<META HTTP-EQUIV="Content-Type" CONTENT="text/html; charset=ks_c_5601-1987"> <html xmlns:v="urn:schemas-microsoft-com:vml" xmlns:o="urn:schemas-microsoft-com:office:office" xmlns:w="urn:schemas-microsoft-com:office:word" xmlns:m="http://schemas.microsoft.com/office/2004/12/omml" xmlns="http://www.w3.org/TR/REC-html40"><head><meta name=Generator content="Microsoft Word 15 (filtered medium)"><style></style></head><body lang=KO link="#0563C1" vlink="#954F72"><div class=WordSection1>Hi, Hojjat.<o:p></o:p>Thank you for your advice.<o:p></o:p>Here is my code.<o:p></o:p><o:p> </o:p># V I S U A L I S A T I O N<o:p></o:p>#####<o:p></o:p>/vis/disable<o:p></o:p>#/control/execute vis.mac<o:p></o:p><o:p> </o:p><o:p> </o:p># M A N D A T O R Y<o:p></o:p>#####<o:p></o:p><o:p> </o:p>/gate/geometry/setMaterialDatabase /GATE/gate_v7.0/GateMaterials.db<o:p></o:p><o:p> </o:p><o:p> </o:p># G E O M E T R Y<o:p></o:p>#####<o:p></o:p><o:p> </o:p>/control/execute Geometry.mac<o:p></o:p>#/gate/geometry/rebuild<o:p></o:p><o:p> </o:p><o:p> </o:p># C O L L I M A T O R<o:p></o:p>##<o:p></o:p>/control/execute Collimator.mac<o:p></o:p>#/gate/geometry/rebuild<o:p></o:p><o:p> </o:p><o:p> </o:p># C R Y S T A L<o:p></o:p>##<o:p></o:p>/control/execute Crystal.mac<o:p></o:p>#/gate/geometry/rebuild<o:p></o:p><o:p> </o:p># P H A N T O M<o:p></o:p># Create the phantom volume (Plastic)<o:p></o:p>##<o:p></o:p>/gate/world/daughters/name Phantom<o:p></o:p>/gate/world/daughters/insert cylinder<o:p></o:p>/gate/Phantom/geometry/setRmax 2 cm<o:p></o:p>/gate/Phantom/geometry/setHeight 4 cm<o:p></o:p>/gate/Phantom/placement/setTranslation 0 0 0 cm<o:p></o:p>/gate/Phantom/placement/setRotationAxis 0 1 0<o:p></o:p>/gate/Phantom/placement/setRotationAngle 90 deg<o:p></o:p>/gate/Phantom/setMaterial Plastic<o:p></o:p>/gate/Phantom/vis/setColor blue<o:p></o:p>/gate/Phantom/vis/forceWireframe<o:p></o:p>#<o:p></o:p># Create the phantom volume (Air for Ce)<o:p></o:p>#<o:p></o:p>/gate/Phantom/daughters/name Phantom_Air_1<o:p></o:p>/gate/Phantom/daughters/insert cylinder<o:p></o:p>/gate/Phantom_Air_1/geometry/setRmax 0.5 cm<o:p></o:p>/gate/Phantom_Air_1/geometry/setHeight 3.9 cm<o:p></o:p>/gate/Phantom_Air_1/placement/setTranslation 0 1.05 0 cm<o:p></o:p>/gate/Phantom_Air_1/setMaterial Air<o:p></o:p>/gate/Phantom_Air_1/vis/setColor blue<o:p></o:p>/gate/Phantom_Air_1/vis/forceWireframe<o:p></o:p>#<o:p></o:p># Create the phantom volume (Air for Gd)<o:p></o:p>#<o:p></o:p>/gate/Phantom/daughters/name Phantom_Air_2<o:p></o:p>/gate/Phantom/daughters/insert cylinder<o:p></o:p>/gate/Phantom_Air_2/geometry/setRmax 0.5 cm<o:p></o:p>/gate/Phantom_Air_2/geometry/setHeight 3.9 cm<o:p></o:p>/gate/Phantom_Air_2/placement/setTranslation -0.909327 -0.525 0 cm<o:p></o:p>/gate/Phantom_Air_2/setMaterial Air<o:p></o:p>/gate/Phantom_Air_2/vis/setColor blue<o:p></o:p>/gate/Phantom_Air_2/vis/forceWireframe<o:p></o:p>#<o:p></o:p># Create the phantom volume (Air for