<div dir="ltr">Hello, <div><br></div><div>in short : this is a known limitation, you cannot do that. </div><div><br></div><div>Indeed volumes cannot be overlapped (it is a G4 requirement). So if you insert a volume A (detector) within the bounds of a volume B (voxel), A must be child of B, and in this case the part of B within the A volume is not seen. </div><div><br></div><div>Possible workarounds : reduce the size of B so that A is outside or create A as voxels part of B. </div><div><br></div><div>I think that some groups (Brest) are currently working on an implementation of hybrid volumes that could allow such situation. I think it is not yet finished. </div><div><br></div><div>David</div><div><br></div></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Wed, Aug 24, 2016 at 9:15 PM, Francisco Pinto <span dir="ltr"><<a href="mailto:francisco.pinto@surgiceye.com" target="_blank">francisco.pinto@surgiceye.com</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">




<div dir="ltr">
<div style="font-size:12pt;color:#000000;background-color:#ffffff;font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif">
<p></p>
<p>Dear fellow Gate users,</p>
<p><br>
</p>
<p>I would be thankful to get some assistance with a current issue I'm facing. I am currently trying (and failing) to simulate the following scenario:</p>
<p>- A voxelized phantom defined via a CT dataset in Analyze format.</p>
<p>- A source placed inside the phantom.</p>
<p>- A simple detector aiming towards the source.</p>
<p><br>
</p>
<p>The problem I'm facing occurs when I place the detector inside the bounds of the voxelized phantom: When outside the bounds, the detector registers hits as expected. As soon as I move it inside the bounds, however, no hits are registered.</p>
<p><br>
</p>
<p>Is this a known limitation or am I doing something wrong? I'm using the latest develop Gate on Ubuntu 16.04, CPU-only single core simulation.<br>
</p>
<p>You may find all the relevant short scripts including the CT dataset here (17MB tgz):<a href="https://drive.google.com/open?id=0BzM9gTEQ3DYyYWFOcVRibklGdVk" target="_blank"> https://drive.google.com/open?<wbr>id=<wbr>0BzM9gTEQ3DYyYWFOcVRibklGdVk</a></p>
<p>Use runSim.sh to run the simulation (you may need to change the Gate binary's name in the script).<br>
</p>
<p><br>
</p>
<p>If anyone has any tips or pointers, they would be very much appreciated.<br>
</p>
<p><br>
</p>
<p>Cheers and thanks in advance,</p>
<p>Francisco<br>
</p>
<p><br>
</p>
<p></p>
<div>
<div style="font-size:12pt;color:#000000;background-color:#ffffff;font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif">
<p>Francisco Pinto</p>
<p><br>
</p>
<p>Principal Software Engineer<br>
SurgicEye GmbH<br>
Tel: +49 89 54 99 89 0 - 21<br>
</p>
</div>
</div>
</div>
</div>

<br>______________________________<wbr>_________________<br>
Gate-users mailing list<br>
<a href="mailto:Gate-users@lists.opengatecollaboration.org">Gate-users@lists.<wbr>opengatecollaboration.org</a><br>
<a href="http://lists.opengatecollaboration.org/mailman/listinfo/gate-users" rel="noreferrer" target="_blank">http://lists.<wbr>opengatecollaboration.org/<wbr>mailman/listinfo/gate-users</a><br></blockquote></div><br><br clear="all"><div><br></div>-- <br><div class="gmail_signature" data-smartmail="gmail_signature"><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr">David Sarrut, Phd<br>Directeur de recherche CNRS<br>CREATIS, UMR CNRS 5220, Inserm U1206<div>Centre de lutte contre le cancer Léon Bérard<br>28 rue Laënnec, 69373 Lyon cedex 08<br>Tel : 04 78 78 51 51 / 06 74 72 05 42<br><a href="http://www.creatis.insa-lyon.fr/~dsarrut" target="_blank">http://www.creatis.insa-lyon.fr/~dsarrut</a><br>_________________________________</div><div> "2 + 2 = 5,  for extremely large values of 2"<br>_________________________________</div></div></div></div></div></div></div>
</div>