<div dir="ltr"><div>Woo hoo! Finally got it to work! Thanks so much for everyone's help. I'm sure I'll be writing again soon as I get further into the program itself. But for now I'm hoping that the user manual will be straight forward enough to follow on my own for a while. <br></div><div>Again, many thanks and best wishes.<br><br></div><div>All the best,<br></div></div><div class="gmail_extra"><br clear="all"><div><div class="gmail_signature" data-smartmail="gmail_signature"><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><b style="font-size:12.8000001907349px">R. Kevin Wilson</b><div style="font-size:12.8000001907349px"><br></div><div style="font-size:12.8000001907349px">San Diego State University | <i>2017</i></div><div style="font-size:12.8000001907349px">Department of Physics | <i>M.S <span style="font-size:12.8000001907349px">Medical Physics</span></i></div><div style="font-size:12.8000001907349px">Radiation Detection Measuring & Modeling Laboratory</div><div style="font-size:12.8000001907349px"><i>PET/SPECT Modeling - vGate & GEANT4</i></div><div style="font-size:12.8000001907349px"><br></div><div style="font-size:12.8000001907349px"><img src="https://docs.google.com/uc?export=download&id=0B6r246QLjtCqeXF0R2VyVjFEUWM&revid=0B6r246QLjtCqWVBkRm1qTjE5L09CMDNYRmRaTnhVSG8rcVVFPQ" width="85" height="96"><br></div><div style="font-size:12.8000001907349px"><br></div><div style="font-size:12.8000001907349px">Clemson University | <i>2015</i></div><div style="font-size:12.8000001907349px"><span style="font-size:12.8000001907349px">College of Engineering & Science</span><br></div><div style="font-size:12.8000001907349px">Department of Physics & Astronomy | <i>B.S. Applied Physics</i> </div><div style="font-size:12.8000001907349px"><span style="font-size:12.8000001907349px">CU EBIT & Atomic Physics Laboratory </span><b style="font-size:12.8000001907349px">|</b><span style="font-size:12.8000001907349px"> </span><i style="font-size:12.8000001907349px">Intern Recipient and Student Researcher</i><br></div><div style="font-size:12.8000001907349px"><br></div><div style="font-size:12.8000001907349px"><i></i><i><img src="http://math.msstate.edu/events/reu/reu2011/images/clemson_logo.gif" width="200" height="52"><br></i></div><div style="font-size:12.8000001907349px"><a href="mailto:rkwilson@mail.sdsu.edu" target="_blank">rkwilson@mail.sdsu.edu</a></div><div style="font-size:12.8000001907349px"><div><a href="mailto:rkwilso@g.clemson.edu" target="_blank">rkwilso@g.clemson.edu</a><br></div><div>(828) 216-5310</div></div></div></div></div></div></div></div></div>
<br><div class="gmail_quote">On Wed, Dec 7, 2016 at 2:22 PM, Robert Wilson <span dir="ltr"><<a href="mailto:rkwilson@mail.sdsu.edu" target="_blank">rkwilson@mail.sdsu.edu</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr">Awesome, thanks! I will give it a shot.<div><br></div><div>Cheers,</div></div><div class="gmail_extra"><br clear="all"><div><div class="m_2131877485983039999gmail_signature" data-smartmail="gmail_signature"><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><span class=""><b style="font-size:12.8000001907349px">R. Kevin Wilson</b><div style="font-size:12.8000001907349px"><br></div><div style="font-size:12.8000001907349px">San Diego State University | <i>2017</i></div></span><span class=""><div style="font-size:12.8000001907349px">Department of Physics | <i>M.S <span style="font-size:12.8000001907349px">Medical Physics</span></i></div><div style="font-size:12.8000001907349px">Radiation Detection Measuring & Modeling Laboratory</div><div style="font-size:12.8000001907349px"><i>PET/SPECT Modeling - vGate & GEANT4</i></div><div style="font-size:12.8000001907349px"><br></div><div style="font-size:12.8000001907349px"><img src="https://docs.google.com/uc?export=download&id=0B6r246QLjtCqeXF0R2VyVjFEUWM&revid=0B6r246QLjtCqWVBkRm1qTjE5L09CMDNYRmRaTnhVSG8rcVVFPQ" width="85" height="96"><br></div><div style="font-size:12.8000001907349px"><br></div><div style="font-size:12.8000001907349px">Clemson University | <i>2015</i></div><div style="font-size:12.8000001907349px"><span style="font-size:12.8000001907349px">College of Engineering & Science</span><br></div><div style="font-size:12.8000001907349px">Department of Physics & Astronomy | <i>B.S. Applied Physics</i> </div><div style="font-size:12.8000001907349px"><span style="font-size:12.8000001907349px">CU EBIT & Atomic Physics Laboratory </span><b style="font-size:12.8000001907349px">|</b><span style="font-size:12.8000001907349px"> </span><i style="font-size:12.8000001907349px">Intern Recipient and Student Researcher</i><br></div><div style="font-size:12.8000001907349px"><br></div><div style="font-size:12.8000001907349px"><i></i><i><img src="http://math.msstate.edu/events/reu/reu2011/images/clemson_logo.gif" width="200" height="52"><br></i></div><div style="font-size:12.8000001907349px"><a href="mailto:rkwilson@mail.sdsu.edu" target="_blank">rkwilson@mail.sdsu.edu</a></div><div style="font-size:12.8000001907349px"><div><a href="mailto:rkwilso@g.clemson.edu" target="_blank">rkwilso@g.clemson.edu</a><br></div><div><a href="tel:%28828%29%20216-5310" value="+18282165310" target="_blank">(828) 216-5310</a></div></div></span></div></div></div></div></div></div></div><div><div class="h5">
