<div dir="ltr">Hello Francisco, <div><br></div><div>does it works if the volumes do not overlap ? Try step by step:</div><div>- simulation with vox + source outside the volume (check everything is ok)</div><div>- simulation with vox + source inside the volume (check everything is ok)</div><div>- simulation with vox + ouside source + outside spect system (check everything is ok)</div><div>- end with your final goal</div><div><br></div><div>btw, I recommend to use mhd file format rather than hdr (see wiki). <br></div><div><br></div><div>David</div><div><br></div></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Tue, Aug 30, 2016 at 2:10 PM, Francisco Pinto <span dir="ltr"><<a href="mailto:francisco.pinto@surgiceye.com" target="_blank">francisco.pinto@surgiceye.com</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">





<div lang="EN-GB" link="#0563C1" vlink="#954F72">
<div>
<p class="MsoNormal">Dear fellow Gate users,<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p>
<p class="MsoNormal">I am simulating the current scenario:<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">- A voxelized phantom defined via a CT dataset in Analyze format.<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">- A source placed inside the phantom.<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">- A simple detector aiming towards the source.<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p>
<p class="MsoNormal">I would like to overlap the detector with the CT dataset. To this end, I changed the voxelized phantom to an ImageRegionalizedVolume and made my detector its daughter. Sadly, Gate crashes. I’ve narrowed this down the crash to GateCrystalSD::FindSystem(<wbr>G4String&)
 – voxPhantom cannot be found.<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p>
<p class="MsoNormal">I'm using the latest develop Gate on Ubuntu 16.04, CPU-only single core simulation. All relevant short scripts + CT dataset here (23MB tgz): <a href="https://drive.google.com/open?id=0BzM9gTEQ3DYybEdvR0RoV3I3bzA" target="_blank">https://drive.google.com/open?<wbr>id=<wbr>0BzM9gTEQ3DYybEdvR0RoV3I3bzA</a><u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p>
<p class="MsoNormal">Any insights would be much appreciated! Thanks in advance!<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p>
<p class="MsoNormal">Cheers,<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">Francisco<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p>
<p class="MsoNormal"><span>Francisco Pinto<u></u><u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span><u></u> <u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span>Principal Software Engineer
<u></u><u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span>SurgicEye GmbH <u></u>
<u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span>Tel: +49 89 54 99 89 0 - 21<u></u><u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p>
</div>
</div>

<br>______________________________<wbr>_________________<br>
Gate-users mailing list<br>
<a href="mailto:Gate-users@lists.opengatecollaboration.org">Gate-users@lists.<wbr>opengatecollaboration.org</a><br>
<a href="http://lists.opengatecollaboration.org/mailman/listinfo/gate-users" rel="noreferrer" target="_blank">http://lists.<wbr>opengatecollaboration.org/<wbr>mailman/listinfo/gate-users</a><br></blockquote></div><br><br clear="all"><div><br></div>-- <br><div class="gmail_signature" data-smartmail="gmail_signature"><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr">David Sarrut, Phd<br>Directeur de recherche CNRS<br>CREATIS, UMR CNRS 5220, Inserm U1206<div>Centre de lutte contre le cancer Léon Bérard<br>28 rue Laënnec, 69373 Lyon cedex 08<br>Tel : 04 78 78 51 51 / 06 74 72 05 42<br><a href="http://www.creatis.insa-lyon.fr/~dsarrut" target="_blank">http://www.creatis.insa-lyon.fr/~dsarrut</a><br>_________________________________</div><div> "2 + 2 = 5,  for extremely large values of 2"<br>_________________________________</div></div></div></div></div></div></div>
</div>