<div dir="ltr">Hi Xinjie, <div><br></div><div>I didn't receive your second message before making the reply. As to understanding range_atten-brain.dat, it won't hurt to resort to the user manual before posting the question. </div><div><br></div><div>Here is exactly what you are looking for in the user manual: </div><div><div><img src="cid:ii_k8ywlvzv0" alt="Screenshot from 2020-04-13 13-01-59.png" width="630" height="229" style="margin-right: 0px;"><br></div></div><div><br></div><div><br></div></div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr" class="gmail_attr">On Mon, Apr 13, 2020 at 12:16 PM Xinjie Cao <<a href="mailto:xinjie.cao@stonybrook.edu">xinjie.cao@stonybrook.edu</a>> wrote:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex"><div dir="ltr">Hi Coello,<div><br></div><div>Thanks for your immediate response, it does help me a lot to understand that file with GATE. Thank you!</div><div><br></div><div>Best,</div></div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr" class="gmail_attr">On Mon, Apr 13, 2020 at 3:02 PM Límbano Iván López Coello <<a href="mailto:vancoello@gmail.com" target="_blank">vancoello@gmail.com</a>> wrote:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex"><div dir="ltr">Hello Mr Cao<div><br></div><div><br></div><div>the number 4 on the left upper corner indicates the number of structures which are 1 for air and three for water.</div><div><br></div><div>the numbers in pair of the two columns before the name of the structure indicate the range of the Hounsfield Units that you are segmentanding. the booleans values indicate if you want to show or not these structures.</div><div> and the last 4 columns indicate the transparency and color like RGB. I have not work with the last part because usually the graphics consume much computer hardware so it is better to have that resources for calculations.</div><div><br></div><div>let me know if you have further questions.</div><div><br></div><div>Best Regards</div><div><br></div><div>Ivan</div></div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr" class="gmail_attr">El lun., 13 abr. 2020 a las 13:48, Xinjie Cao (<<a href="mailto:xinjie.cao@stonybrook.edu" target="_blank">xinjie.cao@stonybrook.edu</a>>) escribió:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex"><div dir="ltr">I guess the problem is about the brain phantom related file, range_atten-brain.dat as followed:<div>```</div><div><table style="box-sizing:border-box;border-spacing:0px;border-collapse:collapse;color:rgb(36,41,46);font-family:-apple-system,BlinkMacSystemFont,"Segoe UI",Helvetica,Arial,sans-serif,"Apple Color Emoji","Segoe UI Emoji";font-size:14px"><tbody style="box-sizing:border-box"><tr style="box-sizing:border-box"><td id="gmail-m_8055514459250350985gmail-m_-934719704056634156gmail-m_-8722756308718285130gmail-LC1" style="box-sizing:border-box;padding:0px 10px;line-height:20px;vertical-align:top;overflow:visible;font-family:SFMono-Regular,Consolas,"Liberation Mono",Menlo,monospace;font-size:12px;white-space:pre-wrap">4</td></tr><tr style="box-sizing:border-box"><td id="gmail-m_8055514459250350985gmail-m_-934719704056634156gmail-m_-8722756308718285130gmail-L2" style="box-sizing:border-box;padding:0px 10px;width:50px;min-width:50px;font-family:SFMono-Regular,Consolas,"Liberation Mono",Menlo,monospace;font-size:12px;line-height:20px;color:rgba(27,31,35,0.3);text-align:right;white-space:nowrap;vertical-align:top"></td><td id="gmail-m_8055514459250350985gmail-m_-934719704056634156gmail-m_-8722756308718285130gmail-LC2" style="box-sizing:border-box;padding:0px 10px;line-height:20px;vertical-align:top;overflow:visible;font-family:SFMono-Regular,Consolas,"Liberation Mono",Menlo,monospace;font-size:12px;white-space:pre-wrap">  0     0     Air         false 0.0  0.0  0.0  0.2</td></tr><tr style="box-sizing:border-box"><td id="gmail-m_8055514459250350985gmail-m_-934719704056634156gmail-m_-8722756308718285130gmail-L3" style="box-sizing:border-box;padding:0px 10px;width:50px;min-width:50px;font-family:SFMono-Regular,Consolas,"Liberation Mono",Menlo,monospace;font-size:12px;line-height:20px;color:rgba(27,31,35,0.3);text-align:right;white-space:nowrap;vertical-align:top"></td><td id="gmail-m_8055514459250350985gmail-m_-934719704056634156gmail-m_-8722756308718285130gmail-LC3" style="box-sizing:border-box;padding:0px 10px;line-height:20px;vertical-align:top;overflow:visible;font-family:SFMono-Regular,Consolas,"Liberation Mono",Menlo,monospace;font-size:12px;white-space:pre-wrap">  4     4     Water       true 1.0  0.0  0.0  0.2</td></tr><tr style="box-sizing:border-box"><td id="gmail-m_8055514459250350985gmail-m_-934719704056634156gmail-m_-8722756308718285130gmail-L4" style="box-sizing:border-box;padding:0px 10px;width:50px;min-width:50px;font-family:SFMono-Regular,Consolas,"Liberation Mono",Menlo,monospace;font-size:12px;line-height:20px;color:rgba(27,31,35,0.3);text-align:right;white-space:nowrap;vertical-align:top"></td><td id="gmail-m_8055514459250350985gmail-m_-934719704056634156gmail-m_-8722756308718285130gmail-LC4" style="box-sizing:border-box;padding:0px 10px;line-height:20px;vertical-align:top;overflow:visible;font-family:SFMono-Regular,Consolas,"Liberation