<br><div class="gmail_quote">On Wed, Dec 7, 2016 at 9:42 AM, Robert Wilson <span dir="ltr"><<a href="mailto:rkwilso@g.clemson.edu" target="_blank">rkwilso@g.clemson.edu</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr">Awesome thanks. Will give that a shot.<div><br></div><div>Cheers,</div></div><div class="gmail_extra"><br clear="all"><div><div class="m_2131877485983039999m_5060310927575351188gmail_signature" data-smartmail="gmail_signature"><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><span><b>R. Kevin Wilson</b><div><br></div><div>San Diego State University | <i>2017</i></div></span><div>Department of Physics | <i>M.S. <span style="font-size:12.8000001907349px">Medical Physics</span></i></div><div>Radiation Detection Measurement & Modeling Laboratory</div><div><i>PET/SPECT Modeling - GEANT4; Gate</i></div><span><div><br></div><div><img src="https://docs.google.com/uc?export=download&id=0B6r246QLjtCqeXF0R2VyVjFEUWM&revid=0B6r246QLjtCqWVBkRm1qTjE5L09CMDNYRmRaTnhVSG8rcVVFPQ" width="85" height="96"><br></div><div><br></div><div>Clemson University | <i>2015</i></div><div><span style="font-size:12.8000001907349px">College of Engineering & Science</span><br></div><div>Department of Physics & Astronomy | <i>B.S. Applied Physics</i> </div><div><span style="font-size:12.8000001907349px">CU EBIT & Atomic Physics Laboratory </span><b style="font-size:12.8000001907349px">|</b><span style="font-size:12.8000001907349px"> </span><i style="font-size:12.8000001907349px">Intern Recipient and Student Researcher</i><br></div><div><br></div><div><i></i><i><img src="http://math.msstate.edu/events/reu/reu2011/images/clemson_logo.gif" width="200" height="52"><br></i></div></span><div><div><a href="mailto:rkwilso@g.clemson.edu" target="_blank">rkwilso@g.clemson.edu</a><br></div><div><a href="mailto:rkwilson@mail.sdsu.edu" target="_blank">rkwilson@mail.sdsu.edu</a></div><div><a href="tel:%28828%29%20216-5310" value="+18282165310" target="_blank">(828) 216-5310</a></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div><div><div class="m_2131877485983039999h5">
<br><div class="gmail_quote">On Tue, Dec 6, 2016 at 11:06 PM, David Sarrut <span dir="ltr"><<a href="mailto:David.Sarrut@creatis.insa-lyon.fr" target="_blank">David.Sarrut@creatis.insa-lyo<wbr>n.fr</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr">Hello, <div><br></div><div>you need "./" before because on unix OS (linux, mac), the command you type is searched in some folders only, listed in a variable named "PATH". The folder of your Gate executable is probably not in the path, so you need to specify where is the command ("./" means in the current folder). Several Gate executables may be at the same times on the computer, it could be useful to compare versions. </div><div><br></div><div>libCore.so is shared library (from Root), again the path to this library must be known by the terminal. On linux it is stored in the LD_LIBRARY_PATH variable. so, something like:<br></div><div>export LD_LIBRARY_PATH=<my_path_ro_ro<wbr>ot_lib>  could help</div><div>In <a href="http://wiki.opengatecollaboration.org/index.php/Compilation_Instructions_V7.2" target="_blank">http://wiki.opengatecollabo<wbr>ration.org/index.php/Compilati<wbr>on_Instructions_V7.2</a> you will see that source /PATH_TO/root_v5.XX/bin/thisro<wbr>ot.sh should set everything for you. </div><div><br></div><div>HTH,</div><div>David<br></div><div><br></div></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote"><div><div class="m_2131877485983039999m_5060310927575351188h5">On Wed, Dec 7, 2016 at 5:31 AM, Robert Wilson <span dir="ltr"><<a href="mailto:rkwilson@mail.sdsu.edu" target="_blank">rkwilson@mail.sdsu.edu</a>></span> wrote:<br></div></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div><div class="m_2131877485983039999m_5060310927575351188h5"><div dir="ltr"><div><div><div>Hello. First I would like to say thank you so many of you who have been helping me over the past few weeks in finding my copilation problems; I really do appreciate it.