
<html><head><meta http-equiv="Content-Type" content="text/html charset=utf-8"></head><body style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space;" class="">Dear gate-users, <div class=""><br class=""></div><div class="">I am trying to understand the process of 3d-dose matrix analysis for the dosimetry purposes. With the help of spherical water phantom (say, radius of 2 mm, point source in its center), I have generated the 3d dose matrix in MetaImage file format. Following is the header file I have obtained using the 5*5*5 matrix:</div><div class=""><br class=""></div><div class=""><div style="margin: 0px; font-size: 11px; line-height: normal; font-family: Menlo; background-color: rgb(255, 255, 255);" class=""><span style="font-variant-ligatures: no-common-ligatures" class="">ObjectType = Image</span></div><div style="margin: 0px; font-size: 11px; line-height: normal; font-family: Menlo; background-color: rgb(255, 255, 255);" class=""><span style="font-variant-ligatures: no-common-ligatures" class="">NDims = 3</span></div><div style="margin: 0px; font-size: 11px; line-height: normal; font-family: Menlo; background-color: rgb(255, 255, 255);" class=""><span style="font-variant-ligatures: no-common-ligatures" class="">BinaryData = True</span></div><div style="margin: 0px; font-size: 11px; line-height: normal; font-family: Menlo; background-color: rgb(255, 255, 255);" class=""><span style="font-variant-ligatures: no-common-ligatures" class="">BinaryDataByteOrderMSB = False</span></div><div style="margin: 0px; font-size: 11px; line-height: normal; font-family: Menlo; background-color: rgb(255, 255, 255);" class=""><span style="font-variant-ligatures: no-common-ligatures" class="">CompressedData = False</span></div><div style="margin: 0px; font-size: 11px; line-height: normal; font-family: Menlo; background-color: rgb(255, 255, 255);" class=""><span style="font-variant-ligatures: no-common-ligatures" class="">TransformMatrix = 1 0 0 0 1 0 0 0 1</span></div><div style="margin: 0px; font-size: 11px; line-height: normal; font-family: Menlo; background-color: rgb(255, 255, 255);" class=""><span style="font-variant-ligatures: no-common-ligatures" class="">Offset = -0.13868800000000001 -0.13868800000000001 -0.13868800000000001</span></div><div style="margin: 0px; font-size: 11px; line-height: normal; font-family: Menlo; background-color: rgb(255, 255, 255);" class=""><span style="font-variant-ligatures: no-common-ligatures" class="">CenterOfRotation = 0 0 0</span></div><div style="margin: 0px; font-size: 11px; line-height: normal; font-family: Menlo; background-color: rgb(255, 255, 255);" class=""><span style="font-variant-ligatures: no-common-ligatures" class="">ElementSpacing = 0.069343999028205872 0.069343999028205872 0.069343999028205872</span></div><div style="margin: 0px; font-size: 11px; line-height: normal; font-family: Menlo; background-color: rgb(255, 255, 255);" class=""><span style="font-variant-ligatures: no-common-ligatures" class="">DimSize = 5 5 5</span></div><div style="margin: 0px; font-size: 11px; line-height: normal; font-family: Menlo; background-color: rgb(255, 255, 255);" class=""><span style="font-variant-ligatures: no-common-ligatures" class="">AnatomicalOrientation = ???</span></div><div style="margin: 0px; font-size: 11px; line-height: normal; font-family: Menlo; background-color: rgb(255, 255, 255);" class=""><span style="font-variant-ligatures: no-common-ligatures" class="">ElementType = MET_FLOAT</span></div><div style="margin: 0px; font-size: 11px; line-height: normal; font-family: Menlo; background-color: rgb(255, 255, 255);" class=""><span style="font-variant-ligatures: no-common-ligatures" class="">ElementDataFile = dose-Dose.raw</span></div><div style="margin: 0px; font-size: 11px; line-height: normal; font-family: Menlo; background-color: rgb(255, 255, 255);" class=""><br class=""></div></div><div style="margin: 0px; line-height: normal; background-color: rgb(255, 255, 255);" class="">I couldn’t understand why AnatominalOrientation tag is =???, what command should I put so that I could get a meaningful orientation? Due to this error, I was unable to view the raw image data on ITK_Snap or ImageJ. </div><div style="margin: 0px; line-height: normal; background-color: rgb(255, 255, 255);" class=""><br class=""></div><div style="margin: 0px; line-height: normal; background-color: rgb(255, 255, 255);" class="">Could someone point me in the direction of dose analysis methods from the 3d dose matrix? I think I can convert this format to the numpy image array, so that I could get an idea of rough average absorbed dose from the point source. But how could I get an information of the voxel distance (radial distance) and the absorbed dose at that radial distance? </div><div style="margin: 0px; line-height: normal; background-color: rgb(255, 255, 255);" class=""><br class=""></div><div style="margin: 0px; line-height: normal; background-color: rgb(255, 255, 255);" class="">Regards, </div><div style="margin: 0px; line-height: normal; background-color: rgb(255, 255, 255);" class="">Ashok</div></body></html>