<div dir="ltr"><p style="margin:0px;font-size:15px;font-family:Menlo;background-color:rgb(254,244,156)">Dear Gaters,</p><p style="margin:0px;font-size:15px;font-family:Menlo;background-color:rgb(254,244,156)"><br></p><p style="margin:0px;font-size:15px;font-family:Menlo;background-color:rgb(254,244,156)">Sorry for multiple questions but when downloading data used for Example_Radiotherapy, I think a .raw file is missing : patient-4mm.raw (Example3)</p><p style="margin:0px;font-size:15px;font-family:Menlo;background-color:rgb(254,244,156)">Again on mac it is not obvious to understand what file in MD5/ is the good .raw used for an example (see list hereafter, as it is displayed using ls command). </p><p style="margin:0px;font-size:15px;font-family:Menlo;background-color:rgb(254,244,156)">But using the .md5 information it is possible to compute the size (in bytes).</p><p style="margin:0px;font-size:15px;font-family:Menlo;background-color:rgb(254,244,156)"><br></p><p style="margin:0px;font-size:15px;font-family:Menlo;background-color:rgb(254,244,156)">In Example2, patient-2mm is a 126x126x111 image of short (2 bytes) = 3524472 bytes. In this list it is the 8th file. It is possible to create a symbolic link to this file and example2 works very well</p><p style="margin:0px;font-size:15px;font-family:Menlo;background-color:rgb(254,244,156)"><br></p><p style="margin:0px;font-size:15px;font-family:Menlo;background-color:rgb(254,244,156)">In Example3, patient-4mm is a 63x93x55 image of short = 436590 bytes. No file has this size in the list.</p><p style="margin:0px;font-size:15px;font-family:Menlo;background-color:rgb(254,244,156)">To summarize, can someone send me patient-4mm.raw ? (<a href="mailto:uhqd75@gmail.com">uhqd75@gmail.com</a>)    </p><p style="margin:0px;font-size:15px;font-family:Menlo;background-color:rgb(254,244,156)">Thanks for any help</p><p style="margin:0px;font-size:15px;font-family:Menlo;background-color:rgb(254,244,156)"><br></p><p style="margin:0px;font-size:15px;font-family:Menlo;background-color:rgb(254,244,156)">-rw-r--r--  1 lucsimon  admin   4194304 16 mar 13:39 044a158a2617c05ed8fb657a27ed23ff</p>
<p style="margin:0px;font-size:15px;font-family:Menlo;background-color:rgb(254,244,156)">-rw-r--r--  1 lucsimon  admin      6013 16 mar 14:14 04f319a267d3f20a2836b342dde554fe</p>
<p style="margin:0px;font-size:15px;font-family:Menlo;background-color:rgb(254,244,156)">-rw-r--r--  1 lucsimon  admin     14444 16 mar 13:35 0a63785ee8d79c3031523f20c0b7c4cc</p>
<p style="margin:0px;font-size:15px;font-family:Menlo;background-color:rgb(254,244,156)">-rw-r--r--  1 lucsimon  admin   4194304 16 mar 13:38 0ecbce48f40182180e886377904c8a5b</p>
<p style="margin:0px;font-size:15px;font-family:Menlo;background-color:rgb(254,244,156)">-rw-r--r--  1 lucsimon  admin   4194304 16 mar 13:40 1567a80b4d198d884be028994c0b35b2</p>
<p style="margin:0px;font-size:15px;font-family:Menlo;background-color:rgb(254,244,156)">-rw-r--r--  1 lucsimon  admin     17234 16 mar 14:14 1a089668c2065750ecd32b7eb4bc07e9</p>
<p style="margin:0px;font-size:15px;font-family:Menlo;background-color:rgb(254,244,156)">-rw-r--r--  1 lucsimon  admin      6033 16 mar 14:14 28f1577fc46f36527c70ca6b86009c10</p>
<p style="margin:0px;font-size:15px;font-family:Menlo;background-color:rgb(254,244,156)">-rw-r--r--  1 lucsimon  admin   3524472 16 mar 14:15 2c44e3a8f824a414f0b6531ece16c528</p>
<p style="margin:0px;font-size:15px;font-family:Menlo;background-color:rgb(254,244,156)">-rw-r--r--  1 lucsimon  admin     32768 16 mar 14:14 3e3549ed281ff3219949e98733ffff12</p>
