<html>
<head>
<style><!--
.hmmessage P
{
margin:0px;
padding:0px
}
body.hmmessage
{
font-size: 10pt;
font-family:Tahoma
}
--></style></head>
<body class='hmmessage'><div dir='ltr'>
<br><br>Hi Marco<div><br></div><div><br></div><div>Thank you for your help <br> <br> <br> <br> <br> <br> <br> <br> <br><br><br><font color="#0000ff" size="5"><a href="http://www.bicoeur.com/" target="_blank"><br></a></font><br><font color="#0000ff" size="5"><a href="http://www.bicoeur.com/" target="_blank"><br></a></font><br> <br><br><br><br><div><div id="SkyDrivePlaceholder"></div>> From: gate-users-request@lists.opengatecollaboration.org<br>> Subject: Gate-users Digest, Vol 82, Issue 6<br>> To: gate-users@lists.opengatecollaboration.org<br>> Date: Tue, 5 Mar 2013 17:52:03 +0100<br>> <br>> Send Gate-users mailing list submissions to<br>>   gate-users@lists.opengatecollaboration.org<br>> <br>> To subscribe or unsubscribe via the World Wide Web, visit<br>>         http://lists.opengatecollaboration.org/mailman/listinfo/gate-users<br>> or, via email, send a message with subject or body 'help' to<br>>     gate-users-request@lists.opengatecollaboration.org<br>> <br>> You can reach the person managing the list at<br>>     gate-users-owner@lists.opengatecollaboration.org<br>> <br>> When replying, please edit your Subject line so it is more specific<br>> than "Re: Contents of Gate-users digest..."<br>> <br>> <br>> Today's Topics:<br>> <br>>    1. Re: problem with voxelez the phantom and the source<br>>       (Marc Chamberland)<br>> <br>> <br>> ----------------------------------------------------------------------<br>> <br>> Message: 1<br>> Date: Tue, 5 Mar 2013 16:54:42 +0000<br>> From: Marc Chamberland <MarcChamberland@cmail.carleton.ca><br>> To: mariam zoubair <zoubair-mariam@hotmail.fr><br>> Cc: "<gate-users@lists.opengatecollaboration.org>"<br>>  <gate-users@lists.opengatecollaboration.org><br>> Subject: Re: [Gate-users] problem with voxelez the phantom and the<br>>       source<br>> Message-ID: <1E5471BF-305F-4E07-8A15-DB43432C2612@cmail.carleton.ca><br>> Content-Type: text/plain; charset="iso-8859-1"<br>> <br>> Hi,<br>> <br>> Gate is already telling you that a few things are wrong.<br>> <br>> Here, it says that you used the wrong name for the physics processes (assuming you are running Gate v6.2)<br>> <br>> >  <!> *** WARNING *** <!>  Unknown process: PositronAnnihilationStd<br>> >  <!> *** WARNING *** <!>  Unknown process: MultipleScattering<br>> >  <!> *** WARNING *** <!>  Unknown process: MultipleScattering<br>> <br>> For positron annihilation, you should use:<br>> <br>> /gate/physics/addProcess PositronAnnihilation  e+<br>> <br>> For multiple scattering, you should use:<br>> <br>> /gate/physics/addProcess eMultipleScattering e-<br>> /gate/physics/addProcess eMultipleScattering e+<br>> <br>> Please refer to the user guide: http://wiki.opengatecollaboration.org/index.php/Users_Guide_V6.2:Setting_up_the_physics#Positron_and_electron_annihilation<br>> <br>> <br>> Also, Gate is complaining that it cannot open some of your header file:<br>> <br>> > '!ror: Could not open header file 'm001-IM00120.i33<br>> <br>> In fact, it seems like it's trying to open your image file (.i33) instead of the header file (.h33). You'll want to have a close look at this and make sure you're supplying the correct files and the correct paths. I seem to remember Gate having trouble with relative paths to these files (I think), so you might want to investigate.<br>> <br>> Marc<br>> <br>> <br>> <br>> __________________________<br>> <br>> Marc Chamberland, MSc<br>> PhD candidate<br>> Department of Physics<br>> Carleton University<br>> Ottawa (ON)<br>> <br>> On 2013-03-05, at 11:34 AM, mariam zoubair <zoubair-mariam@hotmail.fr><br>>  wrote:<br>> <br>> > <br>> > Dear Gate users <br>> > <br>> > I try to follow all the steps to run CT scanner, I have an image of 512 x 512 pixels. I'm voxelez the phantom and the source (position = -256, -256, 0) but I have not seen any interaction and I have this message.