<br><br></div>Now, after starting over and recompiling root and Gate the right way (I'm pretty sure this time), I was actually able to get it to run and give me the fabled "idle prompt". But then, upon trying to restart it the next day I got the Black Screen of Death. We WERE able to fix that by installing the updated invidia stuff, but now I'm unable to get Gate running again.<br><br></div>So in looking for the problem, I found that the Gate executable was in two different directories, and both of them were listed as "Gate*" in green. Neither however would run from the simple command "Gate". I asked another computer wiz friend of mine about it, and he suggested I begin the command line with "./" in order to run THAT particular executable. Upon trying that it at least did something different, but now it's returning the line<br><br>./Gate: error while loading shared libraries: libCore.so: cannot open shared object file: No such file or directory<br><br></div>I'm also attaching two screen shots of the command history, so if anyone has any suggestions, advice, or something jumps out at you, any help would be greatly appreciated. Thank you all so much in advance, and I hope you have a great day.<br><br><div>Best regards,<br></div><div><br clear="all"><div><div><div><div><div class="m_2131877485983039999m_5060310927575351188m_-9010557113467117396m_-5199447199652085416gmail_signature"><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><b style="font-size:12.8px">R. Kevin Wilson</b><div style="font-size:12.8px"><br></div><div style="font-size:12.8px">San Diego State University | <i>2017</i></div><div style="font-size:12.8px">Department of Physics | <i>M.S <span style="font-size:12.8px">Medical Physics</span></i></div><div style="font-size:12.8px">Radiation Detection Measuring & Modeling Laboratory</div><div style="font-size:12.8px"><i>PET/SPECT Modeling - vGate & GEANT4</i></div><div style="font-size:12.8px"><br></div><div style="font-size:12.8px"><img src="https://docs.google.com/uc?export=download&id=0B6r246QLjtCqeXF0R2VyVjFEUWM&revid=0B6r246QLjtCqWVBkRm1qTjE5L09CMDNYRmRaTnhVSG8rcVVFPQ" width="85" height="96"><br></div><div style="font-size:12.8px"><br></div><div style="font-size:12.8px">Clemson University | <i>2015</i></div><div style="font-size:12.8px"><span style="font-size:12.8px">College of Engineering & Science</span><br></div><div style="font-size:12.8px">Department of Physics & Astronomy | <i>B.S. Applied Physics</i> </div><div style="font-size:12.8px"><span style="font-size:12.8px">CU EBIT & Atomic Physics Laboratory </span><b style="font-size:12.8px">|</b><span style="font-size:12.8px"> </span><i style="font-size:12.8px">Intern Recipient and Student Researcher</i><br></div><div style="font-size:12.8px"><br></div><div style="font-size:12.8px"><i></i><i><img src="http://math.msstate.edu/events/reu/reu2011/images/clemson_logo.gif" width="200" height="52"><br></i></div><div style="font-size:12.8px"><a href="mailto:rkwilson@mail.sdsu.edu" target="_blank">rkwilson@mail.sdsu.edu</a></div><div style="font-size:12.8px"><div><a href="mailto:rkwilso@g.clemson.edu" target="_blank">rkwilso@g.clemson.edu</a><br></div><div><a href="tel:%28828%29%20216-5310" value="+18282165310" target="_blank">(828) 216-5310</a></div></div></div></div></div></div></div></div></div>
</div></div></div></div></div>
<br></div></div>______________________________<wbr>_________________<br>
Gate-users mailing list<br>
<a href="mailto:Gate-users@lists.opengatecollaboration.org" target="_blank">Gate-users@lists.opengatecolla<wbr>boration.org</a><br>
<a href="http://lists.opengatecollaboration.org/mailman/listinfo/gate-users" rel="noreferrer" target="_blank">http://lists.opengatecollabora<wbr>tion.org/mailman/listinfo/gate<wbr>-users</a><span class="m_2131877485983039999m_5060310927575351188HOEnZb"><font color="#888888"><br></font></span></blockquote></div><span class="m_2131877485983039999m_5060310927575351188HOEnZb"><font color="#888888"><br><br clear="all"><div><br></div>-- <br><div class="m_2131877485983039999m_5060310927575351188m_-9010557113467117396gmail_signature" data-smartmail="gmail_signature"><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr">David Sarrut, Phd<br>Directeur de recherche CNRS<br>CREATIS, UMR CNRS 5220, Inserm U1206<div>Centre de lutte contre le cancer Léon Bérard<br>28 rue Laënnec, 69373 Lyon cedex 08<br>Tel : 04 78 78 51 51 / 06 74 72 05 42<br><a href="http://www.creatis.insa-lyon.fr/~dsarrut" target="_blank">http://www.creatis.insa-lyon.f<wbr>r/~dsarrut</a><br>______________________________<wbr>___</div><div> "2 + 2 = 5,  for extremely large values of 2"<br>______________________________<wbr>___</div></div></div></div></div></div></div>
</font></span></div>
</blockquote></div><br></div></div></div>
</blockquote></div><br></div></div></div>
</blockquote></div><br></div>