<div dir="ltr"><div>Hi,</div><div>Have you installed git-lfs first (see <a href="https://github.com/OpenGATE/GateContrib/blob/master/readme.md">readme.md</a>)? Because it looks like it cannot read the file and if <span style="color:rgb(50,49,48);font-size:14.6667px;background-color:rgb(255,255,255);display:inline"><span style="background-color:rgb(255,255,255);display:inline"><span style="background-color:rgb(255,255,255);display:inline"><span style="background-color:rgb(255,255,255);display:inline">output/Mobydose-AbsorptionMap.mhd is there, maybe <span style="color:rgb(50,49,48);font-size:14.6667px;background-color:rgb(255,255,255);display:inline"><span style="background-color:rgb(255,255,255);display:inline"><span style="background-color:rgb(255,255,255);display:inline"><span style="background-color:rgb(255,255,255);display:inline">output/Mobydose-AbsorptionMap.raw isn't because you have not installed git-lfs.</span></span></span></span></span></span></span></span></div><div><span style="color:rgb(50,49,48);font-size:14.6667px;background-color:rgb(255,255,255);display:inline"><span style="background-color:rgb(255,255,255);display:inline"><span style="background-color:rgb(255,255,255);display:inline"><span style="background-color:rgb(255,255,255);display:inline"><span style="color:rgb(50,49,48);font-size:14.6667px;background-color:rgb(255,255,255);display:inline"><span style="background-color:rgb(255,255,255);display:inline"><span style="background-color:rgb(255,255,255);display:inline"><span style="background-color:rgb(255,255,255);display:inline">Simon<br></span></span></span></span></span></span></span></span></div></div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr" class="gmail_attr">On Tue, Apr 21, 2020 at 3:25 PM Somayeh Asadi <<a href="mailto:somayeh.asadi@polimi.it">somayeh.asadi@polimi.it</a>> wrote:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex">




<div dir="ltr">
<div style="font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif;font-size:12pt;color:rgb(0,0,0)">
<b><span style="color:rgb(50,49,48);font-size:14.6667px;background-color:rgb(255,255,255);display:inline">Dear Gate User</span><br>
</b></div>
<div style="font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif;font-size:12pt;color:rgb(0,0,0)">
</div>
<div style="font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif;font-size:12pt;color:rgb(0,0,0)">
<span style="color:rgb(50,49,48);font-size:14.6667px;background-color:rgb(255,255,255);display:inline"><span style="background-color:rgb(255,255,255);display:inline"><b>For the ready program related to thermal therapy with the name of
 thermaltherapy.mac in the folder of <span style="background-color:rgb(255,255,255);display:inline">
Imaging/Thermal in the subfolder of GateContrib-master, there is an error that seems to be related to ITK.</span></b></span></span></div>
<div style="font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif;font-size:12pt;color:rgb(0,0,0)">
<span style="color:rgb(50,49,48);font-size:14.6667px;background-color:rgb(255,255,255);display:inline"><span style="background-color:rgb(255,255,255);display:inline"><span style="background-color:rgb(255,255,255);display:inline"><b>the
 error is:</b></span></span></span></div>
<div style="font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif;font-size:12pt;color:rgb(0,0,0)">
<span>terminate called after throwing an instance of 'itk::ImageFileReaderException'</span><br>
</div>
<div style="font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif;font-size:12pt;color:rgb(0,0,0)">
<span style="color:rgb(50,49,48);font-size:14.6667px;background-color:rgb(255,255,255);display:inline"><span style="background-color:rgb(255,255,255);display:inline"><span style="background-color:rgb(255,255,255);display:inline"><span style="background-color:rgb(255,255,255);display:inline"> 
 what():  /home/BuildFiles/ITK/InsightToolkit-5.0.0-Source/Modules/IO/ImageBase/include/itkImageFileReader.hxx:136:</span><br style="background-color:rgb(255,255,255)">
<span style="background-color:rgb(255,255,255);display:inline"> Could not create IO object for reading
