<div dir="ltr"><div><div><div><div><div>Hello Bassim<br><br></div>I do not know whether I understand, but we have found in very large simulations,<br></div>that writing ROOT files gets slower and slower as the file increases.<br>
</div>I asked ROOT people but they told me that that should not happen... but it happens<br><br><br></div>I attach a plot that shows how simulation grows much faster when ROOT output<br></div>is selected instead of ASCII. This is part of the paper we just published on ParGate.<br>
<br><br><br>Fernando<br><div><div><div><br><br></div></div></div></div><div class="gmail_extra"><br><br><div class="gmail_quote">On Fri, Oct 18, 2013 at 6:45 AM, bassim aklan <span dir="ltr"><<a href="mailto:bassim.aklan@imp.uni-erlangen.de" target="_blank">bassim.aklan@imp.uni-erlangen.de</a>></span> wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
  

    
  
  <div text="#000000" bgcolor="#FFFFFF">
    Hello GATE users,<br>
    <br>
    I am simulating now a 20-cm cylindrical phantom (length: 17.8 cm )
    filled with 18-F with an activity of 444 MBq. I installed GATE v6.1
    on the cluster and all my simulations are running on 70 computing
    nodes with 8 CPUs. The output files of the simulation are root files
    with single, coincidence and finalCoincidence trees. My jobs on the
    cluster cause a very high load on the fileserver during GATE
    simulation. I attached a PNG-Image of the cluster's In/Output 
    evaluation of some of my jobs. Did anyone of GATE users or developer
    face such problem before or this issue at least is familiar by
    someone.  I would be thankful if someone can share with me his
    experience in order to solve this issue<span class="HOEnZb"><font color="#888888"><var title="adjective"></var><br>
    <pre cols="72">-- 
Bassim Aklan, MSc.
Institute of Medical Physics - Section for MR Imaging
University of Erlangen-Nuremberg
Henkestr. 91
91052 Erlangen, Germany
phone: <a href="tel:%2B49-%280%299131%2F85-25545" value="+4991318525545" target="_blank">+49-(0)9131/85-25545</a> 
<a href="mailto:bassim.aklan@imp.uni-erlangen.de" target="_blank">bassim.aklan@imp.uni-erlangen.de</a>
 </pre>
  </font></span></div>

<br>_______________________________________________<br>
Gate-users mailing list<br>
<a href="mailto:Gate-users@lists.opengatecollaboration.org">Gate-users@lists.opengatecollaboration.org</a><br>
<a href="http://lists.opengatecollaboration.org/mailman/listinfo/gate-users" target="_blank">http://lists.opengatecollaboration.org/mailman/listinfo/gate-users</a><br></blockquote></div><br></div>