">

<span style="font-family: Calibri, Arial, Helvetica, sans-serif; background-color: rgb(255, 255, 255); display: inline !important"><br>

</span></div>

<div style="font-family: Calibri, Arial, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">

<span style="font-family: Calibri, Arial, Helvetica, sans-serif; background-color: rgb(255, 255, 255); display: inline !important">Best </span></div>

<div style="font-family: Calibri, Arial, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">

<span style="font-family: Calibri, Arial, Helvetica, sans-serif; background-color: rgb(255, 255, 255); display: inline !important"><br>

</span></div>

<div>

<div style="font-family: Calibri, Arial, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">

<br>

</div>

<div id="Signature">

<div>

<div></div>

<div id="divtagdefaultwrapper" dir="ltr" style="font-size:12pt; color:#000000; font-family:Calibri,Helvetica,sans-serif">

<div style="font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif; font-size:12pt; color:rgb(0,0,0)">

<div dir="ltr" style="margin:0px; font-family:Calibri,Helvetica,sans-serif,EmojiFont,"Apple Color Emoji","Segoe UI Emoji",NotoColorEmoji,"Segoe UI Symbol","Android Emoji",EmojiSymbols; text-align:left; background-color:rgb(255,255,255)">

<span style="margin:0px; font-size:11pt; color:rgb(117,123,128); font-family:"Times New Roman",Times,serif"><i>Somayeh Asadi (PhD)</i></span></div>

<div dir="ltr" style="margin:0px; font-family:Calibri,Helvetica,sans-serif,EmojiFont,"Apple Color Emoji","Segoe UI Emoji",NotoColorEmoji,"Segoe UI Symbol","Android Emoji",EmojiSymbols; text-align:left; background-color:rgb(255,255,255)">

<span style="margin:0px; font-size:11pt; color:rgb(117,123,128); font-family:"Times New Roman",Times,serif"><i>Postdoctoral Researcher </i></span></div>

<div dir="ltr" style="margin:0px; font-family:Calibri,Helvetica,sans-serif,EmojiFont,"Apple Color Emoji","Segoe UI Emoji",NotoColorEmoji,"Segoe UI Symbol","Android Emoji",EmojiSymbols; text-align:left; background-color:rgb(255,255,255)">

<i style="color:rgb(117,123,128); font-family:"Times New Roman",Times,serif; font-size:11pt; font-variant-ligatures:inherit; font-variant-caps:inherit; font-weight:inherit">Department of Mechanical Engineering</i></div>

<div dir="ltr" style="margin:0px; font-family:Calibri,Helvetica,sans-serif,EmojiFont,"Apple Color Emoji","Segoe UI Emoji",NotoColorEmoji,"Segoe UI Symbol","Android Emoji",EmojiSymbols; text-align:left; background-color:rgb(255,255,255)">

<i style="color:rgb(117,123,128); font-family:"Times New Roman",Times,serif; font-size:11pt; font-variant-ligatures:inherit; font-variant-caps:inherit; font-weight:inherit">Politecnico di Milano, Italy</i></div>

<div style="margin:0px; font-family:Calibri,Helvetica,sans-serif,EmojiFont,"Apple Color Emoji","Segoe UI Emoji",NotoColorEmoji,"Segoe UI Symbol","Android Emoji",EmojiSymbols; text-align:start; background-color:rgb(255,255,255)">

<span style="color:rgb(117,123,128); font-family:"Times New Roman",Times,serif; font-size:9pt"><br>

</span></div>

<div style="margin:0px; font-family:Calibri,Helvetica,sans-serif,EmojiFont,"Apple Color Emoji","Segoe UI Emoji",NotoColorEmoji,"Segoe UI Symbol","Android Emoji",EmojiSymbols; text-align:start; background-color:rgb(255,255,255)">

<span style="color:rgb(117,123,128); font-family:"Times New Roman",Times,serif; font-size:9pt">Via Giuseppe La Masa,1</span><br>

</div>

</div>

<div><span style="color:rgb(117,123,128); font-size:9pt; font-family:"Times New Roman",Times,serif">20156 - Milano - Italy</span><br>

