<div dir="ltr">Hello,<br><br><span style="color:rgb(31,73,125)"></span><div><div class="gmail_extra"><div class="gmail_quote"><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex">
<div link="blue" vlink="purple" lang="EN-GB"><div><div><div><div><blockquote style="border-width:medium medium medium 1pt;border-style:none none none solid;border-color:-moz-use-text-color -moz-use-text-color -moz-use-text-color rgb(204,204,204);padding:0cm 0cm 0cm 6pt;margin-left:4.8pt;margin-right:0cm">
<div><div><div class="im">
<p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p>
<p class="MsoNormal"> I want to simulate scintillation photons produced by 511 keV gammas and their optical path through a LYSO scintillator with mirror polished ends and reflective side surfaces. One
 end of the crystal is coupled to a wavelength-shifting fibre (double-cladded BCF-91A fibre), such that crystal and fibre make a 90 degree angle.
<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">As I am not experienced with Gate (using vGate 2.1), I have many doubts regarding the proper physics and geometry necessary for the simulation, namely of the optical photons path,
 optical boundaries and fibre geometry. Is there anyone who has simulated similar experiments with this kind of fibres, for example in the AxPET project, who can help me out?<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">I’ve already recompiled Gate with optical ON.<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">In order to define the reflective surfaces of the crystal, do I need to first define the volumes with the reflective material or is it possible to define the surfaces only with
 the crystal volume?<u></u><u></u></p>
</div></div>
</div>
</blockquote><div class="im">
<div>
<p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">If your crystal is the LYSO material, you just need to define your crystal volume with the LYSO material properties in Materials.xml. For the polished ends and reflective surfaces, you define the surfaces with the finish, reflectivity,
 .... parameters in Surface.xml.<u></u><u></u></p>
</div>
</div><div>
<p class="MsoNormal"><span style="color:rgb(31,73,125)"><u></u> <u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:rgb(31,73,125)">                Don’t I need to have 2 volumes of different materials to define a surface? For now I have only defined the LYSO volume. My question is if I
 need to define the volume with white reflective material (0.1 mm BaSO4) and then the surface, e.g.<u></u><u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:rgb(31,73,125)">                               
<u></u><u></u></span></p>
<p class="MsoNormal" style="text-indent:36pt"><span style="font-size:11pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:rgb(31,73,125)">/gate/LYSO/surfaces/name Surface-From-LYSO-To-Reflector<u></u><u></u></span></p>

<p class="MsoNormal" style="text-indent:36pt"><span style="font-size:11pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:rgb(31,73,125)">/gate/LYSO/surfaces/insert Reflector (previously defined?)<u></u><u></u></span></p>

<p class="MsoNormal" style="margin-left:36pt"><span style="font-size:11pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:rgb(31,73,125)">/gate/LYSO/surfaces/Surface-From-LYSO-To-Reflector/SetSurface surface_name (defined in Surface.xml)<u></u><u></u></span></p>

<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:rgb(31,73,125)"><u></u><u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:rgb(31,73,125)">                Or if these 3 lines are enough and I only need to define the surface properties in Surface.xml ?</span></p>
</div></div></div></div></div></div></blockquote><div><br></div><div>Yes, to define a surface you need to define both volumes: crystal and the 0.1mm reflector. In your definition of the surface, you only specified the behavior of the surface for photons going from the reflector towards the Lyso crystal. You need to define the surface behavior for photons going from the Lyso towards the reflector. These are 2 different surfaces. See the user's guide, there is a drawing.<br>
</div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex"><div link="blue" vlink="purple" lang="EN-GB"><div><div><div><div><div class="im">
<blockquote style="border-width:medium medium medium 1pt;border-style:none none none solid;border-color:-moz-use-text-color -moz-use-text-color -moz-use-text-color rgb(204,204,204);padding:0cm 0cm 0cm 6pt;margin-left:4.8pt;margin-right:0cm">

<div>
<div>
<p class="MsoNormal"> Is it necessary to define separate volumes with the different materials of the fibre (core, first clad and 2^nd clad)? In this case, it is a square fibre, so what would
 be the best way to do it?<u></u><u></u></p>
</div>
</div>
</blockquote>
</div><div><div class="im">
<p class="MsoNormal">For the WLS fiber, you can describe it as one volume or more detailed volumes. I think one volume would be enough as long as you have its properties which are the absorption/emission wls spectra, mixture (in case you use one volume that
 is a mix of sub components) refractive index, ... <u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:rgb(31,73,125)"><u></u> <u></u></span></p>
</div><p class="MsoNormal" style="text-indent:36pt"><span style="font-size:11pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:rgb(31,73,125)">The thing is that the core of the fibre is polystyrene (n = 1.60), the 1^st clad is acrylic (n = 1.49) and the 2^nd
 clad fluor-acrylic (n = 1.42). These refractive index differences are designed to obtain a higher photon trapping efficiency. In the case of a square 1 mm fiber, the core has approx. 0.94 mm thickness, the 1^st clad 0.04 mm and the 2^nd
 clad 0.02 mm. I’d like to have the simulation as realistic as possible, so I wonder what is the best solution to achieve this. I can assume the whole volume of the fibre to have the same absorption/emission wls spectra.</span></p>
</div></div></div></div></div></div></blockquote><div><br></div><div>If you have all the specifications of your fiber as you seem to have, you can simulate it with all these details. I don't know about the best solution. <br>
</div><div>Regarding the trapping efficiency (which you know as it is derived from the 3 refractive index), I think this is actually related to the WLS absorption length (you have the spectrum?). The WLS absorption/emission will tell where inside the fiber the optical photon absorption/emission took place. <br>
</div><div>Maybe the safe way to make sure you get the right trapping efficiency is actually to simulate the core, 1st and 2nd clads. <br></div><div><br></div><div>vesna<br></div><div><br><span style="font-size:11pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:rgb(31,73,125)"></span></div>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex"><div link="blue" vlink="purple" lang="EN-GB"><div><div><div><div><div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>

</blockquote></div><br></div></div></div>