<div dir="ltr"><div><div>Hi,<br></div>You are playing with a relatively new feature so this might be a bug. In theory, we try to account for both the orientation in the mhd (TransformMatrix, that vv displays at the bottom left) and the transformation in your macro file. If you want to rotate it 180° degrees you can try to change the TransformMatrix to -1 0 0 0 -1 0 0 0 1 (the matrix can be generated from VV with Tools / Register manually). Then this is composed with the setRotationAxis / setRotationAngle.<br>

</div>One essential point: your matrix must be a rotation matrix. A flip (e.g., 1 0 0 0 -1 0 0 0 1) will not be accepted by Gate. Check the consol messages to see if there is a warning.<br><div><div>If this is not the case, the description you give seems to suggest a bug so could you provide the macro data for investigation?<br>

</div><div>Thanks,<br></div><div>Simon<br></div></div></div><div class="gmail_extra"><br><br><div class="gmail_quote">On Wed, Jul 9, 2014 at 3:01 PM, Albert Hirtl <span dir="ltr"><<a href="mailto:albert.hirtl@meduniwien.ac.at" target="_blank">albert.hirtl@meduniwien.ac.at</a>></span> wrote:<br>

<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">Dear Colleagues,<br>
<br>
I have a question regarding the orientation of a CT which I stored as .mhd file (using vv) and read in into GATE (v7.0). If I display the CT using OGLSX it seems to be bottom up. No matter what I do with the commands<br>


<br>
/gate/patient/placement/<u></u>setRotationAxis           0 0 1<br>
/gate/patient/placement/<u></u>setRotationAngle         XXXX  deg<br>
<br>
it stays the same. In vv it was in the correct orientation. The box that is plotted around the CT seems to be rotating, however. Do I make anything wrong? Or is just the image that I see in OGLSX not rotating?<br>
<br>
Any help would be very much appreciated.<br>
<br>
Best regards,<br>
Albert<span class="HOEnZb"><font color="#888888"><br>
<br>
-- <br>
Medizinische Universität Wien<br>
Universitätsklinik für Radiologie und Nuklearmedizin<br>
Währinger Gürtel 18-20<br>
1090 Wien<br>
Austria<br>
<br>
Tel.: <a href="tel:%2B43%20%280%29%201%20%2F%2040400%2055450" value="+4314040055450" target="_blank">+43 (0) 1 / 40400 55450</a><br>
<br>
Web:<br>
<a href="http://www.meduniwien.ac.at/user/albert.hirtl" target="_blank">http://www.meduniwien.ac.at/<u></u>user/albert.hirtl</a><br>
<a href="http://www.meduniwien.ac.at/moccamed/" target="_blank">http://www.meduniwien.ac.at/<u></u>moccamed/</a><br>
<br>
</font></span><br>_______________________________________________<br>
Gate-users mailing list<br>
<a href="mailto:Gate-users@lists.opengatecollaboration.org">Gate-users@lists.opengatecollaboration.org</a><br>
<a href="http://lists.opengatecollaboration.org/mailman/listinfo/gate-users" target="_blank">http://lists.opengatecollaboration.org/mailman/listinfo/gate-users</a><br></blockquote></div><br></div>