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<P class=MsoPlainText style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt"><SPAN 
style="mso-spacerun: yes"><FONT face=Arial color=#808080 size=2><A 
title="Holand Metrology" 
href="http://www.hollandmetrology.nl"></A></FONT></SPAN></P>
<P class=MsoPlainText style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt"><SPAN 
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<P class=MsoPlainText style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt"><FONT face=Arial>
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  <TR>
    <TD width=94><A title="" href="http://www.vsl.nl/"></A><A title="" 
      href="http://www.vsl.nl"><IMG style="WIDTH: 68px; HEIGHT: 160px" 
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    <TD>
      <P class=MsoPlainText style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt"><SPAN 
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      size=2> VSL</FONT></SPAN><SPAN style="mso-spacerun: yes"></P>
      <P class=MsoPlainText style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt"><SPAN 
      style="mso-spacerun: yes"><FONT face=Verdana size=2> Mrs (L) Joulaeizadeh 
      PhD</FONT></SPAN></P>
      <P class=MsoPlainText style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt"><SPAN 
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      size=2> Research Scientist - Ionizing Radiation Standards</FONT></P><SPAN style="mso-spacerun: yes">
      <P class=MsoPlainText style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt"><SPAN 
      style="mso-spacerun: yes"><FONT face=Verdana size=2> D 
      +31 15 2691681<SPAN style="mso-spacerun: yes"></SPAN></FONT><SPAN 
      style="FONT-SIZE: 11pt; FONT-FAMILY: 'Calibri','sans-serif'; mso-ascii-theme-font: minor-latin; mso-fareast-font-family: SimSun; mso-fareast-theme-font: minor-fareast; mso-hansi-theme-font: minor-latin; mso-bidi-font-family: 'Times New Roman'; mso-bidi-theme-font: minor-bidi; mso-ansi-language: NL; mso-fareast-language: ZH-CN; mso-bidi-language: AR-SA"><SPAN 
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      <P class=MsoPlainText style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt"><FONT face=Verdana><FONT 
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      style="FONT-SIZE: 11pt; FONT-FAMILY: 'Calibri','sans-serif'; mso-ascii-theme-font: minor-latin; mso-fareast-font-family: SimSun; mso-fareast-theme-font: minor-fareast; mso-hansi-theme-font: minor-latin; mso-bidi-font-family: 'Times New Roman'; mso-bidi-theme-font: minor-bidi; mso-ansi-language: NL; mso-fareast-language: ZH-CN; mso-bidi-language: AR-SA"><FONT 
      face=Verdana size=2>+</FONT><SPAN 
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      <P class=MsoPlainText style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt"> </P>
      <P class=MsoPlainText style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt"> <A title="" 
      href="http://www.vsl.nl/"><FONT face=Verdana>www.vsl.nl</FONT></A></P>
      <P class=MsoPlainText style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt"><FONT 
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      <P class=MsoPlainText style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt"><FONT 
      face=Verdana> </FONT><A title="Disclaimer VSL" 
      href="http://www.vsl.nl/disclaimer"><FONT 
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<P class=MsoPlainText style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt"><FONT 
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<P class=MsoPlainText style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt"><FONT face=Arial></FONT></P>