 file output/Mobydose-AbsorptionMap.mhd</span><br style="background-color:rgb(255,255,255)">
<span style="background-color:rgb(255,255,255);display:inline">  Tried to create one of the following:</span><br style="background-color:rgb(255,255,255)">
<span style="background-color:rgb(255,255,255);display:inline">    GDCMImageIO</span><br style="background-color:rgb(255,255,255)">
<span style="background-color:rgb(255,255,255);display:inline">  You probably failed to set a file
 suffix, or</span><br style="background-color:rgb(255,255,255)">
<span style="background-color:rgb(255,255,255);display:inline">    set the suffix to an unsupported
 type.</span><br style="background-color:rgb(255,255,255)">
<span style="background-color:rgb(255,255,255);display:inline">Aborted (core dumped)</span><br>
</span></span></span></div>
<div style="font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif;font-size:12pt;color:rgb(0,0,0)">
<span style="color:rgb(50,49,48);font-size:14.6667px;background-color:rgb(255,255,255);display:inline"><span style="background-color:rgb(255,255,255);display:inline"><br>
</span></span></div>
<div style="font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif;font-size:12pt;color:rgb(0,0,0)">
<b>I have downloaded and tried the ITK both the versions of 5.0.1 and 14.2, but after compiling the Gate with them I get the error. </b></div>
<div style="font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif;font-size:12pt;color:rgb(0,0,0)">
<b>For downloading the ITK, I use this link:</b></div>
<div style="font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif;font-size:12pt;color:rgb(0,0,0)">
<b><a href="https://itk.org/download/" target="_blank">https://itk.org/download/</a><br>
</b></div>
<div style="font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif;font-size:12pt;color:rgb(0,0,0)">
<b>I have recently check it with the ITK version 4.13.2 but I couldn't download all the related files.</b></div>
<div style="font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif;font-size:12pt;color:rgb(0,0,0)">
<b>Has any person had the same problem and experience with the thermal actor?</b></div>
<div style="font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif;font-size:12pt;color:rgb(0,0,0)">
<b>Has any person used the ITK version 5 and work with the thermal actor in which he/she didn't get any error?</b></div>
<div style="font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif;font-size:12pt;color:rgb(0,0,0)">
<b> </b></div>
<div style="font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif;font-size:12pt;color:rgb(0,0,0)">
<b>Thank you very much for your time and any suggestion. </b></div>
<div style="font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif;font-size:12pt;color:rgb(0,0,0)">
<br>
</div>
<div style="font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif;font-size:12pt;color:rgb(0,0,0)">
<br>
</div>
<div style="font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif;font-size:12pt;color:rgb(0,0,0)">
<br>
</div>
<div style="font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif;font-size:12pt;color:rgb(0,0,0)">
<br>
</div>
<div>
<div id="gmail-m_6064942975143910126Signature">
<div></div>
<div id="gmail-m_6064942975143910126divtagdefaultwrapper" dir="ltr" style="font-size:12pt;color:rgb(0,0,0);font-family:Calibri,Helvetica,sans-serif">
<div style="font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif;font-size:12pt;color:rgb(0,0,0)">
<div dir="ltr" style="margin:0px;font-family:Calibri,Helvetica,sans-serif,EmojiFont,"Apple Color Emoji","Segoe UI Emoji",NotoColorEmoji,"Segoe UI Symbol","Android Emoji",EmojiSymbols;text-align:left;background-color:rgb(255,255,255)">
<span style="margin:0px;font-size:11pt;color:rgb(117,123,128);font-family:"Times New Roman",Times,serif"><i>Somayeh Asadi (PhD)</i></span></div>
<div dir="ltr" style="margin:0px;font-family:Calibri,Helvetica,sans-serif,EmojiFont,"Apple Color Emoji","Segoe UI Emoji",NotoColorEmoji,"Segoe UI Symbol","Android Emoji",EmojiSymbols;text-align:left;background-color:rgb(255,255,255)">
