<div dir="ltr"><div dir="ltr">Hello, <div><br></div><div>great ! </div><div><br></div><div>For viewer mhd/raw images, see for example :</div><div><a href="https://www.slicer.org/">https://www.slicer.org/</a></div><div><a href="https://www.creatis.insa-lyon.fr/rio/vv">https://www.creatis.insa-lyon.fr/rio/vv</a><br></div><div><a href="http://www.itksnap.org/">http://www.itksnap.org</a><br></div><div><a href="https://imagej.nih.gov/ij/">https://imagej.nih.gov/ij/</a><br></div><div>etc ...</div><div><br></div><div>For the other examples python notebook : <a href="https://davidsarrut.pages.in2p3.fr/gate-exercices-site/">https://davidsarrut.pages.in2p3.fr/gate-exercices-site/</a> and the source code : <a href="https://gitlab.in2p3.fr/davidsarrut/gate-exercices">https://gitlab.in2p3.fr/davidsarrut/gate-exercices</a></div><div><br></div><div>David</div><div>PS: please use the mailing list so that other users can benefit from your experience</div></div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr" class="gmail_attr">On Tue, Jul 30, 2019 at 11:54 PM Kim, Changju <<a href="mailto:changju.kim.12@ucl.ac.uk">changju.kim.12@ucl.ac.uk</a>> wrote:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex">



<div dir="auto">
Dear Dr Sarrut,
<div><br>
</div>
<div>Thank you again for your kind reply. </div>
<div>I found I made a mistake and I can execute the examples perfectly. </div>
<div><br>
</div>
<div>As you award of that I am a newbie of Gate, it could be stupid question; how can I open the files such as .mhd and .raw files. </div>
<div><br>
</div>
<div>In addition, when I opened “dose map analysis.ipynb”; it says “other examples of exercises” including plot a dept dose profile with interactive line coordinate, etc on the bottom of the notebook. </div>
<div>When could I find them as well?</div>
<div><br>
</div>
<div>It would really appreciate and helpful for my future researches. </div>
<div><br>
</div>
<div>Please let me know and really thank you again. <br>
<br>
<div id="gmail-m_4047068751388139263AppleMailSignature" dir="ltr">
<div><span style="background-color:rgba(255,255,255,0)">Best wishes,</span></div>
<div><span style="background-color:rgba(255,255,255,0)"><br>
</span></div>
<div><span style="background-color:rgba(255,255,255,0)">Changju</span></div>
</div>
<div dir="ltr"><br>
On 30 Jul 2019, at 06:31, David Sarrut <<a href="mailto:David.Sarrut@creatis.insa-lyon.fr" target="_blank">David.Sarrut@creatis.insa-lyon.fr</a>> wrote:<br>
<br>
</div>
<blockquote type="cite">
<div dir="ltr">
<div dir="ltr">Hello, 
<div><br>
</div>
<div>what are the sizes of the images once downloaded on your disk ? Did you manage to open them with a viewer ? </div>
<div><br>
</div>
<div>another question: what Gate version do you use ? </div>
<div><br>
</div>
<div>best, </div>
<div>David </div>
</div>
<br>
<div class="gmail_quote">
<div dir="ltr" class="gmail_attr">On Mon, Jul 29, 2019 at 1:54 PM Kim, Changju <<a href="mailto:changju.kim.12@ucl.ac.uk" target="_blank">changju.kim.12@ucl.ac.uk</a>> wrote:<br>
</div>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex">
<div dir="auto">Dear Dr Sarrut,
<div><br>
</div>
<div>Thank you for your kind reply; unfortunately, it doesn’t work either. </div>
<div><br>
</div>
<div>I’ve followed the instructions of readme but still the same.  </div>
<div><br>
</div>
<div>Please let me know if I have another option to execute the examples. </div>
<div><br>
<div id="gmail-m_4047068751388139263gmail-m_-8821321900107688800AppleMailSignature" dir="ltr">
<div><span style="background-color:rgba(255,255,255,0)">Best wishes,</span></div>
<div><span style="background-color:rgba(255,255,255,0)"><br>
</span></div>
<div><span style="background-color:rgba(255,255,255,0)">Changju</span></div>
</div>
<div dir="ltr"><br>
On 26 Jul 2019, at 15:04, David Sarrut <<a href="mailto:David.Sarrut@creatis.insa-lyon.fr" target="_blank">David.Sarrut@creatis.insa-lyon.fr</a>> wrote:<br>
<br>
</div>
<blockquote type="cite">
<div dir="ltr">
<div dir="ltr">Hello Kim ! 
