<div dir="ltr"><div>Hi Dear David</div><div><br></div><div>I calculated the squared as well beside the dose and uncertainty by the following scripts:</div><div><br></div><div>/gate/actor/addActor                           DoseActor meshdose<br>/gate/actor/meshdose/save                      output1/Randodose.hdr<br>/gate/actor/meshdose/attachTo                  phantom<br>/gate/actor/meshdose/stepHitType               random<br>/gate/actor/meshdose/setSize                   512 512 177 mm<br>#/gate/actor/meshdose/setResolution            512 512 177<br>/gate/actor/meshdose/setVoxelSize              3 3 1 mm  <br>/gate/actor/meshdose/enableEdep                true<br>/gate/actor/meshdose/enableUncertaintyEdep     true<br>/gate/actor/meshdose/enableSquaredEdep         true<br>/gate/actor/meshdose/enableDose                true<br>/gate/actor/meshdose/saveEveryNSeconds         60<br>#/gate/actor/meshdose/normaliseDose            true<br>#/gate/output/allowNoOutput<br></div><div><br></div><div><br></div><div>Based on the article that you suggest abd the gate manual<b> (the part that I highlighted):</b></div><div><br></div><div>The unit of edep is MeV and the unit of dose is Gy. The dose/edep squared is used to calculate the uncertainty when the output<br>from several files are added. The uncertainty is the relative statistical uncertainty. "SquaredDose" flag allows to store the sum of<br>squared dose (or energy). It is very useful when using GATE on several workstations with numerous jobs.<b> To compute the final<br>uncertainty, you only have to sum the dose map and the squared dose map to estimate the final uncertainty according to the<br>uncertainty equations.<br></b></div><div><b><br></b></div><div>when i run the program two times, I should sum the dose map and the squared dose map for both job? like below?<br></div><div><br></div><div>first job(dose map+squared dose map)+second job(dose map+squared dose map)=uncertainty<b><br></b></div><div><b><br></b></div><div><b><br></b></div><div><b>best <br></b></div><div><b>Mery<br></b></div><div><b><br></b></div><div><b><br></b></div></div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr">On Wed, Jun 20, 2018 at 10:08 AM David Sarrut <<a href="mailto:David.Sarrut@creatis.insa-lyon.fr">David.Sarrut@creatis.insa-lyon.fr</a>> wrote:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr">Hello, <div><br></div><div>to add uncertainties, you need the squared values (obtained from the DoseActor via a flag), see for example in: <a href="https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/16798417" target="_blank">https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/16798417</a></div><div><br></div><div>Sincerely, </div><div>David </div></div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr">On Tue, Jun 19, 2018 at 8:21 AM Mery MB <<a href="mailto:mery.mb.mph@gmail.com" target="_blank">mery.mb.mph@gmail.com</a>> wrote:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr"><div>Dear Gate user</div><div><br></div><div>I simulate a phantom and run the program two times for reducing the uncertainty in voxels. I want to know how I can add two uncertainty with each other?</div><div><br></div><div>Best <br></div><div>Mery<br></div></div>
_______________________________________________<br>
Gate-users mailing list<br>
<a href="mailto:Gate-users@lists.opengatecollaboration.org" target="_blank">Gate-users@lists.opengatecollaboration.org</a><br>
<a href="http://lists.opengatecollaboration.org/mailman/listinfo/gate-users" rel="noreferrer" target="_blank">http://lists.opengatecollaboration.org/mailman/listinfo/gate-users</a></blockquote></div><br clear="all"><div><br></div>-- <br><div dir="ltr" class="m_-5993626426946389132gmail_signature" data-smartmail="gmail_signature"><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr">David Sarrut, Phd<br>Directeur de recherche CNRS<br>CREATIS, UMR CNRS 5220, Inserm U1206<div>Centre de lutte contre le cancer Léon Bérard<br>28 rue Laënnec, 69373 Lyon cedex 08<br>Tel : 04 78 78 51 51 / 06 74 72 05 42<br><a href="http://www.creatis.insa-lyon.fr/~dsarrut" target="_blank">http://www.creatis.insa-lyon.fr/~dsarrut</a><br>_________________________________</div><div> "2 + 2 = 5,  for extremely large values of 2"<br>_________________________________</div></div></div></div></div></div></div>
</blockquote></div>