W)<o:p></o:p>#<o:p></o:p>/gate/Phantom/daughters/name Phantom_Air_3<o:p></o:p>/gate/Phantom/daughters/insert cylinder<o:p></o:p>/gate/Phantom_Air_3/geometry/setRmax 0.5 cm<o:p></o:p>/gate/Phantom_Air_3/geometry/setHeight 3.9 cm<o:p></o:p>/gate/Phantom_Air_3/placement/setTranslation 0.909327 -0.525 0 cm<o:p></o:p>/gate/Phantom_Air_3/setMaterial Air<o:p></o:p>/gate/Phantom_Air_3/vis/setColor blue<o:p></o:p>/gate/Phantom_Air_3/vis/forceWireframe<o:p></o:p>#<o:p></o:p># Create the phantom (detector) volume (Ce)<o:p></o:p>##<o:p></o:p>/gate/world/daughters/name Inner_Phantom_1<o:p></o:p>/gate/world/daughters/systemType SPECThead<o:p></o:p>/gate/world/daughters/insert cylinder<o:p></o:p>/gate/Inner_Phantom_1/geometry/setRmax 0.5 cm<o:p></o:p>/gate/Inner_Phantom_1/geometry/setHeight 3.9 cm<o:p></o:p>/gate/Inner_Phantom_1/placement/setRotationAxis 0 1 0<o:p></o:p>/gate/Inner_Phantom_1/placement/setRotationAngle 90 deg<o:p></o:p>/gate/Inner_Phantom_1/placement/setTranslation 0 1.05 0 cm<o:p></o:p>/gate/Inner_Phantom_1/setMaterial Cerium<o:p></o:p>/gate/Inner_Phantom_1/vis/setColor grey<o:p></o:p>#<o:p></o:p># Create the phantom crystal (detector) volume (Ce)<o:p></o:p>##<o:p></o:p>/gate/Inner_Phantom_1/daughters/name Inner_Phantom_Crystal_1<o:p></o:p>/gate/Inner_Phantom_1/daughters/insert cylinder<o:p></o:p>/gate/Inner_Phantom_Crystal_1/geometry/setRmax 0.5 cm<o:p></o:p>/gate/Inner_Phantom_Crystal_1/geometry/setHeight 3.9 cm<o:p></o:p>/gate/Inner_Phantom_Crystal_1/placement/setTranslation 0. 0. 0. cm<o:p></o:p>/gate/Inner_Phantom_Crystal_1/setMaterial Cerium<o:p></o:p>/gate/Inner_Phantom_Crystal_1/vis/setColor yellow<o:p></o:p>#<o:p></o:p># Create the phantom (detector) volume (Gd)<o:p></o:p>##<o:p></o:p>/gate/world/daughters/name Inner_Phantom_2<o:p></o:p>/gate/world/daughters/systemType SPECThead<o:p></o:p>/gate/world/daughters/insert cylinder<o:p></o:p>/gate/Inner_Phantom_2/geometry/setRmax 0.5 cm<o:p></o:p>/gate/Inner_Phantom_2/geometry/setHeight 3.9 cm<o:p></o:p>/gate/Inner_Phantom_2/placement/setRotationAxis 0 1 0<o:p></o:p>/gate/Inner_Phantom_2/placement/setRotationAngle 90 deg<o:p></o:p>/gate/Inner_Phantom_2/placement/setTranslation 0 -0.525 0.909327 cm<o:p></o:p>/gate/Inner_Phantom_2/setMaterial Gadolinium<o:p></o:p>/gate/Inner_Phantom_2/vis/setColor grey<o:p></o:p>#<o:p></o:p># Create the phantom crystal (detector) volume (Gd)<o:p></o:p>##<o:p></o:p>/gate/Inner_Phantom_2/daughters/name Inner_Phantom_Crystal_2<o:p></o:p>/gate/Inner_Phantom_2/daughters/insert cylinder<o:p></o:p>/gate/Inner_Phantom_Crystal_2/geometry/setRmax 0.5 cm<o:p></o:p>/gate/Inner_Phantom_Crystal_2/geometry/setHeight 3.9 cm<o:p></o:p>/gate/Inner_Phantom_Crystal_2/placement/setTranslation 0. 0. 