<br>> > <br>> > <br>> > Can you help me<br>> > <br>> > Thank you <br>> > <br>> > <br>> > /tracking/storeTrajectory 1<br>> > Attributes available for modeling and filtering with<br>> >   "/vis/modeling/trajectories/create/drawByAttribute" and<br>> >   "/vis/filtering/trajectories/create/attributeFilter" commands:<br>> > G4Trajectory:<br>> >   Charge (Ch): unit: e+ (G4double)<br>> >   Track ID (ID): G4int<br>> >   Initial kinetic energy (IKE): G4BestUnit (G4double)<br>> >   Initial momentum magnitude (IMag): G4BestUnit (G4double)<br>> >   Initial momentum (IMom): G4BestUnit (G4ThreeVector)<br>> >   No. of points (NTP): G4int<br>> >  <br>> >  <br>> >    PDG Encoding (PDG): G4int<br>> >   Parent ID (PID): G4int<br>> >   Particle Name (PN): G4String<br>> > G4TrajectoryPoint:<br>> >   Position (Pos): G4BestUnit (G4ThreeVector)<br>> > WARNING: Trajectory storing has been requested.  This action may be<br>> >   reversed with "/tracking/storeTrajectory 0".<br>> > WARNING: The vis manager will keep up to 100 events.<br>> >   This may use a lot of memory.<br>> >   It may be changed with, e.g., "/vis/scene/endOfEventAction accumulate 10".<br>> >  CREATED THE COMMAND /gate/systems/cylindricalPET/addAnewRsector<br>> >  Call VoxelParameterized::InsertReader<br>> >  Range Translator<br>> >         Range   0 : imageValue in [    0.000e+00 , 1.500e+03 ]  ---> material Air, visibility 1, coulour (0.000e+00,1.000e+00,0.000e+00,2.000e-01)<br>> >         Range   1 : imageValue in [    1.501e+03 , 2.250e+03 ]  ---> material Water, visibility 1, coulour (1.000e+00,0.000e+00,0.000e+00,2.000e-01)<br>> >         Range   2 : imageValue in [    2.251e+03 , 2.750e+03 ]  ---> material Air, visibility 1, coulour (0.000e+00,1.000e+00,0.000e+00,2.000e-01)<br>> >         Range   3 : imageValue in [    2.751e+03 , 3.848e+03 ]  ---> material RibBone, visibility 1, coulour (0.000e+00,0.000e+00,1.000e+00,2.000e-01)<br>> > ', assuming default BIGENDIAN'LITTLEENDIAN<br>> >  <br>> > 'nrecognised type name 'unsigned integer<br>> >  Header read from       'CT-IM00120_uint16.h33'<br>> > 'Data file name         'm001-IM00120.i33<br>> >  Nb of planes:           1<br>> >  Nb of pixels per plane: 512 512<br>> >  Pixel size:             4.590e-01 4.590e-01<br>> >  Slice thickness:        2.179e+00<br>> >  Matrix size:            2.350e+02 2.350e+02<br>> >  Data type:              <br>> >  Data byte order:        BIGENDIAN<br>> >  <br>> >  <br>> > '!ror: Could not open header file 'm001-IM00120.i33<br>> >  <!> *** WARNING *** <!>  Unknown process: PositronAnnihilationStd<br>> >  <!> *** WARNING *** <!>  Unknown process: MultipleScattering<br>> >  <!> *** WARNING *** <!>  Unknown process: MultipleScattering<br>> >  <br>> > List of Enabled processes:<br>> >  <br>> >  <br>> >    ===  Process: PhotoElectric  ===<br>> > Particle: gamma<br>> >     * Model(s):<br>> >        - StandardModel<br>> >  <br>> >    ===  Process: Compton  ===<br>> > Particle: gamma<br>> >     * Model(s):<br>> >        - StandardModel<br>> >  <br>> >    ===  Process: Bremsstrahlung  ===<br>> > Particle: e+<br>> >     * Model(s):<br>> >        - StandardModel<br>> > Particle: e-<br>> >     * Model(s):<br>> >        - StandardModel<br>> >  <br>> >    ===  Process: ElectronIonisation  ===<br>> > Particle: e+<br>> >     * Model(s):<br>> >        - StandardModel<br>> > Particle: e-<br>> >     * Model(s):<br>> >        - StandardModel<br>> >  <br>> > List of initialized processes:<br>> >  <br>> > [Core-0] Initialization of geometry<br>> > G4PhysicalVolumeModel::Validate(): A volume of the same name and<br>> >   copy number ("world_phys", copy 0) still exists and is being used.<br>> >   But it is not the same volume you originally specified<br>> >   in /vis/scene/add/.<br>> > [Core-0] Initialization of physics<br>> > [Core-0] Initialization of actors<br>> > GATE object:        'systems/cylindricalPET'<br>> >  <br>> >  Components:    <br>> >  <br>> > GATE object:        'systems/cylindricalPET/base'<br>> > Attached to volume: cylindricalPET<br>> > Nb of children:       1<br>> >  <br>> >         GATE object:        'systems/cylindricalPET/rsector'<br>> >         Attached to volume: head<br>> >         Nb of children:       1<br>> >  <br>> >                 GATE object:        'systems/cylindricalPET/module'<br>> >                 Attached to volume: ---<br>> >                 Nb of children:       1<br>> >  <br>> >                         GATE object:        'systems/cylindricalPET/submodule'<br>> >  GATE object:        'systems/cylindricalPET/submodule'<br>> >                         Attached to volume: block<br>> >                         Nb of children:       1<br>> >  <br>> >                                 GATE object:        'systems/cylindricalPET/crystal'<br>> >                                 Attached to volume: crystal<br>> >                                 Nb of children:       4<br>> >  <br>> >                                         GATE object:        'systems/cylindricalPET/layer0'<br>> >                                         Attached to volume: LYSO<br>> >                                         Nb of children:       0<br>> >  <br>> >                                         GATE object:        'systems/cylindricalPET/layer1'<br>> >                                         Attached to volume: LSO<br>> >                                         Nb of children:       0<br>> >  <br>> >                                         GATE object:        'systems/cylindricalPET/layer2'<br>> >                                         Attached to volume: ---<br>> >                                         Nb of children:       0<br>> >  <br>> >                                         GATE object:        'systems/cylindricalPET/layer3'<br>> >                                         Attached to volume: ---<br>> >                                         Nb of children:       0<br>> > geometrical design type: 1<br>> > ring diameter: -1.750e+01 cm <br>> > rsector axial pitch: 0.000e+00 fm <br>> > rsector azimuthal pitch: -4.500e+01 degree<br>> > rsector tangential size: 2.000e+00 cm <br>> > rsector axial size: 2.530e+01 cm <br>> > module axial size: 2.530e+01 cm <br>> > module tangential size: 2.000e+00 cm <br>> >  module axial pitch: 0.000e+00 fm <br>> > module tangential pitch: 0.000e+00 fm <br>> > submodule axial size: 1.900e+00 cm <br>> > submodule tangential size: 2.000e+00 cm <br>> > submodule axial pitch: 1.950e+00 cm <br>> > submodule tangential pitch: 0.000e+00 fm <br>> > crystal radial size: 2.200e+00 mm <br>> > crystal axial size: 2.200e+00 mm <br>> > crystal tangential size: 2.000e+00 cm <br>> > crystal axial pitch: 2.400e+00 mm <br>> > crystal tangential pitch: 0.000e+00 fm <br>> > layer0 radial size: 2.200e+00 mm <br>> > in layer0 interaction length: 1.100e+00 mm <br>> > layer1 radial size: 2.200e+00 mm <br>> > in layer1 interaction length: 1.100e+00 mm <br>> > Axial nb of rsectors: 1<br>> > Azimuthal nb of rsectors: 8<br>> > Axial nb of modules: 1<br>> > Tangential nb of modules: 1<br>> > Axial nb of submodules: 13<br>> > Tangential nb of submodules: 1<br>> > Axial nb of crystals: 8<br>> > Tangential nb of crystals: 1<br>> > Radial nb of layers: 2<br>> >  Range Translator<br>> >         Range   0 : imageValue in [    0.000e+00 , 1.500e+03 ]  ---> activity (Bq) 0.000e+00<br>> >         Range   1 : imageValue in [    1.501e+03 , 2.250e+03 ]  ---> activity (Bq) 1.000e+01<br>> >         Range   2 : imageValue in [    2.251e+03 , 2.750e+03 ]  ---> activity (Bq) 2.000e+01<br>> >         Range   3 : imageValue in [    2.751e+03 , 3.848e+03 ]  ---> activity (Bq) 3.000e+01<br>> > GateSourceVoxelImageReader::ReadFile : fileName: CT-IM00120_uint16.h33<br>> >  <br>> > ', assuming default BIGENDIAN'LITTLEENDIAN<br>> >  <br>> > 'nrecognised type name 'unsigned integer<br>> >  Header read from       'CT-IM00120_uint16.h33'<br>> > 'Data file name         'm001-IM00120.i33<br>> >  Nb of planes:           1<br>> >  Nb of pixels per plane: 512 512<br>> >  Pixel size:             4.590e-01 4.590e-01<br>> >  Slice thickness:        2.179e+00<br>> >  Matrix size:            2.350e+02 2.350e+02<br>> >  Data type:              <br>> >  Data byte order:        BIGENDIAN<br>> >  <br>> >  <br>> > '!ror: Could not open header file 'm001-IM00120.i33<br>> >  **** Error: Volume does not exist **** <br>> >  Ignoring confine condition<br>> > Source ---------------> voxel_brain<br>> >   ID                  : 0<br>> >   type                : backtoback<br>> >   startTime (s)       : 0.000e+00<br>> >   time (s)            : 0.000e+00<br>> >   forcedUnstable      : 0<br>> >   verboseLevel        : 0<br>> > ----------------------- <br>> >   Voxel reader ---------->   number of voxels       : 0<br>> >   total activity (Bq)    : 0.000e+00<br>> >   position  (mm)         : 0.000e+00 0.000e+00 0.000e+00<br>> >   voxel size  (mm)    : 1.000e+00 1.000e+00 1.000e+00<br>> > Source --------------> voxel_brain<br>> >   ID                 : 0<br>> >   type               : backtoback<br>> >   activity (Bq)      : 0.000e+00<br>> >   startTime (s)      : 0.000e+00<br>> >   time (s)           : 0.000e+00<br>> >   forcedUnstable     : 0<br>> >   forcedHalfLife (s) : -6.931e-01<br>> >   verboseLevel       : 0<br>> >   relative to vol    : World<br>> > ---------------------- <br>> >  <br>> >     GPS info ----------------> <br>> >     particle                 : gamma<br>> >     SourcePosType            : Point<br>> >     Shape                    : NULL<br>> >     halfx,halfy,halfz  (mm)  : 0.000e+00 0.000e+00 0.000e+00<br>> >     Radius             (mm)  : 0.000e+00<br>> >     CentreCoords       (mm)  : 0.000e+00 0.000e+00 0.000e+00<br>> >     EnergyDisType            : Mono<br>> >     AngleDisType            : iso<br>> >     MinTheta, MaxTheta (deg) : 0.000e+00 1.800e+02<br>> >     MinPhi, MaxPhi     (deg) : 0.000e+00 3.600e+02<br>> >     -------------------------- <br>> >  <br>> > GateSourceMgr::ListSources: List of the sources in the source manager<br>> > Source ---------------> voxel_brain<br>> >   ID                  : 0<br>> >   type                : backtoback<br>> >   startTime (s)       : 0.000e+00<br>> >   time (s)            : 0.000e+00<br>> >   forcedUnstable      : 0<br>> >  <br>> >  verboseLevel        : 0<br>> > ----------------------- <br>> > ***** COMMAND NOT FOUND </gate/output/root/setRootdelayFlag 1> *****<br>> >  <br>> > ***** Batch is interrupted!! *****<br>> > [Acquisition-0]                                      <br>> > [Acquisition-0] ============= Source initialization =============<br>> > [Acquisition-0]                                      <br>> > [Acquisition-0] ============= Acquisition starts! =============<br>> > [Acquisition-0] Simulation start time = 0 sec<br>> > [Acquisition-0] Simulation end time   = 2.5 sec<br>> > [Acquisition-0] Simulation will have  = 1 run(s)<br>> > [Acquisition-0] <br>> > [Acquisition-0] Slice 0 from 0 to 2.5 s [slice=2.5 s], final stop at 2.5 s.<br>> >  <br>> > PhotoElectric:   for  gamma    SubType= 12<br>> >       ===== EM models for the G4Region  DefaultRegionForTheWorld ======<br>> >        PhotoElectric :  Emin= 0.000e+00 eV    Emax= 1.000e+01 TeV<br>> >  <br>> > Compton:   for  gamma    SubType= 13<br>> >       Lambda tables from 1.000e+02 eV  to 1.000e+01 TeV in 77 bins, spline: 1<br>> >       ===== EM models for the G4Region  DefaultRegionForTheWorld ======<br>> >        Klein-Nishina :  Emin= 0.000e+00 eV    Emax= 1.000e+01 TeV<br>> >  <br>> > Bremsstrahlung:   for  e-    SubType= 3<br>> >       dE/dx and range tables from 1.000e+02 eV  to 1.000e+01 TeV in 77 bins<br>> >       Lambda tables from threshold to 1.000e+01 TeV in 77 bins, spline: 1<br>> >       LPM flag: 1 for E > 1.000e+00 GeV<br>> >       ===== EM models for the G4Region  DefaultRegionForTheWorld ======<br>> >              eBremSB :  Emin= 0.000e+00 eV    Emax= 1.000e+00 GeV   AngularGenUrban<br>> >             eBremLPM :  Emin= 1.000e+00 GeV   Emax= 1.000e+01 TeV   AngularGenUrban<br>> >  <br>> > ElectronIonisation:   for  e-    SubType= 2<br>> >       dE/dx and range tables from 1.000e+02 eV  to 1.000e+01 TeV in 77 bins<br>> >       Lambda tables from threshold to 1.000e+01 TeV in 77 bins, spline: 1<br>> >       finalRange(mm)= 1.000e+00, dRoverRange= 2.000e-01, integral: 1, fluct: 1, linLossLimit= 1.000e-02<br>> >       ===== EM models for the G4Region  DefaultRegionForTheWorld ======<br>> >         MollerBhabha :  Emin= 0.000e+00 eV    Emax= 1.000e+01 TeV<br>> >  <br>> > Bremsstrahlung:   for  e+    SubType= 3<br>> >       dE/dx and range tables from 1.000e+02 eV  to 1.000e+01 TeV in 77 bins<br>> >       Lambda tables from threshold to 1.000e+01 TeV in 77 bins, spline: 1<br>> >       LPM flag: 1 for E > 1.000e+00 GeV<br>> >       ===== EM models for the G4Region  