<P class=MsoPlainText style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt"> </P><br><div style='border:none;border-top:solid #B5C4DF 1.0pt;padding:3.0pt 0cm 0cm 0cm'><p class=MsoNormal><b><span lang=EN-US style='font-size:10.0pt;font-family:"Tahoma","sans-serif"'>From:</span></b><span lang=EN-US style='font-size:10.0pt;font-family:"Tahoma","sans-serif"'> Loic Grevillot [mailto:loic.grevillot@gmail.com] <br><b>Sent:</b> dinsdag 7 mei 2013 12:17<br><b>To:</b> Joulaeizadeh, (L) , Mrs<br><b>Cc:</b> gate-users@lists.opengatecollaboration.org<br><b>Subject:</b> Re: [Gate-users] Spot scanning using Pencil beam<o:p></o:p></span></p></div><p class=MsoNormal><o:p> </o:p></p><div><div><p class=MsoNormal>I do not understand exactly your issues, but what I know is that if you run one simulation for one spot, you have the dose for this spot.<o:p></o:p></p></div><div><p class=MsoNormal>I you do so for each spot, you will have a different output for each spot, which is I think answer your first questions.<o:p></o:p></p></div><div><p class=MsoNormal>You can then sum-up all doses for all spots together if you like.<o:p></o:p></p></div><div><p class=MsoNormal>If you wish to obtain directly one output per spot in a single simulation, you have to modify the source code I guess.<o:p></o:p></p></div><div><p class=MsoNormal> <o:p></o:p></p></div><div><p class=MsoNormal>Hope this help,<o:p></o:p></p></div><div><p class=MsoNormal> <o:p></o:p></p></div><div><p class=MsoNormal>Loïc<o:p></o:p></p></div><div><p class=MsoNormal> <o:p></o:p></p></div></div><div><p class=MsoNormal><br clear=all><o:p></o:p></p><div><p class=MsoNormal>Loïc<o:p></o:p></p></div><p class=MsoNormal style='margin-bottom:12.0pt'><o:p> </o:p></p><div><p class=MsoNormal>2013/5/7 Joulaeizadeh, (L) , Mrs <<a href="mailto:LJoulaeizadeh@vsl.nl" target="_blank">LJoulaeizadeh@vsl.nl</a>><o:p></o:p></p><div><div><p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'><span lang=EN-US style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D'>Hi Loic,</span><o:p></o:p></p><p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'><span lang=EN-US style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D'>I need to run the simulation of all the spots once since I need to use different output files of one simulation to later calculate the heat transport by time in a water phantom.</span><o:p></o:p></p><p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'><span lang=EN-US style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D'>Any other idea to solve the problem?</span><o:p></o:p></p><div><p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'><span lang=EN-US style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D'>Leila</span><o:p></o:p></p><p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'><span lang=EN-US style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D'> </span><o:p></o:p></p><p style='margin:0cm;margin-bottom:.0001pt'><span style='font-family:"Arial","sans-serif"'> </span><o:p></o:p></p><table class=MsoNormalTable border=0 cellspacing=0 cellpadding=0 width=958 style='width:718.5pt;min-height:211px'><tr><td width=94 style='width:70.5pt;padding:0cm 0cm 0cm 0cm'><p class=MsoNormal><a href="http://www.vsl.nl" target="_blank" title=""><span style='text-decoration:none'><img border=0 width=68 height=160 id="_x0000_i1029" src="cid:image001.jpg@01CE509F.E9AA0920"></span></a><o:p></o:p></p></td><td style='padding:0cm 0cm 0cm 0cm'><p style='margin:0cm;margin-bottom:.0001pt'><span style='font-family:"Verdana","sans-serif"'> VSL</span><o:p></o:p></p><p style='margin:0cm;margin-bottom:.0001pt'><span style='font-family:"Verdana","sans-serif"'> Mrs (L) Joulaeizadeh PhD</span><o:p></o:p></p><p style='margin:0cm;margin-bottom:.0001pt'><span style='font-family:"Verdana","sans-serif"'> Research Scientist - Ionizing Radiation Standards</span><o:p></o:p></p><p style='margin:0cm;margin-bottom:.0001pt'><span style='font-family:"Verdana","sans-serif"'> D <a href="tel:%2B31%2015%202691681" target="_blank">+31 15 2691681</a></span><o:p></o:p></p><p style='margin:0cm;margin-bottom:.0001pt'><span style='font-family:"Verdana","sans-serif"'> T </span><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Verdana","sans-serif"'>+31 15 2691500</span><span style='font-family:"Verdana","sans-serif"'> </span><o:p></o:p></p><p style='margin:0cm;margin-bottom:.0001pt'> <o:p></o:p></p><p