<br>Hi,<br><br><br>I once tried and succeeded in using PET_Ecat_System.mac.<br>I set the following environment variables before installing GATE:<br><br>    export ECAT7_HOME=/home/soft/ecat7          # (ECAT7 Home location)<br>
    export GATE_USE_ECAT7=1<br><br>Reinstalled GATE and now the PET_Ecat_System.mac<br>runs with no problem.<br><br>Hope it helps!<br><br><br>Best regards,<br><br>Mike<br>--<br><br><br><br><br><div class="gmail_quote">2009/9/9 Ida Häggström <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:ida.haggstrom@radfys.umu.se">ida.haggstrom@radfys.umu.se</a>&gt;</span><br>
<blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">Hi again!<br>I made a little typo in my commands previously... It SHOULD be<br><pre><div class="im">
<span style="color: rgb(255, 0, 0);">&gt; cd &lt;...&gt;/gate/ECAT</span><br style="color: rgb(255, 0, 0);"><span style="color: rgb(255, 0, 0);">&gt; make -f Makefile.unix</span><br style="color: rgb(255, 0, 0);">
<span style="color: rgb(255, 0, 0);">&gt; rm *.o</span><br style="color: rgb(255, 0, 0);"><br></div><span style="color: rgb(255, 0, 0);">&gt; mkdir &lt;...&gt;/gate/ECAT</span><br style="color: rgb(255, 0, 0);"><span style="color: rgb(255, 0, 0);">&gt; mkdir &lt;...&gt;/gate/ECAT/</span><span style="color: rgb(255, 0, 0);">lib</span><br style="color: rgb(255, 0, 0);">

<br><span style="color: rgb(255, 0, 0);">&gt; mkdir &lt;...&gt;/gate/ECAT/</span><span style="color: rgb(255, 0, 0);">lib/Linux-g++</span><br style="color: rgb(255, 0, 0);"><span style="color: rgb(255, 0, 0);">&gt; mkdir &lt;...&gt;/gate/ECAT/</span><span style="color: rgb(255, 0, 0);">include</span></pre>

Cheers!<br>Ida<br><br><div class="gmail_quote">Den 9 september 2009 15.21 skrev Ida Häggström <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:ida.haggstrom@radfys.umu.se" target="_blank">ida.haggstrom@radfys.umu.se</a>&gt;</span>:<div>
<div></div><div class="h5"><br><blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">
Hi all!<br>I&#39;ve successfully installed and run GATE for a week or so now when I decided I probably need the ECAT7 output as well.. (I omitted that the first time I installed GATE). Anyway, I&#39;ve installed the package according to the guide at &quot;<a href="http://cc.in2p3.fr/docenligne/674/en" target="_blank">http://cc.in2p3.fr/docenligne/674/en</a>&quot;. I&#39;ve thus run <br>



<pre><span style="color: rgb(255, 0, 0);">&gt; cd &lt;...&gt;/gate/ECAT</span><br style="color: rgb(255, 0, 0);"><span style="color: rgb(255, 0, 0);">&gt; make -f Makefile.unix</span><br style="color: rgb(255, 0, 0);"><span style="color: rgb(255, 0, 0);">&gt; rm *.o</span><br style="color: rgb(255, 0, 0);">


<span style="color: rgb(255, 0, 0);">&gt; mkdir &lt;...&gt;/gate/gate_v5.0.0/ECAT</span><br style="color: rgb(255, 0, 0);"><span style="color: rgb(255, 0, 0);">&gt; mkdir &lt;...&gt;/gate/gate_v5.0.0/ECAT/</span><span style="color: rgb(255, 0, 0);">lib</span><br style="color: rgb(255, 0, 0);">


<span style="color: rgb(255, 0, 0);">&gt; mkdir &lt;...&gt;/gate/gate_v5.0.0/ECAT/</span><span style="color: rgb(255, 0, 0);">lib/Linux-g++</span><br style="color: rgb(255, 0, 0);"><span style="color: rgb(255, 0, 0);">&gt; mkdir &lt;...&gt;/gate/gate_v5.0.0/ECAT/</span><span style="color: rgb(255, 0, 0);">include</span><br>


</pre>After this I copy the files &quot;matrix.h&quot; and &quot;machine_indep.h&quot; into the ECAT/include directory and I copy the file &quot;libecat.a&quot; into ECAT/lib/Linux-g++. <br>
<br>I found on a previous thread that it was best to completely recompile GATE, with make clean and all... so I remove and reinstall GATE (note that I have NOT set the ECAT7_HOME variable yet!): <br><pre><span style="color: rgb(255, 0, 0);">&gt; cd &lt;...&gt;/gate/gate_v_5.0.0</span><br style="color: rgb(255, 0, 0);">


<span style="color: rgb(255, 0, 0);">&gt; make clean (I also remove the tmp directory)</span><br style="color: rgb(255, 0, 0);"><span style="color: rgb(255, 0, 0);">&gt; make</span><br><br><font style="font-family: arial,helvetica,sans-serif;" size="2">After successful GATE compilation I set <br>