DefaultRegionForTheWorld ======<br>> >              eBremSB :  Emin= 0.000e+00 eV    Emax= 1.000e+00 GeV   AngularGenUrban<br>> >             eBremLPM :  Emin= 1.000e+00 GeV   Emax= 1.000e+01 TeV   AngularGenUrban<br>> >  <br>> > ElectronIonisation:   for  e+    SubType= 2<br>> >       dE/dx and range tables from 1.000e+02 eV  to 1.000e+01 TeV in 77 bins<br>> >       Lambda tables from threshold to 1.000e+01 TeV in 77 bins, spline: 1<br>> >       finalRange(mm)= 1.000e+00, dRoverRange= 2.000e-01, integral: 1, fluct: 1, linLossLimit= 1.000e-02<br>> >       ===== EM models for the G4Region  DefaultRegionForTheWorld ======<br>> >         MollerBhabha :  Emin= 0.000e+00 eV    Emax= 1.000e+01 TeV<br>> > 1 event has been kept for refreshing and/or reviewing.<br>> >      User simulation time (sec)   := 4.900e-01<br>> >      Real simulation time (sec)   := 2.860e+00<br>> >      System simulation time (sec) := 6.000e-02<br>> > [Core-0] End of macro hrrt.mac<br>> > GateOutputMgr deleting...<br>> > Graphics systems deleted.<br>> > Visualization Manager deleting...<br>> > WARNING - Attempt to delete the physical volume store while geometry closed !<br>> > WARNING - Attempt to delete the logical volume store while geometry closed !<br>> > WARNING - Attempt to delete the solid store while geometry closed !<br>> > WARNING - Attempt to delete the region store while geometry closed !<br>> >  <br>> > <br>> >  <br>> >  <br>> >  <br>> >  <br>> >  <br>> >  <br>> >  <br>> >  <br>> >  <br>> > <br>> > <br>> > <br>> > <br>> > <br>> > <br>> >  <br>> > <br>> > <br>> > <br>> > From: zoubair-mariam@hotmail.fr<br>> > To: gate-users@lists.opengatecollaboration.org<br>> > Subject: problem with voxelez the phantom and the source<br>> > Date: Tue, 5 Mar 2013 16:21:43 +0000<br>> > <br>> > Dear Gate users <br>> > <br>> > I try to follow all the steps to run CT scanner, I have an image of 512 x 512 pixels. I'm voxelez the phantom and the source (position = -256, -256, 0) but I have not seen any interaction and I have this message.<br>> > <br>> > <br>> > Can you help me<br>> > <br>> > Thank you <br>> > <br>> > <br>> > <br>> > /tracking/storeTrajectory 1<br>> > Attributes available for modeling and filtering with<br>> >   "/vis/modeling/trajectories/create/drawByAttribute" and<br>> >   "/vis/filtering/trajectories/create/attributeFilter" commands:<br>> > G4Trajectory:<br>> >   Charge (Ch): unit: e+ (G4double)<br>> >   Track ID (ID): G4int<br>> >   Initial kinetic energy (IKE): G4BestUnit (G4double)<br>> >   Initial momentum magnitude (IMag): G4BestUnit (G4double)<br>> >   Initial momentum (IMom): G4BestUnit (G4ThreeVector)<br>> >   No. of points (NTP): G4int<br>> > <br>> >  <br>> >    PDG Encoding (PDG): G4int<br>> >   Parent ID (PID): G4int<br>> >   Particle Name (PN): G4String<br>> > G4TrajectoryPoint:<br>> >   Position (Pos): G4BestUnit (G4ThreeVector)<br>> > WARNING: Trajectory storing has been requested.  This action may be<br>> >   reversed with "/tracking/storeTrajectory 0".<br>> > WARNING: The vis manager will keep up to 100 events.<br>> >   This may use a lot of memory.<br>> >   It may be changed with, e.g., "/vis/scene/endOfEventAction accumulate 10".<br>> >  CREATED THE COMMAND /gate/systems/cylindricalPET/addAnewRsector<br>> >  Call VoxelParameterized::InsertReader<br>> >  Range Translator<br>> >         Range   0 : imageValue in [    0.000e+00 , 1.500e+03 ]  ---> material Air, visibility 1, coulour (0.000e+00,1.000e+00,0.000e+00,2.000e-01)<br>> >         Range   1 : imageValue in [    1.501e+03 , 2.250e+03 ]  ---> material Water, visibility 1, coulour (1.000e+00,0.000e+00,0.000e+00,2.000e-01)<br>> >         Range   2 : imageValue in [    2.251e+03 , 2.750e+03 ]  ---> material Air, visibility 1, coulour (0.000e+00,1.000e+00,0.000e+00,2.000e-01)<br>> >         Range   3 : imageValue in [    2.751e+03 , 3.848e+03 ]  ---> material RibBone, visibility 1, coulour (0.000e+00,0.000e+00,1.000e+00,2.000e-01)<br>> > ', assuming default BIGENDIAN'LITTLEENDIAN<br>> > <br>> > 'nrecognised type name 'unsigned integer<br>> >  Header read from       'CT-IM00120_uint16.h33'<br>> > 'Data file name         'm001-IM00120.i33<br>> >  Nb of planes:           1<br>> >  Nb of pixels per plane: 512 512<br>> >  Pixel size:             4.590e-01 4.590e-01<br>> >  Slice thickness:        2.179e+00<br>> >  Matrix size:            2.350e+02 2.350e+02<br>> >  Data type:              <br>> >  Data byte order:        BIGENDIAN<br>> > <br>> > <br>> > '!ror: Could not open header file 'm001-IM00120.i33<br>> >  <!