<p style="margin:0px;font-size:15px;font-family:Menlo;background-color:rgb(254,244,156)">-rw-r--r--  1 lucsimon  admin   4194304 16 mar 13:36 4373ca3fd7b365b6a327b4f443abac50</p>
<p style="margin:0px;font-size:15px;font-family:Menlo;background-color:rgb(254,244,156)">-rw-r--r--  1 lucsimon  admin   4194304 16 mar 13:39 466062ad3402869b3fed72652ecaea76</p>
<p style="margin:0px;font-size:15px;font-family:Menlo;background-color:rgb(254,244,156)">-rw-r--r--  1 lucsimon  admin   4194304 16 mar 13:36 494a61c7968269d98f8ccf35bfb0dfdd</p>
<p style="margin:0px;font-size:15px;font-family:Menlo;background-color:rgb(254,244,156)">-rw-r--r--  1 lucsimon  admin   4194304 16 mar 13:39 4d2109f58e05d361e7a0e5ff6169fc58</p>
<p style="margin:0px;font-size:15px;font-family:Menlo;background-color:rgb(254,244,156)">-rw-r--r--  1 lucsimon  admin   4194304 16 mar 13:40 4ec2181490f547e767f4c599791c42e3</p>
<p style="margin:0px;font-size:15px;font-family:Menlo;background-color:rgb(254,244,156)">-rw-r--r--  1 lucsimon  admin   4194304 16 mar 13:38 5ca0fd75b6c76fb7cc18e782dfc14576</p>
<p style="margin:0px;font-size:15px;font-family:Menlo;background-color:rgb(254,244,156)">-rw-r--r--  1 lucsimon  admin   4194304 16 mar 13:38 6277cb5a4c6e724161c8cf3595f885c1</p>
<p style="margin:0px;font-size:15px;font-family:Menlo;background-color:rgb(254,244,156)">-rw-r--r--  1 lucsimon  admin   4194304 16 mar 13:39 63d5e31f2052aace22eb2b448488f462</p>
<p style="margin:0px;font-size:15px;font-family:Menlo;background-color:rgb(254,244,156)">-rw-r--r--  1 lucsimon  admin    202400 16 mar 14:15 6837c84a3b563d7829cc3f0ebb3af306</p>
<p style="margin:0px;font-size:15px;font-family:Menlo;background-color:rgb(254,244,156)">-rw-r--r--  1 lucsimon  admin    896857 16 mar 14:14 6bc219efcd1616741eead7ab202cc936</p>
<p style="margin:0px;font-size:15px;font-family:Menlo;background-color:rgb(254,244,156)">-rw-r--r--  1 lucsimon  admin   4194304 16 mar 13:37 6e1dd112c3ff48913d55e5754ccb0510</p>
<p style="margin:0px;font-size:15px;font-family:Menlo;background-color:rgb(254,244,156)">-rw-r--r--  1 lucsimon  admin   4194304 16 mar 13:35 730355e81d3c478e92b09f3764f126c4</p>
<p style="margin:0px;font-size:15px;font-family:Menlo;background-color:rgb(254,244,156)">-rw-r--r--  1 lucsimon  admin    741888 16 mar 14:15 7d0f34d6f76c685996172c82ca62970f</p>
<p style="margin:0px;font-size:15px;font-family:Menlo;background-color:rgb(254,244,156)">-rw-r--r--  1 lucsimon  admin  31367800 16 mar 14:17 83d961494d5b44d76fccb1922012897f</p>
<p style="margin:0px;font-size:15px;font-family:Menlo;background-color:rgb(254,244,156)">-rw-r--r--  1 lucsimon  admin   8192000 16 mar 14:17 941d3cdb79120113a6330bc19882ff31</p>
<p style="margin:0px;font-size:15px;font-family:Menlo;background-color:rgb(254,244,156)">-rw-r--r--  1 lucsimon  admin   1024000 16 mar 14:18 988b1744961f639cab0b2c160809b527</p>
<p style="margin:0px;font-size:15px;font-family:Menlo;background-color:rgb(254,244,156)">-rw-r--r--  1 lucsimon  admin    250563 16 mar 14:20 9a0f3582f30c7eeb852f59d35f667af2</p>
<p style="margin:0px;font-size:15px;font-family:Menlo;background-color:rgb(254,244,156)">-rw-r--r--  1 lucsimon  admin  47507823 16 mar 13:43 9c0989256d3b6e9b213359cd4a3b6daa</p>
<p style="margin:0px;font-size:15px;font-family:Menlo;background-color:rgb(254,244,156)">-rw-r--r--  1 lucsimon  admin  74624346 16 mar 14:14 a44e7bc7c3f2690a9e94e4ef4c5d3f1a</p>
<p style="margin:0px;font-size:15px;font-family:Menlo;background-color:rgb(254,244,156)">-rw-r--r--  1 lucsimon  admin   4096000 16 mar 14:18 a607dceeb0a8db6558814c45ae1644a0</p>
<p style="margin:0px;font-size:15px;font-family:Menlo;background-color:rgb(254,244,156)">-rw-r--r--  1 lucsimon  admin   4194304 16 mar 13:38 a9cd0e61d8f9f0a033b5ebb9054aebe1</p>
