<div dir="ltr"><div><div><div>Hi,<br></div>Not in my experience. But reading again your first email, you should know that by default, the number of threads is set to the number of cores. So running 32 simulations on a 64 core system means 32*64 concurrent threads... It might be that your system is not about it.<br></div>To test the benefit of multithreading, try running one simulation only and increase <span style="font-size:12.8px"> ITK_GLOBAL_DEFAULT_NUMBER_OF_</span><span style="font-size:12.8px">T<wbr>HREADS incrementally.<br></span></div><span style="font-size:12.8px">Simon<br></span></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Fri, Sep 29, 2017 at 4:03 PM, Clemens S. <span dir="ltr"><<a href="mailto:clem.schmid@gmail.com" target="_blank">clem.schmid@gmail.com</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr">Dear Simon,<div><br></div><div>thank you very much for your help! I recompiled ITK with ITK_USE_THREADPOOL=ON and it seems to run stable now. </div><div><br></div><div>While compiling, I tried out the </div><div><span style="font-size:12.8px">export ITK_GLOBAL_DEFAULT_NUMBER_OF_</span><span style="font-size:12.8px">T<wbr>HREADS=1</span><br></div><div><span style="font-size:12.8px">method. I haven't done serious benchmarks, but the simulations seem to finish much faster with that setting than with the threadpool. Could there be a lot of overhead with multithread and FFD?</span></div><div><span style="font-size:12.8px"><br></span></div><div><span style="font-size:12.8px">Anyway, thank you again for your help!</span></div><div><span style="font-size:12.8px"><br></span></div><div><span style="font-size:12.8px">Kind regards</span></div><span class="HOEnZb"><font color="#888888"><div><span style="font-size:12.8px">Clemens</span></div></font></span></div><div class="HOEnZb"><div class="h5"><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">2017-09-29 13:22 GMT+02:00 Simon Rit <span dir="ltr"><<a href="mailto:simon.rit@creatis.insa-lyon.fr" target="_blank">simon.rit@creatis.insa-lyon.<wbr>fr</a>></span>:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr"><div><div><div><div><div>Hi,<br></div>I'm not sure but I had similar issues at some point. I first fixed something in ITK:<br><a href="http://review.source.kitware.com/#/c/21937" target="_blank">http://review.source.kitware.c<wbr>om/#/c/21937</a><br></div>Then the problem was a bit more explicit, it could not create enough threads. I never explained it in my case (see:<br><a href="https://public.kitware.com/pipermail/insight-users/2017-January/054167.html" target="_blank">https://public.kitware.com/pip<wbr>ermail/insight-users/2017-Janu<wbr>ary/054167.html</a>) but turning on ITK_USE_THREADPOOL at compilation of ITK fixed the problem. Can you turn on ITK_USE_THREADOOL with the latest ITK to see if that solves your issue?<br></div></div>Note that you can always turn off multithreading using the env variable:</div><div>export ITK_GLOBAL_DEFAULT_NUMBER_OF_T<wbr>HREADS=1<br></div><div>Hope this helps,<br></div>Simon<br></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote"><div><div class="m_1151792202783550383h5">On Fri, Sep 29, 2017 at 12:14 PM, Clemens S. <span dir="ltr"><<a href="mailto:clem.schmid@gmail.com" target="_blank">clem.schmid@gmail.com</a>></span> wrote:<br></div></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div><div class="m_1151792202783550383h5"><div dir="ltr">Dear fellow GATE users,<div><br></div><div>I have a problem with running multiple parallel GATE simulations. After a while (around 10 minutes), simulations start segfaulting (stacktrace attached). This does not happen every or at the same time; sometimes all simulations finish correctly. It also happens if I don"t start as many simulations, but I feel not as frequently.</div><div><br></div><div>I use the FixedForcedDetection Actor and start around 32 simulations at once on a 64 thread system. The simulation is attached.</div><div><br></div><div>AFAIK, I did not enable multithread mode on any GATE-related program by hand when installing them.</div><div><br></div><div><div>I am using </div><div> - GATE 7.2</div><div> - root 5.34/30</div><div> - simpleITK 4.10.1</div><div> - RTK 1.3.0</div></div><div><br></div><div>Thank you for your help!</div><div><br></div><div>Kind regards</div><div>Clemens Schmid</div></div>
<br></div></div>______________________________<wbr>_________________<br>
Gate-users mailing list<br>
<a href="mailto:Gate-users@lists.opengatecollaboration.org" target="_blank">Gate-users@lists.opengatecolla<wbr>boration.org</a><br>
<a href="http://lists.opengatecollaboration.org/mailman/listinfo/gate-users" rel="noreferrer" target="_blank">http://lists.opengatecollabora<wbr>tion.org/mailman/listinfo/gate<wbr>-users</a><br></blockquote></div><br></div>
</blockquote></div><br></div>
</div></div></blockquote></div><br></div>