> *** WARNING *** <!>  Unknown process: PositronAnnihilationStd<br>> >  <!> *** WARNING *** <!>  Unknown process: MultipleScattering<br>> >  <!> *** WARNING *** <!>  Unknown process: MultipleScattering<br>> > <br>> >  <br>> >  <br>> >  List of Enabled processes:<br>> > <br>> > <br>> >    ===  Process: PhotoElectric  ===<br>> > Particle: gamma<br>> >     * Model(s):<br>> >        - StandardModel<br>> > <br>> >    ===  Process: Compton  ===<br>> > Particle: gamma<br>> >     * Model(s):<br>> >        - StandardModel<br>> > <br>> >    ===  Process: Bremsstrahlung  ===<br>> > Particle: e+<br>> >     * Model(s):<br>> >        - StandardModel<br>> > Particle: e-<br>> >     * Model(s):<br>> >        - StandardModel<br>> > <br>> >    ===  Process: ElectronIonisation  ===<br>> > Particle: e+<br>> >     * Model(s):<br>> >        - StandardModel<br>> > Particle: e-<br>> >     * Model(s):<br>> >        - StandardModel<br>> > <br>> > List of initialized processes:<br>> > <br>> > [Core-0] Initialization of geometry<br>> > G4PhysicalVolumeModel::Validate(): A volume of the same name and<br>> >   copy number ("world_phys", copy 0) still exists and is being used.<br>> >   But it is not the same volume you originally specified<br>> >   in /vis/scene/add/.<br>> > [Core-0] Initialization of physics<br>> > [Core-0] Initialization of actors<br>> > <br>> > GATE object:        'systems/cylindricalPET'<br>> >  <br>> >  Components:    <br>> > <br>> > GATE object:        'systems/cylindricalPET/base'<br>> > Attached to volume: cylindricalPET<br>> > Nb of children:       1<br>> > <br>> >         GATE object:        'systems/cylindricalPET/rsector'<br>> >         Attached to volume: head<br>> >         Nb of children:       1<br>> > <br>> >                 GATE object:        'systems/cylindricalPET/module'<br>> >                 Attached to volume: ---<br>> >                 Nb of children:       1<br>> > <br>> >                         GATE object:        'systems/cylindricalPET/submodule'<br>> >                         Attached to volume: block<br>> >                         Nb of children:       1<br>> > <br>> >                                 GATE object:        'systems/cylindricalPET/crystal'<br>> >                                 Attached to volume: crystal<br>> >                                 Nb of children:       4<br>> > <br>> >                                         GATE object:        'systems/cylindricalPET/layer0'<br>> >                                         Attached to volume: LYSO<br>> >                                         Nb of children:       0<br>> > <br>> >                                         GATE object:        'systems/cylindricalPET/layer1'<br>> >                                         Attached to volume: LSO<br>> >                                         Nb of children:       0<br>> > <br>> >                                         GATE object:        'systems/cylindricalPET/layer2'<br>> >                                         Attached to volume: ---<br>> >                                         Nb of children:       0<br>> > <br>> >                                         GATE object:        'systems/cylindricalPET/layer3'<br>> >                                         Attached to volume: ---<br>> >                                         Nb of children:       0<br>> > geometrical design type: 1<br>> > ring diameter: -1.750e+01 cm <br>> > rsector axial pitch: 0.000e+00 fm <br>> > rsector azimuthal pitch: -4.500e+01 degree<br>> > rsector tangential size: 2.000e+00 cm <br>> > rsector axial size: 2.530e+01 cm <br>> > module axial size: 2.530e+01 cm <br>> > module tangential size: 2.000e+00 cm <br>> >  module axial pitch: 0.000e+00 fm <br>> > module tangential pitch: 0.000e+00 fm <br>> > submodule axial size: 1.900e+00 cm <br>> > submodule tangential size: 2.000e+00 cm <br>> > submodule axial pitch: 1.950e+00 