<span style="margin:0px;font-size:11pt;color:rgb(117,123,128);font-family:"Times New Roman",Times,serif"><i>Postdoctoral Researcher </i></span></div>
<div dir="ltr" style="margin:0px;font-family:Calibri,Helvetica,sans-serif,EmojiFont,"Apple Color Emoji","Segoe UI Emoji",NotoColorEmoji,"Segoe UI Symbol","Android Emoji",EmojiSymbols;text-align:left;background-color:rgb(255,255,255)">
<i style="color:rgb(117,123,128);font-family:"Times New Roman",Times,serif;font-size:11pt;font-variant-ligatures:inherit;font-variant-caps:inherit;font-weight:inherit">Department of Mechanical Engineering</i></div>
<div dir="ltr" style="margin:0px;font-family:Calibri,Helvetica,sans-serif,EmojiFont,"Apple Color Emoji","Segoe UI Emoji",NotoColorEmoji,"Segoe UI Symbol","Android Emoji",EmojiSymbols;text-align:left;background-color:rgb(255,255,255)">
<i style="color:rgb(117,123,128);font-family:"Times New Roman",Times,serif;font-size:11pt;font-variant-ligatures:inherit;font-variant-caps:inherit;font-weight:inherit">Politecnico di Milano, Italy</i></div>
<div style="margin:0px;font-family:Calibri,Helvetica,sans-serif,EmojiFont,"Apple Color Emoji","Segoe UI Emoji",NotoColorEmoji,"Segoe UI Symbol","Android Emoji",EmojiSymbols;text-align:start;background-color:rgb(255,255,255)">
<span style="color:rgb(117,123,128);font-family:"Times New Roman",Times,serif;font-size:9pt"><br>
</span></div>
<div style="margin:0px;font-family:Calibri,Helvetica,sans-serif,EmojiFont,"Apple Color Emoji","Segoe UI Emoji",NotoColorEmoji,"Segoe UI Symbol","Android Emoji",EmojiSymbols;text-align:start;background-color:rgb(255,255,255)">
<span style="color:rgb(117,123,128);font-family:"Times New Roman",Times,serif;font-size:9pt">Via Giuseppe La Masa,1</span><br>
</div>
</div>
<div><span style="color:rgb(117,123,128);font-size:9pt;font-family:"Times New Roman",Times,serif">20156 - Milano - Italy</span><br>
<span style="color:rgb(117,123,128);font-size:9pt;font-family:"Times New Roman",Times,serif">phone: +39 0223998572</span><br>
<div style="font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif;font-size:12pt;color:rgb(0,0,0)">
<div style="margin:0px;font-family:Calibri,Helvetica,sans-serif,EmojiFont,"Apple Color Emoji","Segoe UI Emoji",NotoColorEmoji,"Segoe UI Symbol","Android Emoji",EmojiSymbols;text-align:start;background-color:rgb(255,255,255)">
<span style="margin:0px;font-size:10pt"></span><span style="margin:0px;font-size:11pt"></span><span style="margin:0px;color:rgb(117,123,128)"></span></div>
<div style="margin:0px;font-family:Calibri,Helvetica,sans-serif,EmojiFont,"Apple Color Emoji","Segoe UI Emoji",NotoColorEmoji,"Segoe UI Symbol","Android Emoji",EmojiSymbols;text-align:start;background-color:rgb(255,255,255)">
<span style="margin:0px;font-size:11pt"></span></div>
<p style="margin-top:0px;margin-bottom:0px;font-family:Calibri,Helvetica,sans-serif,Helvetica,EmojiFont,"Apple Color Emoji","Segoe UI Emoji",NotoColorEmoji,"Segoe UI Symbol","Android Emoji",EmojiSymbols;text-align:start;background-color:rgb(255,255,255)">
<span style="margin:0px;font-size:11pt;font-family:Calibri,Helvetica,sans-serif,EmojiFont,"Apple Color Emoji","Segoe UI Emoji",NotoColorEmoji,"Segoe UI Symbol","Android Emoji",EmojiSymbols"></span><span style="margin:0px;font-family:Calibri,Helvetica,sans-serif,EmojiFont,"Apple Color Emoji","Segoe UI Emoji",NotoColorEmoji,"Segoe UI Symbol","Android Emoji",EmojiSymbols"></span><span style="margin:0px;font-size:11pt;font-family:Calibri,Helvetica,sans-serif,EmojiFont,"Apple Color Emoji","Segoe UI Emoji",NotoColorEmoji,"Segoe UI Symbol","Android Emoji",EmojiSymbols"></span><span style="margin:0px;font-family:Calibri,Helvetica,sans-serif,EmojiFont,"Apple Color Emoji","Segoe UI Emoji",NotoColorEmoji,"Segoe UI Symbol","Android Emoji",EmojiSymbols"></span><span style="margin:0px;font-size:11pt;font-family:Calibri,Helvetica,sans-serif,EmojiFont,"Apple Color Emoji","Segoe UI Emoji",NotoColorEmoji,"Segoe UI Symbol","Android Emoji",EmojiSymbols"></span><span style="margin:0px;font-family:Calibri,Helvetica,sans-serif,EmojiFont,"Apple Color Emoji","Segoe