<p style="margin:0px;font-size:15px;font-family:Menlo;background-color:rgb(254,244,156)">-rw-r--r--  1 lucsimon  admin     59737 16 mar 14:14 ad591f0a5086c223402a5269b8188cd2</p>
<p style="margin:0px;font-size:15px;font-family:Menlo;background-color:rgb(254,244,156)">-rw-r--r--  1 lucsimon  admin   4194304 16 mar 13:37 af5b5dbef7a9aa37d1b554d2fab7bdd0</p>
<p style="margin:0px;font-size:15px;font-family:Menlo;background-color:rgb(254,244,156)">-rw-r--r--  1 lucsimon  admin  30781160 16 mar 14:20 baf4a6c7958099ca39965928f010e7c6</p>
<p style="margin:0px;font-size:15px;font-family:Menlo;background-color:rgb(254,244,156)">-rw-r--r--  1 lucsimon  admin   3524472 16 mar 14:15 beb6101f5b3daa7e16624c623759269c</p>
<p style="margin:0px;font-size:15px;font-family:Menlo;background-color:rgb(254,244,156)">-rw-r--r--  1 lucsimon  admin      4050 16 mar 14:14 c545ad7e01cad56e198b19994c6e72b7</p>
<p style="margin:0px;font-size:15px;font-family:Menlo;background-color:rgb(254,244,156)">-rw-r--r--  1 lucsimon  admin    272317 16 mar 14:15 c9263ddc7a4e21e32440480227f01a42</p>
<p style="margin:0px;font-size:15px;font-family:Menlo;background-color:rgb(254,244,156)">-rw-r--r--  1 lucsimon  admin   1880832 16 mar 14:20 d322322593c0961abf1eda0bbf871b63</p>
<p style="margin:0px;font-size:15px;font-family:Menlo;background-color:rgb(254,244,156)">-rw-r--r--  1 lucsimon  admin   4000000 16 mar 14:20 d4a8046c37d2f02c885c0a0946f68926</p>
<p style="margin:0px;font-size:15px;font-family:Menlo;background-color:rgb(254,244,156)">-rw-r--r--  1 lucsimon  admin   4194304 16 mar 13:37 d5a777f0731cae74ec51e94eff676385</p>
<p style="margin:0px;font-size:15px;font-family:Menlo;background-color:rgb(254,244,156)">-rw-r--r--  1 lucsimon  admin   4194304 16 mar 13:37 d746dd3bf5942a29c470aefff9280236</p>
<p style="margin:0px;font-size:15px;font-family:Menlo;background-color:rgb(254,244,156)">-rw-r--r--  1 lucsimon  admin   4194304 16 mar 13:40 dd78d8a34738054369705f879e9c4b4b</p>
<p style="margin:0px;font-size:15px;font-family:Menlo;background-color:rgb(254,244,156)">-rw-r--r--  1 lucsimon  admin   4194304 16 mar 13:38 ee84d77dc3ebd445548c5b0950c6558e</p>
<p style="margin:0px;font-size:15px;font-family:Menlo;background-color:rgb(254,244,156)">-rw-r--r--  1 lucsimon  admin   4194304 16 mar 13:36 ef43ddc95ae120b5d05eb09cb9371e2a</p>
<p style="margin:0px;font-size:15px;font-family:Menlo;background-color:rgb(254,244,156)">-rw-r--r--  1 lucsimon  admin    226795 16 mar 14:14 f7fe754b3cc066c664c5b408166d93e9</p>
<p style="margin:0px;font-size:15px;font-family:Menlo;background-color:rgb(254,244,156)">-rw-r--r--  1 lucsimon  admin   3407872 16 mar 14:15 f942d5a94d90ccfaa2bbc5823b790c44</p><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">2015-03-16 8:33 GMT+01:00 David Sarrut <span dir="ltr"><<a href="mailto:David.Sarrut@creatis.insa-lyon.fr" target="_blank">David.Sarrut@creatis.insa-lyon.fr</a>></span>:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr">Hello Luc, <div><br></div><div>did the file patient-2mm.raw exists ? An image is stored with 2 files : A.mhd (the header) and A.raw (the pixel data). </div><div><br></div><div>If not, in cmake, set GATE_DOWNLOAD_EXAMPLES_DATA to ON to download the data</div><div><br></div><div>welcome back to Gate ;)</div><div>David</div></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote"><div><div class="h5">On Thu, Mar 12, 2015 at 10:46 PM, Luc SIMON <span dir="ltr"><<a href="mailto:uhqd75@gmail.com" target="_blank">uhqd75@gmail.com</a>></span> wrote:<br></div></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div><div class="h5"><div dir="ltr">Dear Gaters<div><br></div><div>It is a real pleasure to me to come back here after a 12 years break. I worked previously in Lausanne at the very beginning of Gate v1... </div><div>I am going to use Gate again for new purposes, in particular in RT.