cm <br>> > submodule tangential pitch: 0.000e+00 fm <br>> > crystal radial size: 2.200e+00 mm <br>> > crystal axial size: 2.200e+00 mm <br>> > crystal tangential size: 2.000e+00 cm <br>> > crystal axial pitch: 2.400e+00 mm <br>> > crystal tangential pitch: 0.000e+00 fm <br>> > layer0 radial size: 2.200e+00 mm <br>> > in layer0 interaction length: 1.100e+00 mm <br>> > layer1 radial size: 2.200e+00 mm <br>> > in layer1 interaction length: 1.100e+00 mm <br>> > Axial nb of rsectors: 1<br>> > Azimuthal nb of rsectors: 8<br>> > Axial nb of modules: 1<br>> > Tangential nb of modules: 1<br>> > Axial nb of submodules: 13<br>> > Tangential nb of submodules: 1<br>> > Axial nb of crystals: 8<br>> > Tangential nb of crystals: 1<br>> > Radial nb of layers: 2<br>> >  Range Translator<br>> >         Range   0 : imageValue in [    0.000e+00 , 1.500e+03 ]  ---> activity (Bq) 0.000e+00<br>> >         Range   1 : imageValue in [    1.501e+03 , 2.250e+03 ]  ---> activity (Bq) 1.000e+01<br>> >         Range   2 : imageValue in [    2.251e+03 , 2.750e+03 ]  ---> activity (Bq) 2.000e+01<br>> >         Range   3 : imageValue in [    2.751e+03 , 3.848e+03 ]  ---> activity (Bq) 3.000e+01<br>> > GateSourceVoxelImageReader::ReadFile : fileName: CT-IM00120_uint16.h33<br>> > ', assuming default BIGENDIAN'LITTLEENDIAN<br>> > <br>> > 'nrecognised type name 'unsigned integer<br>> >  Header read from       'CT-IM00120_uint16.h33'<br>> > 'Data file name         'm001-IM00120.i33<br>> >  Nb of planes:           1<br>> >  Nb of pixels per plane: 512 512<br>> >  Pixel size:             4.590e-01 4.590e-01<br>> >  Slice thickness:        2.179e+00<br>> >  Matrix size:            2.350e+02 2.350e+02<br>> >  Data type:              <br>> >  Data byte order:        BIGENDIAN<br>> > <br>> > <br>> > '!ror: Could not open header file 'm001-IM00120.i33<br>> >  **** Error: Volume does not exist **** <br>> >  Ignoring confine condition<br>> > Source ---------------> voxel_brain<br>> >   ID                  : 0<br>> >   type                : backtoback<br>> >   startTime (s)       : 0.000e+00<br>> >   time (s)            : 0.000e+00<br>> >   forcedUnstable      : 0<br>> >   verboseLevel        : 0<br>> > ----------------------- <br>> >   Voxel reader ---------->   number of voxels       : 0<br>> >   total activity (Bq)    : 0.000e+00<br>> >   position  (mm)         : 0.000e+00 0.000e+00 0.000e+00<br>> >   voxel size  (mm)    : 1.000e+00 1.000e+00 1.000e+00<br>> > Source --------------> voxel_brain<br>> >   ID                 : 0<br>> >   type               : backtoback<br>> >   activity (Bq)      : 0.000e+00<br>> >   startTime (s)      : 0.000e+00<br>> >   time (s)           : 0.000e+00<br>> >   forcedUnstable     : 0<br>> >   forcedHalfLife (s) : -6.931e-01<br>> >   verboseLevel       : 0<br>> >   relative to vol    : World<br>> > ---------------------- <br>> > <br>> >     GPS info ----------------> <br>> >     particle                 : gamma<br>> >     SourcePosType            : Point<br>> >     Shape                    : NULL<br>> >     halfx,halfy,halfz  (mm)  : 0.000e+00 0.000e+00 0.000e+00<br>> >     Radius             (mm)  : 0.000e+00<br>> >     CentreCoords       (mm)  : 0.000e+00 0.000e+00 0.000e+00<br>> >     EnergyDisType            : Mono<br>> >     AngleDisType            : iso<br>> >     MinTheta, MaxTheta (deg) : 0.000e+00 1.800e+02<br>> >     MinPhi, MaxPhi     (deg) : 0.000e+00 3.600e+02<br>> >     -------------------------- <br>> > <br>> > GateSourceMgr::ListSources: List of the sources in the source manager<br>> > Source ---------------> voxel_brain<br>> >   ID                  : 0<br>> >   type                : backtoback<br>> >   startTime (s)       : 0.000e+00<br>> >   time (s)            : 0.000e+00<br>> >   forcedUnstable      : 0<br>> > <br>> >  verboseLevel        : 0<br>> > ----------------------- <br>> > ***** COMMAND NOT FOUND </gate/output/root/setRootdelayFlag 1> *****<br>> > <br>> > ***** Batch is interrupted!! *****<br>> > [Acquisition-0]                                      <br>> > [Acquisition-0] ============= Source initialization =============<br>> > [Acquisition-0]                                      <br>> > [Acquisition-0] ============= Acquisition starts! =============<br>> > [Acquisition-0] Simulation start time = 0 sec<br>> > [Acquisition-0] Simulation end time   = 2.5 sec<br>> > [Acquisition-0] Simulation will have  = 1 run(s)<br>> > [Acquisition-0] <br>> > [Acquisition-0] Slice 0 from 0 to 2.5 s [slice=2.5 s], final stop at 2.5 s.