<div dir="ltr">Dear Simon,<div><br></div><div>thank you very much for your help! I recompiled ITK with ITK_USE_THREADPOOL=ON and it seems to run stable now. </div><div><br></div><div>While compiling, I tried out the </div><div><span style="font-size:12.8px">export ITK_GLOBAL_DEFAULT_NUMBER_OF_</span><wbr style="font-size:12.8px"><span style="font-size:12.8px">THREADS=1</span><br></div><div><span style="font-size:12.8px">method. I haven't done serious benchmarks, but the simulations seem to finish much faster with that setting than with the threadpool. Could there be a lot of overhead with multithread and FFD?</span></div><div><span style="font-size:12.8px"><br></span></div><div><span style="font-size:12.8px">Anyway, thank you again for your help!</span></div><div><span style="font-size:12.8px"><br></span></div><div><span style="font-size:12.8px">Kind regards</span></div><div><span style="font-size:12.8px">Clemens</span></div></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">2017-09-29 13:22 GMT+02:00 Simon Rit <span dir="ltr"><<a href="mailto:simon.rit@creatis.insa-lyon.fr" target="_blank">simon.rit@creatis.insa-lyon.fr</a>></span>:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr"><div><div><div><div><div>Hi,<br></div>I'm not sure but I had similar issues at some point. I first fixed something in ITK:<br><a href="http://review.source.kitware.com/#/c/21937" target="_blank">http://review.source.kitware.<wbr>com/#/c/21937</a><br></div>Then the problem was a bit more explicit, it could not create enough threads. I never explained it in my case (see:<br><a href="https://public.kitware.com/pipermail/insight-users/2017-January/054167.html" target="_blank">https://public.kitware.com/<wbr>pipermail/insight-users/2017-<wbr>January/054167.html</a>) but turning on ITK_USE_THREADPOOL at compilation of ITK fixed the problem. Can you turn on ITK_USE_THREADOOL with the latest ITK to see if that solves your issue?<br></div></div>Note that you can always turn off multithreading using the env variable:</div><div>export ITK_GLOBAL_DEFAULT_NUMBER_OF_<wbr>THREADS=1<br></div><div>Hope this helps,<br></div>Simon<br></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote"><div><div class="h5">On Fri, Sep 29, 2017 at 12:14 PM, Clemens S. <span dir="ltr"><<a href="mailto:clem.schmid@gmail.com" target="_blank">clem.schmid@gmail.com</a>></span> wrote:<br></div></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div><div class="h5"><div dir="ltr">Dear fellow GATE users,<div><br></div><div>I have a problem with running multiple parallel GATE simulations. After a while (around 10 minutes), simulations start segfaulting (stacktrace attached). This does not happen every or at the same time; sometimes all simulations finish correctly. It also happens if I don"t start as many simulations, but I feel not as frequently.</div><div><br></div><div>I use the FixedForcedDetection Actor and start around 32 simulations at once on a 64 thread system. The simulation is attached.</div><div><br></div><div>AFAIK, I did not enable multithread mode on any GATE-related program by hand when installing them.</div><div><br></div><div><div>I am using </div><div> - GATE 7.2</div><div> - root 5.34/30</div><div> - simpleITK 4.10.1</div><div> - RTK 1.3.0</div></div><div><br></div><div>Thank you for your help!</div><div><br></div><div>Kind regards</div><div>Clemens Schmid</div></div>
<br></div></div>______________________________<wbr>_________________<br>
Gate-users mailing list<br>
<a href="mailto:Gate-users@lists.opengatecollaboration.org" target="_blank">Gate-users@lists.opengatecolla<wbr>boration.org</a><br>
<a href="http://lists.opengatecollaboration.org/mailman/listinfo/gate-users" rel="noreferrer" target="_blank">http://lists.opengatecollabora<wbr>tion.org/mailman/listinfo/<wbr>gate-users</a><br></blockquote></div><br></div>
</blockquote></div><br></div>