<div class="gmail_quote">Dear all, <br><br>I&#39;ve recently posted some questions regarding segmentation violations, geometry test errors and voxelized phantoms. I&#39;ve experienced a lot of problems with getting a proper run from GATE, and I&#39;ve spent many hours (piuh!) troubleshooting! =) Anyway, I discovered something that I&#39;m not sure is a bug in GATE or if it&#39;s my code that is erroneous...<br>





<br>I run a geometry check as I initialize my run, to check that there are no geometry overlaps etc since I believe this can cause segmentation violations which aborts the entire run.   <br><span style="color: rgb(51, 51, 255);">-------------<br>





/run/initialize</span><br style="color: rgb(51, 51, 255);"><span style="color: rgb(51, 51, 255);">/geometry/test/recursive_test</span><br>-------------<br>I usually keep the visualization disabled since this saves a lot of time for longer runs:<br>





<span style="color: rgb(51, 51, 255);">-------------<br>/vis/disable</span><br>-------------<br> I noticed that I get errors regarding my voxelized phantom (overshooting daughter volume) which I don&#39;t think should be there (emphasis on THINK!). When I turn the visualization ON however, the errors disappear and I only get results like:<br>





----------<br><span style="color: rgb(51, 51, 255);">GeomTest: no daughter volume extending outside mother detected.</span><br style="color: rgb(51, 51, 255);"><span style="color: rgb(51, 51, 255);">GeomTest: no overlapping daughters detected.</span><br>





---------<br>from the geometry check. My visualization macro is very simple:<br>----------<br><span style="color: rgb(51, 51, 255);"># Visualization.mac</span><br><span style="color: rgb(51, 51, 255);">/vis/open OGLSX</span><br style="color: rgb(51, 51, 255);">





<span style="color: rgb(51, 51, 255);">/vis/viewer/reset</span><br style="color: rgb(51, 51, 255);"><span style="color: rgb(51, 51, 255);">/vis/drawView 45 45</span><br style="color: rgb(51, 51, 255);"><span style="color: rgb(51, 51, 255);">/vis/viewer/zoom 2</span><br style="color: rgb(51, 51, 255);">





<span style="color: rgb(51, 51, 255);">/vis/viewer/set/style surface</span><br style="color: rgb(51, 51, 255);"><span style="color: rgb(51, 51, 255);">/vis/drawVolume</span><br style="color: rgb(51, 51, 255);"><span style="color: rgb(51, 51, 255);">/tracking/storeTrajectory 1</span><br style="color: rgb(51, 51, 255);">





<span style="color: rgb(51, 51, 255);">/vis/scene/endOfEventAction accumulate</span><br style="color: rgb(51, 51, 255);"><span style="color: rgb(51, 51, 255);">/vis/viewer/update</span><br>------------<br>and I don&#39;t think the visualization should have anything to do with the geometry setup at all?(!) Can this be a GATE bug? Note that the only thing I change in my main macro is changing<span style="color: rgb(0, 0, 0);"> </span><span style="color: rgb(51, 51, 255);"><span style="color: rgb(0, 0, 0);">&quot;/vis/disable&quot; to</span><br>





----------<br>#/vis/disable</span><br style="color: rgb(51, 51, 255);"><span style="color: rgb(51, 51, 255);">/control/execute Visualization.mac</span><br>----------<br>and I get no errors. I&#39;ve also tried to disable all visualization of the phantom (in the range.dat file, setting visualization to &quot;false&quot;) but this has no affect on the run results (no matter if I have the main visualization on or off).<br>




<br>I have attached my main macro, GATE run output log, voxelized phantom macro with related .dat files and a screenshot of my setup with camera and phantom.<br><br>Please, if anyone has any idea what could cause these problems, please let me know! I&#39;m really running out of ideas... =) It&#39;s not a good option to always have to run with visualization on for longer runs...<br>




Thanks!<br><font color="#888888">Ida<br>
</font></div><br>