UI Emoji",NotoColorEmoji,"Segoe UI Symbol","Android Emoji",EmojiSymbols"></span><span style="margin:0px;font-size:11pt;font-family:Calibri,Helvetica,sans-serif,EmojiFont,"Apple Color Emoji","Segoe UI Emoji",NotoColorEmoji,"Segoe UI Symbol","Android Emoji",EmojiSymbols"></span><span style="margin:0px;font-family:Calibri,Helvetica,sans-serif,EmojiFont,"Apple Color Emoji","Segoe UI Emoji",NotoColorEmoji,"Segoe UI Symbol","Android Emoji",EmojiSymbols;color:rgb(117,123,128)"></span><span style="margin:0px;font-size:11pt;font-family:Calibri,Helvetica,sans-serif,EmojiFont,"Apple Color Emoji","Segoe UI Emoji",NotoColorEmoji,"Segoe UI Symbol","Android Emoji",EmojiSymbols"></span><span style="margin:0px;font-family:Calibri,Helvetica,sans-serif,EmojiFont,"Apple Color Emoji","Segoe UI Emoji",NotoColorEmoji,"Segoe UI Symbol","Android Emoji",EmojiSymbols"></span><span style="margin:0px;font-size:11pt;font-family:Calibri,Helvetica,sans-serif,EmojiFont,"Apple Color Emoji","Segoe UI Emoji",NotoColorEmoji,"Segoe UI Symbol","Android Emoji",EmojiSymbols"></span><span style="margin:0px;font-family:Calibri,Helvetica,sans-serif,EmojiFont,"Apple Color Emoji","Segoe UI Emoji",NotoColorEmoji,"Segoe UI Symbol","Android Emoji",EmojiSymbols"></span><span style="margin:0px;font-size:10pt;font-family:Calibri,Helvetica,sans-serif,EmojiFont,"Apple Color Emoji","Segoe UI Emoji",NotoColorEmoji,"Segoe UI Symbol","Android Emoji",EmojiSymbols"></span><span style="margin:0px;font-size:11pt;font-family:Calibri,Helvetica,sans-serif,EmojiFont,"Apple Color Emoji","Segoe UI Emoji",NotoColorEmoji,"Segoe UI Symbol","Android Emoji",EmojiSymbols"></span><span style="margin:0px;font-family:Calibri,Helvetica,sans-serif,EmojiFont,"Apple Color Emoji","Segoe UI Emoji",NotoColorEmoji,"Segoe UI Symbol","Android Emoji",EmojiSymbols;color:rgb(117,123,128)"></span><span style="margin:0px;font-size:11pt;font-family:Calibri,Helvetica,sans-serif,EmojiFont,"Apple Color Emoji","Segoe UI Emoji",NotoColorEmoji,"Segoe UI Symbol","Android Emoji",EmojiSymbols"></span><span style="margin:0px;font-size:10pt;font-family:Calibri,Helvetica,sans-serif,EmojiFont,"Apple Color Emoji","Segoe UI Emoji",NotoColorEmoji,"Segoe UI Symbol","Android Emoji",EmojiSymbols"></span><span style="margin:0px;font-family:Calibri,Helvetica,sans-serif,EmojiFont,"Apple Color Emoji","Segoe UI Emoji",NotoColorEmoji,"Segoe UI Symbol","Android Emoji",EmojiSymbols"></span><span style="margin:0px;font-size:10pt;font-family:Calibri,Helvetica,sans-serif,EmojiFont,"Apple Color Emoji","Segoe UI Emoji",NotoColorEmoji,"Segoe UI Symbol","Android Emoji",EmojiSymbols"></span><span style="margin:0px;font-size:11pt;font-family:Calibri,Helvetica,sans-serif,EmojiFont,"Apple Color Emoji","Segoe UI Emoji",NotoColorEmoji,"Segoe UI Symbol","Android Emoji",EmojiSymbols"></span><span style="margin:0px;font-size:10pt;font-family:Calibri,Helvetica,sans-serif,EmojiFont,"Apple Color Emoji","Segoe UI Emoji",NotoColorEmoji,"Segoe UI Symbol","Android Emoji",EmojiSymbols"></span><span style="margin:0px;font-family:Calibri,Helvetica,sans-serif,EmojiFont,"Apple Color Emoji","Segoe UI Emoji",NotoColorEmoji,"Segoe UI Symbol","Android Emoji",EmojiSymbols"></span></p>
<div style="margin:0px;font-family:Calibri,Helvetica,sans-serif,EmojiFont,"Apple Color Emoji","Segoe UI Emoji",NotoColorEmoji,"Segoe UI Symbol","Android Emoji",EmojiSymbols;text-align:start;background-color:rgb(255,255,255)">
<span style="margin:0px;font-size:10pt;color:rgb(117,123,128);font-family:"Times New Roman",Times,serif">somayeh.asadi@polimi.</span><span style="margin:0px;font-size:10pt;color:rgb(117,123,128)">it</span></div>
<br>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>

_______________________________________________<br>
Gate-users mailing list<br>
<a href="mailto:Gate-users@lists.opengatecollaboration.org" target="_blank">Gate-users@lists.opengatecollaboration.org</a><br>
<a href="http://lists.opengatecollaboration.org/mailman/listinfo/gate-users" rel="noreferrer" target="_blank">http://lists.opengatecollaboration.org/mailman/listinfo/gate-users</a></blockquote></div>