<div dir="ltr">Hi David,<div>thanks for your help!</div><div><br></div><div>From sudo port  no way to make it works:</div><div>gate @7.0_1+geant496+qt4 (active)<br></div><div><div>geant4.9.6 @4.9.6.p03_0+gdml+qt (active)</div><div>geant4.9.6-data @4.9.6_0 (active)</div><div>geant4_select @1.0_0 (active)</div></div><div>root5 @5.34.22_0+cocoa+gcc48+graphviz+gsl+http+minuit2+opengl+roofit+soversion+ssl+tmva+xml (active)<br></div><div><br></div><div>Even commenting the verbose line of random generator as you suggested, it doesn't work.</div><div>I made a quick test then:</div><div>1) commented the "execute physics.mac" line and simulation went fine (of course, empty leaves in the root output)</div><div>2) added the line /gate/physics/addPhysicsList emstandard_opt3 to use built physics list and again I got a similar error:</div><div>"...</div><div>....</div><div><div>### === G4UAtomicDeexcitation::InitialiseForNewRun()</div><div>### ===  PIXE model for hadrons: Empirical  1</div><div>### ===  PIXE model for e+-:     Livermore  1</div><div>/opt/local/bin/Gate: line 12: 59691 Segmentation fault: 11  /opt/local/libexec/gate/Gate $@</div></div><div>"</div><div><br></div><div>I eventually went for virtualization , as you suggested, and everything went fine!<br></div><div><br></div><div>Thanks a lot again,</div><div>cheers</div><div>p.</div><div><br></div><div><br></div><div><br></div><div><br></div></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Wed, Oct 22, 2014 at 2:48 PM, Dávid Völgyes <span dir="ltr"><<a href="mailto:david.volgyes@gmail.com" target="_blank">david.volgyes@gmail.com</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">Hi Paola,<br>
<br>
Try to disable the verbose output of the random events.<br>
There is a bug in the Geant4 (actually, in the embedded CLHEP) inside<br>
the Mersenne Twister random number generator. Depending on actual<br>
compilation differences, sometimes it does not cause any problem, like<br>
in the vGATE, and sometimes it does. The code tries to read 625<br>
elements from a 624 long array. If there is another data after this<br>
array, then it's fine. If there is code there, then you get a<br>
segfault.<br>
<br>
So first, try to remove this line from the benchPET.mac:<br>
/gate/random/verbose 1<br>
if you still get segfault, then it is another bug, and please, report it.<br>
<br>
Mac compilation: don't have Macs, but in worst case you can run the<br>
vGate in a virtual machine on Mac, or a dockerized version of Gate.<br>
(Which also runs in kind of a virtual machine.)<br>
<a href="https://docs.docker.com/installation/mac/" target="_blank">https://docs.docker.com/installation/mac/</a><br>
<br>
Cheers from Oslo!<br>
<br>
David<br>
<div><div class="h5"><br>
<br>
On Wed, Oct 22, 2014 at 2:18 PM, Paola Solevi <<a href="mailto:paola.solevi@gmail.com">paola.solevi@gmail.com</a>> wrote:<br>
> Dear Gate Users,<br>
> I have to go back to an issue open in March (Mojca et al) but I can't find a<br>
> solution to my problem.<br>
><br>
> I'm trying to install Gate on my Mac (10.9.3).<br>
> I made two different attempts:<br>
> 1) following the port strategy, everything went smooth but when I type Gate<br>
> benchPET.mac (to test the benchmark) I got:<br>
> "....<br>
> .....<br>
> annihil:   for  e+, applyCuts: 1     SubType= 5<br>
>       ===== EM models for the G4Region  DefaultRegionForTheWorld ======<br>
>             eplus2gg :  Emin=        0 eV    Emax=       10 TeV<br>
><br>
> /opt/local/bin/Gate: line 12: 25102 Segmentation fault: 11<br>
> /opt/local/libexec/gate/Gate $@<br>
> "<br>
><br>
> 2) I try to manually install everything from source using cmake (even with<br>
> system clhep or g4 internal clhep, to be sure it was not clhep error).<br>
> Geant4 installation went fine, then I go to Gate -I guess I correctly<br>
> configured by ccmake- but after make command it builds CXX object down to<br>
> 100% but then I get a long list of printouts and error at the very end:<br>
> ".......<br>
> .........<br>
>   "_gROOT", referenced from:<br>
>       _main in Gate.cc.o<br>
>       GateToRoot::RecordBeginOfAcquisition() in GateToRoot.cc.o<br>
>   "_gRandom", referenced from:<br>
>       GateRandomEngine::Initialize() in GateRandomEngine.cc.o<br>
> ld: symbol(s) not found for architecture x86_64<br>
> clang: error: linker command failed with exit code 1 (use -v to see<br>
> invocation)<br>
> make[2]: *** [Gate] Error 1<br>
> make[1]: *** [CMakeFiles/Gate.dir/all] Error 2<br>
> make: *** [all] Error 2<br>
> "<br>
> ROOT path is correctly set (5.34/14), geant4 path too. Can be a problem with<br>
> the compiler?<br>
><br>
> I have:<br>
> /usr/bin/c++ -v<br>
> Apple LLVM version 5.1 (clang-503.0.40) (based on LLVM 3.4svn)<br>
> Target: x86_64-apple-darwin13.2.0<br>
> Thread model: posix<br>
><br>
>  /usr/bin/gcc -v<br>
> Configured with: --prefix=/Applications/Xcode.app/Contents/Developer/usr<br>
> --with-gxx-include-dir=/usr/include/c++/4.2.1<br>
> Apple LLVM version 5.1 (clang-503.0.40) (based on LLVM 3.4svn)<br>
> Target: x86_64-apple-darwin13.2.0<br>
> Thread model: posix<br>
> Paolas-MacBook-Air-2:geant4.9.6.p03 psolevi$<br>
><br>
> I attach the configuration shell screenshot of Gate, if it can help.<br>
><br>
> Any help will be precious!<br>
><br>
> Thanks a lot,<br>
> p.<br>
><br>
><br>
><br>
><br>
</div></div>> _______________________________________________<br>
> Gate-users mailing list<br>
> <a href="mailto:Gate-users@lists.opengatecollaboration.org">Gate-users@lists.opengatecollaboration.org</a><br>
> <a href="http://lists.opengatecollaboration.org/mailman/listinfo/gate-users" target="_blank">http://lists.opengatecollaboration.org/mailman/listinfo/gate-users</a><br>
</blockquote></div><br></div>