<div dir="ltr">Dear Emilie, <div><br></div><div>Thank you very much for your help. You are right that <b>interfileReader</b> is deprecated now, and using <b>imageReader</b> would partially solve the problem in the <a href="https://github.com/OpenGATE/Gate/tree/develop/benchmarks/benchImageNavigators/pet">example</a> (Gate/benchmarks/benchImagenvators/pet). However, even after switching to imageReader, I still couldn't get the example work. It failed opening brain_phantom.i33 for reading. Could you please have a look at the attached voxlizedSource.mac and error message to locate my mistake? </div><div><br></div><div>However, when I used brain_phantom.hmd in the voxlizedSource.mac, then everything worked fine. I attached a 3D rending of the brain_phantom.i33, it does not look like a brain phantom source, does it? </div><div><br></div><div>Greatly appreciate your help.</div><div>Sincerely,</div><div>Zhengzhi </div></div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr" class="gmail_attr">On Wed, Feb 26, 2020 at 4:58 PM Emilie Gaudin <<a href="mailto:Emilie.Odette.Gaudin@usherbrooke.ca">Emilie.Odette.Gaudin@usherbrooke.ca</a>> wrote:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex">



<div dir="ltr">
<div style="font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif;font-size:12pt;color:rgb(0,0,0)">
<div style="color:black;font-size:12pt;font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif">
Dear Zhengzhi ,</div>
<div style="color:black;font-size:12pt;font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif">
<br>
</div>
<div style="color:black;font-size:12pt;font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif">
You are right saying the documentation about voxelized phantom is deprecated, especially for image insertion.<br>
</div>
<div style="color:black;font-size:12pt;font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif">
Here is some working code for a typical phantom. Be careful of the path in your code and in your image header and everything should be fine.</div>
<div style="color:black;font-size:12pt;font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif">
<br>
</div>
<div style="color:black;font-size:12pt;font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif">
However, I cannot answer for the visu.<br>
</div>
<div style="color:black;font-size:12pt;font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif">
<br>
</div>
<div style="color:black;font-size:12pt;font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif">
Cheers,</div>
<div style="color:black;font-size:12pt;font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif">
<br>
</div>
<div style="color:black;font-size:12pt;font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif">
Emilie</div>
<div style="color:black;font-size:12pt;font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif">
<br>
</div>
<div style="color:black;font-size:12pt;font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif">
<br>
</div>
<div style="color:black;font-size:12pt;font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif">
<span>/gate/source/addSource voxel voxel<br>
</span>
<div>/gate/source/voxel/reader/insert image<br>
</div>
<div><br>
</div>
<div>/gate/source/voxel/imageReader/translator/insert range<br>
</div>
<div>/gate/source/voxel/imageReader/rangeTranslator/readTable {path-to-activity-dat-from-this-mac}<br>
</div>
<div>/gate/source/voxel/imageReader/rangeTranslator/describe 1<br>
</div>
<div><br>
</div>
<div># The default position of the voxellized source is in the 1^{st}<br>
</div>
<div># quarter. So the voxellized source has to be shifted over half its<br>
</div>
<div># dimension (dimension = dimImgXYZ * dimVoxXYZ)in the negative direction on each axis<br>
</div>
<div>/gate/source/voxel/setPosition -90 -90 -90 mm<br>
</div>
<div>/gate/source/voxel/imageReader/readFile {path-to-header-from-this-mac}<br>
</div>
<div><br>
</div>
<div>/gate/source/voxel/gps/particle e+<br>
</div>
<div>/gate/source/voxel/gps/energytype Fluor18<br>
</div>
<div>/gate/source/voxel/setForcedUnstableFlag true<br>
</div>
<div>/gate/source/voxel/setForcedHalfLife 6586.2 s<br>
</div>
<div>/gate/source/voxel/gps/angtype iso<br>
</div>
<div>/gate/source/voxel/dump 1<br>
</div>
<span>/gate/source/list</span></div>
<br>
</div>
<div id="gmail-m_8009988095786798507appendonsend"></div>
<div style="font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif;font-size:12pt;color:rgb(0,0,0)">
<br>
</div>
<hr style="display:inline-block;width:98%">
<div id="gmail-m_8009988095786798507divRplyFwdMsg" dir="ltr"><font style="font-size:11pt" face="Calibri, sans-serif" color="#000000"><b>De :</b> Gate-users <<a href="mailto:gate-users-bounces@lists.opengatecollaboration.org" target="_blank">gate-users-bounces@lists.opengatecollaboration.org</a>> de la part de Zhengzhi Liu <<a href="mailto:zliu36@stanford.edu" target="_blank">zliu36@stanford.edu</a>><br>
<b>Envoyé :</b> 26 février 2020 18:59<br>
<b>À :</b> <a href="mailto:gate-users@lists.opengatecollaboration.org" target="_blank">gate-users@lists.opengatecollaboration.org</a> <<a href="mailto:gate-users@lists.opengatecollaboration.org" target="_blank">gate-users@lists.opengatecollaboration.org</a>>; <a href="mailto:lomahu@gmail.com" target="_blank">lomahu@gmail.com</a> <<a href="mailto:lomahu@gmail.com" target="_blank">lomahu@gmail.com</a>>; 강한규 <<a href="mailto:lovehangulp@naver.com" target="_blank">lovehangulp@naver.com</a>><br>
<b>Objet :</b> [Gate-users] Voxelized source and phantom in benchImageNavigators</font>
<div> </div>
</div>
<div>
<div dir="ltr">Dear Han Gyu, Howard, and Gate users, 
<div><br>
<div>(I noticed from the previous emails that you two are using voxelized source and phantom, thus I send this email to you. )</div>
<div><br>
</div>
<div>
<div>I tried to import voxelized source and phantom in PET GATE simulation by following the <a href="https://can01.safelinks.protection.outlook.com/?url=https%3A%2F%2Fgithub.com%2FOpenGATE%2FGate%2Ftree%2Fdevelop%2Fbenchmarks%2FbenchImageNavigators%2Fpet&data=02%7C01%7CEmilie.Odette.Gaudin%40USherbrooke.ca%7C5a0fdfecb92f41327dee08d7bb181412%7C3a5a8744593545f99423b32c3a5de082%7C0%7C0%7C637183584400280037&sdata=EWD5fXak7Z6BJEkq10UUv3BD%2F4r6eNyw3caHQrS9C7w%3D&reserved=0" target="_blank">benchImageNavigators</a>
 example provided in GATE 8.2 package. However, I can't even get example code work. I have two problems with the example code: <br>
</div>
<div>
<ol>
<li>Visualization issue:  the qt viewer would automatically close and leaves me no time to visually check the voxelized source or voxelized phantom;</li><li>Running issue: the example can't run and keep throwing the warning message as shown in the attached screenshot, and no actual output is generated but an empty root file.  </li></ol>
<div>I believe importing PET/CT image has become very mature in GATE simulation. Could anyone give any help with running this example code? </div>
</div>
<div><br>
</div>
<div>I am very appreciative of your help. </div>
<div>Sincerely,</div>
<div><br>
</div>
<div>Zhengzhi </div>
<div><br>
</div>
<div><br>
</div>
<div><br>
</div>
<div><br>
</div>
<div><br>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>

</blockquote></div>