<div><br>
</div>
<div>probably due to the image that were not downloaded correctly: did you init git-lfs *before* cloning the repository
<a href="https://github.com/OpenGATE/GateContrib" target="_blank">https://github.com/OpenGATE/GateContrib</a> ? (Instructions are on the readme). </div>
<div><br>
</div>
<div>Please check the image and tell me if they are good or not</div>
<div><br>
</div>
<div>thanks, </div>
<div>David</div>
<div>PS: please use the gate mailing list </div>
</div>
<br>
<div class="gmail_quote">
<div dir="ltr" class="gmail_attr">On Thu, Jul 25, 2019 at 8:34 PM Kim, Changju <<a href="mailto:changju.kim.12@ucl.ac.uk" target="_blank">changju.kim.12@ucl.ac.uk</a>> wrote:<br>
</div>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex">
<div dir="ltr">
<div style="font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif;font-size:12pt;color:rgb(0,0,0)">
Dear David Sarrut,</div>
<div style="font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif;font-size:12pt;color:rgb(0,0,0)">
<br>
</div>
<div style="font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif;font-size:12pt;color:rgb(0,0,0)">
Good afternoon from London, the UK.</div>
<div style="font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif;font-size:12pt;color:rgb(0,0,0)">
<br>
</div>
<div style="font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif;font-size:12pt;color:rgb(0,0,0)">
This email finds you are doing well so far.</div>
<div style="font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif;font-size:12pt;color:rgb(0,0,0)">
<br>
</div>
<div style="font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif;font-size:12pt;color:rgb(0,0,0)">
I am a new user of GATE, and I do research about the proton therapy field.</div>
<div style="font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif;font-size:12pt;color:rgb(0,0,0)">
<br>
</div>
<div style="font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif;font-size:12pt;color:rgb(0,0,0)">
I would like to try to do Examples such as Example2 and Example3; however, I had this error message on my screen whenever I executed their .mac file.</div>
<div style="font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif;font-size:12pt;color:rgb(0,0,0)">
<br>
</div>
<div style="font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif;font-size:12pt;color:rgb(0,0,0)">
Please find the .txt file which I copy the error message.<br>
</div>
<div style="font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif;font-size:12pt;color:rgb(0,0,0)">
<br>
</div>
<div style="font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif;font-size:12pt;color:rgb(0,0,0)">
Would you help me what should I have to look up and change?</div>
<div style="font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif;font-size:12pt;color:rgb(0,0,0)">
<br>
</div>
<div style="font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif;font-size:12pt;color:rgb(0,0,0)">
It would be really appreciated with your help for my future research.</div>
<div style="font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif;font-size:12pt;color:rgb(0,0,0)">
<br>
</div>
<div style="font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif;font-size:12pt;color:rgb(0,0,0)">
<br>
</div>
<div style="font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif;font-size:12pt;color:rgb(0,0,0)">
I look forward to hearing from you.<br>
</div>
<div id="gmail-m_4047068751388139263gmail-m_-8821321900107688800gmail-m_4482163767050362537Signature">
<div name="divtagdefaultwrapper">
<p><br>
</p>
<p><br>
</p>
<p>Best wishes,</p>
<p><br>
</p>
<p>Changju Kim</p>
<p> </p>
<p>MRes Student</p>
<p>Dept. Medical Physics & Biomedical Engineering</p>
<br>
<p> </p>
<p> </p>
</div>
</div>
</div>
</blockquote>
</div>
<br clear="all">
<div><br>
</div>
-- <br>
<div dir="ltr" class="gmail-m_4047068751388139263gmail-m_-8821321900107688800gmail_signature">
<div dir="ltr">
<div>
<div dir="ltr">
<div>
<div dir="ltr">David Sarrut, Phd<br>
Directeur de recherche CNRS<br>
CREATIS, UMR CNRS 5220, Inserm U1206
<div>Centre de lutte contre le cancer Léon Bérard<br>
28 rue Laënnec, 69373 Lyon cedex 08<br>
Tel : 04 78 78 51 51 / 06 74 72 05 42<br>
<a href="https://eur01.safelinks.protection.outlook.com/?url=http:%2F%2Fwww.creatis.insa-lyon.fr%2F~dsarrut&data=02%7C01%7C%7C0c4a2f72d85d4a7b4af008d714af2ecd%7C1faf88fea9984c5b93c9210a11d9a5c2%7C0%7C0%7C637000614950698014&sdata=utShht2emwWcaVBJdjyWsL6%2FMRU%2F8nxwAMmv1k8rGuc%3D&reserved=0" target="_blank">http://www.creatis.insa-lyon.fr/~dsarrut</a><br>
_________________________________</div>
<div> "2 + 2 = 5,  for extremely large values of 2"<br>
_________________________________</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</blockquote>
</div>
</div>
</blockquote>
</div>
<br clear="all">
<div><br>
</div>
-- <br>
<div dir="ltr" class="gmail-m_4047068751388139263gmail_signature">
<div dir="ltr">
<div>
<div dir="ltr">
<div>
<div dir="ltr">David Sarrut, Phd<br>
Directeur de recherche CNRS<br>
CREATIS, UMR CNRS 5220, Inserm U1206
<div>Centre de lutte contre le cancer Léon Bérard<br>
28 rue Laënnec, 69373 Lyon cedex 08<br>
Tel : 04 78 78 51 51 / 06 74 72 05 42<br>
<a href="https://eur01.safelinks.protection.outlook.com/?url=http:%2F%2Fwww.creatis.insa-lyon.fr%2F~dsarrut&data=02%7C01%7C%7C0c4a2f72d85d4a7b4af008d714af2ecd%7C1faf88fea9984c5b93c9210a11d9a5c2%7C0%7C0%7C637000614950708008&sdata=DiiK%2B6m91dMjZaRZs%2BJ%2BUBBh02PpTe4CQ7U%2B6%2BfMWu8%3D&reserved=0" target="_blank">http://www.creatis.insa-lyon.fr/~dsarrut</a><br>
_________________________________</div>
<div> "2 + 2 = 5,  for extremely large values of 2"<br>
_________________________________</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</blockquote>
</div>
</div>

</blockquote></div><br clear="all"><div><br></div>-- <br><div dir="ltr" class="gmail_signature"><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr">David Sarrut, Phd<br>Directeur de recherche CNRS<br>CREATIS, UMR CNRS 5220, Inserm U1206<div>Centre de lutte contre le cancer Léon Bérard<br>28 rue Laënnec, 69373 Lyon cedex 08<br>Tel : 04 78 78 51 51 / 06 74 72 05 42<br><a href="http://www.creatis.insa-lyon.fr/~dsarrut" target="_blank">http://www.creatis.insa-lyon.fr/~dsarrut</a><br>_________________________________</div><div> "2 + 2 = 5,  for extremely large values of 2"<br>_________________________________</div></div></div></div></div></div></div></div>