<div dir="ltr">Dear fellow GATE users,<br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr"><div><br></div><div>I'm using Gate 7.2 and I'd like to verify the usage of a voxelized phantom. I'm importing the phantom in MHD image format using the following lines:<br><br><pre><span class="m_-7559567157553097111gmail-o"><span class="m_-7559567157553097111gmail-o">/</span><span class="m_-7559567157553097111gmail-n">gate/voxPhantom/geometry/<wbr>setImage</span><span class="m_-7559567157553097111gmail-w">                  </span><span class="m_-7559567157553097111gmail-o"></span><span class="m_-7559567157553097111gmail-n">phantom</span><span class="m_-7559567157553097111gmail-o">.</span><span class="m_-7559567157553097111gmail-n">mhd</span><span class="m_-7559567157553097111gmail-w"></span>
<a name="m_-7559567157553097111_phantom_voxelized.mac-16"></a><span class="m_-7559567157553097111gmail-o">/</span><span class="m_-7559567157553097111gmail-n">gate/voxPhantom/geometry/<wbr>setRangeToMaterialFile</span><span class="m_-7559567157553097111gmail-w">    </span><span class="m_-7559567157553097111gmail-n">AttenuationRange</span><span class="m_-7559567157553097111gmail-o">.</span><span class="m_-7559567157553097111gmail-n">dat</span><span class="m_-7559567157553097111gmail-w"><br></span>/</span><span class="m_-7559567157553097111gmail-n">gate/voxPhantomContainer/<wbr>daughters/insert</span><span class="m_-7559567157553097111gmail-w"> </span><span class="m_-7559567157553097111gmail-n">ImageRegularParametrisedVolume</span><span class="m_-7559567157553097111gmail-w"></span></pre>This is my MHD header:<br><pre>ObjectType = Image
<a name="m_-7559567157553097111_nema_iec_v2.mhd-2"></a>NDims = 3
<a name="m_-7559567157553097111_nema_iec_v2.mhd-3"></a>BinaryData = True
<a name="m_-7559567157553097111_nema_iec_v2.mhd-4"></a>BinaryDataByteOrderMSB = False
<a name="m_-7559567157553097111_nema_iec_v2.mhd-5"></a>CompressedData = False
<a name="m_-7559567157553097111_nema_iec_v2.mhd-6"></a>TransformMatrix = 1 0 0 0 1 0 0 0 1
<a name="m_-7559567157553097111_nema_iec_v2.mhd-7"></a>Offset = -189.629 -380.129 -1488
<a name="m_-7559567157553097111_nema_iec_v2.mhd-8"></a>CenterOfRotation = 0 0 0
<a name="m_-7559567157553097111_nema_iec_v2.mhd-9"></a>AnatomicalOrientation = RAI
<a name="m_-7559567157553097111_nema_iec_v2.mhd-10"></a>ElementSpacing = 0.742188 0.742188 5
<a name="m_-7559567157553097111_nema_iec_v2.mhd-11"></a>DimSize = 512 512 70
<a name="m_-7559567157553097111_nema_iec_v2.mhd-12"></a>ElementType = MET_SHORT
<a name="m_-7559567157553097111_nema_iec_v2.mhd-13"></a>ElementDataFile = phantom.raw</pre>Looking at the values in the raw image I created this 'AttenuationRange.dat' file:<br><pre>3
<a name="m_-7559567157553097111_AttenuationRange.dat-2"></a>-35000 -30 Air true 1.0 0.0 0.0 0.2
<a name="m_-7559567157553097111_AttenuationRange.dat-3"></a>-30 10 Water true 0.0 1.0 0.0 0.2
<a name="m_-7559567157553097111_AttenuationRange.dat-4"></a>10 40000 Plexiglass true 0.0 0.0 1.0 0.2</pre></div><div>How can I verify that the according materials are actually set correctly? From the user guide [1] I got that it is not possible to visualize it:<br></div><div><br>"<span class="m_-7559567157553097111gmail-gI"><span></span></span>However, as previously mentioned, so far current implementations of any 
of the three new parametrization methods do not support voxel 
visualization attributes on a per material basis, hence preventing the 
voxelized phantom from being displayed."<br><br></div><div>Is there any other way of verification, e.g. output of an intermediate processing step in the creation of the phantom?<br></div><div><br></div><div>Thanks for your help!<br><br></div><div>Best regards,<br></div><div>Philipp Matthies<br></div><div><br><br>[1]: <a href="http://wiki.opengatecollaboration.org/index.php/Users_Guide_V7.2:Voxelized_Source_and_Phantom#Range_translator" target="_blank">http://wiki.<wbr>opengatecollaboration.org/<wbr>index.php/Users_Guide_V7.2:<wbr>Voxelized_Source_and_Phantom#<wbr>Range_translator</a><br><br></div></div>
</div><br></div>