0. cm<o:p></o:p>/gate/Inner_Phantom_Crystal_2/setMaterial Gadolinium<o:p></o:p>/gate/Inner_Phantom_Crystal_2/vis/setColor yellow<o:p></o:p>#<o:p></o:p># Create the phantom (detector) volume (W)<o:p></o:p>##<o:p></o:p>/gate/world/daughters/name Inner_Phantom_3<o:p></o:p>/gate/world/daughters/systemType SPECThead<o:p></o:p>/gate/world/daughters/insert cylinder<o:p></o:p>/gate/Inner_Phantom_3/geometry/setRmax 0.5 cm<o:p></o:p>/gate/Inner_Phantom_3/geometry/setHeight 3.9 cm<o:p></o:p>/gate/Inner_Phantom_3/placement/setRotationAxis 0 1 0<o:p></o:p>/gate/Inner_Phantom_3/placement/setRotationAngle 90 deg<o:p></o:p>/gate/Inner_Phantom_3/placement/setTranslation 0 -0.525 -0.909327 cm<o:p></o:p>/gate/Inner_Phantom_3/setMaterial Tungsten<o:p></o:p>/gate/Inner_Phantom_3/vis/setColor grey<o:p></o:p>#<o:p></o:p># Create the phantom crystal (detector) volume (W)<o:p></o:p>##<o:p></o:p>/gate/Inner_Phantom_3/daughters/name Inner_Phantom_Crystal_3<o:p></o:p>/gate/Inner_Phantom_3/daughters/insert cylinder<o:p></o:p>/gate/Inner_Phantom_Crystal_3/geometry/setRmax 0.5 cm<o:p></o:p>/gate/Inner_Phantom_Crystal_3/geometry/setHeight 3.9 cm<o:p></o:p>/gate/Inner_Phantom_Crystal_3/placement/setTranslation 0. 0. 0. cm<o:p></o:p>/gate/Inner_Phantom_Crystal_3/setMaterial Tungsten<o:p></o:p>/gate/Inner_Phantom_Crystal_3/vis/setColor yellow<o:p></o:p><o:p> </o:p># S Y S T E M<o:p></o:p>######<o:p></o:p># The system acts as an interpretor between the GATE geometry and data outputs for reconstruction <o:p></o:p># in our case, the Interfile writer<o:p></o:p># A system must know which components of the geometry are parts of the scanner, and what <o:p></o:p># their role are.<o:p></o:p># For the moment, there is only a system SPECThead, which was built when the SPECThead volume<o:p></o:p># was inserted. <o:p></o:p># The SPECThead system is made of three levels: base (for the head), crystal (for the crystal and crystal matrix) <o:p></o:p># and pixel (for individual crystals for pixellated gamma camera)<o:p></o:p># For now, only the base of the system is attached to a volume: the volume SPECThead<o:p></o:p># For the system to get information about your crystal, the level crystal must be attached to the volume <o:p></o:p># that has been defined for the scintillating crystal (crystal)<o:p></o:p>##<o:p></o:p><o:p> </o:p>#/gate/systems/SPECT_CdTe/crystal/attach Crystal_CdTe<o:p></o:p>##/gate/systems/SPECT_CdTe/describe<o:p></o:p>#/gate/systems/SPECT_CsI/crystal/attach Crystal_CsI<o:p></o:p>##/gate/systems/SPECT_CsI/describe<o:p></o:p><o:p> </o:p>/gate/systems/Inner_Phantom_1/crystal/attach Inner_Phantom_Crystal_1<o:p></o:p>#/gate/systems/Inner_Phantom_1/describe<o:p></o:p>/gate/systems/Inner_Phantom_2/crystal/attach Inner_Phantom_Crystal_2<o:p></o:p>#/gate/systems/Inner_Phantom_2/describe<o:p></o:p>/gate/systems/Inner_Phantom_3/crystal/attach Inner_Phantom_Crystal_3<o:p></o:p>#/gate/systems/Inner_Phantom_3/describe<o:p></o:p><o:p> </o:p><o:p> </o:p># S E N S I T I V E D E T E C T O R S<o:p></o:p>######<o:p></o:p># GATE provides two sensitive detectors, which have two different functions<o:p></o:p># Using them properly is very important for getting accurate results<o:p></o:p>##<o:p></o:p><o:p> </o:p># Crystal