<div dir="ltr">Hello, <div><br></div><div>no idea, but probably a memory leak somewhere. Please try with the git develop version (and G4 10.0) I have seen some recent commit with memory leak correction, maybe it is related. </div>

<div><br></div><div>Sincerely, </div><div>David</div></div><div class="gmail_extra"><br><br><div class="gmail_quote">On Fri, Jul 4, 2014 at 10:13 AM,  <span dir="ltr"><<a href="mailto:florian.bretin@ulg.ac.be" target="_blank">florian.bretin@ulg.ac.be</a>></span> wrote:<br>

<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">Dear Gate users & experts,<br>
<br>
I am simulating a microCT acquisition of 220 projections over 193° of rotation. A PMMA phantom (Analyze7.5 image) was implemented as “ImageNestedParametrisedVolume” into the center of rotation and is rotated instead of the gantry. After the simulation I collect the dose profiles for analysis inside the phantom from the dose map.<br>


The simulation is run with 6e+07 photons / sec and 16ms exposure per projection (total simulation time of 3.52). Im using Gate v6.1 on Ubuntu 11.10, 22Gb of ram and Intel Xenon 6 core X5670.<br>
<br>
Here is a link to the simulation files:<br>
<a href="https://www.dropbox.com/s/2mt6kchejnho0qi/microCT.rar" target="_blank">https://www.dropbox.com/s/2mt6kchejnho0qi/microCT.rar</a><br>
<br>
Now I have two problems:<br>
<br>
1.      The simulation runs fine with the X-ray source being in the center position of the phantom. However, when I translate the phantom 40mm into positive X-direction, the simulation is killed after 177 projections. The error message I get is simply “Simulation killed”, no error code. During projection 177 the memory piles up completely (including Swap) until the simulation is killed. I have googled the problem including the mailing list but did not find a solution. Did anyone ever face a similar problem? Any ideas?<br>


<br>
2.      The second problem is, that I have dose deposition in air outside of the phantom, which I cannot explain. I am simulating less photons than the actual tube emits and I scale the resulting dose maps to experimental results in order to reach the number of photons the tube emits. My wild guesses are: 1) amplification of noise due to the scaling, 2) scatter from the phantom due to the sharp edge.<br>


<br>
<br>
Here is a link to the dose profiles:<br>
<a href="https://www.dropbox.com/s/z3q35cekb0ekr59/GateExampleDoseProfile.tif" target="_blank">https://www.dropbox.com/s/z3q35cekb0ekr59/GateExampleDoseProfile.tif</a><br>
<a href="https://www.dropbox.com/s/ly16idlbmqndkkq/PhantomHUvsDose.tif" target="_blank">https://www.dropbox.com/s/ly16idlbmqndkkq/PhantomHUvsDose.tif</a><br>
<br>
Any help / ideas would be much appreciated.<br>
<br>
Thanks in advance & kind regards<br>
Florian Bretin<br>
Cyclotron Research Centre, University of Liege, Belgium<br>
_______________________________________________<br>
Gate-users mailing list<br>
<a href="mailto:Gate-users@lists.opengatecollaboration.org">Gate-users@lists.opengatecollaboration.org</a><br>
<a href="http://lists.opengatecollaboration.org/mailman/listinfo/gate-users" target="_blank">http://lists.opengatecollaboration.org/mailman/listinfo/gate-users</a></blockquote></div><br><br clear="all"><div><br></div>-- <br>

<div dir="ltr">David Sarrut, Phd<br>Directeur de recherche CNRS<br>CREATIS, UMR CNRS 5220, Inserm U 1044<div>Centre de lutte contre le cancer Léon Bérard<br>28 rue Laënnec, 69373 Lyon cedex 08<br>Tel : 04 78 78 51 51 / 06 74 72 05 42<br>

<a href="http://www.creatis.insa-lyon.fr/~dsarrut" target="_blank">http://www.creatis.insa-lyon.fr/~dsarrut</a><br>_________________________________</div><div> "2 + 2 = 5,  for extremely large values of 2"<br>_________________________________</div>

</div>
</div>