<div dir="ltr"><br><div>your are almost there ! Just create your own copy (fork) of Gate repository inside your github account, you will be able to push your branch onto this copy. </div><div><br></div><div>Once completed, you will be able to create a pull-request from your Gate repo to the official Gate repo. </div><div><br></div><div>sorry for this not so simple procedure, but is allows us to really follow what happens. </div><div><br></div><div>ideally, a very simple simulation test (with a very small phase space!) could be needed to ensure everything is and remains ok. </div><div><br></div><div>thanks, </div><div>David</div><div>PS: I put gate-users in copy to inform on how to do a pull-request.</div></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Thu, Jun 4, 2015 at 10:58 AM,  <span dir="ltr"><<a href="mailto:germano.russo@i-seecomputing.com" target="_blank">germano.russo@i-seecomputing.com</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">Dear David,<br>
<br>
I tried to do what you suggested, but I am not allowed to push my<br>
locally-created branch in the repository, so to proceed with a<br>
pull-request.<br>
<br>
Here is the procedure I followed:<br>
<br>
   git clone <a href="https://github.com/OpenGATE/Gate/" target="_blank">https://github.com/OpenGATE/Gate/</a><br>
<br>
   git checkout -b fixIAEAphspSource<br>
<br>
   vim Gate/source/general/include/GateIAEAConfig.h<br>
   vim Gate/source/physics/src/GateSourcePhaseSpace.cc<br>
<br>
   git commit Gate/source/general/include/GateIAEAConfig.h -m "..."<br>
   git commit Gate/source/physics/src/GateSourcePhaseSpace.cc -m "..."<br>
<br>
   git push origin fixIAEAphspSource<br>
<br>
The reply to the last command was:<br>
<br>
   Username for '<a href="https://github.com" target="_blank">https://github.com</a>': germanorusso<br>
   Password for '<a href="https://germanorusso@github.com" target="_blank">https://germanorusso@github.com</a>':<br>
   remote: Permission to OpenGATE/Gate.git denied to germanorusso.<br>
   fatal: unable to access '<a href="https://github.com/OpenGATE/Gate/" target="_blank">https://github.com/OpenGATE/Gate/</a>': The<br>
requested URL returned error: 403<br>
<br>
Since it is the first time for me to use GIT, I am probably missing<br>
something stupid.<br>
<br>
Thanks,<br>
Germano<br>
<div class="HOEnZb"><div class="h5"><br>
<br>
<br>
<br>
On Thu, 4 Jun 2015 07:14:28 +0200, David Sarrut<br>
<<a href="mailto:David.Sarrut@creatis.insa-lyon.fr">David.Sarrut@creatis.insa-lyon.fr</a>> wrote:<br>
> Hello Germano,<br>
><br>
> thank you very much for those inputs. There have been some<br>
considerations<br>
> about IAEA in Gate in the mailing list recently, you may want to have a<br>
> look.<br>
><br>
> Regarding your suggestions, could you please propose a pull-request via<br>
the<br>
> Gate repository : <a href="https://github.com/OpenGATE/Gate" target="_blank">https://github.com/OpenGATE/Gate</a> so that we include<br>
the<br>
> corrections in the next release ?<br>
><br>
> Basically :<br>
> - create a github account<br>
> - clone from the Gate develop branch<br>
> - commit your code modification in your branch<br>
> - submit pull-request<br>
><br>
> thanks a lot !<br>
> David<br>
><br>
><br>
> On Wed, Jun 3, 2015 at 6:04 PM, <<a href="mailto:germano.russo@i-seecomputing.com">germano.russo@i-seecomputing.com</a>><br>
wrote:<br>
><br>
>> Dear all,<br>
>><br>
>> I recently tried to use as source an IAEA phase space, specifically the<br>
>> one named "VarianClinaciX_6MV_20x20_aboveMLC_w1.IAEAphsp" (downloadable<br>
>> from <a href="https://www-nds.iaea.org/phsp/photon1/" target="_blank">https://www-nds.iaea.org/phsp/photon1/</a>), via the<br>
>> "/gate/source/[Source<br>
>> name]/addPhaseSpaceFile" macro command.<br>
>><br>
>> The simulation (Gate 7.0) run smoothly, however I got meaningless<br>
>> results.<br>
>> Digging into the related Gate source code, I believe I found a few bugs<br>
>> which I report to you asking for confirmation.<br>
>><br>
>>    1) In the function 'GateSourcePhaseSpace::OpenIAEAFile()' the call<br>
>> 'pIAEARecordType->initialize()' is placed after<br>
>> 'pIAEAReader->getRecordContents(pIAEARecordType)'. These two lines<br>
shall<br>
>> be<br>
>> swapped, otherwise the record contents information extracted form the<br>
>> IAEA<br>
>> header and stored in the the object pointed by pIAEARecordType is<br>
cleared<br>
>> by the initialisation operation.<br>
>><br>
>>    2) The "GateIAEA*" source files appear to be based on an old C++<br>
>> implementation for handling phase spaces distributed by the IAEA. Some<br>
>> things seem to be outdated, for instance in the "GateIAEAConfig.h" the<br>
>> definition 'typedef long IAEA_I32' must be replaced with 'typedef int<br>
>> IAEA_I32' in order to conform to the current "*.IAEAphsp" file format.<br>
>><br>
>>    3) In the function 'GateSourcePhaseSpace::GenerateIAEAVertex()' the<br>
>> 'pIAEARecordType->w' variable seems to be misused in the expression 'dz<br>
>> *=<br>
>> pIAEARecordType->w'. The 'pIAEARecordType->w' variable contains the Z<br>
>> direction cosine of the particle, not just its sign. So it should<br>
rather<br>
>> be<br>
>> 'dz = pIAEARecordType->w'. Since the 'pIAEARecordType->w' variable is<br>
>> slightly smaller than 1, this mistake causes small errors in the<br>
>> normalisation of the momentum (and hence of the kinetic energy).<br>
>><br>
>> After having applied these correction, I was able to obtain a<br>
reasonable<br>
>> output dose distribution.<br>
>> Could you please check the above and give me a feedback? Thanks!<br>
>><br>
>> Kind regards,<br>
>><br>
>> Germano Russo<br>
>> R&D I-See (Internet - Simulation Evaluation Envision) company<br>
>> _______________________________________________<br>
>> Gate-users mailing list<br>
>> <a href="mailto:Gate-users@lists.opengatecollaboration.org">Gate-users@lists.opengatecollaboration.org</a><br>
>> <a href="http://lists.opengatecollaboration.org/mailman/listinfo/gate-users" target="_blank">http://lists.opengatecollaboration.org/mailman/listinfo/gate-users</a><br>
>><br>
<br>
</div></div></blockquote></div><br><br clear="all"><div><br></div>-- <br><div class="gmail_signature"><div dir="ltr">David Sarrut, Phd<br>Directeur de recherche CNRS<br>CREATIS, UMR CNRS 5220, Inserm U 1044<div>Centre de lutte contre le cancer Léon Bérard<br>28 rue Laënnec, 69373 Lyon cedex 08<br>Tel : 04 78 78 51 51 / 06 74 72 05 42<br><a href="http://www.creatis.insa-lyon.fr/~dsarrut" target="_blank">http://www.creatis.insa-lyon.fr/~dsarrut</a><br>_________________________________</div><div> "2 + 2 = 5,  for extremely large values of 2"<br>_________________________________</div></div></div>
</div>