</div><div>Well... a lot to learn with all these new features.</div><div>I start with a newbee question, but if someone can help...</div><div><br></div><div>I installed GATE V7 on a mac book Yosemite 10.10.2</div><div>my configuration is at the end of this email,  hereafter. </div><div><br></div><div>Well It half works. </div><div>I execute some exemples of Geant4 and GATE with success (PETcylindrilcal is ok with visualization !!)</div><div>But I try to execute Radiotherapy examples and it doesn't work.</div><div><br></div><div>I tried  example_Radiotherapy/example2/mac/main-NPV1.mac</div><div><br></div>







<div>and it doesnt work.</div><div>The following command :</div><div>







<p><span>Idle> /control/execute mac/start.mac    </span></p>
<p><span>gives :</span></p><p><span>[Core-0] Initialization of geometry</span></p>
<p><span>MetaImage: Read: Cannot open data file</span></p>
<p><span>GateMHDImage.cc (l.185): MHD File cannot be read: data/patient-2mm.mhd</span></p><p><span><br></span></p><p><span>I checked the rwx rights of the file patient-2mm.mhd </span></p><p><span>and it is ok (rwxrwxrwx)</span></p><p><span><br></span></p><p><span>Can someone has the same problem ?</span></p><p><span>I must add that I changed</span></p><p>#/vis/open                             OGLIQt</p><div>to </div><p>/vis/open<span style="white-space:pre-wrap">                                                           </span>OGLSX</p><p><span></span></p><p>because it didn't work with OGLIQt</p><p><span>Thank you</span></p><p><span><br></span></p><p><span><br></span></p></div><div><br></div><div><br></div><div><br></div><div>config  :</div><div>







<p><span>CMAKE 3.1.3</span></p><p><span>xcode 6.1.1</span></p><p><span>xquartz 2.7.7</span></p><p><span>cmake 2.8.12.2</span></p><p><span>CLHEP 2.1.3.1</span></p><p><span>root v5.34.26</span></p><p><span>GEANT4.9.6p04</span></p><p><span>GATE v7.0</span></p><span><font color="#888888"><div><br></div>-- <br><div>___________________<br><br>SIMON Luc, PhD<br>28, rue Pierre Barthes<br>31500 Toulouse</div>
</font></span></div></div>
<br></div></div>_______________________________________________<br>
Gate-users mailing list<br>
<a href="mailto:Gate-users@lists.opengatecollaboration.org" target="_blank">Gate-users@lists.opengatecollaboration.org</a><br>
<a href="http://lists.opengatecollaboration.org/mailman/listinfo/gate-users" target="_blank">http://lists.opengatecollaboration.org/mailman/listinfo/gate-users</a><span class="HOEnZb"><font color="#888888"><br></font></span></blockquote></div><span class="HOEnZb"><font color="#888888"><br><br clear="all"><div><br></div>-- <br><div><div dir="ltr">David Sarrut, Phd<br>Directeur de recherche CNRS<br>CREATIS, UMR CNRS 5220, Inserm U 1044<div>Centre de lutte contre le cancer Léon Bérard<br>28 rue Laënnec, 69373 Lyon cedex 08<br>Tel : 04 78 78 51 51 / 06 74 72 05 42<br><a href="http://www.creatis.insa-lyon.fr/~dsarrut" target="_blank">http://www.creatis.insa-lyon.fr/~dsarrut</a><br>_________________________________</div><div> "2 + 2 = 5,  for extremely large values of 2"<br>_________________________________</div></div></div>
</font></span></div>
</blockquote></div><br><br clear="all"><div><br></div>-- <br><div class="gmail_signature">___________________<br><br>SIMON Luc, PhD</div><div class="gmail_signature">IUCT-Oncopole / CRCT Team 15</div><div class="gmail_signature"><br></div>
</div></div>