<div dir="ltr">Hello Germano, <div><br></div><div>thank you very much for those inputs. There have been some considerations about IAEA in Gate in the mailing list recently, you may want to have a look. </div><div><br></div><div>Regarding your suggestions, could you please propose a pull-request via the Gate repository : <a href="https://github.com/OpenGATE/Gate">https://github.com/OpenGATE/Gate</a> so that we include the corrections in the next release ?</div><div><br></div><div>Basically : </div><div>- create a github account </div><div>- clone from the Gate develop branch</div><div>- commit your code modification in your branch</div><div>- submit pull-request </div><div><br></div><div>thanks a lot !</div><div>David</div><div><br></div></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Wed, Jun 3, 2015 at 6:04 PM,  <span dir="ltr"><<a href="mailto:germano.russo@i-seecomputing.com" target="_blank">germano.russo@i-seecomputing.com</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">Dear all,<br>
<br>
I recently tried to use as source an IAEA phase space, specifically the<br>
one named "VarianClinaciX_6MV_20x20_aboveMLC_w1.IAEAphsp" (downloadable<br>
from <a href="https://www-nds.iaea.org/phsp/photon1/" target="_blank">https://www-nds.iaea.org/phsp/photon1/</a>), via the "/gate/source/[Source<br>
name]/addPhaseSpaceFile" macro command.<br>
<br>
The simulation (Gate 7.0) run smoothly, however I got meaningless results.<br>
Digging into the related Gate source code, I believe I found a few bugs<br>
which I report to you asking for confirmation.<br>
<br>
   1) In the function 'GateSourcePhaseSpace::OpenIAEAFile()' the call<br>
'pIAEARecordType->initialize()' is placed after<br>
'pIAEAReader->getRecordContents(pIAEARecordType)'. These two lines shall be<br>
swapped, otherwise the record contents information extracted form the IAEA<br>
header and stored in the the object pointed by pIAEARecordType is cleared<br>
by the initialisation operation.<br>
<br>
   2) The "GateIAEA*" source files appear to be based on an old C++<br>
implementation for handling phase spaces distributed by the IAEA. Some<br>
things seem to be outdated, for instance in the "GateIAEAConfig.h" the<br>
definition 'typedef long IAEA_I32' must be replaced with 'typedef int<br>
IAEA_I32' in order to conform to the current "*.IAEAphsp" file format.<br>
<br>
   3) In the function 'GateSourcePhaseSpace::GenerateIAEAVertex()' the<br>
'pIAEARecordType->w' variable seems to be misused in the expression 'dz *=<br>
pIAEARecordType->w'. The 'pIAEARecordType->w' variable contains the Z<br>
direction cosine of the particle, not just its sign. So it should rather be<br>
'dz = pIAEARecordType->w'. Since the 'pIAEARecordType->w' variable is<br>
slightly smaller than 1, this mistake causes small errors in the<br>
normalisation of the momentum (and hence of the kinetic energy).<br>
<br>
After having applied these correction, I was able to obtain a reasonable<br>
output dose distribution.<br>
Could you please check the above and give me a feedback? Thanks!<br>
<br>
Kind regards,<br>
<br>
Germano Russo<br>
R&D I-See (Internet - Simulation Evaluation Envision) company<br>
_______________________________________________<br>
Gate-users mailing list<br>
<a href="mailto:Gate-users@lists.opengatecollaboration.org">Gate-users@lists.opengatecollaboration.org</a><br>
<a href="http://lists.opengatecollaboration.org/mailman/listinfo/gate-users" target="_blank">http://lists.opengatecollaboration.org/mailman/listinfo/gate-users</a><br>
</blockquote></div><br><br clear="all"><div><br></div>-- <br><div class="gmail_signature"><div dir="ltr">David Sarrut, Phd<br>Directeur de recherche CNRS<br>CREATIS, UMR CNRS 5220, Inserm U 1044<div>Centre de lutte contre le cancer Léon Bérard<br>28 rue Laënnec, 69373 Lyon cedex 08<br>Tel : 04 78 78 51 51 / 06 74 72 05 42<br><a href="http://www.creatis.insa-lyon.fr/~dsarrut" target="_blank">http://www.creatis.insa-lyon.fr/~dsarrut</a><br>_________________________________</div><div> "2 + 2 = 5,  for extremely large values of 2"<br>_________________________________</div></div></div>
</div>