style='margin:0cm;margin-bottom:.0001pt'> <a href="http://www.vsl.nl/" target="_blank" title=""><span style='font-family:"Verdana","sans-serif"'>www.vsl.nl</span></a><o:p></o:p></p><p style='margin:0cm;margin-bottom:.0001pt'><span style='font-family:"Verdana","sans-serif"'> </span><o:p></o:p></p><p style='margin:0cm;margin-bottom:.0001pt'><span style='font-family:"Verdana","sans-serif"'> </span><a href="http://www.vsl.nl/disclaimer" target="_blank" title="Disclaimer VSL"><span style='font-family:"Verdana","sans-serif"'>DISCLAIMER</span></a><o:p></o:p></p></td></tr></table><p style='margin:0cm;margin-bottom:.0001pt'> <o:p></o:p></p><p style='margin:0cm;margin-bottom:.0001pt'> <o:p></o:p></p><p class=MsoNormal><o:p> </o:p></p></div><div style='border:none;border-top:solid windowtext 1.0pt;padding:3.0pt 0cm 0cm 0cm;border-color:currentColor currentColor'><p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'><b><span lang=EN-US style='font-size:10.0pt;font-family:"Tahoma","sans-serif"'>From:</span></b><span lang=EN-US style='font-size:10.0pt;font-family:"Tahoma","sans-serif"'> Loic Grevillot [mailto:<a href="mailto:loic.grevillot@gmail.com" target="_blank">loic.grevillot@gmail.com</a>] <br><b>Sent:</b> dinsdag 7 mei 2013 11:51<br><b>To:</b> Joulaeizadeh, (L) , Mrs<br><b>Cc:</b> <a href="mailto:gate-users@lists.opengatecollaboration.org" target="_blank">gate-users@lists.opengatecollaboration.org</a><br><b>Subject:</b> Re: [Gate-users] Spot scanning using Pencil beam</span><o:p></o:p></p></div><div><p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'> <o:p></o:p></p><div><div><p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'>You may try to run one simulation for the first spot and another for the second spot, or to separate them per field, using this command:<o:p></o:p></p></div><div><p>#/gate/source/PBS/setNotAllowedFieldID 1<o:p></o:p></p></div></div></div><div><p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'><br clear=all><o:p></o:p></p><div><p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'>Loïc<o:p></o:p></p></div><p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;margin-bottom:12.0pt'> <o:p></o:p></p><div><div><p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'>2013/5/7 Joulaeizadeh, (L) , Mrs <<a href="mailto:LJoulaeizadeh@vsl.nl" target="_blank">LJoulaeizadeh@vsl.nl</a>><o:p></o:p></p></div><div><div><div><p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'><span lang=EN-US>Dear Gate-Users,</span><o:p></o:p></p><p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'><span lang=EN-US>I would like to scan two separate spots using a proton pencil beam. I would like to scan the first spot, write the dose in a first output file (can be root file), then scan the second spot and write the dose in the second output file.</span><o:p></o:p></p><p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'><span lang=EN-US> </span><o:p></o:p></p><p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'><span lang=EN-US>The problem is that one dose file is not specified to one spot and in every dose file I see the information of two spots.</span><o:p></o:p></p><p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'><span lang=EN-US> </span><o:p></o:p></p><p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'><span lang=EN-US>Does anyone know how can I have separate output per separate spot?</span><o:p></o:p></p><p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'><span lang=EN-US> </span><o:p></o:p></p><p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'><span lang=EN-US>My planning file and main macro are attached to this email in case you would like to have a look.</span><o:p></o:p></p><p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'><span lang=EN-US> </span><o:p></o:p></p><p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'><span lang=EN-US>Any help would be appreciated.