<div dir="ltr">Dear Gate developers and experts, <div><br></div><div>Could anyone provide any tips on how to speed up GATE simulation? When it comes to simulating a real PET scan (e.g., 10 mCi dose, 30 minutes scan time), I find the runtime could be extraordinarily long (a couple of day on a 56 cores cluster). Please consider answering my questions in the previous email as well. </div><div><br></div><div>Thank you very much.</div><div>Have a nice day. </div><div><br></div><div>Zhengzhi </div></div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr" class="gmail_attr">On Mon, Apr 6, 2020 at 10:45 AM Zhengzhi Liu <<a href="mailto:zliu36@stanford.edu">zliu36@stanford.edu</a>> wrote:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex"><div dir="ltr">Dear Gate users,<br><div><br></div><div>I am simulating a  <a href="http://www.spect.com/pub/NEMA_IEC_Body_Phantom_Set.pdf" target="_blank">NEMA body phantom</a> in a PETscaner system in GATE. The scan time is 1600 seconds (4 passes, 40 couch stations, 10 seconds per station). I run this simulation on 56 cores cluster using "gjs -numberofsplit 50 -clusterplatform condor -condorscript main.mac". It has been about 2 days and looks like it has not finished half of the simulation yet. Thus, I looked up online trying to find ways to speed up the simulation. </div><div><br></div><div>Here are the common methods I found: </div><div><ol><li>use multicores cluster</li><li>run GATE on GPU</li><li>use back-to-back gamma source rather than ion sources</li><li>apply cuts</li><li>reduce the amount of data to be written and prefer root over ASCII  </li></ol><div>I have already run 50 copies Gate simulation simultaneously, used back-to-back gamma source, and been collecting coincidence data only.  I feel it is still very slow. For my application to simulate a real PET scan of 25 minutes, it may take 3 to 4 days, which is quite hard for me to wait for so long to get the data. </div><div><br></div><div>Here are my questions, I hope to hear an answer/suggestion from GATE experts. </div><div><ol><li>I have not tried to run GATE on GPU yet, generally speaking, how many times faster is GATE GPU version than CPU version? </li><li>How much speed gain can cuts achieve? A few percentages, tens of percentage, or a couple of times faster? I hesitate to apply cuts and worry that it may mess up the result. </li><li>Is there any other way to significantly boost the speed on top of these mentioned above? </li></ol><div>Thank you very much for your reading and any suggestion. </div></div><div>Have a nice/peaceful day. </div><div><br></div><div>Sincere wishes,</div><div>Zhengzhi </div><div><br></div><div><br></div><div><br></div></div></div>
</blockquote></div>