<br>> > <br>> > PhotoElectric:   for  gamma    SubType= 12<br>> >       ===== EM models for the G4Region  DefaultRegionForTheWorld ======<br>> >        PhotoElectric :  Emin= 0.000e+00 eV    Emax= 1.000e+01 TeV<br>> > <br>> > Compton:   for  gamma    SubType= 13<br>> >       Lambda tables from 1.000e+02 eV  to 1.000e+01 TeV in 77 bins, spline: 1<br>> >       ===== EM models for the G4Region  DefaultRegionForTheWorld ======<br>> >        Klein-Nishina :  Emin= 0.000e+00 eV    Emax= 1.000e+01 TeV<br>> > <br>> > Bremsstrahlung:   for  e-    SubType= 3<br>> >       dE/dx and range tables from 1.000e+02 eV  to 1.000e+01 TeV in 77 bins<br>> >       Lambda tables from threshold to 1.000e+01 TeV in 77 bins, spline: 1<br>> >       LPM flag: 1 for E > 1.000e+00 GeV<br>> >       ===== EM models for the G4Region  DefaultRegionForTheWorld ======<br>> >              eBremSB :  Emin= 0.000e+00 eV    Emax= 1.000e+00 GeV   AngularGenUrban<br>> >             eBremLPM :  Emin= 1.000e+00 GeV   Emax= 1.000e+01 TeV   AngularGenUrban<br>> > <br>> > ElectronIonisation:   for  e-    SubType= 2<br>> >       dE/dx and range tables from 1.000e+02 eV  to 1.000e+01 TeV in 77 bins<br>> >       Lambda tables from threshold to 1.000e+01 TeV in 77 bins, spline: 1<br>> >       finalRange(mm)= 1.000e+00, dRoverRange= 2.000e-01, integral: 1, fluct: 1, linLossLimit= 1.000e-02<br>> >       ===== EM models for the G4Region  DefaultRegionForTheWorld ======<br>> >         MollerBhabha :  Emin= 0.000e+00 eV    Emax= 1.000e+01 TeV<br>> > <br>> > Bremsstrahlung:   for  e+    SubType= 3<br>> >       dE/dx and range tables from 1.000e+02 eV  to 1.000e+01 TeV in 77 bins<br>> >       Lambda tables from threshold to 1.000e+01 TeV in 77 bins, spline: 1<br>> >       LPM flag: 1 for E > 1.000e+00 GeV<br>> >       ===== EM models for the G4Region  DefaultRegionForTheWorld ======<br>> >              eBremSB :  Emin= 0.000e+00 eV    Emax= 1.000e+00 GeV   AngularGenUrban<br>> >             eBremLPM :  Emin= 1.000e+00 GeV   Emax= 1.000e+01 TeV   AngularGenUrban<br>> > <br>> > ElectronIonisation:   for  e+    SubType= 2<br>> >       dE/dx and range tables from 1.000e+02 eV  to 1.000e+01 TeV in 77 bins<br>> >       Lambda tables from threshold to 1.000e+01 TeV in 77 bins, spline: 1<br>> >       finalRange(mm)= 1.000e+00, dRoverRange= 2.000e-01, integral: 1, fluct: 1, linLossLimit= 1.000e-02<br>> >       ===== EM models for the G4Region  DefaultRegionForTheWorld ======<br>> >         MollerBhabha :  Emin= 0.000e+00 eV    Emax= 1.000e+01 TeV<br>> > 1 event has been kept for refreshing and/or reviewing.<br>> >      User simulation time (sec)   := 4.900e-01<br>> >      Real simulation time (sec)   := 2.860e+00<br>> >      System simulation time (sec) := 6.000e-02<br>> > [Core-0] End of macro hrrt.mac<br>> > GateOutputMgr deleting...<br>> > Graphics systems deleted.<br>> > Visualization Manager deleting...<br>> > WARNING - Attempt to delete the physical volume store while geometry closed !<br>> > WARNING - Attempt to delete the logical volume store while geometry closed !<br>> > WARNING - Attempt to delete the solid store while geometry closed !<br>> > WARNING - Attempt to delete the region store while geometry closed !<br>> > <br>> > <br>> >  <br>> > <br>> > _______________________________________________<br>> > Gate-users mailing list<br>> > Gate-users@lists.opengatecollaboration.org<br>> > http://lists.opengatecollaboration.org/mailman/listinfo/gate-users<br>> <br>> <br>> <br>> <br>> ------------------------------<br>> <br>> _______________________________________________<br>> Gate-users mailing list<br>> Gate-users@lists.opengatecollaboration.org<br>> http://lists.opengatecollaboration.org/mailman/listinfo/gate-users<br>> <br>> End of Gate-users Digest, Vol 82, Issue 6<br>> *****************************************<br></div></div>                                          </div></body>
</html>