<span style="color:rgb(117,123,128); font-size:9pt; font-family:"Times New Roman",Times,serif">phone: +39 0223998572</span><br>

<div style="font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif; font-size:12pt; color:rgb(0,0,0)">

<div style="margin:0px; font-family:Calibri,Helvetica,sans-serif,EmojiFont,"Apple Color Emoji","Segoe UI Emoji",NotoColorEmoji,"Segoe UI Symbol","Android Emoji",EmojiSymbols; text-align:start; background-color:rgb(255,255,255)">

<span style="margin:0px; font-size:10pt"></span><span style="margin:0px; font-size:11pt"></span><span style="margin:0px; color:rgb(117,123,128)"></span></div>

<div style="margin:0px; font-family:Calibri,Helvetica,sans-serif,EmojiFont,"Apple Color Emoji","Segoe UI Emoji",NotoColorEmoji,"Segoe UI Symbol","Android Emoji",EmojiSymbols; text-align:start; background-color:rgb(255,255,255)">

<span style="margin:0px; font-size:11pt"></span></div>

<p style="margin-top:0px; margin-bottom:0px; font-family:Calibri,Helvetica,sans-serif,Helvetica,EmojiFont,"Apple Color Emoji","Segoe UI Emoji",NotoColorEmoji,"Segoe UI Symbol","Android Emoji",EmojiSymbols; text-align:start; background-color:rgb(255,255,255); margin-top:0px; margin-bottom:0px">