Mono",Menlo,monospace;font-size:12px;white-space:pre-wrap">  5     5     Water       true 0.0  1.0  0.0  0.2</td></tr><tr style="box-sizing:border-box"><td id="gmail-m_8055514459250350985gmail-m_-934719704056634156gmail-m_-8722756308718285130gmail-L5" style="box-sizing:border-box;padding:0px 10px;width:50px;min-width:50px;font-family:SFMono-Regular,Consolas,"Liberation Mono",Menlo,monospace;font-size:12px;line-height:20px;color:rgba(27,31,35,0.3);text-align:right;white-space:nowrap;vertical-align:top"></td><td id="gmail-m_8055514459250350985gmail-m_-934719704056634156gmail-m_-8722756308718285130gmail-LC5" style="box-sizing:border-box;padding:0px 10px;line-height:20px;vertical-align:top;overflow:visible;font-family:SFMono-Regular,Consolas,"Liberation Mono",Menlo,monospace;font-size:12px;white-space:pre-wrap">  14    15    Water       true 0.0  0.0  1.0  0.2
</td></tr></tbody></table>```</div><div>Is anyone familiar with this file? Can anybody explain it explicitly? Like what is the '0' before Air meaning?</div><div>Any response will be highly appreciated! Thank you!</div><div><br></div><div>Best,</div><div><br></div><div><br></div></div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr" class="gmail_attr">On Mon, Apr 13, 2020 at 10:12 AM Xinjie Cao <<a href="mailto:xinjie.cao@stonybrook.edu" target="_blank">xinjie.cao@stonybrook.edu</a>> wrote:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr">Dear all,<br><div><br></div><div>I am running a simulation with new geometry of our model, but the GATE always stucks with following problem:</div><div>```</div><div>List of initialized processes:<br>[Core-0] Initialization of geometry<br>GateMaterialDatabase.cc (l.131): GateMaterialDatabase: could not find the definition for material '0' in material files<br></div><div><br></div><div>```</div><div>I am not sure what is the problem with this error, but I have checked my macro many times without any definition for material '0'. Has anyone ever met this problem before? Any answer will be highly appreciated. Thank you!</div><div><br></div><div>Best,</div></div></div></div>
</blockquote></div>
_______________________________________________<br>
Gate-users mailing list<br>
<a href="mailto:Gate-users@lists.opengatecollaboration.org" target="_blank">Gate-users@lists.opengatecollaboration.org</a><br>
<a href="http://lists.opengatecollaboration.org/mailman/listinfo/gate-users" rel="noreferrer" target="_blank">http://lists.opengatecollaboration.org/mailman/listinfo/gate-users</a></blockquote></div>
</blockquote></div><br clear="all"><div><br></div>-- <br><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div><b><font color="#000000">....................................................</font></b><br></div><div><b><span style="color:rgb(153,0,0);font-family:"arial black",sans-serif;font-size:x-small">Xinjie Cao</span></b><br></div><div><b><font size="1" face="arial black, sans-serif">M.E. / Ph.D. student</font></b></div><div><b><font size="1" face="arial black, sans-serif">Research Project Assistant</font></b></div><div><b><font size="1" face="arial black, sans-serif">Department of Electrical and Computer Engineering & Radiology </font></b></div><div><b><font size="1" face="arial black, sans-serif">Novel Medical Imaging Technologies Lab</font></b></div><div><b><font size="1" face="arial black, sans-serif">Health Science Center Level 8</font></b></div><div><b><font size="1" face="arial black, sans-serif">Stony Brook, NY 11794-8460 </font></b></div><div><b><font size="1" face="arial black, sans-serif">Tel: +1 (631)202-9445</font></b></div><div><a href="https://you.stonybrook.edu/goldan/people/" target="_blank">you.stonybrook.edu/goldan/people/</a><b><font size="1" face="arial black, sans-serif"><br></font></b></div><div><font size="1" face="arial black, sans-serif"><b>email: </b><a href="mailto:xinjie.cao@stonybrook.edu" target="_blank"><b>xinjie.cao@stonybroo</b>k.edu</a></font></div><div><font size="1" face="arial black, sans-serif"><br></font></div><div><font size="1" face="arial black, sans-serif"> </font><img src="https://docs.google.com/uc?export=download&id=12iMPAuaMtpKRdkcmBleVsP6iWiM4wlm_&revid=0B_TLWOu4jP1eWnFFRW9qQXlicTY3ZTVzWnR5QkRVY3RRT3JVPQ" width="200" height="28">   <img src="https://drive.google.com/a/stonybrook.edu/uc?id=17TB1Ha3enD8HC5e_Ez238vpeBF92aCgH&export=download" width="200" height="33"></div><div><div><b><font color="#000000">....................................................</font></b></div><div>It is prohibited to distribute or publish the files attached to any other people unless you get permission from the writer himself. All rights reserved.</div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div>
_______________________________________________<br>
Gate-users mailing list<br>
<a href="mailto:Gate-users@lists.opengatecollaboration.org" target="_blank">Gate-users@lists.opengatecollaboration.org</a><br>
<a href="http://lists.opengatecollaboration.org/mailman/listinfo/gate-users" rel="noreferrer" target="_blank">http://lists.opengatecollaboration.org/mailman/listinfo/gate-users</a></blockquote></div>