
<html><head><meta http-equiv="Content-Type" content="text/html charset=utf-8"></head><body style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space;" class=""><div class=""></div><div class=""><div class=""><br class=""><div><blockquote type="cite" class=""><div class="">Le 27 juin 2017 à 15:52, Thielemans, Kris <<a href="mailto:k.thielemans@ucl.ac.uk" class="">k.thielemans@ucl.ac.uk</a>> a écrit :</div><br class="Apple-interchange-newline"><div class=""><div class="WordSection1" style="page: WordSection1; font-family: Helvetica; font-size: 14px; font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px;"><div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">Hi all<o:p class=""></o:p></div><div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class=""><o:p class=""> </o:p></div><div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">As you know, Nikos put code into our development version of STIR to read ROOT files (it needs an additional text file to specify some scanner info). This should handle CylindricalPET and ECAT output. We’re checking this now and have identified 2 “issues”<o:p class=""></o:p></div><div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class=""><o:p class=""> </o:p></div><div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class=""><a href="https://github.com/UCL/STIR/issues/80" style="color: rgb(149, 79, 114); text-decoration: underline;" class="">https://github.com/UCL/STIR/issues/80</a><o:p class=""></o:p></div><div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class=""><a href="https://github.com/UCL/STIR/issues/79" style="color: rgb(149, 79, 114); text-decoration: underline;" class="">https://github.com/UCL/STIR/issues/79</a><o:p class=""></o:p></div><div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class=""><o:p class=""> </o:p></div><div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">The main problem is that CylindricalPET has 1 extra level of hierarchy:<o:p class=""></o:p></div><div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">CylindricalPET: RSector, Module, Submodule, Crystal<o:p class=""></o:p></div><div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">STIR: bucket, block, crystal<o:p class=""></o:p></div><div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class=""><o:p class=""> </o:p></div><div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">We’re debating how to map the CylindricalPET case to STIR. However to make a sensible decision, can someone please clarify what the consequences are of the cylindricalPET hierarchy? I realise you can use this do specify geometry (via the repeaters). Does it also have anything to do with dead-time processing?<o:p class=""></o:p></div><div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class=""><o:p class=""> </o:p></div><div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">Also, can RSector to repetition along the scanner axis as well, or only rotation?<o:p class=""></o:p></div><div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class=""><o:p class=""> </o:p></div><div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">Of course, feel free to add comments to the Issues above. If not, I’ll summarise this email thread and put it on github as well.<o:p class=""></o:p></div><div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">Please reply to both<span class="Apple-converted-space"> </span><a href="mailto:gate-users@lists.opengatecollaboration.org" style="color: rgb(149, 79, 114); text-decoration: underline;" class="">gate-users@lists.opengatecollaboration.org</a><span class="Apple-converted-space"> </span>and<span class="Apple-converted-space"> </span><a href="mailto:stir-devel@lists.sourceforge.net" style="color: rgb(149, 79, 114); text-decoration: underline;" class="">stir-devel@lists.sourceforge.net</a><o:p class=""></o:p></div><div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class=""><o:p class=""> </o:p></div><div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">Many thanks<o:p class=""></o:p></div><div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class=""><o:p class=""> </o:p></div><div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class=""><span style="" class="">Kris Thielemans<br class="">Reader in Medical Imaging Physics at University College London,<br class="">Institute of Nuclear Medicine, UCL Hospital, Tower 5,<br class="">235 Euston Road, London NW1 2BU, UK<o:p class=""></o:p></span></div><div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class=""><o:p class=""> </o:p></div></div><span style="font-family: Helvetica; font-size: 14px; font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; float: none; display: inline !important;" class="">_______________________________________________</span><br style="font-family: Helvetica; font-size: 14px; font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px;" class=""><span style="font-family: Helvetica; font-size: 14px; font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; float: none; display: inline !important;" class="">Gate-users mailing list</span><br style="font-family: Helvetica; font-size: 14px; font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px;" class=""><a href="mailto:Gate-users@lists.opengatecollaboration.org" style="color: rgb(149, 79, 114); text-decoration: underline; font-family: Helvetica; font-size: 14px; font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; orphans: auto; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: auto; word-spacing: 0px; -webkit-text-size-adjust: auto; -webkit-text-stroke-width: 0px;" class="">Gate-users@lists.opengatecollaboration.org</a><br style="font-family: Helvetica; font-size: 14px; font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px;" class=""><a href="http://lists.opengatecollaboration.org/mailman/listinfo/gate-users" style="color: rgb(149, 79, 114); text-decoration: underline; font-family: Helvetica; font-size: 14px; font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; orphans: auto; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: auto; word-spacing: 0px; -webkit-text-size-adjust: auto; -webkit-text-stroke-width: 0px;" class="">http://lists.opengatecollaboration.org/mailman/listinfo/gate-users</a></div></blockquote></div><br class=""><div class="">

<div style="color: rgb(0, 0, 0); letter-spacing: normal; orphans: auto; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: auto; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space;" class=""><div style="color: rgb(0, 0, 0); letter-spacing: normal; orphans: auto; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: auto; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space;" class="">__________________<br class="">Christian MOREL, PhD<br class="">Professeur des universités<br class="">Centre de Physique des Particules de Marseille (CPPM)<br class="">Aix-Marseille Université et CNRS/IN2P3<br class="">163, Av. de Luminy, Case 902, 13288 Marseille, France<br class=""><br class="">tel: +33 (0)4 91 82 76 73<br class="">fax: +33 (0)4 91 82 72 99<br class="">mobile: +33 (0)6 16 44 20 16<br class="">email: <a href="mailto:morel@cppm.in2p3.fr" class="">morel@cppm.in2p3.fr</a><br class="">url: <a href="http://imXgam.in2p3.fr" class="">http://imXgam.in2p3.fr</a></div></div>

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<br class=""></div></div></body></html>