</span><o:p></o:p></p><p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'><span lang=EN-US> </span><o:p></o:p></p><p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'><span lang=EN-US>Leila</span><o:p></o:p></p></div><p style='margin:0cm;margin-bottom:.0001pt'><span style='font-family:"Arial","sans-serif"'> </span><o:p></o:p></p></div><table class=MsoNormalTable border=0 cellspacing=0 cellpadding=0 width=958 style='width:718.5pt;min-height:211px'><tr><td width=94 style='width:70.5pt;padding:0cm 0cm 0cm 0cm'></td><td style='padding:0cm 0cm 0cm 0cm'><p style='margin:0cm;margin-bottom:.0001pt'><span style='font-family:"Verdana","sans-serif"'><a href="http://www.vsl.nl" target="_blank" title=""><span style='color:windowtext;text-decoration:none'> VSL</span></a></span><o:p></o:p></p><div><p style='margin:0cm;margin-bottom:.0001pt'><span style='font-family:"Verdana","sans-serif"'><a href="http://www.vsl.nl" target="_blank" title=""><span style='color:windowtext;text-decoration:none'> Mrs (L) Joulaeizadeh PhD</span></a></span><o:p></o:p></p><p style='margin:0cm;margin-bottom:.0001pt'><span style='font-family:"Verdana","sans-serif"'><a href="http://www.vsl.nl" target="_blank" title=""><span style='color:windowtext;text-decoration:none'> Research Scientist - Ionizing Radiation Standards</span></a></span><o:p></o:p></p><p style='margin:0cm;margin-bottom:.0001pt'><span style='font-family:"Verdana","sans-serif"'><a href="http://www.vsl.nl" target="_blank" title=""><span style='color:windowtext;text-decoration:none'> D </span>+31 15 2691681</a></span><o:p></o:p></p><p style='margin:0cm;margin-bottom:.0001pt'><span style='font-family:"Verdana","sans-serif"'><a href="http://www.vsl.nl" target="_blank" title=""><span style='color:windowtext;text-decoration:none'> T </span><span style='font-size:11.0pt;color:windowtext;text-decoration:none'>+31 15 2691500</span><span style='color:windowtext;text-decoration:none'> </span></a></span><o:p></o:p></p><p style='margin:0cm;margin-bottom:.0001pt'><a href="http://www.vsl.nl" target="_blank" title=""><span style='color:windowtext;text-decoration:none'> </span></a><o:p></o:p></p><p style='margin:0cm;margin-bottom:.0001pt'><a href="http://www.vsl.nl" target="_blank" title=""><span style='color:windowtext;text-decoration:none'> </span><span style='font-family:"Verdana","sans-serif"'>www.vsl.nl</span></a><o:p></o:p></p><p style='margin:0cm;margin-bottom:.0001pt'><span style='font-family:"Verdana","sans-serif"'><a href="http://www.vsl.nl" target="_blank" title=""><span style='color:windowtext;text-decoration:none'> </span></a></span><o:p></o:p></p><p style='margin:0cm;margin-bottom:.0001pt'><span style='font-family:"Verdana","sans-serif"'><a href="http://www.vsl.nl" target="_blank" title=""><span style='color:windowtext;text-decoration:none'> </span>DISCLAIMER</a></span><o:p></o:p></p></div></td></tr></table><p style='margin:0cm;margin-bottom:.0001pt'><a href="http://www.vsl.nl" target="_blank" title=""><span style='color:windowtext;text-decoration:none'> </span></a><o:p></o:p></p><p style='margin:0cm;margin-bottom:.0001pt'><a href="http://www.vsl.nl" target="_blank" title=""><span style='color:windowtext;text-decoration:none'> </span></a><o:p></o:p></p><p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'><a href="http://www.vsl.nl" target="_blank" title=""><span style='color:windowtext;text-decoration:none'> </span></a><o:p></o:p></p></div><div><p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'><a href="http://www.vsl.nl" target="_blank" title=""><span style='color:windowtext;text-decoration:none'><br>_______________________________________________<br>Gate-users mailing list<br></span>Gate-users@lists.opengatecollaboration.org<span style='color:windowtext;text-decoration:none'><br></span>http://lists.opengatecollaboration.org/mailman/listinfo/gate-users</a><o:p></o:p></p></div></div><p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'><a href="http://www.vsl.nl" target="_blank" title=""><span style='color:windowtext;text-decoration:none'> </span></a><o:p></o:p></p></div></div></div></div><p class=MsoNormal><o:p> </o:p></p></div></div></body></html>