<span style="margin:0px; font-size:11pt; font-family:Calibri,Helvetica,sans-serif,EmojiFont,"Apple Color Emoji","Segoe UI Emoji",NotoColorEmoji,"Segoe UI Symbol","Android Emoji",EmojiSymbols"></span><span style="margin:0px; font-family:Calibri,Helvetica,sans-serif,EmojiFont,"Apple Color Emoji","Segoe UI Emoji",NotoColorEmoji,"Segoe UI Symbol","Android Emoji",EmojiSymbols"></span><span style="margin:0px; font-size:11pt; font-family:Calibri,Helvetica,sans-serif,EmojiFont,"Apple Color Emoji","Segoe UI Emoji",NotoColorEmoji,"Segoe UI Symbol","Android Emoji",EmojiSymbols"></span><span style="margin:0px; font-family:Calibri,Helvetica,sans-serif,EmojiFont,"Apple Color Emoji","Segoe UI Emoji",NotoColorEmoji,"Segoe UI Symbol","Android Emoji",EmojiSymbols"></span><span style="margin:0px; font-size:11pt; font-family:Calibri,Helvetica,sans-serif,EmojiFont,"Apple Color Emoji","Segoe UI Emoji",NotoColorEmoji,"Segoe UI Symbol","Android Emoji",EmojiSymbols"></span><span style="margin:0px; font-family:Calibri,Helvetica,sans-serif,EmojiFont,"Apple Color Emoji","Segoe UI Emoji",NotoColorEmoji,"Segoe UI Symbol","Android Emoji",EmojiSymbols"></span><span style="margin:0px; font-size:11pt; font-family:Calibri,Helvetica,sans-serif,EmojiFont,"Apple Color Emoji","Segoe UI Emoji",NotoColorEmoji,"Segoe UI Symbol","Android Emoji",EmojiSymbols"></span><span style="margin:0px; font-family:Calibri,Helvetica,sans-serif,EmojiFont,"Apple Color Emoji","Segoe UI Emoji",NotoColorEmoji,"Segoe UI Symbol","Android Emoji",EmojiSymbols; color:rgb(117,123,128)"></span><span style="margin:0px; font-size:11pt; font-family:Calibri,Helvetica,sans-serif,EmojiFont,"Apple Color Emoji","Segoe UI Emoji",NotoColorEmoji,"Segoe UI Symbol","Android Emoji",EmojiSymbols"></span><span style="margin:0px; font-family:Calibri,Helvetica,sans-serif,EmojiFont,"Apple Color Emoji","Segoe UI Emoji",NotoColorEmoji,"Segoe UI Symbol","Android Emoji",EmojiSymbols"></span><span style="margin:0px; font-size:11pt; font-family:Calibri,Helvetica,sans-serif,EmojiFont,"Apple Color Emoji","Segoe UI Emoji",NotoColorEmoji,"Segoe UI Symbol","Android Emoji",EmojiSymbols"></span><span style="margin:0px; font-family:Calibri,Helvetica,sans-serif,EmojiFont,"Apple Color Emoji","Segoe UI Emoji",NotoColorEmoji,"Segoe UI Symbol","Android Emoji",EmojiSymbols"></span><span style="margin:0px; font-size:10pt; font-family:Calibri,Helvetica,sans-serif,EmojiFont,"Apple Color Emoji","Segoe UI Emoji",NotoColorEmoji,"Segoe UI Symbol","Android Emoji",EmojiSymbols"></span><span style="margin:0px; font-size:11pt; font-family:Calibri,Helvetica,sans-serif,EmojiFont,"Apple Color Emoji","Segoe UI Emoji",NotoColorEmoji,"Segoe UI Symbol","Android Emoji",EmojiSymbols"></span><span style="margin:0px; font-family:Calibri,Helvetica,sans-serif,EmojiFont,"Apple Color Emoji","Segoe UI Emoji",NotoColorEmoji,"Segoe UI Symbol","Android Emoji",EmojiSymbols; color:rgb(117,123,128)"></span><span style="margin:0px; font-size:11pt; font-family:Calibri,Helvetica,sans-serif,EmojiFont,"Apple Color Emoji","Segoe UI Emoji",NotoColorEmoji,"Segoe UI Symbol","Android Emoji",EmojiSymbols"></span><span style="margin:0px; font-size:10pt; font-family:Calibri,Helvetica,sans-serif,EmojiFont,"Apple Color Emoji","Segoe UI Emoji",NotoColorEmoji,"Segoe UI Symbol","Android Emoji",EmojiSymbols"></span><span style="margin:0px; font-family:Calibri,Helvetica,sans-serif,EmojiFont,"Apple Color Emoji","Segoe UI Emoji",NotoColorEmoji,"Segoe UI Symbol","Android Emoji",EmojiSymbols"></span><span style="margin:0px; font-size:10pt; font-family:Calibri,Helvetica,sans-serif,EmojiFont,"Apple Color Emoji","Segoe UI Emoji",NotoColorEmoji,"Segoe UI Symbol","Android Emoji",EmojiSymbols"></span><span style="margin:0px; font-size:11pt; font-family:Calibri,Helvetica,sans-serif,EmojiFont,"Apple Color Emoji","Segoe UI Emoji",NotoColorEmoji,"Segoe UI Symbol","Android Emoji",EmojiSymbols"></span><span style="margin:0px; font-size:10pt; font-family:Calibri,Helvetica,sans-serif,EmojiFont,"Apple Color Emoji","Segoe UI Emoji",NotoColorEmoji,"Segoe UI Symbol","Android Emoji",EmojiSymbols"></span><span style="margin:0px; font-family:Calibri,Helvetica,sans-serif,EmojiFont,"Apple Color Emoji","Segoe UI Emoji",NotoColorEmoji,"Segoe UI Symbol","Android Emoji",EmojiSymbols"></span></p>

<div style="margin:0px; font-family:Calibri,Helvetica,sans-serif,EmojiFont,"Apple Color Emoji","Segoe UI Emoji",NotoColorEmoji,"Segoe UI Symbol","Android Emoji",EmojiSymbols; text-align:start; background-color:rgb(255,255,255)">

<span style="margin:0px; font-size:10pt; color:rgb(117,123,128); font-family:"Times New Roman",Times,serif">somayeh.asadi@polimi.</span><span style="margin:0px; font-size:10pt; color:rgb(117,123,128)">it</span></div>

<br>

</div>

</div>

</div>

</div>

</div>

</div>

</body>

</html>