<div dir="ltr">Thank you very much David and Santos.<div><br><div>I was using vGATE and when I tried the mentioned steps in the terminal of the virtual box, the program said there was some segmentation error. However, when I tried the same steps on my desktop, it worked marvelously well!</div><div><br></div><div>Thank you again,</div><div>Have a wonderful day :)</div><div><br></div><div>Surabhi</div></div></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On 29 September 2015 at 04:52, David Boersma <span dir="ltr"><<a href="mailto:david.boersma@physics.uu.se" target="_blank">david.boersma@physics.uu.se</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><span class="">Hi Suzanne,<br>
<br>
ROOT files should not be opened with GATE, but with the ROOT program. If you managed to compile GATE and produce ROOT files, then I assume that your shell environment is set up so that ROOT is in your PATH. Or if you are using vGate, then this should also case. You start root by opening a terminal and typing<br>
<br>
root -l<br>
<br>
(The -l flag is to avoid an annoying splash screen.)<br>
<br>
Then at the ROOT prompt you type e.g.:<br>
<br>
new TBrowser;<br>
<br>
which should open a new window with lots of stuff in it. On the left side of that window you should see some directory tree, in which you should be able to navigate to your ROOT output file, and then open it. I don't know what exactly is saved in CT simulation output, I am in a different business, but hopefully the results are nicely plottable in the TBrowser. And if not, then the TBrowser should still help you to figure out what kind of objects are stored in any given ROOT file.<br>
<br>
Once you figured out with the browser what actions to perform with CT root files, you can do those actions (and a lot more) also in a script (a "root macro"). A script is useful if you run lots of simulations, it would be tedious to perform the same GUI actions on every output file.<br>
<br>
ROOT is a pretty big program (and a framework for other programs) that was originally developed for doing high energy particle physics at CERN. It could be useful to spend some time with the ROOT User Guide and some tutorials at <a href="http://root.cern.ch" rel="noreferrer" target="_blank">root.cern.ch</a>. Be careful not to drown in the information. Maybe other people doing CT simulation can help you with some example scripts.<br>
<br>
HTH,<br>
David<br>
<br>
<br>
Den 28/09/2015 kl. 20:11, skrev surabhi balagopal nair:<br>
</span><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div><div class="h5">
Hello All,<br>
<br>
I am trying to simulate a model of CTscanner in Gate. The codes run<br>
successfully without any errors and outputs 1 .root file and 4 .dat<br>
files. The dat files are the ImageCT outputs mentioned in the GATE user<br>
guide. However, I am not able to open any of these files. I tried<br>
opening the dat file using ImageJ (File>Import>Raw) but it opens a black<br>
window with no images.<br>
<br>
If anyone could help me with these (how to open both root and dat<br>
files), I would be very grateful.<br>
<br>
Thank you,<br>
Suzanne<br>
<br>
<br></div></div><span class="">
_______________________________________________<br>
Gate-users mailing list<br>
<a href="mailto:Gate-users@lists.opengatecollaboration.org" target="_blank">Gate-users@lists.opengatecollaboration.org</a><br>
<a href="http://lists.opengatecollaboration.org/mailman/listinfo/gate-users" rel="noreferrer" target="_blank">http://lists.opengatecollaboration.org/mailman/listinfo/gate-users</a><br>
<br>
</span></blockquote><div class="HOEnZb"><div class="h5">
_______________________________________________<br>
Gate-users mailing list<br>
<a href="mailto:Gate-users@lists.opengatecollaboration.org" target="_blank">Gate-users@lists.opengatecollaboration.org</a><br>
<a href="http://lists.opengatecollaboration.org/mailman/listinfo/gate-users" rel="noreferrer" target="_blank">http://lists.opengatecollaboration.org/mailman/listinfo/gate-users</a><br>
</div></div></blockquote></div><br></div>