<div dir="ltr"><div><div><div><div><div><div><div>According to my limited experience of working with GATE, <br><br></div>1. Yes, hits with 'Transportation' should be treated as optical photons detected by the surface.<br>
<br>2. <span style="color:rgb(204,0,0)">why position of 
hits with 'Transportation' is not always equal to position of surface?</span><br><br></div>    I also have this problem, (my surface is at −1.4795e+02 but the photons are detected at -1.480e+02,<br> I thought this trade-off is due to the number of precision bits in the floating point variable.)<br>
<br>4. <span style="color:rgb(204,0,0)">part 
of photons is reflected from surfaces</span><br><br></div>    Did you carefully set the refractive index of your crystal and PMT ( is your R.I. of crystal > R.I of PMT , <br>    No Total internal reflection ?? )<br><br>
</div>5. <span style="color:rgb(204,0,0)">Is there any way to connect information from Hits and OpticalData trees?</span><br style="color:rgb(204,0,0)"><span style="color:rgb(204,0,0)">
Something like hitID?</span><br><br></div>   I am not using root output, I am using ASCII, there time IDs are given. ( One issue with this is, time IDs are not sorted<br></div>  for ex, if a hit's id is 0.145378989 next hit would be 0.144672398 ) <br>
<br></div>I hope my answers are correct and not misguiding you. May be some GATE expert will be able to answer your questions correctly.<br></div>