SD<o:p></o:p>#<o:p></o:p># The crystal SD makes it possible to record hits in a sensitive volume (e.g.,. in a scintillation crystal)<o:p></o:p># It must be attached to any volume for which hit-data must be obtained<o:p></o:p># For recording hits in the NaI volume only, the name of which is crystal, this volume is attached <o:p></o:p># to the crystal SD<o:p></o:p>##<o:p></o:p><o:p> </o:p>#/gate/Crystal_CdTe/attachCrystalSD<o:p></o:p>#/gate/Crystal_CsI/attachCrystalSD<o:p></o:p><o:p> </o:p>/gate/Inner_Phantom_Crystal_1/attachCrystalSD<o:p></o:p>/gate/Inner_Phantom_Crystal_2/attachCrystalSD<o:p></o:p>/gate/Inner_Phantom_Crystal_3/attachCrystalSD<o:p></o:p><o:p> </o:p># Phantom SD<o:p></o:p>#<o:p></o:p># The phantom SD makes it possible to record Compton events in the volumes within the field of view<o:p></o:p># This can provide information for result analysis to discriminate between <o:p></o:p># scattered and unscattered photons<o:p></o:p># It must be attached to each and every volume for whom Compton interactions have to be recorded<o:p></o:p>##<o:p></o:p><o:p> </o:p>/gate/Phantom/attachPhantomSD<o:p></o:p>/gate/Phantom_Air_1/attachPhantomSD<o:p></o:p>/gate/Phantom_Air_2/attachPhantomSD<o:p></o:p>/gate/Phantom_Air_3/attachPhantomSD<o:p></o:p>/gate/SPECT_CdTe/attachPhantomSD<o:p></o:p>/gate/Collimator/attachPhantomSD<o:p></o:p>/gate/SPECT_CsI/attachPhantomSD<o:p></o:p><o:p> </o:p>#/gate/Inner_Phantom_1/attachPhantomSD<o:p></o:p>#/gate/Inner_Phantom_2/attachPhantomSD<o:p></o:p>#/gate/Inner_Phantom_3/attachPhantomSD<o:p></o:p><o:p> </o:p># P H Y S I C S<o:p></o:p>#####<o:p></o:p>/gate/physics/addProcess PhotoElectric<o:p></o:p>/gate/physics/processes/PhotoElectric/setModel StandardModel<o:p></o:p><o:p> </o:p>/gate/physics/addProcess Compton<o:p></o:p>/gate/physics/processes/Compton/setModel StandardModel<o:p></o:p><o:p> </o:p>/gate/physics/addProcess Bremsstrahlung<o:p></o:p>/gate/physics/processes/Bremsstrahlung/setModel StandardModel<o:p></o:p><o:p> </o:p>/gate/physics/processList Enabled<o:p></o:p>/gate/physics/processList Initialized<o:p></o:p><o:p> </o:p>/gate/run/initialize<o:p></o:p><o:p> </o:p># D E F I N E T H E S O U R C E<o:p></o:p>#####<o:p></o:p>/gate/source/addSource Source<o:p></o:p>/gate/source/Source/gps/type Point<o:p></o:p>/gate/source/Source/gps/centre 0 0 30 cm<o:p></o:p>/gate/source/Source/gps/particle gamma<o:p></o:p>/gate/source/Source/gps/energy 150 keV<o:p></o:p>/gate/source/Source/setActivity 300000. Bq<o:p></o:p>/gate/source/Source/gps/angtype iso<o:p></o:p>/gate/source/Source/gps/mintheta 0 deg<o:p></o:p>/gate/source/Source/gps/maxtheta 5 deg<o:p></o:p>#/gate/source/Source/gps/minphi 0 deg<o:p></o:p>#/gate/source/Source/gps/maxphi 360 deg<o:p></o:p>#/gate/source/Source/visualize 100000 red 1<o:p></o:p>/gate/source/list<o:p></o:p><o:p> </o:p>/gate/digitizer/Singles/insert adder<o:p></o:p><o:p> </o:p># O U T P U T<o:p></o:p>#####<o:p></o:p># Select