</font><br style="color: rgb(255, 0, 0);"><span style="color: rgb(255, 0, 0);">&gt; export ECAT7_HOME=&lt;...&gt;/gate/ECAT</span><br><font style="font-family: arial,helvetica,sans-serif;" size="2"><br>I try and run the ex</font><font style="font-family: arial,helvetica,sans-serif;" size="2">ample PET_Ecat_System.mac in GATE, with default sinogram and ecat7 output, but it seems the ECAT7 library isn&#39;t found or something:<br>


<span style="color: rgb(255, 0, 0); font-family: times new roman,serif;">....</span><br style="color: rgb(255, 0, 0); font-family: times new roman,serif;"><font style="color: rgb(255, 0, 0); font-family: times new roman,serif;" size="2">GATE object:        &#39;digitizer/finalCoinc&#39;<br>


Is enabled?         Yes<br>Nb of elements:     0<br>Attached to:        &#39;digitizer&#39;<br>Output:             &#39;finalCoinc&#39;<br>***** COMMAND NOT FOUND &lt;/gate/output/sinogram/StoreDelayed&gt; *****<br><br>***** Batch is interupted!! *****<br>


Graphics systems deleted.<br>Visualization Manager deleting...<br>GateRTPhantomMgr deleting...<br>[ida@localhost example_PET_Scanner]$ </font><br><span style="color: rgb(255, 0, 0);">....</span><br><br style="font-family: arial,helvetica,sans-serif;">


</font><font style="font-family: arial,helvetica,sans-serif;" size="2">If I remove the sinogram output and only use ecat7 output I instead get</font><br><br><font style="font-family: times new roman,serif;" size="2"><font><font style="font-family: arial,helvetica,sans-serif;"><font style="color: rgb(255, 0, 0);">...<br>


</font><font style="font-family: times new roman,serif; color: rgb(255, 0, 0);">***** COMMAND NOT FOUND &lt;/gate/output/ecat7/enable&gt; *****</font><font style="color: rgb(255, 0, 0);"><br></font></font></font></font><font style="color: rgb(255, 0, 0); font-family: times new roman,serif;" size="2">...</font><font style="font-family: times new roman,serif;" size="2"><span style="color: rgb(255, 0, 0);">.</span></font><br>


</pre>When I try to compile GATE with the ECAT7_HOME variable set BEFORE compilation I don&#39;t get a successful linking:<br>.<font style="color: rgb(255, 0, 0); font-family: times new roman,serif;" size="2">...<br>Creating shared library tmp/Linux-g++/Gate/libGate.so ...<br>


Creating/replacing object files in ./tmp/Linux-g++/Gate/libGate.a ...<br>
ar: creating ./tmp/Linux-g++/Gate/libGate.a<br>Compiling Gate.cc ...<br>Using global libraries ...<br>Linking Gate ...<br>./tmp/Linux-g++/Gate/libGate.</font><font style="color: rgb(255, 0, 0); font-family: times new roman,serif;" size="2">so: undefined reference to `GateVObjectMove::</font><font style="color: rgb(255, 0, 0); font-family: times new roman,serif;" size="2">PushMyPlacements(CLHEP::</font><font style="color: rgb(255, 0, 0); font-family: times new roman,serif;" size="2">HepRotation const&amp;, CLHEP::Hep3Vector const&amp;, double)&#39;<br>



./tmp/Linux-g++/Gate/libGate.</font><font style="color: rgb(255, 0, 0); font-family: times new roman,serif;" size="2">so: undefined reference to `GateVolumeID::</font><font style="color: rgb(255, 0, 0); font-family: times new roman,serif;" size="2">MoveToBottomVolumeFrame(CLHEP:</font><font style="color: rgb(255, 0, 0); font-family: times new roman,serif;" size="2">:Hep3Vector, int) const&#39;<br>


./tmp/Linux-g++/Gate/libGate.</font><font style="color: rgb(255, 0, 0); font-family: times new roman,serif;" size="2">so: undefined reference to `GateToASCII::GateToASCII(</font><font style="color: rgb(255, 0, 0); font-family: times new roman,serif;" size="2">G4String const&amp;, GateOutputMgr*, DigiMode)&#39;<br>



... <br>./tmp/Linux-g++/Gate/libGate.</font><font style="color: rgb(255, 0, 0); font-family: times new roman,serif;" size="2">so: undefined reference to `GateToRoot::GetPHData(</font><font style="color: rgb(255, 0, 0); font-family: times new roman,serif;" size="2">ComptonRayleighData&amp;)&#39;<br>


./tmp/Linux-g++/Gate/libGate.</font><font style="color: rgb(255, 0, 0); font-family: times new roman,serif;" size="2">so: undefined reference to `GateTrack::GetTrackID()&#39;<br>collect2: ld returned 1 exit status<br>
make: *** [bin/Linux-g++/Gate] Error 1<br>....</font><br><br>My question is do you set the ECAT7_HOME variable before or after GATE compilation, and how do you get GATE to enable to ECAT7 output?<br>Thanks in advance!<br>

<font color="#888888">
/Ida<br>
</font></blockquote></div></div></div><br>
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