the options of the data output <o:p></o:p># As there are several modules, settings have to be defined for each module, especially in SPECT, where there <o:p></o:p># are a lots of hits for only a few counts, so it's better to limit the amount of data produced<o:p></o:p># Here the SingleDigi output can be used if you have your own program to process the data<o:p></o:p>##<o:p></o:p>#/gate/output/ascii/disable<o:p></o:p>/gate/output/ascii/enable<o:p></o:p>/gate/output/ascii/setOutFileHitsFlag 0<o:p></o:p>/gate/output/ascii/setOutFileSinglesFlag 1<o:p></o:p>/gate/output/ascii/setFileName SPECT_<o:p></o:p>/gate/output/ascii/setSingleMask 1 1 0 1 1 1 1 1 1 1 1 1 0 0 0 0 0 0 <o:p></o:p>#/gate/output/ascii/setOutFileSizeLimit 104857600<o:p></o:p><o:p> </o:p><o:p> </o:p># R A N D O M<o:p></o:p># #<o:p></o:p>/gate/random/setEngineSeed auto<o:p></o:p>/gate/random/verbose 1<o:p></o:p>/gate/random/verbose 1<o:p></o:p><o:p> </o:p><o:p> </o:p># E X P E R I M E N T <o:p></o:p>#####<o:p></o:p># Define the parameters of the experiment (start time, stop time and time slice)<o:p></o:p># The number of projections depends on the number of time slice, the rotation speed of the system and the <o:p></o:p># number of heads<o:p></o:p># Here, define a total acquisition of 8 seconds by step of 0.05 seconds <o:p></o:p># This will give 8 projections by head by table position<o:p></o:p>##<o:p></o:p>/gate/application/setTimeSlice 1. s<o:p></o:p>/gate/application/setTimeStart 0. s<o:p></o:p>/gate/application/setTimeStop 200. s<o:p></o:p><o:p> </o:p><o:p> </o:p># V E R B O S I T Y<o:p></o:p>#####<o:p></o:p>/control/verbose 0<o:p></o:p>/run/verbose 0<o:p></o:p>/event/verbose 0<o:p></o:p>/tracking/verbose 0<o:p></o:p><o:p> </o:p><o:p> </o:p># L E T' S R U N T H E S I M U L A T I O N !<o:p></o:p>#####<o:p></o:p>/gate/application/startDAQ<o:p></o:p><o:p> </o:p>When I disable outer phantom volume, correct output file is obtained.<o:p></o:p>Is there any problem in code ??<o:p></o:p>Thank you.<o:p></o:p><o:p> </o:p><o:p> </o:p>From: gate-users-bounces@lists.opengatecollaboration.org [mailto:gate-users-bounces@lists.opengatecollaboration.org] On Behalf Of Hojjat Mahani Sent: Wednesday, February 18, 2015 12:04 AM To: GATErs Subject: Re: [Gate-users] How to make complicate phantom<o:p></o:p><o:p> </o:p><div><div><div><div><div>Hi,<o:p></o:p></div><div><o:p> </o:p></div><div>The provided code seems to be correct for such a multi-system Gate simulation. I think the problem may come from the rest of your script (for example, "digitizer" modules) where you should specify readout level. <o:p></o:p></div><div><o:p> </o:p></div><div>P.S.: I would recommend you to use a more generalized system type, "scanner", instead of the "SPECThead" one.<o:p></o:p></div><div><o:p> </o:p></div><div>Good luck,<o:p></o:p></div><div><o:p> </o:p></div><div>Hojjat<o:p></o:p></div><div><o:p> </o:p></div><div><o:p> </o:p></div></div></div></div></div></div></body></html>